More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3296 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_3296  diguanylate cyclase  100 
 
 
507 aa  1044    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000430363 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3445  diguanylate cyclase  72.08 
 
 
556 aa  758    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.358514 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1570  GGDEF domain-containing protein  59.33 
 
 
555 aa  604  1.0000000000000001e-171  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1373  diguanylate cyclase  60.52 
 
 
557 aa  598  1e-170  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.949847  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1412  diguanylate cyclase  60.72 
 
 
557 aa  600  1e-170  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.814955 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2970  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  60.32 
 
 
557 aa  592  1e-168  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0804565 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2870  diguanylate cyclase  59.44 
 
 
555 aa  590  1e-167  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00315586 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1389  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  60.32 
 
 
557 aa  588  1e-166  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2768  diguanylate cyclase  59.84 
 
 
555 aa  578  1e-164  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.137361  normal  0.130437 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2700  diguanylate cyclase  59.64 
 
 
555 aa  572  1.0000000000000001e-162  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.418522  hitchhiker  0.000139033 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2961  diguanylate cyclase  53.73 
 
 
565 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1084  GGDEF domain-containing protein  58.16 
 
 
562 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.287669 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1906  response regulator receiver domain-containing protein  26.93 
 
 
603 aa  122  1.9999999999999998e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2871  response regulator  28.57 
 
 
564 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4293  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.35 
 
 
1011 aa  107  5e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.291525  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  27.75 
 
 
612 aa  105  1e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2730  diguanylate cyclase  25.26 
 
 
638 aa  101  3e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.814579  normal  0.595433 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2484  GGDEF domain-containing protein  25.62 
 
 
571 aa  99.8  1e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3844  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.15 
 
 
867 aa  99.4  1e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0529  diguanylate cyclase  26.1 
 
 
614 aa  99.4  1e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0469  diguanylate cyclase  26.43 
 
 
601 aa  94.7  3e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.912167  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1062  diguanylate cyclase  24.05 
 
 
566 aa  92.8  1e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0191664  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3471  diguanylate cyclase  25.37 
 
 
618 aa  92.8  1e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3939  response regulator receiver domain-containing protein  23.58 
 
 
588 aa  90.9  5e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.238688  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0639  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.7 
 
 
663 aa  89.4  2e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0122  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.39 
 
 
515 aa  89.4  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.907666  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1301  diguanylate cyclase  26.34 
 
 
561 aa  88.6  2e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3766  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  26.74 
 
 
802 aa  88.2  3e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0676736 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1153  diguanylate cyclase  25.6 
 
 
596 aa  88.2  3e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.442479  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1073  7TM domain sensor diguanylate cyclase  25.79 
 
 
596 aa  87.8  4e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.494808  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4930  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.09 
 
 
887 aa  86.7  9e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.221023 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3853  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.09 
 
 
902 aa  86.7  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.769639  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0651  diguanylate cyclase  25.83 
 
 
627 aa  84.3  0.000000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.605256  hitchhiker  0.0000117316 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  25.3 
 
 
611 aa  84.3  0.000000000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4657  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.8 
 
 
662 aa  84  0.000000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.475165 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  23.54 
 
 
565 aa  82  0.00000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2414  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.86 
 
 
697 aa  80.9  0.00000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.216433  normal  0.76147 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1894  GGDEF domain-containing protein  35.67 
 
 
801 aa  81.3  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.261021  normal  0.664917 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4835  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.56 
 
 
662 aa  81.3  0.00000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.203793  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1820  diguanylate cyclase  29.59 
 
 
443 aa  80.9  0.00000000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.81672  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0388  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.48 
 
 
801 aa  80.9  0.00000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00490  sensor protein BarA  26.75 
 
 
1042 aa  79.7  0.0000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2966  GGDEF  31.19 
 
 
378 aa  79.7  0.0000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.682773  normal  0.664944 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3125  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.01 
 
 
823 aa  80.1  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.655002 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4781  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.29 
 
 
662 aa  79  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00238573 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  25.61 
 
 
569 aa  79  0.0000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3589  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.69 
 
 
853 aa  78.2  0.0000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0487  diguanylate cyclase  31.63 
 
 
363 aa  77.8  0.0000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.468611  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7217  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.13 
 
 
980 aa  77.8  0.0000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.249898  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1456  diguanylate cyclase  26.42 
 
 
636 aa  77.4  0.0000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1829  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.11 
 
 
754 aa  77.4  0.0000000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.00000110456  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3136  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.75 
 
 
700 aa  77.4  0.0000000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.882621  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3576  hypothetical protein  31.79 
 
 
796 aa  77  0.0000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.966885  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1596  Diverse 7TM receptor transmembrane region  26.06 
 
 
660 aa  77  0.0000000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.351374 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2089  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.26 
 
 
749 aa  76.6  0.0000000000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3603  GGDEF domain-containing protein  32.26 
 
 
570 aa  76.6  0.0000000000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3327  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.77 
 
 
693 aa  76.6  0.0000000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.166514  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1927  sensory box/response regulator  34.81 
 
 
660 aa  76.6  0.000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1532  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.48 
 
 
811 aa  76.3  0.000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.308961  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1331  diguanylate cyclase  35.48 
 
 
811 aa  76.3  0.000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.894809  normal  0.828271 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3486  diguanylate cyclase  35.44 
 
 
449 aa  75.9  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.121522  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2465  diguanylate cyclase  34.57 
 
 
427 aa  75.9  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2334  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.22 
 
 
635 aa  75.5  0.000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.149976 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0313  diguanylate cyclase  25.26 
 
 
577 aa  75.9  0.000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2042  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.26 
 
 
749 aa  74.7  0.000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1134  two-component sensor  27.35 
 
 
795 aa  75.1  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0980947  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0308  diguanylate cyclase  25.77 
 
 
581 aa  74.7  0.000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.164957 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0762  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.92 
 
 
689 aa  74.3  0.000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4948  sensory box protein  26.04 
 
 
921 aa  74.3  0.000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3756  diguanylate cyclase  23.12 
 
 
577 aa  74.7  0.000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.40748  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2736  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.33 
 
 
748 aa  74.7  0.000000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2284  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.26 
 
 
749 aa  74.7  0.000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0485  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  32.46 
 
 
1011 aa  74.7  0.000000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4570  hypothetical protein  36.26 
 
 
749 aa  74.7  0.000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3711  diguanylate cyclase  25.26 
 
 
571 aa  74.7  0.000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.171778 
 
 
-
 
NC_003296  RS05432  hypothetical protein  38.46 
 
 
915 aa  74.3  0.000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0133  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.68 
 
 
1077 aa  74.3  0.000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.72 
 
 
1264 aa  73.9  0.000000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.354443 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3217  signal transduction protein  34.09 
 
 
951 aa  73.9  0.000000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00711667  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  22.63 
 
 
631 aa  73.9  0.000000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1905  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.28 
 
 
884 aa  73.6  0.000000000007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.39821  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4752  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.33 
 
 
652 aa  73.6  0.000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.724915 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.33 
 
 
652 aa  73.6  0.000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.864277  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0558  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.73 
 
 
683 aa  73.6  0.000000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3133  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.54 
 
 
658 aa  73.6  0.000000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2828  diguanylate cyclase  28.04 
 
 
400 aa  73.6  0.000000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.238138  normal  0.24996 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1329  diguanylate cyclase  31.28 
 
 
565 aa  72.8  0.00000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4466  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.22 
 
 
670 aa  73.2  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00396259  normal  0.48891 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2296  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.67 
 
 
749 aa  73.2  0.00000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00930711  normal  0.870348 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4327  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.23 
 
 
916 aa  73.2  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0127578 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1888  GGDEF domain-containing protein  36.42 
 
 
930 aa  72.8  0.00000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000133848  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4101  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.62 
 
 
794 aa  73.2  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4600  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.22 
 
 
670 aa  73.2  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0221313  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2164  sensory box protein  35.62 
 
 
1431 aa  73.2  0.00000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.357073  normal  0.611751 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4217  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.23 
 
 
916 aa  73.2  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4421  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and MHYT sensor(s)  32.6 
 
 
779 aa  72.8  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.920702  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0141  sensory box protein  34.68 
 
 
1077 aa  72.4  0.00000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3808  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.93 
 
 
863 aa  72  0.00000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.180184 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3012  diguanylate cyclase  34.29 
 
 
428 aa  72  0.00000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000172152  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0133  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.68 
 
 
1077 aa  72.4  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0355057 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>