More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_1206 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_1206  OmpA/MotB domain-containing protein  100 
 
 
191 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000845715  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1277  OmpA/MotB domain-containing protein  98.43 
 
 
191 aa  394  1e-109  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00000882937  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1207  OmpA/MotB domain-containing protein  96.86 
 
 
191 aa  390  1e-108  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000250814  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3339  OmpA family protein  88.36 
 
 
196 aa  357  8e-98  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2674  OmpA/MotB domain-containing protein  78.95 
 
 
196 aa  311  2.9999999999999996e-84  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000176163  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3027  OmpA/MotB domain-containing protein  75.26 
 
 
196 aa  280  1e-74  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000232741  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1351  OmpA/MotB domain protein  75.26 
 
 
196 aa  280  1e-74  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000530028  unclonable  0.0000000000012991 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3170  OmpA/MotB domain-containing protein  75.26 
 
 
196 aa  280  1e-74  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0000129051  hitchhiker  0.0000476695 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3012  OmpA/MotB domain-containing protein  75.26 
 
 
196 aa  280  1e-74  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000126863  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1244  OmpA/MotB domain-containing protein  43.59 
 
 
189 aa  153  1e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.327925  normal  0.573303 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1344  OmpA/MotB domain-containing protein  42.47 
 
 
190 aa  142  2e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00124071  hitchhiker  0.0000223206 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1151  OmpA/MotB domain-containing protein  40.1 
 
 
234 aa  139  1.9999999999999998e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0260064  normal  0.0786224 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1358  OmpA/MotB  39.9 
 
 
209 aa  138  4.999999999999999e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000545475  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1139  OmpA/MotB domain-containing protein  43.17 
 
 
198 aa  137  1e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.528624  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2804  OmpA/MotB domain-containing protein  36.15 
 
 
215 aa  131  6e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2466  OmpA family protein  38.17 
 
 
187 aa  109  2.0000000000000002e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.352028  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3529  outer membrane protein OprF precursor  39.51 
 
 
350 aa  107  8.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0341835  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41570  major porin and structural outer membrane porin OprF precursor  39.51 
 
 
350 aa  107  8.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000484221  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23330  major outer membrane porin OprF  38.89 
 
 
351 aa  105  3e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0169824  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2097  thrombospondin type 3 repeat-containing OmpA/MotB protein  37.65 
 
 
344 aa  100  1e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.000000182424  decreased coverage  0.00163672 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2299  outer membrane porin OprF  37.65 
 
 
344 aa  98.6  5e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  unclonable  0.000000300566  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1600  OmpF family protein  36.42 
 
 
344 aa  98.2  6e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000517848  decreased coverage  0.00289016 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2089  OmpF family protein  36.42 
 
 
344 aa  98.2  7e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.437855  normal  0.0407434 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3651  OmpF family protein  36.42 
 
 
344 aa  98.2  7e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.0000349757  normal  0.525566 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1777  OmpF  37.65 
 
 
344 aa  98.2  7e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.000465517  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1798  OmpA/MotB  37.79 
 
 
294 aa  98.2  7e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.797204  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1158  OmpA/MotB domain-containing protein  37.35 
 
 
239 aa  97.1  2e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.112434  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4294  OmpA/MotB domain-containing protein  36.09 
 
 
239 aa  96.3  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1607  OmpF family protein  35.8 
 
 
345 aa  95.9  3e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00000281488  decreased coverage  0.0000000000176342 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6431  OmpA/MotB domain protein  36.53 
 
 
449 aa  95.5  4e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1143  OmpA/MotB domain-containing protein  36.69 
 
 
237 aa  93.6  1e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.667913 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2377  outer membrane protein/peptidoglycan-associated (lipo)proteins  32.94 
 
 
427 aa  94.4  1e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.07612e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0342  thrombospondin type 3 repeat-containing OmpA/MotB protein  35.4 
 
 
447 aa  93.6  1e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000185785  hitchhiker  3.89536e-20 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3656  OmpA/MotB domain-containing protein  33.72 
 
 
401 aa  94  1e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0655983  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1221  OmpA/MotB  36.09 
 
 
240 aa  93.2  2e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1423  OmpA/MotB domain-containing protein  37.28 
 
 
244 aa  93.2  2e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0509995  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1122  OmpA/MotB domain protein  35.54 
 
 
264 aa  90.5  1e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0205488  hitchhiker  0.00000560377 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3146  OmpA/MotB domain-containing protein  35.5 
 
 
373 aa  90.1  2e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000812337  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3545  OmpA family protein  34.91 
 
 
370 aa  90.1  2e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2966  OmpA/MotB domain-containing protein  35.5 
 
 
372 aa  90.1  2e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00146812  normal  0.498764 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3730  OmpA/MotB domain protein  34.13 
 
 
440 aa  89  4e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.331233  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1090  OmpA/MotB domain-containing protein  31.29 
 
 
367 aa  89  4e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000322286  normal  0.0373781 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3048  OmpA/MotB domain-containing protein  34.91 
 
 
372 aa  89  4e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00212901  normal  0.16507 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0914  OmpA/MotB  32.53 
 
 
368 aa  88.2  7e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.412467  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0360  OmpA domain-containing protein  34.08 
 
 
429 aa  87.4  1e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00108723  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2532  OmpA/MotB  30.99 
 
 
319 aa  87  1e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  unclonable  0.0000000000651702  n/a   
 
 
 
NC_007498  Pcar_0547  hypothetical protein  34.91 
 
 
420 aa  87.8  1e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0913  outer membrane fibronectin-binding protein  35.54 
 
 
337 aa  87.4  1e-16  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0210  OmpA/MotB  33.94 
 
 
314 aa  86.7  2e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1045  OmpA/MotB domain-containing protein  35.5 
 
 
363 aa  86.7  2e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000183072  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4295  OmpA/MotB domain-containing protein  34.57 
 
 
230 aa  85.9  3e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.331314  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1220  OmpA/MotB  34.78 
 
 
231 aa  85.5  4e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0441  OmpA/MotB domain-containing protein  32.1 
 
 
417 aa  84.7  7e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.00000000726931  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1121  OmpA/MotB domain protein  32.92 
 
 
230 aa  84.7  8e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.372182  hitchhiker  0.00000554839 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0181  OmpA/MotB domain protein  31.82 
 
 
428 aa  84.7  8e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.0000218101  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1146  OmpA/MotB domain-containing protein  34.91 
 
 
369 aa  84.7  8e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00262556  normal  0.603197 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1157  OmpA/MotB domain-containing protein  32.92 
 
 
230 aa  84.7  8e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.239161  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1050  OmpA/MotB domain-containing protein  34.32 
 
 
366 aa  84.3  9e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0116313  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1995  OmpA/MotB domain-containing protein  36.69 
 
 
388 aa  84  0.000000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000205838  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0372  OmpA/MotB  30.77 
 
 
392 aa  84.3  0.000000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.0000120544  normal  0.0292595 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0379  OmpA/MotB domain-containing protein  32.56 
 
 
403 aa  83.2  0.000000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000108544  hitchhiker  0.000354369 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2546  OmpA/MotB domain-containing protein  31.06 
 
 
209 aa  83.6  0.000000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.031779 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1075  OmpA/MotB domain-containing protein  31.29 
 
 
365 aa  83.6  0.000000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3244  OmpA/MotB domain protein  33.73 
 
 
369 aa  82.8  0.000000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0107614  hitchhiker  0.00411399 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1112  OmpA/MotB domain-containing protein  33.73 
 
 
369 aa  82.8  0.000000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00190106  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0338  outer membrane protein  30.77 
 
 
394 aa  82  0.000000000000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000725554  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0586  OmpA domain-containing protein  33.33 
 
 
381 aa  81.6  0.000000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000977039  normal  0.0156715 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1142  OmpA/MotB domain-containing protein  32.5 
 
 
230 aa  81.6  0.000000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.679829 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1422  OmpA/MotB domain-containing protein  39.6 
 
 
210 aa  81.3  0.000000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0642505  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1944  OmpA/MotB domain protein  32.93 
 
 
445 aa  80.9  0.00000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000859012 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0739  outer membrane fibronectin-binding protein  33.33 
 
 
337 aa  80.9  0.00000000000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.306148  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0389  outer membrane fibronectin-binding protein  34.12 
 
 
345 aa  80.1  0.00000000000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1599  outer membrane fibronectin-binding protein  35.4 
 
 
333 aa  80.1  0.00000000000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  unclonable  0.00000000197596  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3591  HAD family hydrolase  32.92 
 
 
380 aa  79.7  0.00000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000168113  normal  0.23721 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2732  OmpA/MotB  30.95 
 
 
373 aa  80.1  0.00000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.262387  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4333  OmpA/MotB domain-containing protein  39.25 
 
 
454 aa  79.7  0.00000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000720866  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3804  OmpA/MotB domain protein  33.53 
 
 
543 aa  79.3  0.00000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1281  OmpA/MotB domain-containing protein  29.63 
 
 
367 aa  79  0.00000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000128179  normal  0.0324976 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0810  OmpA domain-containing protein  36.72 
 
 
466 aa  79  0.00000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.716109  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3747  OmpA/MotB family outer membrane protein  34.12 
 
 
542 aa  79  0.00000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.598443  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1814  OmpA/MotB domain protein  31.48 
 
 
376 aa  78.6  0.00000000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.0000000102046  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1506  ompA family protein  37.38 
 
 
260 aa  78.2  0.00000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4592  OmpA/MotB domain-containing protein  42.31 
 
 
296 aa  77  0.0000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0163  OmpA/MotB domain protein  50 
 
 
223 aa  77  0.0000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3363  OmpA/MotB domain-containing protein  39.25 
 
 
261 aa  77  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2454  outer membrane protein  32.29 
 
 
402 aa  76.3  0.0000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0382  OmpA/MotB domain protein  38.83 
 
 
459 aa  77  0.0000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1689  OmpA family protein  39.6 
 
 
352 aa  76.6  0.0000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.000000000195152  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2733  OmpA/MotB  31.93 
 
 
377 aa  76.6  0.0000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0140281  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4220  OmpA/MotB domain-containing protein  39.25 
 
 
263 aa  76.3  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.956448  normal  0.667838 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0388  OmpA/MotB domain protein  37.86 
 
 
459 aa  75.9  0.0000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.134908  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2321  OmpA/MotB domain-containing protein  30.05 
 
 
727 aa  76.3  0.0000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3888  OmpA/MotB domain protein  33.53 
 
 
544 aa  76.3  0.0000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.457406  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2436  outer membrane protein  32.78 
 
 
320 aa  75.9  0.0000000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2899  OmpA/MotB domain-containing protein  30.72 
 
 
376 aa  76.3  0.0000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1967  OmpA/MotB domain-containing protein  28.16 
 
 
213 aa  75.5  0.0000000000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4033  OmpA/MotB domain protein  30.95 
 
 
374 aa  75.5  0.0000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.659004  normal  0.277798 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1091  OmpA/MotB domain protein  31.29 
 
 
375 aa  75.5  0.0000000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1316  OmpA/MotB  36.45 
 
 
260 aa  75.5  0.0000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00375724 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0154  OmpA/MotB domain protein  32.93 
 
 
445 aa  75.5  0.0000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.436369  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>