More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smal_0177 on replicon NC_011071
Organism: Stenotrophomonas maltophilia R551-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011071  Smal_0177  pseudouridine synthase  100 
 
 		 253 aa  512  1e-144  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02767  tRNA pseudouridine synthase C  81.22 
 
 		 238 aa  370  1e-101  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.175179  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0611  pseudouridine synthase  42.37 
 
 		 241 aa  196  4.0000000000000005e-49  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3160  RNA pseudouridine synthase family protein  47.03 
 
 		 250 aa  189  5e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.466098  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2869  tRNA pseudouridine synthase C  44.92 
 
 		 242 aa  185  5e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0279  pseudouridine synthase  41.95 
 
 		 252 aa  183  2.0000000000000003e-45  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000931063  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0411  tRNA pseudouridine synthase C  42.37 
 
 		 244 aa  181  8.000000000000001e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0267  tRNA pseudouridine synthase C  44.73 
 
 		 270 aa  180  2e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1955  tRNA pseudouridine synthase C  45.92 
 
 		 246 aa  180  2e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0419985 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0854  tRNA pseudouridine synthase C  41.7 
 
 		 234 aa  177  2e-43  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000219419  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1054  tRNA pseudouridine synthase C  44.98 
 
 		 235 aa  177  2e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0713  tRNA pseudouridine synthase C  37.8 
 
 		 263 aa  174  9.999999999999999e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.772217  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1821  pseudouridylate synthase  42.4 
 
 		 256 aa  173  1.9999999999999998e-42  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3220  transaldolase  40.86 
 
 		 648 aa  173  2.9999999999999996e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03241  tRNA pseudouridine synthase C  37.92 
 
 		 255 aa  171  9e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002742  tRNA pseudouridine synthase C  37.86 
 
 		 256 aa  171  1e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.766432  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3244  tRNA pseudouridine synthase C  40.43 
 
 		 261 aa  168  8e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.392486 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2987  tRNA pseudouridine synthase C  40.51 
 
 		 261 aa  167  1e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3406  pseudouridine synthase  39.5 
 
 		 244 aa  166  2.9999999999999998e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0321433 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3171  tRNA pseudouridine synthase C  40.25 
 
 		 260 aa  165  5e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0935  tRNA pseudouridine synthase C  38.98 
 
 		 266 aa  164  9e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00065013  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3366  tRNA pseudouridine synthase C  39.24 
 
 		 261 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.116388  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0254  pseudouridine synthase  43.97 
 
 		 249 aa  163  3e-39  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1214  pseudouridine synthase  42.44 
 
 		 256 aa  162  4.0000000000000004e-39  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0262969  normal  0.0773079 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02636  tRNA pseudouridine synthase  39.41 
 
 		 260 aa  162  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.908245  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0897  pseudouridine synthase  39.41 
 
 		 260 aa  162  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0921  tRNA pseudouridine synthase C  39.41 
 
 		 260 aa  162  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2935  tRNA pseudouridine synthase C  39.41 
 
 		 260 aa  162  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4054  tRNA pseudouridine synthase C  39.41 
 
 		 260 aa  162  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3095  tRNA pseudouridine synthase C  39.41 
 
 		 260 aa  162  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.352774  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3081  tRNA pseudouridine synthase C  39.41 
 
 		 260 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.495199  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2931  tRNA pseudouridine synthase C  39.41 
 
 		 260 aa  162  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.980626 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02598  hypothetical protein  39.41 
 
 		 260 aa  162  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.908938  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1060  tRNA pseudouridine synthase C  37.45 
 
 		 257 aa  161  9e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.323786  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1007  tRNA pseudouridine synthase C  37.45 
 
 		 257 aa  161  9e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.228386  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3441  tRNA pseudouridine synthase C  37.45 
 
 		 257 aa  161  9e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3289  pseudouridine synthase  39.02 
 
 		 285 aa  160  2e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.629665  hitchhiker  0.00000299463 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2110  pseudouridine synthase  42.13 
 
 		 245 aa  160  2e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3169  pseudouridylate synthase  37.11 
 
 		 278 aa  159  3e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3796  tRNA pseudouridine synthase C  39.15 
 
 		 256 aa  159  3e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000461215 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2643  pseudouridylate synthase  38.28 
 
 		 273 aa  159  3e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.998826 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3124  tRNA pseudouridine synthase C  38.98 
 
 		 260 aa  159  4e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.756442 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3286  tRNA pseudouridine synthase C  38.98 
 
 		 260 aa  158  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.195915  normal  0.923379 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3106  tRNA pseudouridine synthase C  38.98 
 
 		 260 aa  157  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3171  tRNA pseudouridine synthase C  38.98 
 
 		 260 aa  157  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.316896  normal  0.156294 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3187  tRNA pseudouridine synthase C  38.98 
 
 		 260 aa  158  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.719199 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2358  pseudouridine synthase  37.72 
 
 		 225 aa  157  1e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0324179  normal  0.496956 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1131  pseudouridylate synthase  39.34 
 
 		 258 aa  158  1e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2891  pseudouridine synthase  38 
 
 		 284 aa  155  4e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0076  pseudouridine synthase  37.55 
 
 		 228 aa  155  6e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.694832  normal  0.499098 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2911  pseudouridine synthase  35.63 
 
 		 287 aa  155  8e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.131097  normal  0.387721 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1472  pseudouridine synthase  35.63 
 
 		 287 aa  155  8e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.329833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1436  pseudouridine synthase  35.63 
 
 		 287 aa  155  8e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3329  pseudouridine synthase  42.31 
 
 		 245 aa  155  8e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.346808  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1442  pseudouridine synthase  35.63 
 
 		 287 aa  154  9e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03037  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  38.07 
 
 		 265 aa  151  8.999999999999999e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2824  tRNA pseudouridine synthase C  36.43 
 
 		 284 aa  151  8.999999999999999e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2650  tRNA pseudouridine synthase C  36.86 
 
 		 284 aa  150  2e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1262  pseudouridylate synthase  37.39 
 
 		 293 aa  150  2e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.308846  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2717  tRNA pseudouridine synthase C  36.72 
 
 		 284 aa  149  3e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3184  pseudouridylate synthase  35.44 
 
 		 252 aa  149  5e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.575849  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1546  pseudouridylate synthase  38.72 
 
 		 298 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1339  pseudouridylate synthase  37.08 
 
 		 275 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2894  tRNA pseudouridine synthase C  41.2 
 
 		 261 aa  144  1e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1355  pseudouridine synthase  43.33 
 
 		 268 aa  143  3e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.420116  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2505  tRNA pseudouridine synthase C  43.33 
 
 		 268 aa  143  3e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.246785  normal  0.0153229 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2478  pseudouridine synthase  40.62 
 
 		 319 aa  142  4e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.383615 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2278  tRNA pseudouridine synthase C  41.63 
 
 		 277 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0554113  hitchhiker  0.00000285246 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3296  pseudouridine synthase  42.25 
 
 		 258 aa  133  3e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3649  tRNA pseudouridine synthase C  31.25 
 
 		 304 aa  132  5e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2205  pseudouridine synthase  37.26 
 
 		 242 aa  130  1.0000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.323157 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.82 
 
 		 316 aa  108  9.000000000000001e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1312  RluA family pseudouridine synthase  34.89 
 
 		 350 aa  107  2e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.37 
 
 		 318 aa  105  6e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0268386  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25580  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.4 
 
 		 318 aa  105  6e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.050794  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1241  RluA family pseudouridine synthase  36.51 
 
 		 325 aa  104  1e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14830  Pseudouridine synthase, RluC  34.88 
 
 		 278 aa  104  1e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.300608  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1654  pseudouridine synthase  31.3 
 
 		 286 aa  104  1e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.142786 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0090  pseudouridine synthase, RluA family  34.4 
 
 		 349 aa  103  2e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.768556 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2290  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.4 
 
 		 360 aa  102  6e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1620  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.74 
 
 		 332 aa  102  7e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00181118  normal  0.877955 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0565  RluA family pseudouridine synthase  32.75 
 
 		 306 aa  102  8e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.789528  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2083  RluA family pseudouridine synthase  31.12 
 
 		 326 aa  101  9e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1648  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.2 
 
 		 327 aa  101  1e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.141846  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1000  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.71 
 
 		 326 aa  100  2e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1593  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.57 
 
 		 315 aa  100  2e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.102826  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1639  pseudouridine synthase, RluD  33.6 
 
 		 318 aa  100  3e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.289887 
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_12940  predicted protein  35.55 
 
 		 200 aa  99.8  3e-20  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3840  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.93 
 
 		 318 aa  99.8  4e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.283554  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0966  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.71 
 
 		 318 aa  99.8  4e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.948591  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3808  RluA family pseudouridine synthase  34.62 
 
 		 333 aa  99  6e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0127606  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1482  RluA family pseudouridine synthase  35.43 
 
 		 333 aa  99  6e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00286389  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1517  RluA family pseudouridine synthase  35.4 
 
 		 333 aa  99  7e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0000147946  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0657  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.59 
 
 		 320 aa  98.6  8e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.422678 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0730  RluA family pseudouridine synthase  32.89 
 
 		 327 aa  98.2  1e-19  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0504919  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1563  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.75 
 
 		 322 aa  97.4  2e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.151804 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4165  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.33 
 
 		 320 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0336491  normal  0.921895 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1019  RluA family pseudouridine synthase  30.64 
 
 		 330 aa  97.4  2e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.798058 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2301  pseudouridine synthase, RluD  32.63 
 
 		 318 aa  97.1  2e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00163378  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1777  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.48 
 
 		 328 aa  97.4  2e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00553261  decreased coverage  0.000101871 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>