42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2546 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2546  twin-arginine translocation pathway signal  100 
 
 		 461 aa  956    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2910  twin-arginine translocation pathway signal  95.14 
 
 		 490 aa  876    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0986419  normal  0.0603659 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4117  ABC transporter substrate-binding protein, periplasmic component  77.53 
 
 		 446 aa  733    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.16072  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3227  extracellular solute-binding protein family 1  28.8 
 
 		 442 aa  110  6e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3313  extracellular solute-binding protein family 1  28.8 
 
 		 442 aa  110  7.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.778026  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3119  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  28.65 
 
 		 442 aa  109  1e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.657036  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1206  twin-arginine translocation pathway signal  29.02 
 
 		 446 aa  104  3e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2892  extracellular solute-binding protein  25.75 
 
 		 436 aa  100  7e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.528841  normal  0.189719 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1661  extracellular solute-binding protein  28.48 
 
 		 443 aa  92.4  1e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.407934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3646  twin-arginine translocation pathway signal  26.39 
 
 		 441 aa  87.4  5e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.17089  normal  0.182494 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0011  twin-arginine translocation pathway signal  25.53 
 
 		 464 aa  87  7e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0531  extracellular solute-binding protein family 1  26.67 
 
 		 437 aa  86.7  9e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1413  extracellular solute-binding protein family 1  26.76 
 
 		 436 aa  84.3  0.000000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0822  extracellular solute-binding protein  26.57 
 
 		 436 aa  83.6  0.000000000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3322  twin-arginine translocation pathway signal  23.62 
 
 		 441 aa  80.5  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2097  twin-arginine translocation pathway signal  23.1 
 
 		 441 aa  80.1  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.380982  hitchhiker  0.00612544 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3960  extracellular solute-binding protein family 1  23.4 
 
 		 441 aa  79.7  0.00000000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3554  putative ABC transporter periplasmic-binding protein  24.62 
 
 		 440 aa  79.3  0.0000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.263542  normal  1 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0068  extracellular solute-binding protein family 1  24.45 
 
 		 486 aa  73.6  0.000000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4328  extracellular solute-binding protein  25.07 
 
 		 434 aa  72.8  0.00000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0170975 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5337  extracellular solute-binding protein family 1  23.98 
 
 		 434 aa  70.5  0.00000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.401132  normal  0.122337 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1258  twin-arginine translocation pathway signal  24.73 
 
 		 442 aa  70.5  0.00000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5713  extracellular solute-binding protein family 1  25.65 
 
 		 434 aa  65.1  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.285791 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4188  extracellular solute-binding protein  24.74 
 
 		 465 aa  60.1  0.00000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0405  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  25.39 
 
 		 438 aa  56.6  0.0000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2959  extracellular solute-binding protein family 1  22.33 
 
 		 437 aa  55.1  0.000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0502  extracellular solute-binding protein  23.49 
 
 		 437 aa  54.7  0.000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1619  extracellular solute-binding protein  24.18 
 
 		 450 aa  54.3  0.000004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2310  extracellular solute-binding protein family 1  22.96 
 
 		 425 aa  52.4  0.00002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000523246  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0591  extracellular solute-binding protein  23.29 
 
 		 421 aa  52  0.00002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0610101  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0954  extracellular solute-binding protein  23.73 
 
 		 411 aa  50.8  0.00005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0970  extracellular solute-binding protein  23.73 
 
 		 411 aa  50.8  0.00005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000309876  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11620  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  26.27 
 
 		 426 aa  50.4  0.00007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3146  extracellular solute-binding protein family 1  24.48 
 
 		 439 aa  49.7  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.654082  normal  0.268339 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0954  extracellular solute-binding protein  23.93 
 
 		 399 aa  48.9  0.0002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0450213  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4395  extracellular solute-binding protein  21.85 
 
 		 420 aa  47.8  0.0004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.87283  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1756  ABC transporter substrate-binding protein  29.29 
 
 		 439 aa  45.8  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.887651  normal  0.574192 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2459  extracellular solute-binding protein family 1  24.71 
 
 		 419 aa  44.3  0.004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.846254  normal  0.585846 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3329  extracellular solute-binding protein  22.64 
 
 		 423 aa  44.3  0.005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0258  extracellular solute-binding protein  22.47 
 
 		 419 aa  43.9  0.006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2526  extracellular solute-binding protein  22.56 
 
 		 421 aa  43.9  0.006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1820  extracellular solute-binding protein  24.32 
 
 		 411 aa  43.5  0.008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.148067  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>