102 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3960 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2097  twin-arginine translocation pathway signal  92.97 
 
 		 441 aa  840    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.380982  hitchhiker  0.00612544 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3646  twin-arginine translocation pathway signal  73.02 
 
 		 441 aa  665    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.17089  normal  0.182494 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3322  twin-arginine translocation pathway signal  93.88 
 
 		 441 aa  847    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3554  putative ABC transporter periplasmic-binding protein  82.5 
 
 		 440 aa  752    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.263542  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3960  extracellular solute-binding protein family 1  100 
 
 		 441 aa  910    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0822  extracellular solute-binding protein  59.95 
 
 		 436 aa  555  1e-157  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2892  extracellular solute-binding protein  64.22 
 
 		 436 aa  548  1e-155  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.528841  normal  0.189719 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1413  extracellular solute-binding protein family 1  60.09 
 
 		 436 aa  551  1e-155  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0531  extracellular solute-binding protein family 1  58.49 
 
 		 437 aa  526  1e-148  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1258  twin-arginine translocation pathway signal  48.17 
 
 		 442 aa  375  1e-102  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4328  extracellular solute-binding protein  44.47 
 
 		 434 aa  370  1e-101  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0170975 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5337  extracellular solute-binding protein family 1  42.26 
 
 		 434 aa  345  8e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.401132  normal  0.122337 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0502  extracellular solute-binding protein  40.91 
 
 		 437 aa  342  9e-93  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5713  extracellular solute-binding protein family 1  41.42 
 
 		 434 aa  337  2.9999999999999997e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.285791 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3119  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  26.88 
 
 		 442 aa  107  4e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.657036  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3227  extracellular solute-binding protein family 1  25.9 
 
 		 442 aa  98.6  2e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3313  extracellular solute-binding protein family 1  25.9 
 
 		 442 aa  98.6  2e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.778026  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1661  extracellular solute-binding protein  23.46 
 
 		 443 aa  93.6  6e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.407934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0011  twin-arginine translocation pathway signal  26.6 
 
 		 464 aa  92  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1206  twin-arginine translocation pathway signal  26.25 
 
 		 446 aa  80.1  0.00000000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2546  twin-arginine translocation pathway signal  23.4 
 
 		 461 aa  79.7  0.00000000000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2910  twin-arginine translocation pathway signal  22.96 
 
 		 490 aa  77.8  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0986419  normal  0.0603659 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4117  ABC transporter substrate-binding protein, periplasmic component  22.59 
 
 		 446 aa  76.3  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.16072  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0405  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  23.35 
 
 		 438 aa  74.3  0.000000000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6832  putative ABC transporter substrate-binding protein  23.42 
 
 		 460 aa  70.9  0.00000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0145789  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4188  extracellular solute-binding protein  23.19 
 
 		 465 aa  69.7  0.0000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0420  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  24.6 
 
 		 410 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0062  extracellular solute-binding protein  26.46 
 
 		 436 aa  68.6  0.0000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1420  extracellular solute-binding protein  23.64 
 
 		 424 aa  65.1  0.000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.979516  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7208  extracellular solute-binding protein family 1  24.6 
 
 		 410 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2959  extracellular solute-binding protein family 1  27.92 
 
 		 437 aa  64.3  0.000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4057  extracellular solute-binding protein  23.95 
 
 		 410 aa  63.9  0.000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3529  extracellular solute-binding protein  24.32 
 
 		 458 aa  63.5  0.000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00601615  normal  0.181904 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0068  extracellular solute-binding protein family 1  21.92 
 
 		 486 aa  63.2  0.000000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1619  extracellular solute-binding protein  25.3 
 
 		 450 aa  61.6  0.00000003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1393  extracellular solute-binding protein  24.54 
 
 		 461 aa  61.6  0.00000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.435309  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1243  extracellular solute-binding protein  23.53 
 
 		 461 aa  59.3  0.0000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0954  extracellular solute-binding protein  23.94 
 
 		 411 aa  59.7  0.0000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0970  extracellular solute-binding protein  23.94 
 
 		 411 aa  59.7  0.0000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000309876  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3687  extracellular solute-binding protein family 1  23.28 
 
 		 461 aa  59.3  0.0000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21150  carbohydrate-binding protein  24.62 
 
 		 428 aa  59.3  0.0000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.396929  normal  0.174783 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4395  extracellular solute-binding protein  23.1 
 
 		 420 aa  58.9  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.87283  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0591  extracellular solute-binding protein  20.98 
 
 		 421 aa  57.8  0.0000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0610101  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1991  extracellular solute-binding protein  27.22 
 
 		 455 aa  57  0.0000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.603432  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0954  extracellular solute-binding protein  22.03 
 
 		 399 aa  57  0.0000006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0450213  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0623  extracellular solute-binding protein family 1  25.94 
 
 		 428 aa  57  0.0000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.58509 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2733  extracellular solute-binding protein family 1  26.55 
 
 		 434 aa  57  0.0000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0602915  normal  0.13145 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0791  extracellular solute-binding protein family 1  25.51 
 
 		 399 aa  56.2  0.000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.418273 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2703  extracellular solute-binding protein family 1  24.32 
 
 		 450 aa  55.1  0.000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000000263225  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3775  extracellular solute-binding protein family 1  20.4 
 
 		 459 aa  52.8  0.00001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.137854  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0944  extracellular solute-binding protein family 1  23.74 
 
 		 433 aa  52  0.00002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.322748 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0213  twin-arginine translocation pathway signal  26.06 
 
 		 446 aa  51.6  0.00003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0450  extracellular solute-binding protein  26.52 
 
 		 414 aa  50.1  0.00008  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.308403  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2928  extracellular solute-binding protein  21.86 
 
 		 458 aa  49.3  0.0001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.486606 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6665  extracellular solute-binding protein  25.45 
 
 		 423 aa  49.7  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.99524  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0514  extracellular solute-binding protein family 1  25.97 
 
 		 426 aa  49.3  0.0001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2919  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  24.53 
 
 		 407 aa  48.9  0.0002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4758  extracellular solute-binding protein family 1  24.23 
 
 		 417 aa  48.9  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0397  extracellular solute-binding protein family 1  21.72 
 
 		 522 aa  48.9  0.0002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2466  extracellular solute-binding protein family 1  27.94 
 
 		 415 aa  48.5  0.0002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0930087 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0669  extracellular solute-binding protein  25.52 
 
 		 439 aa  48.1  0.0003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0601778  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2526  extracellular solute-binding protein  23.66 
 
 		 421 aa  47.8  0.0004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1296  extracellular solute-binding protein family 1  25 
 
 		 443 aa  47.8  0.0004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.190784  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0475  extracellular solute-binding protein family 1  21.92 
 
 		 397 aa  47.8  0.0004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0375  extracellular solute-binding protein family 1  22.53 
 
 		 421 aa  47.4  0.0005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5365  extracellular solute-binding protein family 1  23.81 
 
 		 418 aa  47.4  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.559287 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0413  extracellular solute-binding protein  23.29 
 
 		 428 aa  47  0.0006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1179  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  25 
 
 		 423 aa  47  0.0007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0916647  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2090  extracellular solute-binding protein family 1  20.77 
 
 		 423 aa  47  0.0007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000307561  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3055  extracellular solute-binding protein family 1  23.59 
 
 		 449 aa  46.6  0.0008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0829  extracellular solute-binding protein family 1  23.86 
 
 		 504 aa  46.6  0.0008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0870  extracellular solute-binding protein family 1  24.43 
 
 		 419 aa  47  0.0008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.649209  normal  0.121264 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4125  extracellular solute-binding protein  23 
 
 		 408 aa  45.8  0.001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2696  extracellular solute-binding protein  28.24 
 
 		 498 aa  46.2  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1886  extracellular solute-binding protein family 1  25.11 
 
 		 435 aa  45.8  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.23125 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3065  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  23.98 
 
 		 421 aa  45.8  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2082  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  25.76 
 
 		 422 aa  45.4  0.002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.890991  normal  0.0137332 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4038  extracellular solute-binding protein family 1  23.58 
 
 		 405 aa  45.8  0.002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2336  extracellular solute-binding protein family 1  25.69 
 
 		 430 aa  44.7  0.003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.193691  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1739  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  23.08 
 
 		 426 aa  44.7  0.003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2172  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  25.76 
 
 		 422 aa  44.7  0.003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00849198  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2280  extracellular solute-binding protein  25.76 
 
 		 422 aa  44.7  0.003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1812  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  25.69 
 
 		 430 aa  44.7  0.003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01287  predicted sugar transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  25.69 
 
 		 430 aa  44.7  0.004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0230  putative transporter periplasmic binding protein  23.08 
 
 		 426 aa  44.7  0.004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1425  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  25.69 
 
 		 430 aa  44.7  0.004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2315  extracellular solute-binding protein  25.69 
 
 		 430 aa  44.7  0.004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.62001  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01298  hypothetical protein  25.69 
 
 		 430 aa  44.7  0.004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3339  Maltose-binding periplasmic protein/domains- like protein  25.41 
 
 		 431 aa  44.7  0.004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.202326 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2821  extracellular solute-binding protein  23.67 
 
 		 428 aa  43.9  0.005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.858803  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7906  extracellular solute-binding protein family 1  24.13 
 
 		 420 aa  44.3  0.005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.819994  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16660  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  22 
 
 		 406 aa  43.9  0.005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.613471  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1073  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  26.47 
 
 		 399 aa  43.9  0.006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0065  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  26.47 
 
 		 426 aa  43.9  0.006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0354  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  26.47 
 
 		 426 aa  43.9  0.006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.824168  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1650  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  26.47 
 
 		 426 aa  43.9  0.006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.572617  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1232  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  26.47 
 
 		 426 aa  43.9  0.006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.715088  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5331  ABC transporter substrate binding protein (sugar)  26.87 
 
 		 431 aa  43.9  0.006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.998389  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19900  extracellular solute-binding protein family 1  22.76 
 
 		 415 aa  43.5  0.007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0762  extracellular solute-binding protein  21.2 
 
 		 424 aa  43.5  0.008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.00000277245  normal  0.855778 
 
 
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>