85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3646 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_3554  putative ABC transporter periplasmic-binding protein  74.77 
 
 		 440 aa  672    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.263542  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3322  twin-arginine translocation pathway signal  73.7 
 
 		 441 aa  667    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2097  twin-arginine translocation pathway signal  71.43 
 
 		 441 aa  650    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.380982  hitchhiker  0.00612544 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3646  twin-arginine translocation pathway signal  100 
 
 		 441 aa  911    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.17089  normal  0.182494 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3960  extracellular solute-binding protein family 1  73.02 
 
 		 441 aa  679    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1413  extracellular solute-binding protein family 1  61.9 
 
 		 436 aa  564  1e-160  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0822  extracellular solute-binding protein  61.31 
 
 		 436 aa  566  1e-160  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2892  extracellular solute-binding protein  64.22 
 
 		 436 aa  558  1e-158  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.528841  normal  0.189719 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0531  extracellular solute-binding protein family 1  59.82 
 
 		 437 aa  539  9.999999999999999e-153  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1258  twin-arginine translocation pathway signal  47.19 
 
 		 442 aa  392  1e-108  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4328  extracellular solute-binding protein  45.31 
 
 		 434 aa  381  1e-104  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0170975 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5337  extracellular solute-binding protein family 1  44.96 
 
 		 434 aa  374  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.401132  normal  0.122337 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5713  extracellular solute-binding protein family 1  43.87 
 
 		 434 aa  365  1e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.285791 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0502  extracellular solute-binding protein  44.57 
 
 		 437 aa  362  9e-99  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3119  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  26.43 
 
 		 442 aa  109  1e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.657036  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1661  extracellular solute-binding protein  24.45 
 
 		 443 aa  102  1e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.407934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3313  extracellular solute-binding protein family 1  26.29 
 
 		 442 aa  102  2e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.778026  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3227  extracellular solute-binding protein family 1  26.29 
 
 		 442 aa  102  2e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2546  twin-arginine translocation pathway signal  25.86 
 
 		 461 aa  87.8  3e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4117  ABC transporter substrate-binding protein, periplasmic component  25.45 
 
 		 446 aa  87  6e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.16072  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2910  twin-arginine translocation pathway signal  25 
 
 		 490 aa  85.5  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0986419  normal  0.0603659 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0011  twin-arginine translocation pathway signal  25.71 
 
 		 464 aa  84  0.000000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6832  putative ABC transporter substrate-binding protein  24.93 
 
 		 460 aa  80.9  0.00000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0145789  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1206  twin-arginine translocation pathway signal  25.93 
 
 		 446 aa  80.1  0.00000000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0405  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  23.38 
 
 		 438 aa  79.7  0.0000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0068  extracellular solute-binding protein family 1  23.01 
 
 		 486 aa  74.7  0.000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3529  extracellular solute-binding protein  26.27 
 
 		 458 aa  68.9  0.0000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00601615  normal  0.181904 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1393  extracellular solute-binding protein  25.86 
 
 		 461 aa  67.4  0.0000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.435309  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4188  extracellular solute-binding protein  22.53 
 
 		 465 aa  66.2  0.000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7208  extracellular solute-binding protein family 1  25.74 
 
 		 410 aa  62.8  0.00000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0420  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  22.88 
 
 		 410 aa  62  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2928  extracellular solute-binding protein  23.39 
 
 		 458 aa  58.9  0.0000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.486606 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1243  extracellular solute-binding protein  24 
 
 		 461 aa  58.9  0.0000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0954  extracellular solute-binding protein  25.73 
 
 		 411 aa  58.9  0.0000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0970  extracellular solute-binding protein  25.73 
 
 		 411 aa  58.9  0.0000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000309876  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3687  extracellular solute-binding protein family 1  24.74 
 
 		 461 aa  58.2  0.0000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0591  extracellular solute-binding protein  21.26 
 
 		 421 aa  56.2  0.000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0610101  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1420  extracellular solute-binding protein  20.06 
 
 		 424 aa  55.8  0.000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.979516  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4395  extracellular solute-binding protein  23.05 
 
 		 420 aa  54.7  0.000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.87283  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2082  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  27.07 
 
 		 422 aa  53.9  0.000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.890991  normal  0.0137332 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1296  extracellular solute-binding protein family 1  26.15 
 
 		 443 aa  53.5  0.000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.190784  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0062  extracellular solute-binding protein  27.17 
 
 		 436 aa  53.5  0.000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2172  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  27.07 
 
 		 422 aa  53.1  0.000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00849198  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2280  extracellular solute-binding protein  27.07 
 
 		 422 aa  53.1  0.000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21150  carbohydrate-binding protein  25.1 
 
 		 428 aa  53.1  0.00001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.396929  normal  0.174783 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0213  twin-arginine translocation pathway signal  26.09 
 
 		 446 aa  52.8  0.00001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2703  extracellular solute-binding protein family 1  23.97 
 
 		 450 aa  53.1  0.00001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000000263225  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4057  extracellular solute-binding protein  22.05 
 
 		 410 aa  52.8  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1991  extracellular solute-binding protein  27.27 
 
 		 455 aa  52  0.00002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.603432  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1658  extracellular solute-binding protein  24.81 
 
 		 449 aa  50.8  0.00004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.521221  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0954  extracellular solute-binding protein  21 
 
 		 399 aa  49.3  0.0001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0450213  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5365  extracellular solute-binding protein family 1  24.58 
 
 		 418 aa  48.5  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.559287 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3055  extracellular solute-binding protein family 1  22.08 
 
 		 449 aa  48.1  0.0003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0450  extracellular solute-binding protein  27.81 
 
 		 414 aa  48.1  0.0003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.308403  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1619  extracellular solute-binding protein  26.89 
 
 		 450 aa  48.1  0.0003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1520  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  22.64 
 
 		 430 aa  47.4  0.0005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2336  extracellular solute-binding protein family 1  22.64 
 
 		 430 aa  47  0.0006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.193691  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1812  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  22.64 
 
 		 430 aa  47  0.0007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01287  predicted sugar transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  22.64 
 
 		 430 aa  47  0.0007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01298  hypothetical protein  22.64 
 
 		 430 aa  47  0.0007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1425  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  22.64 
 
 		 430 aa  47  0.0007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2315  extracellular solute-binding protein  22.64 
 
 		 430 aa  47  0.0007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.62001  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2090  extracellular solute-binding protein family 1  21.89 
 
 		 423 aa  46.2  0.001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000307561  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0397  extracellular solute-binding protein family 1  24.33 
 
 		 522 aa  46.6  0.001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6631  extracellular solute-binding protein family 1  23.35 
 
 		 410 aa  46.2  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.325237 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3784  extracellular solute-binding protein family 1  23.96 
 
 		 430 aa  45.8  0.001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0669  extracellular solute-binding protein  28.35 
 
 		 439 aa  45.4  0.002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0601778  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0944  extracellular solute-binding protein family 1  22.61 
 
 		 433 aa  45.4  0.002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.322748 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2959  extracellular solute-binding protein family 1  27.64 
 
 		 437 aa  45.4  0.002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3775  extracellular solute-binding protein family 1  19.69 
 
 		 459 aa  44.7  0.003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.137854  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0514  extracellular solute-binding protein family 1  24.7 
 
 		 426 aa  45.1  0.003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1524  extracellular solute-binding protein family 1  24.89 
 
 		 439 aa  44.7  0.003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3146  extracellular solute-binding protein family 1  27.93 
 
 		 439 aa  44.3  0.004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.654082  normal  0.268339 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19900  extracellular solute-binding protein family 1  20.96 
 
 		 415 aa  44.3  0.005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0748  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  21.72 
 
 		 411 aa  44.3  0.005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.537127  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4040  extracellular solute-binding protein family 1  21.99 
 
 		 434 aa  44.3  0.005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0547  ABC-type sugar / sn-glycerol 3-phosphate transport protein  22.09 
 
 		 447 aa  44.3  0.005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0791  extracellular solute-binding protein family 1  24.11 
 
 		 399 aa  43.9  0.006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.418273 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2466  extracellular solute-binding protein family 1  25.51 
 
 		 415 aa  43.9  0.006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0930087 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0698  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  21.72 
 
 		 366 aa  43.5  0.007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.436581  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2696  extracellular solute-binding protein  29.55 
 
 		 498 aa  43.5  0.007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0258  extracellular solute-binding protein  22.12 
 
 		 419 aa  43.5  0.008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4038  extracellular solute-binding protein family 1  27.1 
 
 		 405 aa  43.1  0.009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5468  extracellular solute-binding protein family 1  23.01 
 
 		 442 aa  43.1  0.009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.303073 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0385  extracellular solute-binding protein family 1  32.14 
 
 		 410 aa  43.1  0.01  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0390662 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>