81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2655 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_2655  agarase  100 
 
 		 1335 aa  2756    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0452542  normal  0.27666 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2341  agarase  31.32 
 
 		 1171 aa  289  2e-76  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.384937  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2650  agarase  30.36 
 
 		 787 aa  286  2.0000000000000002e-75  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000351829  normal  0.0319277 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1904  agarase  27.46 
 
 		 688 aa  225  3e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.407826  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1175  agarase  39.06 
 
 		 598 aa  183  2e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000000000232044  unclonable  0.000000011081 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0839  Ig-like, group 2  27.93 
 
 		 983 aa  111  8.000000000000001e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0210  OmpA/MotB  40.71 
 
 		 314 aa  101  8e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0342  thrombospondin type 3 repeat-containing OmpA/MotB protein  36.22 
 
 		 447 aa  101  1e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000185785  hitchhiker  3.89536e-20 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0547  hypothetical protein  39.87 
 
 		 420 aa  98.6  7e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1393  thiol oxidoreductase-like  43.75 
 
 		 1707 aa  97.1  2e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.619739  normal  0.222979 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1811  OmpA/MotB domain-containing protein  42.11 
 
 		 322 aa  95.1  9e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.000000000728339  normal  0.835393 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2377  outer membrane protein/peptidoglycan-associated (lipo)proteins  33.33 
 
 		 427 aa  90.5  2e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.07612e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2532  OmpA/MotB  41.79 
 
 		 319 aa  89  6e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  unclonable  0.0000000000651702  n/a   
 
 
 
NC_008740  Maqu_3656  OmpA/MotB domain-containing protein  46.74 
 
 		 401 aa  84.3  0.00000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0655983  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0441  OmpA/MotB domain-containing protein  44.76 
 
 		 417 aa  83.2  0.00000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.00000000726931  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1798  OmpA/MotB  47.96 
 
 		 294 aa  79.7  0.0000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.797204  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0360  OmpA domain-containing protein  45.26 
 
 		 429 aa  79.3  0.0000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00108723  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0181  OmpA/MotB domain protein  41.24 
 
 		 428 aa  77.8  0.000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.0000218101  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2454  outer membrane protein  47.56 
 
 		 402 aa  73.6  0.00000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4901  hypothetical protein  31.82 
 
 		 1987 aa  69.3  0.0000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.958107  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3003  hypothetical protein  22.02 
 
 		 1167 aa  68.9  0.0000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.25795  hitchhiker  0.000812606 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3770  OmpA/MotB domain-containing protein  34.46 
 
 		 440 aa  68.6  0.0000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1657  opacity protein/surface antigen  40.82 
 
 		 290 aa  68.6  0.0000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.92077e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3716  glycosy hydrolase family protein  50.75 
 
 		 1918 aa  66.6  0.000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.442328  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3591  HAD family hydrolase  37.07 
 
 		 380 aa  66.2  0.000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000168113  normal  0.23721 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2832  hypothetical protein  23.81 
 
 		 877 aa  65.9  0.000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0897926  normal  0.0109857 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2080  OmpA/MotB  36.79 
 
 		 366 aa  65.9  0.000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0250  OmpA/MotB  42.47 
 
 		 368 aa  64.7  0.00000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000280448  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0586  OmpA domain-containing protein  48.53 
 
 		 381 aa  63.2  0.00000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000977039  normal  0.0156715 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3747  OmpA/MotB family outer membrane protein  41.84 
 
 		 542 aa  61.6  0.00000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.598443  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2929  hypothetical protein  24.39 
 
 		 673 aa  61.6  0.00000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2494  hypothetical protein  25.61 
 
 		 610 aa  61.2  0.0000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3804  OmpA/MotB domain protein  41.84 
 
 		 543 aa  60.5  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1528  ATPase  35.53 
 
 		 792 aa  60.1  0.0000003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    decreased coverage  0.00000000453148 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3786  OmpA/MotB domain protein  33.11 
 
 		 386 aa  60.1  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.432228  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3645  OmpA/MotB family outer membrane protein  31.76 
 
 		 412 aa  58.2  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.340454  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3703  OmpA/MotB domain protein  31.76 
 
 		 386 aa  56.2  0.000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.150466  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1404  cellulase  47.69 
 
 		 457 aa  55.5  0.000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.690204  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3888  OmpA/MotB domain protein  39.8 
 
 		 544 aa  55.1  0.000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.457406  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5477  OmpA/MotB domain protein  31.98 
 
 		 637 aa  54.3  0.00001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.650705  normal  0.203536 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1692  hypothetical protein  50 
 
 		 347 aa  53.5  0.00003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.65025  normal  0.304254 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0348  TonB-like protein  58.54 
 
 		 67 aa  52.4  0.00006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00176132  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4812  OmpA/MotB domain protein  34.29 
 
 		 1755 aa  52  0.00007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4033  OmpA/MotB domain protein  29.14 
 
 		 374 aa  52.4  0.00007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.659004  normal  0.277798 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4512  Carbohydrate binding family 6  19.56 
 
 		 1391 aa  52  0.00008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.472745 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4370  triple helix repeat-containing collagen  46.81 
 
 		 344 aa  51.6  0.00009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.324657  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0876  peptidase domain protein  33.83 
 
 		 843 aa  51.6  0.00009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0813  DNA-binding protein HU  45.45 
 
 		 208 aa  52  0.00009  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.911341  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1090  hypothetical protein  42.59 
 
 		 231 aa  51.2  0.0001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.224449  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2186  glycoside hydrolase family 18  25.85 
 
 		 536 aa  51.2  0.0001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0363978  hitchhiker  0.000898498 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1090  sporulation domain-containing protein  43.64 
 
 		 332 aa  51.6  0.0001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.438244 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1947  OmpA/MotB domain protein  35.46 
 
 		 490 aa  51.2  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.323456  normal  0.0242284 
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0106  surface layer domain protein  48.84 
 
 		 444 aa  50.4  0.0002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000000230469  hitchhiker  0.00000000000214595 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3905  Thrombospondin type 3 repeat protein  33.88 
 
 		 259 aa  50.8  0.0002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.161209 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03195  Thrombospondin type 3 repeat:OmpA/MotB  35.88 
 
 		 478 aa  50.8  0.0002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.889374  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2436  outer membrane protein  33.59 
 
 		 320 aa  50.4  0.0002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0697  OmpA/MotB domain-containing protein  32.02 
 
 		 487 aa  50.4  0.0002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0070  OmpA/MotB domain protein  39.77 
 
 		 458 aa  50.1  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.870169 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1516  hypothetical protein  42.86 
 
 		 367 aa  49.7  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0503822  normal  0.882647 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3164  OmpA/MotB domain protein  41.27 
 
 		 486 aa  50.4  0.0003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3480  regulator of polyketide synthase expression-like  58.14 
 
 		 539 aa  48.5  0.0008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000112  hypothetical protein  51.06 
 
 		 227 aa  48.1  0.001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1586  hypothetical protein  33.61 
 
 		 852 aa  47.8  0.001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0836  hypothetical protein  45.92 
 
 		 268 aa  47.4  0.002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000351202 
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0060  surface layer protein  48.84 
 
 		 484 aa  46.6  0.003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000340805  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1526  thrombospondin type 3 repeat-containing protein  33.12 
 
 		 722 aa  46.6  0.004  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    decreased coverage  0.00000000258397 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4651  Thrombospondin type 3 repeat protein  44.23 
 
 		 671 aa  46.2  0.004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0694576  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4403  hypothetical protein  62.86 
 
 		 440 aa  46.2  0.004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1873  carbohydrate-binding family 6 protein  24.4 
 
 		 1091 aa  46.2  0.005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00027012  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1944  TonB family protein  23.31 
 
 		 242 aa  45.8  0.006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1207  OmpA/MotB domain-containing protein  46.51 
 
 		 191 aa  45.4  0.006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000250814  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1284  OmpA/MotB domain protein  30.05 
 
 		 456 aa  45.8  0.006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4284  Carbohydrate binding family 6  26.47 
 
 		 705 aa  45.8  0.006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.162289  normal  0.0937971 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2321  OmpA/MotB domain-containing protein  36.52 
 
 		 727 aa  45.8  0.006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2301  TonB family protein  23.31 
 
 		 242 aa  45.8  0.006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1277  OmpA/MotB domain-containing protein  46.51 
 
 		 191 aa  45.4  0.007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00000882937  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1206  OmpA/MotB domain-containing protein  46.51 
 
 		 191 aa  45.4  0.007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000845715  normal  1 
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0079  surface layer protein  46.81 
 
 		 489 aa  45.1  0.008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2398  Carbohydrate binding family 6  27.19 
 
 		 1004 aa  45.1  0.009  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0137535  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2397  extensin family protein  42.22 
 
 		 362 aa  45.1  0.009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1631  sporulation domain-containing protein  54.35 
 
 		 525 aa  45.1  0.01  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.258294  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>