57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_1218 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014158  Tpau_1218  SMC domain protein  100 
 
 
877 aa  1686    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2256  hypothetical protein  33.56 
 
 
883 aa  299  2e-79  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11304  hypothetical protein  34.26 
 
 
875 aa  290  6e-77  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3934  hypothetical protein  38.83 
 
 
877 aa  166  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4008  hypothetical protein  38.83 
 
 
877 aa  166  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3949  hypothetical protein  38.83 
 
 
877 aa  165  3e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.028786 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4435  hypothetical protein  46.82 
 
 
885 aa  165  4.0000000000000004e-39  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.149901  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23970  hypothetical protein  45.24 
 
 
874 aa  148  4.0000000000000006e-34  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0772565  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2464  hypothetical protein  34.55 
 
 
1051 aa  145  4e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1236  putative GTP-binding protein  37.56 
 
 
874 aa  100  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0710819  normal  0.307614 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5376  SMC domain protein  37.06 
 
 
874 aa  97.1  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.558222  normal  0.369083 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1788  DNA repair ATPase-like protein  27.14 
 
 
901 aa  83.2  0.00000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.284461  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1763  SMC domain-containing protein  38.26 
 
 
880 aa  83.2  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0913667  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0398  putative GTP-binding protein  35.44 
 
 
878 aa  80.1  0.0000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.126462  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1226  GTP-binding protein  34.64 
 
 
875 aa  77.8  0.0000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5217  putative GTP-binding protein  36.18 
 
 
878 aa  74.7  0.000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.81586  normal  0.196826 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1938  SMC domain protein  35.61 
 
 
946 aa  73.9  0.00000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0907  hypothetical protein  42.5 
 
 
873 aa  73.2  0.00000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00680218  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5391  SMC domain protein  43.93 
 
 
875 aa  70.1  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.60819  normal 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4996  hypothetical protein  28.14 
 
 
881 aa  67.4  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.96047  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3042  putative GTP-binding protein  38.13 
 
 
880 aa  66.6  0.000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2572  hypothetical protein  36.3 
 
 
870 aa  66.2  0.000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.257377  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1688  SMC domain protein  26.58 
 
 
892 aa  63.2  0.00000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.319836  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_13301  RecF protein:ABC transporter  38.1 
 
 
918 aa  60.1  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.639467 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3142  DNA repair ATPase-like protein  39.36 
 
 
875 aa  60.1  0.0000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.49947  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0995  DNA repair ATPase-like protein  29.7 
 
 
910 aa  60.1  0.0000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.923551 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2302  SMC domain-containing protein  31 
 
 
880 aa  53.5  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0512218 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2412  SMC protein-like protein  38.89 
 
 
883 aa  52.4  0.00004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00784167  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2166  SMC domain-containing protein  27.64 
 
 
1249 aa  51.6  0.00007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6451  exonuclease SbcC  29.24 
 
 
1291 aa  51.2  0.00008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0663249  normal  0.0228854 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2214  DNA replication and repair protein RecF  43.1 
 
 
394 aa  51.2  0.00008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00444262 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0434  DNA replication and repair protein RecF  39.34 
 
 
392 aa  50.1  0.0002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.626531  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0545  ATP-dependent OLD family endonuclease  54.17 
 
 
615 aa  50.1  0.0002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0378  SMC domain protein  43.75 
 
 
430 aa  48.5  0.0005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2436  DNA replication and repair protein RecF  41.38 
 
 
398 aa  48.1  0.0006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.532549  normal  0.0198697 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0165  hypothetical protein  35.62 
 
 
595 aa  48.5  0.0006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.820724 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3602  DNA repair protein RecN  29.8 
 
 
557 aa  48.1  0.0007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00779581 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0821  SMC domain-containing protein  28.51 
 
 
917 aa  47.8  0.0008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0839342 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0627  exonuclease  32.28 
 
 
995 aa  47.4  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.246624  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1300  SMC domain-containing protein  45.83 
 
 
852 aa  47.4  0.001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.975813  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1098  SMC domain-containing protein  35.35 
 
 
917 aa  47.4  0.001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.920672  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1155  SMC domain-containing protein  45.83 
 
 
852 aa  47.4  0.001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0003  DNA replication and repair protein RecF  44.68 
 
 
382 aa  46.6  0.002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00040  DNA replication and repair protein RecF  44.78 
 
 
390 aa  46.6  0.002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0103  hypothetical protein  30.43 
 
 
711 aa  46.6  0.002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2264  hypothetical protein  31.87 
 
 
1157 aa  46.2  0.003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1248  hypothetical protein  29.28 
 
 
888 aa  45.8  0.003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.836772  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1746  hypothetical protein  37.31 
 
 
1065 aa  45.8  0.003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1246  hypothetical protein  33.67 
 
 
1354 aa  45.4  0.004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0886  ATP-dependent endonuclease of the OLD family-like protein  36.17 
 
 
579 aa  45.8  0.004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0477165  normal  0.341394 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4083  ATP-dependent OLD family endonuclease  42.86 
 
 
566 aa  45.8  0.004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.186045  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0794  ATP-dependent OLD family endonuclease  41.67 
 
 
647 aa  45.1  0.005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3540  hypothetical protein  29.25 
 
 
1153 aa  44.7  0.007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.678932 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2640  hypothetical protein  40 
 
 
887 aa  44.7  0.008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.24246  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2596  hypothetical protein  40 
 
 
887 aa  44.7  0.008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.889024  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3624  hypothetical protein  37.36 
 
 
1351 aa  44.7  0.008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0480  hypothetical protein  31.46 
 
 
1194 aa  44.3  0.01  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>