More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3330 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_3330  diguanylate cyclase  100 
 
 		 401 aa  806    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0301  diguanylate cyclase  50.52 
 
 		 389 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0296  diguanylate cyclase  50.26 
 
 		 389 aa  397  1e-109  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0897488  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0297  diguanylate cyclase  50.26 
 
 		 389 aa  398  1e-109  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0289  diguanylate cyclase  50.26 
 
 		 389 aa  394  1e-108  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4425  GGDEF family protein  46.65 
 
 		 435 aa  383  1e-105  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0284  diguanylate cyclase  47.41 
 
 		 391 aa  371  1e-101  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.879349  unclonable  0.0000000000722624 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3737  diguanylate cyclase  46.89 
 
 		 391 aa  366  1e-100  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.319757  hitchhiker  0.00976865 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3537  GGDEF family protein  42.52 
 
 		 393 aa  300  3e-80  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0093  diguanylate cyclase  42.19 
 
 		 426 aa  286  5.999999999999999e-76  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4956  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.48 
 
 		 324 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0364888 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0014  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.02 
 
 		 312 aa  154  4e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.927772  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5509  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.93 
 
 		 326 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.872831  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5684  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.48 
 
 		 313 aa  151  3e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.656373  hitchhiker  0.00195148 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5175  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.48 
 
 		 313 aa  151  3e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4551  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.48 
 
 		 313 aa  150  4e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.111866  normal  0.524526 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  33.21 
 
 		 451 aa  149  9e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3170  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.39 
 
 		 312 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0256904  normal  0.861805 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4141  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.7 
 
 		 312 aa  143  5e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.812185  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.77 
 
 		 772 aa  143  6e-33  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  43.18 
 
 		 495 aa  142  7e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  43.68 
 
 		 227 aa  142  7e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7026  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.85 
 
 		 312 aa  142  9e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.398098  hitchhiker  0.000000633587 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1789  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.56 
 
 		 794 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.993763  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1609  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.11 
 
 		 796 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.248445 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0259  diguanylate cyclase  43.02 
 
 		 339 aa  141  1.9999999999999998e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0009  diguanylate cyclase  44.24 
 
 		 312 aa  140  4.999999999999999e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214527  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2077  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 382 aa  140  6e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.793636  normal  0.406002 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2110  PAS:GGDEF  40 
 
 		 796 aa  139  8.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.172113  normal  0.0218284 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1616  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40 
 
 		 796 aa  139  8.999999999999999e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405684 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2097  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40 
 
 		 800 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.115037 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0569  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 403 aa  138  1e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2363  GGDEF domain-containing protein  41.44 
 
 		 311 aa  138  1e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.282615  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.68 
 
 		 610 aa  139  1e-31  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3642  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40 
 
 		 796 aa  139  1e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127426  normal  0.751556 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  31.97 
 
 		 487 aa  138  2e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2313  sensory box/GGDEF domain protein  40.78 
 
 		 323 aa  137  2e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.447231  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2567  diguanylate cyclase  32.49 
 
 		 397 aa  138  2e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  41.85 
 
 		 373 aa  138  2e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  42.31 
 
 		 495 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  40.22 
 
 		 689 aa  137  5e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0797  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 408 aa  136  6.0000000000000005e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.71948  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2105  GGDEF domain-containing protein  41.44 
 
 		 311 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1413  diguanylate cyclase  41.44 
 
 		 311 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.195928  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1493  GGDEF domain-containing protein  41.44 
 
 		 311 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00779791  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2399  diguanylate cyclase  41.44 
 
 		 311 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.291213  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 432 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3165  diguanylate cyclase  41.44 
 
 		 311 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1133  diguanylate cyclase  41.44 
 
 		 311 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.047255  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3279  diguanylate cyclase  41.44 
 
 		 311 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0418707  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.03 
 
 		 457 aa  134  3e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  35.43 
 
 		 364 aa  133  5e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1770  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.45 
 
 		 769 aa  133  5e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0395066  normal  0.809527 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0119  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.7 
 
 		 324 aa  133  5e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.969085  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  40.99 
 
 		 457 aa  133  6e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  42.26 
 
 		 565 aa  133  6.999999999999999e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 459 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2407  diguanylate cyclase  37.99 
 
 		 364 aa  132  1.0000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1391  diguanylate cyclase  34.8 
 
 		 353 aa  132  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.723857  hitchhiker  0.0000000000000157902 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2511  diguanylate cyclase  34.11 
 
 		 686 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.315227  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0690  diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 471 aa  131  2.0000000000000002e-29  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  33.47 
 
 		 659 aa  131  2.0000000000000002e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1595  response regulator receiver domain-containing protein  38.5 
 
 		 234 aa  131  2.0000000000000002e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000347977  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  39.11 
 
 		 736 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1815  diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 379 aa  131  2.0000000000000002e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.404044 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1526  diguanylate cyclase  40.43 
 
 		 622 aa  130  3e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.480144  normal  0.0382354 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0157  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 917 aa  130  3e-29  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  38.98 
 
 		 540 aa  131  3e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0886  diguanylate cyclase  29.01 
 
 		 391 aa  130  3e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0459194 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1030  diguanylate cyclase  29.01 
 
 		 391 aa  130  3e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.12052 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2652  diguanylate cyclase  39.44 
 
 		 559 aa  130  4.0000000000000003e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.261673 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1290  diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 491 aa  130  5.0000000000000004e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.04 
 
 		 301 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0600  response regulator receiver protein  40.57 
 
 		 301 aa  129  9.000000000000001e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  43.9 
 
 		 343 aa  129  1.0000000000000001e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3066  GGDEF domain-containing protein  39.31 
 
 		 466 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1551  GGDEF domain-containing protein  39.31 
 
 		 466 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1449  diguanylate cyclase  39.31 
 
 		 466 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0508  GGDEF domain-containing protein  39.31 
 
 		 454 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2824  GGDEF domain-containing protein  40.24 
 
 		 628 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  39.75 
 
 		 457 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1418  diguanylate cyclase  39.31 
 
 		 466 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  40.94 
 
 		 457 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2442  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.95 
 
 		 316 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.103678  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0645  GGDEF domain-containing protein  39.31 
 
 		 454 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1222  GGDEF domain-containing protein  39.31 
 
 		 466 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 490 aa  129  1.0000000000000001e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.25 
 
 		 505 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3168  diguanylate cyclase  41.46 
 
 		 362 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2477  hypothetical protein  39.77 
 
 		 273 aa  128  2.0000000000000002e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.21 
 
 		 424 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1846  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.01 
 
 		 314 aa  128  2.0000000000000002e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  40.94 
 
 		 457 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 422 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2518  diguanylate cyclase  34.63 
 
 		 372 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.165269  normal  0.0137006 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1253  cellulose synthesis regulatory protein  38.76 
 
 		 570 aa  127  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.839594 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0165  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.42 
 
 		 710 aa  127  3e-28  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.683683  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2150  cellulose synthesis regulatory protein  38.76 
 
 		 570 aa  127  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.297138  normal  0.0131316 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2146  cellulose synthesis regulatory protein  38.76 
 
 		 570 aa  127  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.256949  normal  0.163286 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1132  cellulose synthesis regulatory protein  38.76 
 
 		 570 aa  127  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000012809  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>