More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2431 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_2431  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  100 
 
 
190 aa  389  1e-107  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.232516  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1786  TPR repeat-containing protein  96.32 
 
 
190 aa  378  1e-104  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0173384 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1720  TPR repeat-containing protein  73.08 
 
 
187 aa  277  5e-74  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0856  sugar transporter superfamily protein  64.77 
 
 
198 aa  231  3e-60  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1796  TPR repeat-containing protein  51.09 
 
 
216 aa  209  3e-53  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2615  TPR domain-containing protein  54.01 
 
 
196 aa  192  3e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2007  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  50.52 
 
 
190 aa  191  5e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3178  TPR repeat-containing protein  46.08 
 
 
211 aa  177  8e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0335083  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2980  TPR repeat-containing protein  47.26 
 
 
208 aa  176  1e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.345499  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3070  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  46.27 
 
 
208 aa  176  2e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2936  TPR repeat-containing protein  54.68 
 
 
200 aa  167  1e-40  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.196962 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2192  TPR repeat-containing protein  44.37 
 
 
319 aa  130  9e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000199858  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1051  TPR repeat-containing protein  42.68 
 
 
215 aa  127  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0668  TPR repeat-containing protein  38.15 
 
 
209 aa  125  3e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.541497  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2362  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  43.61 
 
 
256 aa  120  8e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1288  TPR repeat-containing protein  34.5 
 
 
207 aa  114  6.9999999999999995e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1897  TPR repeat-containing protein  36.13 
 
 
214 aa  102  4e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0732  TPR repeat-containing protein  30.65 
 
 
235 aa  76.3  0.0000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1787  TPR repeat-containing protein  31.67 
 
 
543 aa  72.8  0.000000000003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.662156  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2403  tetratricopeptide TPR_4  33.05 
 
 
267 aa  69.3  0.00000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000143988  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2431  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  29.51 
 
 
818 aa  68.9  0.00000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2480  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  31.06 
 
 
1022 aa  67.8  0.0000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0540  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  28 
 
 
1056 aa  67  0.0000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0423513  normal  0.0609988 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0564  TPR repeat-containing protein  30.08 
 
 
202 aa  67.4  0.0000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.151741 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7349  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  31.15 
 
 
988 aa  66.6  0.0000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0738846  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1328  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  30.77 
 
 
810 aa  66.2  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.929548  normal  0.0143336 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0471  TPR repeat-containing protein  29.03 
 
 
1297 aa  64.7  0.0000000008  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0384  TPR repeat-containing protein  28.68 
 
 
279 aa  64.3  0.0000000009  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.890218  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1704  TPR repeat-containing protein  30 
 
 
265 aa  64.3  0.000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.12979e-21 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1172  TPR repeat-containing protein  28.95 
 
 
4079 aa  63.2  0.000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0840  TPR repeat-containing protein  31.93 
 
 
1371 aa  63.2  0.000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0060  TPR repeat-containing protein  32.32 
 
 
562 aa  62.8  0.000000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0641  TPR repeat-containing protein  30.3 
 
 
1094 aa  62.4  0.000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.230386  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0087  TPR repeat-containing protein  28.45 
 
 
366 aa  62.8  0.000000003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2349  TPR repeat-containing protein  28.03 
 
 
649 aa  62.4  0.000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0186841  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0996  TPR repeat-containing protein  28.57 
 
 
499 aa  62.4  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0468556 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6182  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  27.74 
 
 
1056 aa  62  0.000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28641  hypothetical protein  32.11 
 
 
581 aa  62  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2515  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  30 
 
 
265 aa  62  0.000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000326196  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0812  tetratricopeptide TPR_2  29.51 
 
 
452 aa  62  0.000000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.159009  normal  0.340374 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4492  TPR repeat-containing protein  28 
 
 
605 aa  62  0.000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2951  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  26.56 
 
 
784 aa  61.6  0.000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1699  TPR repeat-containing protein  31.19 
 
 
409 aa  61.2  0.000000008  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.52405  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1361  TPR repeat-containing protein  27.73 
 
 
1276 aa  61.2  0.000000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1166  TPR domain-containing protein  31.19 
 
 
266 aa  60.8  0.00000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.194624  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0195  TPR domain protein  28.47 
 
 
379 aa  60.8  0.00000001  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.315867  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0955  tetratricopeptide TPR_2  27.27 
 
 
635 aa  60.8  0.00000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.750671 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2204  TPR repeat-containing protein  22.99 
 
 
191 aa  60.8  0.00000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0332088  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4645  TPR repeat-containing protein  33.82 
 
 
349 aa  60.5  0.00000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.656867  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1841  TPR repeat-containing protein  26.83 
 
 
3035 aa  60.8  0.00000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02941  hypothetical protein  33.33 
 
 
1676 aa  60.1  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.673691 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1300  TPR repeat-containing protein  31.62 
 
 
878 aa  60.1  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0280  TPR domain-containing protein  27.2 
 
 
1013 aa  60.1  0.00000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.416311 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1518  TPR repeat-containing protein  35.37 
 
 
375 aa  60.5  0.00000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.946116  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2604  TPR repeat-containing protein  28.37 
 
 
927 aa  60.5  0.00000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.010408  normal  0.426767 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0930  TPR repeat-containing protein  28.89 
 
 
329 aa  60.1  0.00000002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0637  TPR repeat-containing protein  28.69 
 
 
4489 aa  59.7  0.00000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2953  TPR repeat-containing protein  27.69 
 
 
711 aa  59.7  0.00000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0781794 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2255  hypothetical protein  24.66 
 
 
191 aa  59.3  0.00000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.319682  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2417  TPR repeat-containing protein  25.52 
 
 
762 aa  59.3  0.00000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2749  TPR repeat-containing protein  27.83 
 
 
615 aa  59.3  0.00000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1257  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  29.81 
 
 
237 aa  59.3  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8213  TPR repeat-containing protein  25.78 
 
 
392 aa  59.3  0.00000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0720948  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28501  hypothetical protein  29.91 
 
 
706 aa  58.9  0.00000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3815  TPR repeat-containing protein  30.08 
 
 
399 aa  58.5  0.00000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0454  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  29.84 
 
 
357 aa  58.5  0.00000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2439  TPR repeat-containing protein  34.23 
 
 
448 aa  58.5  0.00000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0207467  normal  0.980065 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0329  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  31.06 
 
 
297 aa  58.2  0.00000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3996  tetratricopeptide TPR_2  31.03 
 
 
1694 aa  58.2  0.00000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.271204  normal  0.601264 
 
 
-
 
NC_013163  Cyan8802_4605  TPR repeat-containing protein  29.75 
 
 
279 aa  58.2  0.00000007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0336  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  31.06 
 
 
297 aa  58.2  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0447  TPR domain-containing protein  35.62 
 
 
992 aa  57.8  0.00000009  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000620141  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1636  TPR repeat-containing protein  24.65 
 
 
968 aa  57.8  0.00000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.992619 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2550  TPR repeat-containing protein  29.36 
 
 
670 aa  57.8  0.00000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.507483  normal  0.0818134 
 
 
-
 
NC_002950  PG0982  TPR domain-containing protein  29.66 
 
 
750 aa  57.4  0.0000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.682285 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02811  hypothetical protein  30.5 
 
 
837 aa  57.4  0.0000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.370164 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5110  TPR repeat-containing protein  28.57 
 
 
288 aa  57.4  0.0000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.163263  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3643  TPR domain-containing protein  25.93 
 
 
1979 aa  57.4  0.0000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1065  TPR repeat-containing protein  28.57 
 
 
740 aa  57.4  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.761998  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11240  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  32.99 
 
 
247 aa  57.8  0.0000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.617467  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2893  O-linked N-acetylglucosamine transferase  25.35 
 
 
397 aa  57  0.0000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.272299 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1208  TPR repeat-containing protein  27.34 
 
 
389 aa  57  0.0000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.675891  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0213  TPR repeat-containing protein  33 
 
 
409 aa  56.6  0.0000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3120  TPR repeat-containing protein  37.8 
 
 
767 aa  57  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02961  hypothetical protein  30.88 
 
 
594 aa  57  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0737  TPR repeat-containing protein  25.89 
 
 
229 aa  56.6  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.689615  normal  0.77842 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0163  TPR repeat-containing protein  30.65 
 
 
356 aa  56.6  0.0000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00233758  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2230  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  28.97 
 
 
711 aa  57  0.0000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.317292  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2231  TPR repeat-containing protein  29.2 
 
 
265 aa  56.6  0.0000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00000000660918  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2526  hypothetical protein  28.04 
 
 
732 aa  56.2  0.0000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0463083 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28701  hypothetical protein  31.93 
 
 
582 aa  56.2  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1516  tetratricopeptide repeat family protein  31.63 
 
 
561 aa  56.2  0.0000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0319  TPR repeat-containing protein  23.58 
 
 
301 aa  56.2  0.0000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0540059  normal  0.098872 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3148  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  30.16 
 
 
249 aa  56.2  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.00000145051  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2948  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  30.16 
 
 
249 aa  56.2  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4782  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  35.29 
 
 
746 aa  55.8  0.0000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.20458 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2904  TPR repeat-containing protein  30.28 
 
 
265 aa  56.2  0.0000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000121078  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0089  TPR repeat-containing protein  31.9 
 
 
388 aa  55.8  0.0000004  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.159552  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0114  TPR repeat-containing protein  24.17 
 
 
602 aa  55.5  0.0000004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.606428  normal  0.312557 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1834  TPR repeat-containing protein  25.77 
 
 
593 aa  55.8  0.0000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>