More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_2044 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_2044  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 		 562 aa  1110    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.544058  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1543  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.31 
 
 		 530 aa  436  1e-121  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3680  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.97 
 
 		 534 aa  434  1e-120  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2644  choline dehydrogenase  41.5 
 
 		 574 aa  413  1e-114  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.3131  normal  0.995844 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3708  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.19 
 
 		 543 aa  413  1e-114  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0102  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.53 
 
 		 518 aa  405  1e-111  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6015  choline dehydrogenase  43.53 
 
 		 570 aa  397  1e-109  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.386009  normal  0.639563 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2781  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.86 
 
 		 538 aa  396  1e-109  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0926901  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01161  hypothetical alcohol dehydrogenase  42.91 
 
 		 550 aa  394  1e-108  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2190  choline dehydrogenase, a flavoprotein  43.48 
 
 		 541 aa  389  1e-107  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3651  choline dehydrogenase  44.42 
 
 		 553 aa  385  1e-106  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1031  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.28 
 
 		 539 aa  386  1e-106  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3226  choline dehydrogenase  43.89 
 
 		 556 aa  388  1e-106  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.191345 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3020  choline dehydrogenase  43.02 
 
 		 553 aa  387  1e-106  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.754568 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5304  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.35 
 
 		 546 aa  385  1e-106  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0530  choline dehydrogenase  41.99 
 
 		 570 aa  385  1e-105  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.830173 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0991  choline dehydrogenase  42.38 
 
 		 552 aa  382  1e-105  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0436021  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2458  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.87 
 
 		 554 aa  382  1e-105  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.144677  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2604  choline dehydrogenase  41.78 
 
 		 562 aa  385  1e-105  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142768 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2587  choline dehydrogenase  38.86 
 
 		 556 aa  383  1e-105  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.676646  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2310  choline dehydrogenase  42.51 
 
 		 548 aa  379  1e-104  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.568209  normal  1 
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4961  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.7 
 
 		 529 aa  379  1e-103  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3434  GMC family oxidoreductase  39.85 
 
 		 539 aa  377  1e-103  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02642  choline dehydrogenase  38.15 
 
 		 552 aa  378  1e-103  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3840  choline dehydrogenase  39.66 
 
 		 561 aa  377  1e-103  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3754  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.49 
 
 		 552 aa  377  1e-103  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5650  Choline dehydrogenase  42.52 
 
 		 559 aa  374  1e-102  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2072  choline dehydrogenase  38.09 
 
 		 562 aa  374  1e-102  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0856  choline dehydrogenase  41.71 
 
 		 548 aa  374  1e-102  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2184  choline dehydrogenase  41.53 
 
 		 548 aa  374  1e-102  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3744  choline dehydrogenase  43.01 
 
 		 554 aa  374  1e-102  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0339169  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1196  choline dehydrogenase  38.1 
 
 		 565 aa  372  1e-102  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000414657 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1334  choline dehydrogenase  38.76 
 
 		 560 aa  369  1e-101  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5834  choline dehydrogenase  40.74 
 
 		 577 aa  369  1e-101  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5947  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.66 
 
 		 550 aa  372  1e-101  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1035  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.18 
 
 		 609 aa  370  1e-101  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.77377  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1946  choline dehydrogenase  38.2 
 
 		 560 aa  371  1e-101  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.110511  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1007  choline dehydrogenase  38.52 
 
 		 565 aa  370  1e-101  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5182  choline dehydrogenase  41.88 
 
 		 566 aa  365  1e-100  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.222705  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3245  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.1 
 
 		 541 aa  367  1e-100  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3358  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.93 
 
 		 550 aa  366  1e-100  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.442957  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0553  choline dehydrogenase  41.7 
 
 		 566 aa  365  1e-100  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5037  choline dehydrogenase  41.88 
 
 		 566 aa  369  1e-100  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8399  choline dehydrogenase  43.52 
 
 		 574 aa  368  1e-100  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.553301  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1514  choline dehydrogenase  40.47 
 
 		 560 aa  369  1e-100  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0264792  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5443  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.51 
 
 		 542 aa  368  1e-100  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.078996  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3099  choline dehydrogenase  40.15 
 
 		 562 aa  367  1e-100  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2378  Choline dehydrogenase  42.38 
 
 		 551 aa  366  1e-100  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.448643  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4512  choline dehydrogenase  41.88 
 
 		 566 aa  368  1e-100  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.422466 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5058  choline dehydrogenase  40.97 
 
 		 561 aa  365  1e-99  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0575159 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5100  choline dehydrogenase  41.88 
 
 		 566 aa  365  1e-99  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0715  choline dehydrogenase  38.61 
 
 		 572 aa  365  1e-99  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00120252  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3268  choline dehydrogenase  41.88 
 
 		 566 aa  365  1e-99  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.121076  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1325  choline dehydrogenase  38.08 
 
 		 561 aa  364  2e-99  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3595  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.06 
 
 		 549 aa  365  2e-99  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1315  choline dehydrogenase  38.08 
 
 		 561 aa  364  2e-99  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4010  choline dehydrogenase  38.72 
 
 		 561 aa  363  3e-99  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0405578  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5244  choline dehydrogenase  41.77 
 
 		 567 aa  364  3e-99  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.80037  normal  0.0658003 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3536  choline dehydrogenase  41.51 
 
 		 566 aa  364  3e-99  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4186  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.67 
 
 		 546 aa  364  3e-99  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.296115 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0889  choline dehydrogenase  39.12 
 
 		 549 aa  363  4e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4519  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.2 
 
 		 542 aa  363  5.0000000000000005e-99  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0149458  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1351  choline dehydrogenase  38.35 
 
 		 561 aa  363  5.0000000000000005e-99  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.875987  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3035  choline dehydrogenase  38.35 
 
 		 561 aa  363  5.0000000000000005e-99  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.82163  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4716  choline dehydrogenase  43.02 
 
 		 561 aa  362  8e-99  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.959774  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5514  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.49 
 
 		 537 aa  362  8e-99  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06179  choline dehydrogenase  38.72 
 
 		 569 aa  362  1e-98  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3840  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.96 
 
 		 544 aa  361  2e-98  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.397758  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6778  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.44 
 
 		 539 aa  361  2e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.485614  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1592  choline dehydrogenase  40.97 
 
 		 561 aa  361  2e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.860333  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1119  choline dehydrogenase  37.41 
 
 		 564 aa  360  3e-98  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0776  choline dehydrogenase  39.12 
 
 		 549 aa  360  3e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0802775 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4732  choline dehydrogenase  41.56 
 
 		 568 aa  360  4e-98  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3680  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.23 
 
 		 537 aa  360  4e-98  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.979094 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3836  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.88 
 
 		 552 aa  359  6e-98  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.669798  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10850  putative dehydrogenase  41.65 
 
 		 559 aa  359  6e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000000202363  normal  0.801894 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0278  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase family protein  42.04 
 
 		 556 aa  359  8e-98  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.914416  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0061  GMC oxidoreductase  42.04 
 
 		 556 aa  359  8e-98  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0062  GMC oxidoreductase  42.04 
 
 		 556 aa  359  8e-98  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2831  choline dehydrogenase  41.45 
 
 		 567 aa  358  9.999999999999999e-98  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.121193  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2917  choline dehydrogenase  41.45 
 
 		 567 aa  358  9.999999999999999e-98  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.80885  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3373  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.37 
 
 		 553 aa  358  9.999999999999999e-98  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0562  choline dehydrogenase  39.66 
 
 		 549 aa  358  1.9999999999999998e-97  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.55111 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.26 
 
 		 541 aa  357  1.9999999999999998e-97  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0882717  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6157  choline dehydrogenase  41.93 
 
 		 561 aa  358  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.103614  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0670  GMC family oxidoreductase  39.55 
 
 		 534 aa  357  2.9999999999999997e-97  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2042  L-sorbose dehydrogenase, FAD dependent, putative  41.22 
 
 		 544 aa  357  2.9999999999999997e-97  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0700873  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0443  choline dehydrogenase  41.37 
 
 		 568 aa  357  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.300865  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0054  GMC oxidoreductase  42.09 
 
 		 556 aa  357  2.9999999999999997e-97  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.810146  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6980  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.19 
 
 		 556 aa  357  3.9999999999999996e-97  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0315325  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1582  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.83 
 
 		 533 aa  357  3.9999999999999996e-97  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1199  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.02 
 
 		 530 aa  357  3.9999999999999996e-97  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4657  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.8 
 
 		 537 aa  357  3.9999999999999996e-97  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3313  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.39 
 
 		 576 aa  356  6.999999999999999e-97  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0996  alcohol dehydrogenase  42.24 
 
 		 559 aa  356  6.999999999999999e-97  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0877  choline dehydrogenase  41.91 
 
 		 545 aa  356  6.999999999999999e-97  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.988222  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1837  choline dehydrogenase  41.12 
 
 		 565 aa  355  1e-96  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1072  choline dehydrogenase  40.75 
 
 		 565 aa  355  1e-96  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00240234  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70940  choline dehydrogenase  41.74 
 
 		 561 aa  355  1e-96  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.512014 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6414  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.05 
 
 		 569 aa  355  1e-96  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.981458 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>