104 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2727 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2727  ATP-dependent OLD family endonuclease  100 
 
 		 607 aa  1249    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3087  ATP-dependent OLD family endonuclease  65.35 
 
 		 605 aa  810    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1111  ATP-dependent OLD family endonuclease  39.2 
 
 		 603 aa  404  1e-111  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4449  ATP-dependent endonuclease of the OLD family-like protein  25.17 
 
 		 564 aa  137  6.0000000000000005e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0949  hypothetical protein  23.82 
 
 		 603 aa  134  3.9999999999999996e-30  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0870  ATP-dependent OLD family endonuclease  25.17 
 
 		 591 aa  130  9.000000000000001e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1846  ATP-dependent OLD family endonuclease  24.81 
 
 		 589 aa  124  5e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000147928 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3567  OLD family ATP-dependent endonuclease-like protein  32.75 
 
 		 604 aa  124  5e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.274046 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0886  ATP-dependent endonuclease of the OLD family-like protein  25.41 
 
 		 579 aa  116  8.999999999999998e-25  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0477165  normal  0.341394 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3102  ATP-dependent OLD family endonuclease  23.99 
 
 		 582 aa  102  2e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.251459 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3711  SMC domain protein  24.91 
 
 		 653 aa  97.1  8e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4848  ATP-dependent OLD family endonuclease  24.21 
 
 		 626 aa  96.7  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4711  ATP-dependent endonuclease of the OLD family- like protein  22.65 
 
 		 648 aa  87.8  5e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0801  SMC domain protein  22.63 
 
 		 564 aa  87.8  5e-16  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.779455  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4641  ATP-dependent endonuclease  22.55 
 
 		 626 aa  87  9e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.01769  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4153  SMC domain-containing protein  23.61 
 
 		 574 aa  84.3  0.000000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0910063 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3445  hypothetical protein  24.04 
 
 		 628 aa  83.6  0.000000000000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.919866  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5488  putative nucleoside triphosphate hydrolase domain-containing protein  25.71 
 
 		 598 aa  82  0.00000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0225  ATP-dependent OLD family endonuclease  23.21 
 
 		 578 aa  79.7  0.0000000000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000140656 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1087  ATP-dependent OLD family endonuclease  24.27 
 
 		 616 aa  79  0.0000000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.14427  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1497  ATP-dependent OLD family endonuclease  24.32 
 
 		 573 aa  79.3  0.0000000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0137  hypothetical protein  26.54 
 
 		 666 aa  78.2  0.0000000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1302  ATP-dependent OLD family endonuclease  24.3 
 
 		 634 aa  77.8  0.0000000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.314426  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2782  hypothetical protein  24.09 
 
 		 440 aa  74.3  0.000000000006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2518  ATP-dependent OLD family endonuclease  23.84 
 
 		 613 aa  72  0.00000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0215068  normal  0.744672 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2561  ATP-dependent endonuclease  28.52 
 
 		 613 aa  71.2  0.00000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0763392  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0505  ATP-dependent endonuclease, OLD family protein  27.42 
 
 		 663 aa  71.2  0.00000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0949649  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1866  ATP-dependent OLD family endonuclease  26.21 
 
 		 595 aa  69.3  0.0000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1604  hypothetical protein  21.64 
 
 		 685 aa  68.6  0.0000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3193  plasmid-related protein  29.47 
 
 		 674 aa  68.6  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0945381 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3185  ATP-dependent endonuclease family protein  26.56 
 
 		 641 aa  67.8  0.0000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.196277  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1844  ATP-dependent OLD family endonuclease  24.44 
 
 		 640 aa  66.2  0.000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3140  ATP-dependent endonuclease, OLD family protein  23.4 
 
 		 681 aa  66.6  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.239895  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3408  hypothetical protein  23.48 
 
 		 594 aa  65.9  0.000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.043782  normal  0.188523 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3363  hypothetical protein  24.37 
 
 		 607 aa  65.1  0.000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.194578  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2954  putative exonuclease  20.4 
 
 		 659 aa  64.7  0.000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1516  ATP-dependent endonuclease family protein  27.33 
 
 		 586 aa  64.3  0.000000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.749e-16 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3056  ATP-dependent endonuclease family protein  26.4 
 
 		 598 aa  62.8  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3047  ATP-dependent endonuclease family protein  26.4 
 
 		 598 aa  62  0.00000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.300622  normal  0.13978 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1883  SMC protein-like protein  26.79 
 
 		 688 aa  61.2  0.00000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2759  ATP-dependent OLD family endonuclease  29.41 
 
 		 608 aa  61.2  0.00000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5288  SMC domain protein  21.56 
 
 		 610 aa  60.8  0.00000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.950541  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2459  hypothetical protein  25.36 
 
 		 606 aa  60.1  0.0000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.707067  normal  0.551867 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0673  ATP-dependent endonuclease family protein  25.46 
 
 		 619 aa  60.1  0.0000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.924756 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4162  ATP-dependent endonuclease family protein  26.09 
 
 		 600 aa  58.9  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.138387  normal  0.169092 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06203  hypothetical protein  20.63 
 
 		 669 aa  58.9  0.0000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1241  hypothetical protein  23.34 
 
 		 610 aa  58.2  0.0000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.625082  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3272  OLD family-like ATP-dependent endonuclease  23.3 
 
 		 758 aa  57.4  0.0000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1596  ATP-dependent OLD family endonuclease  30.59 
 
 		 652 aa  57.4  0.0000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2994  ATP-dependent OLD family endonuclease  26.04 
 
 		 608 aa  56.2  0.000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2559  hypothetical protein  29.41 
 
 		 645 aa  56.2  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.251758 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1915  ATP-dependent endonuclease of the OLD family- like protein  27.6 
 
 		 529 aa  54.7  0.000004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0545  ATP-dependent OLD family endonuclease  25.15 
 
 		 615 aa  54.7  0.000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1696  hypothetical protein  24.31 
 
 		 641 aa  54.3  0.000006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3175  SMC domain protein  25.44 
 
 		 634 aa  54.7  0.000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0609812  unclonable  0.0000000000000447606 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4083  ATP-dependent OLD family endonuclease  26.63 
 
 		 566 aa  51.2  0.00005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.186045  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2073  ATPase-like protein  22.05 
 
 		 497 aa  51.2  0.00005  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.672394  normal  0.790362 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3543  SMC protein-like  30.37 
 
 		 695 aa  50.8  0.00006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.429688 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1644  hypothetical protein  28.57 
 
 		 596 aa  51.2  0.00006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.595797  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0165  hypothetical protein  47.27 
 
 		 595 aa  50.8  0.00008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.820724 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3655  ATP-dependent OLD family endonuclease  22.6 
 
 		 793 aa  50.8  0.00008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.523201  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4276  Fis family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 645 aa  50.4  0.00009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.237058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4418  ATP-dependent OLD family endonuclease  25.44 
 
 		 639 aa  50.4  0.00009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1874  hypothetical protein  29.75 
 
 		 703 aa  50.1  0.0001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.75491  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003897  hypothetical protein  27.92 
 
 		 643 aa  49.7  0.0001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0143  ATP-dependent OLD family endonuclease  22.9 
 
 		 681 aa  49.3  0.0002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.128728  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0794  ATP-dependent OLD family endonuclease  42.86 
 
 		 647 aa  49.3  0.0002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3008  hypothetical protein  25.51 
 
 		 582 aa  48.9  0.0003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.568683  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0046  GTP-binding protein LepA  27.56 
 
 		 276 aa  48.9  0.0003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0304076  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6911  ATP-dependent OLD family endonuclease  24.73 
 
 		 669 aa  48.9  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0857845  hitchhiker  0.000559752 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4970  ATP-dependent OLD family endonuclease  23.45 
 
 		 677 aa  48.5  0.0004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00358529 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2791  ATP-dependent OLD family endonuclease  23.45 
 
 		 677 aa  48.5  0.0004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0639956 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1218  SMC domain protein  43.14 
 
 		 877 aa  48.1  0.0005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0753  ATP-dependent OLD family endonuclease  27.54 
 
 		 594 aa  48.1  0.0005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.362493  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3828  hypothetical protein  36.23 
 
 		 604 aa  47.8  0.0006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.220846  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2624  hypothetical protein  29.55 
 
 		 505 aa  47.4  0.0007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1600  ATPase  44.64 
 
 		 427 aa  47.4  0.0008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0426773  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3144  SMC (structural maintenance of chromosomes) family protein  32.26 
 
 		 682 aa  47.4  0.0008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.872592  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0766  SMC domain protein  29.27 
 
 		 623 aa  47.4  0.0008  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  hitchhiker  0.000557605  normal  0.0228262 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1387  ATP-dependent OLD family endonuclease  22.67 
 
 		 550 aa  46.6  0.001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.398618  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4435  hypothetical protein  41.18 
 
 		 885 aa  46.6  0.001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.149901  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2540  hypothetical protein  30.32 
 
 		 593 aa  47  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.183963  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1535  hypothetical protein  22.95 
 
 		 457 aa  46.6  0.001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0565  hypothetical protein  27.32 
 
 		 556 aa  46.2  0.002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2256  hypothetical protein  39.22 
 
 		 883 aa  46.2  0.002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0674  hypothetical protein  26.51 
 
 		 591 aa  46.2  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.787225  normal  0.308405 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00444  recombination protein F  47.83 
 
 		 357 aa  45.8  0.002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0626  SMC domain protein  30.97 
 
 		 439 aa  45.8  0.002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0378  SMC domain protein  32.54 
 
 		 430 aa  45.8  0.002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1891  SMC domain protein  21.26 
 
 		 628 aa  45.4  0.003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6476  ATP-dependent endonuclease, OLD family  25.9 
 
 		 762 aa  45.4  0.003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2666  hypothetical protein  25.42 
 
 		 553 aa  45.4  0.003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1709  SMC domain protein  25.15 
 
 		 584 aa  45.4  0.003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  decreased coverage  0.000133048  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1102  hypothetical protein  44.19 
 
 		 411 aa  45.1  0.004  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.89522  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3314  hypothetical protein  22.84 
 
 		 654 aa  45.1  0.004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.949501  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0093  conserved hypothetical protein  19.43 
 
 		 495 aa  44.7  0.005  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.123292  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3887  hypothetical protein  25.49 
 
 		 546 aa  44.7  0.005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.333396  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3525  ATP-dependent exoDNAse beta subunit  22.83 
 
 		 657 aa  44.7  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.297188  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0011  recombination protein F  45.65 
 
 		 359 aa  44.7  0.005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.10983  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0640  ATP-dependent endonuclease of the OLD family-like protein  24.24 
 
 		 601 aa  44.7  0.005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>