More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0591 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_0591  TPR repeat-containing protein  100 
 
 		 324 aa  643    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.71044  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0302  TPR repeat-containing protein  42.86 
 
 		 337 aa  225  1e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.642139  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2772  TPR repeat-containing protein  45.28 
 
 		 316 aa  195  8.000000000000001e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1834  tetratricopeptide TPR_2  31.06 
 
 		 367 aa  129  6e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0184634  normal  0.791476 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2001  cytochrome c-type biogenesis protein cycH  30.5 
 
 		 385 aa  125  9e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.224163  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3450  tetratricopeptide TPR_4  29.93 
 
 		 367 aa  124  3e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0733507 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2671  cytochrome c-type biogenesis protein, putative  33.33 
 
 		 379 aa  123  5e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0607  cytochrome c-type biogenesis protein, putative  33.83 
 
 		 379 aa  121  1.9999999999999998e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0606  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  34.21 
 
 		 390 aa  120  1.9999999999999998e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1403  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  32.46 
 
 		 516 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0489784 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0436  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  30.71 
 
 		 372 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.824327 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2130  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  30.94 
 
 		 368 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.74489  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1408  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  32.22 
 
 		 552 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.381184  normal  0.031966 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1655  tetratricopeptide TPR_4  32.97 
 
 		 407 aa  113  4.0000000000000004e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.970184 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1683  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  31.5 
 
 		 523 aa  112  9e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.765474 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0633  cytochrome C-type biogenesis transmembrane protein  28.85 
 
 		 389 aa  111  2.0000000000000002e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.545808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0938  tetratricopeptide domain-containing protein  32.18 
 
 		 360 aa  108  2e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.70703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3778  TPR repeat-containing protein  29.03 
 
 		 383 aa  107  4e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0897  tetratricopeptide TPR_2  30.83 
 
 		 412 aa  106  4e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.380164  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4054  TPR repeat-containing protein  29.03 
 
 		 383 aa  107  4e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.331246  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0920  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  30.86 
 
 		 392 aa  104  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.922006  normal  0.0740975 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3071  cytochrome c-type biogenesis protein cycH  28.84 
 
 		 366 aa  103  4e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1656  TPR repeat-containing protein  39.55 
 
 		 283 aa  100  3e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.243033 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1069  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  29.96 
 
 		 402 aa  98.6  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4991  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  29.26 
 
 		 495 aa  98.6  1e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000230784 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1191  cytochrome c-type biogenesis protein cycH / CcmH  29.14 
 
 		 367 aa  97.8  2e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1437  cytochrome c-type biogenesis protein CycH / CcmH  29.17 
 
 		 367 aa  98.2  2e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4433  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  30.97 
 
 		 420 aa  97.4  3e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3408  cytochrome c-type biogenesis protein CycH  28.46 
 
 		 393 aa  92  1e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.285071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0968  cytochrome c-type biogenesis protein CycH  29.3 
 
 		 412 aa  89.7  5e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1362  cycH protein  27.72 
 
 		 382 aa  85.5  0.000000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1878  cytochrome c biogenesis factor-like protein  28.97 
 
 		 431 aa  84  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2230  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  30.74 
 
 		 384 aa  84  0.000000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.863984  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0037  tetratricopeptide TPR_2  29.73 
 
 		 466 aa  83.6  0.000000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0032  TPR repeat-containing protein  30.43 
 
 		 494 aa  82.4  0.000000000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.949797  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3893  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  34.2 
 
 		 374 aa  82  0.00000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0160389  normal  0.633294 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4168  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  33.33 
 
 		 372 aa  81.3  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3999  TPR repeat-containing protein  32.03 
 
 		 279 aa  80.5  0.00000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.824012  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2685  putative cytochrome c-type biogenesis protein, cycH  30.65 
 
 		 417 aa  77.4  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2182  cytochrome c-type biogenesis protein CycH  26.05 
 
 		 406 aa  72.4  0.00000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.999893  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1206  hypothetical protein  25.79 
 
 		 436 aa  68.9  0.0000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0511  putative cytochrome c-type biogenesis protein, CycH  26.79 
 
 		 415 aa  67.8  0.0000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3213  TPR repeat-containing protein  28.66 
 
 		 227 aa  66.2  0.0000000006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1208  TPR repeat-containing protein  26.77 
 
 		 389 aa  66.6  0.0000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.675891  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1897  TPR repeat-containing protein  27.72 
 
 		 214 aa  63.9  0.000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3248  tetratricopeptide TPR_2  26.55 
 
 		 433 aa  63.9  0.000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1510  TPR repeat-containing protein  29.75 
 
 		 395 aa  63.5  0.000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1375  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  30.97 
 
 		 399 aa  62.8  0.000000009  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1343  putative cytochrome c-type biogenesis protein, CycH  26.98 
 
 		 415 aa  62.4  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.129001  normal  0.0463819 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06070  C-type cytochrome biogenesis protein  30.43 
 
 		 337 aa  61.2  0.00000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.0000967954  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4541  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  29.2 
 
 		 206 aa  61.2  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.942267  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0830  hypothetical protein  31.21 
 
 		 251 aa  61.6  0.00000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000000551764  normal  0.344384 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00857  C-type cytochrome biogenesis protein  30.43 
 
 		 337 aa  61.2  0.00000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0160973  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1552  TPR repeat-containing protein  30.65 
 
 		 443 aa  60.8  0.00000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.35552 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4676  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  29.2 
 
 		 206 aa  60.8  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.248769  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1620  TPR repeat-containing protein  33.93 
 
 		 310 aa  60.8  0.00000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.631738  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1552  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  31.73 
 
 		 707 aa  60.8  0.00000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0225548 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4535  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  29.2 
 
 		 206 aa  60.8  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4627  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  29.2 
 
 		 206 aa  60.8  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.322322  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2362  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  32.89 
 
 		 256 aa  60.8  0.00000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4626  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  28.32 
 
 		 206 aa  60.1  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.542905  normal  0.70936 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2383  TPR repeat-containing protein  25.4 
 
 		 1421 aa  59.3  0.00000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.823331 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3996  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  28.87 
 
 		 407 aa  58.5  0.0000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1952  TPR repeat-containing protein  29.24 
 
 		 424 aa  58.5  0.0000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.698376  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1393  tetratricopeptide TPR_4  29.32 
 
 		 232 aa  58.2  0.0000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3772  O-linked GlcNAc transferase  30 
 
 		 269 aa  58.2  0.0000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1786  TPR repeat-containing protein  29.71 
 
 		 190 aa  57.8  0.0000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0173384 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1720  TPR repeat-containing protein  25.71 
 
 		 187 aa  57.4  0.0000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0377  putative cytochrome c-type biogenesis protein  32.65 
 
 		 312 aa  56.6  0.0000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0131086 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0471  TPR repeat-containing protein  36.78 
 
 		 1297 aa  56.6  0.0000006  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0722  TPR repeat-containing protein  31.25 
 
 		 615 aa  56.2  0.0000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.434562 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2007  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  31.48 
 
 		 190 aa  56.2  0.0000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0087  TPR repeat-containing protein  29.6 
 
 		 366 aa  54.7  0.000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3285  cytochrome c biogenesis factor  28.83 
 
 		 216 aa  55.1  0.000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.982918  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2431  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  27.54 
 
 		 190 aa  54.7  0.000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.232516  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3383  TPR repeat-containing protein  29.03 
 
 		 403 aa  54.7  0.000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1288  TPR repeat-containing protein  24.86 
 
 		 207 aa  54.3  0.000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3602  TPR repeat-containing protein  30.77 
 
 		 556 aa  54.3  0.000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0222501 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1504  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  28.26 
 
 		 408 aa  53.9  0.000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00909547  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4726  serine/threonine protein kinase with TPR repeats  32.63 
 
 		 730 aa  53.9  0.000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0856  sugar transporter superfamily protein  29.01 
 
 		 198 aa  53.5  0.000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1395  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  28.26 
 
 		 408 aa  52.8  0.000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009047  PICST_63396  predicted protein  27.82 
 
 		 551 aa  52.8  0.000007  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.28283 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2942  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  27.1 
 
 		 632 aa  53.1  0.000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0387  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  28.26 
 
 		 408 aa  52.8  0.000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1633  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  26.28 
 
 		 358 aa  52.8  0.000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.000383939  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5110  TPR repeat-containing protein  34.69 
 
 		 288 aa  52.8  0.000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.163263  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03948  heme lyase (NrfEFG) for insertion of heme into c552, subunit NrfG  26.27 
 
 		 198 aa  52.4  0.000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03908  hypothetical protein  26.27 
 
 		 198 aa  52.4  0.000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0192  TPR repeat-containing protein  25.2 
 
 		 416 aa  52.4  0.000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000308025  hitchhiker  0.00684666 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3916  TPR repeat-containing protein  26.27 
 
 		 198 aa  52.4  0.00001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1568  TPR repeat-containing protein  30.7 
 
 		 219 aa  52  0.00001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4321  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  26.27 
 
 		 198 aa  52  0.00001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4538  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  26.27 
 
 		 198 aa  52  0.00001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4597  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  26.27 
 
 		 198 aa  52  0.00001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1625  truncated C-type cytochrome biogenesis protein  30.7 
 
 		 219 aa  52.4  0.00001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0668  TPR repeat-containing protein  28.19 
 
 		 209 aa  52  0.00001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.541497  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3556  TPR repeat-containing protein  30.56 
 
 		 291 aa  52  0.00001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.276509  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4632  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  26.27 
 
 		 198 aa  52  0.00001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0181  TPR repeat-containing protein  22.9 
 
 		 417 aa  52.4  0.00001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.113058  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>