98 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3322 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_3960  extracellular solute-binding protein family 1  93.88 
 
 		 441 aa  867    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2097  twin-arginine translocation pathway signal  95.01 
 
 		 441 aa  854    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.380982  hitchhiker  0.00612544 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3646  twin-arginine translocation pathway signal  73.7 
 
 		 441 aa  669    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.17089  normal  0.182494 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3554  putative ABC transporter periplasmic-binding protein  82.73 
 
 		 440 aa  749    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.263542  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3322  twin-arginine translocation pathway signal  100 
 
 		 441 aa  912    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0822  extracellular solute-binding protein  60.18 
 
 		 436 aa  554  1e-156  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1413  extracellular solute-binding protein family 1  60.41 
 
 		 436 aa  550  1e-155  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2892  extracellular solute-binding protein  64.46 
 
 		 436 aa  551  1e-155  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.528841  normal  0.189719 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0531  extracellular solute-binding protein family 1  58.72 
 
 		 437 aa  528  1e-149  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1258  twin-arginine translocation pathway signal  46.81 
 
 		 442 aa  375  1e-102  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4328  extracellular solute-binding protein  43.76 
 
 		 434 aa  369  1e-101  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0170975 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5337  extracellular solute-binding protein family 1  42.01 
 
 		 434 aa  347  2e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.401132  normal  0.122337 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0502  extracellular solute-binding protein  40.45 
 
 		 437 aa  340  2e-92  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5713  extracellular solute-binding protein family 1  41.18 
 
 		 434 aa  338  9.999999999999999e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.285791 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3119  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  26.79 
 
 		 442 aa  110  6e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.657036  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3313  extracellular solute-binding protein family 1  25.54 
 
 		 442 aa  99.8  8e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.778026  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3227  extracellular solute-binding protein family 1  25.54 
 
 		 442 aa  100  8e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1661  extracellular solute-binding protein  24.2 
 
 		 443 aa  97.1  5e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.407934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0011  twin-arginine translocation pathway signal  26.35 
 
 		 464 aa  94.4  4e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2546  twin-arginine translocation pathway signal  23.22 
 
 		 461 aa  80.1  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2910  twin-arginine translocation pathway signal  22.83 
 
 		 490 aa  79.7  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0986419  normal  0.0603659 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1206  twin-arginine translocation pathway signal  25.25 
 
 		 446 aa  78.2  0.0000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4117  ABC transporter substrate-binding protein, periplasmic component  22.77 
 
 		 446 aa  77.8  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.16072  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0405  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  23.13 
 
 		 438 aa  74.7  0.000000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0420  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  24.6 
 
 		 410 aa  73.6  0.000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6832  putative ABC transporter substrate-binding protein  23.48 
 
 		 460 aa  72.4  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0145789  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4188  extracellular solute-binding protein  23.06 
 
 		 465 aa  69.7  0.0000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7208  extracellular solute-binding protein family 1  24.27 
 
 		 410 aa  67.8  0.0000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0062  extracellular solute-binding protein  25.68 
 
 		 436 aa  65.5  0.000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4057  extracellular solute-binding protein  23.95 
 
 		 410 aa  65.5  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1393  extracellular solute-binding protein  24.94 
 
 		 461 aa  64.7  0.000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.435309  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1420  extracellular solute-binding protein  22.02 
 
 		 424 aa  64.7  0.000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.979516  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3687  extracellular solute-binding protein family 1  24.14 
 
 		 461 aa  62.4  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2733  extracellular solute-binding protein family 1  27.27 
 
 		 434 aa  62  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0602915  normal  0.13145 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2959  extracellular solute-binding protein family 1  25.77 
 
 		 437 aa  62.4  0.00000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0068  extracellular solute-binding protein family 1  22.07 
 
 		 486 aa  61.2  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3529  extracellular solute-binding protein  23.98 
 
 		 458 aa  60.1  0.00000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00601615  normal  0.181904 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1619  extracellular solute-binding protein  24.62 
 
 		 450 aa  57.8  0.0000004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1243  extracellular solute-binding protein  23.22 
 
 		 461 aa  57.4  0.0000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0591  extracellular solute-binding protein  21.4 
 
 		 421 aa  57  0.0000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0610101  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4395  extracellular solute-binding protein  24.34 
 
 		 420 aa  56.6  0.0000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.87283  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0954  extracellular solute-binding protein  22.03 
 
 		 399 aa  55.8  0.000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0450213  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0954  extracellular solute-binding protein  23 
 
 		 411 aa  55.5  0.000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2703  extracellular solute-binding protein family 1  24.5 
 
 		 450 aa  55.1  0.000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000000263225  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0970  extracellular solute-binding protein  23 
 
 		 411 aa  55.5  0.000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000309876  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21150  carbohydrate-binding protein  24.4 
 
 		 428 aa  55.1  0.000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.396929  normal  0.174783 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1991  extracellular solute-binding protein  26.19 
 
 		 455 aa  54.7  0.000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.603432  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2928  extracellular solute-binding protein  22.16 
 
 		 458 aa  54.3  0.000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.486606 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0623  extracellular solute-binding protein family 1  25.56 
 
 		 428 aa  54.3  0.000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.58509 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0514  extracellular solute-binding protein family 1  26.92 
 
 		 426 aa  53.5  0.000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0944  extracellular solute-binding protein family 1  23.55 
 
 		 433 aa  52.4  0.00002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.322748 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5365  extracellular solute-binding protein family 1  26.44 
 
 		 418 aa  50.4  0.00006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.559287 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0791  extracellular solute-binding protein family 1  23.77 
 
 		 399 aa  50.4  0.00007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.418273 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0450  extracellular solute-binding protein  26.88 
 
 		 414 aa  50.1  0.00008  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.308403  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2466  extracellular solute-binding protein family 1  27.13 
 
 		 415 aa  49.3  0.0001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0930087 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2090  extracellular solute-binding protein family 1  21.17 
 
 		 423 aa  48.5  0.0002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000307561  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3055  extracellular solute-binding protein family 1  23.92 
 
 		 449 aa  48.9  0.0002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0829  extracellular solute-binding protein family 1  26.64 
 
 		 504 aa  48.5  0.0002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0397  extracellular solute-binding protein family 1  22.1 
 
 		 522 aa  48.5  0.0002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3775  extracellular solute-binding protein family 1  19.86 
 
 		 459 aa  48.5  0.0003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.137854  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3121  extracellular solute-binding protein family 1  25.68 
 
 		 412 aa  48.1  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2919  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  25.48 
 
 		 407 aa  47.8  0.0004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0748  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  21.88 
 
 		 411 aa  47.8  0.0004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.537127  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0361  extracellular solute-binding protein  23.27 
 
 		 444 aa  47.8  0.0004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.678366  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4758  extracellular solute-binding protein family 1  24.53 
 
 		 417 aa  47.8  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4038  extracellular solute-binding protein family 1  23.31 
 
 		 405 aa  47.4  0.0005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2336  extracellular solute-binding protein family 1  22.48 
 
 		 430 aa  47  0.0006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.193691  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6665  extracellular solute-binding protein  24.02 
 
 		 423 aa  47  0.0007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.99524  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0213  twin-arginine translocation pathway signal  23.33 
 
 		 446 aa  47  0.0007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01287  predicted sugar transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  22.48 
 
 		 430 aa  46.6  0.0008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01298  hypothetical protein  22.48 
 
 		 430 aa  46.6  0.0008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3393  extracellular solute-binding protein family 1  26.03 
 
 		 412 aa  46.6  0.0008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.205631 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1425  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  22.48 
 
 		 430 aa  46.6  0.0008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2315  extracellular solute-binding protein  22.48 
 
 		 430 aa  46.6  0.0008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.62001  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0475  extracellular solute-binding protein family 1  22.22 
 
 		 397 aa  46.2  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2526  extracellular solute-binding protein  22.9 
 
 		 421 aa  45.1  0.002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3895  extracellular solute-binding protein  21.48 
 
 		 411 aa  45.4  0.002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3339  Maltose-binding periplasmic protein/domains- like protein  26.4 
 
 		 431 aa  45.8  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.202326 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0413  extracellular solute-binding protein  24.15 
 
 		 428 aa  45.8  0.002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3146  extracellular solute-binding protein  29.2 
 
 		 424 aa  45.1  0.002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0629231  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0698  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  26.32 
 
 		 366 aa  45.4  0.002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.436581  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2195  extracellular solute-binding protein family 1  22.89 
 
 		 450 aa  45.1  0.003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1886  extracellular solute-binding protein family 1  25.11 
 
 		 435 aa  44.7  0.003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.23125 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1812  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  22.15 
 
 		 430 aa  45.1  0.003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2696  extracellular solute-binding protein  27.41 
 
 		 498 aa  44.7  0.003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4125  extracellular solute-binding protein  23.44 
 
 		 408 aa  44.3  0.004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16660  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  21.59 
 
 		 406 aa  43.9  0.006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.613471  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0348  extracellular solute-binding protein family 1  43.28 
 
 		 419 aa  43.9  0.006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19900  extracellular solute-binding protein family 1  22.45 
 
 		 415 aa  43.9  0.006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0753  extracellular solute-binding protein  22.99 
 
 		 429 aa  43.5  0.007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00037903  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4557  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 412 aa  43.5  0.008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.302395  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0669  extracellular solute-binding protein  22 
 
 		 439 aa  43.5  0.008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0601778  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2821  extracellular solute-binding protein  23.67 
 
 		 428 aa  43.5  0.008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.858803  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0547  ABC-type sugar / sn-glycerol 3-phosphate transport protein  21.56 
 
 		 447 aa  43.5  0.008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1179  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  23.89 
 
 		 423 aa  43.1  0.009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0916647  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0762  extracellular solute-binding protein  21.52 
 
 		 424 aa  43.1  0.009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.00000277245  normal  0.855778 
 
 
 
NC_009338  Mflv_3775  extracellular solute-binding protein  30 
 
 		 441 aa  43.1  0.01  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.577316  normal  0.394592 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7906  extracellular solute-binding protein family 1  25.91 
 
 		 420 aa  43.1  0.01  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.819994  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>