141 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4328 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012848  Rleg_5337  extracellular solute-binding protein family 1  86.87 
 
 		 434 aa  783    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.401132  normal  0.122337 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4328  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 434 aa  899    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0170975 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5713  extracellular solute-binding protein family 1  84.79 
 
 		 434 aa  767    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.285791 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0502  extracellular solute-binding protein  67.05 
 
 		 437 aa  612  9.999999999999999e-175  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1258  twin-arginine translocation pathway signal  54.07 
 
 		 442 aa  464  1e-129  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2892  extracellular solute-binding protein  50.62 
 
 		 436 aa  398  9.999999999999999e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.528841  normal  0.189719 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0822  extracellular solute-binding protein  46.3 
 
 		 436 aa  395  1e-109  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1413  extracellular solute-binding protein family 1  45.87 
 
 		 436 aa  379  1e-104  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3646  twin-arginine translocation pathway signal  45.89 
 
 		 441 aa  378  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.17089  normal  0.182494 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2097  twin-arginine translocation pathway signal  45.28 
 
 		 441 aa  369  1e-101  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.380982  hitchhiker  0.00612544 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3960  extracellular solute-binding protein family 1  44.47 
 
 		 441 aa  370  1e-101  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3322  twin-arginine translocation pathway signal  44.31 
 
 		 441 aa  366  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3554  putative ABC transporter periplasmic-binding protein  44.44 
 
 		 440 aa  358  9.999999999999999e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.263542  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0531  extracellular solute-binding protein family 1  42.53 
 
 		 437 aa  347  2e-94  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3119  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  26.28 
 
 		 442 aa  115  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.657036  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0011  twin-arginine translocation pathway signal  27.59 
 
 		 464 aa  112  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1661  extracellular solute-binding protein  25.18 
 
 		 443 aa  111  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.407934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3227  extracellular solute-binding protein family 1  27.12 
 
 		 442 aa  104  4e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3313  extracellular solute-binding protein family 1  27.12 
 
 		 442 aa  103  4e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.778026  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1206  twin-arginine translocation pathway signal  26.23 
 
 		 446 aa  98.6  2e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0405  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  25.09 
 
 		 438 aa  85.5  0.000000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1393  extracellular solute-binding protein  23.19 
 
 		 461 aa  79.7  0.00000000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.435309  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6832  putative ABC transporter substrate-binding protein  24.17 
 
 		 460 aa  79.3  0.0000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0145789  normal  1 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0068  extracellular solute-binding protein family 1  21.34 
 
 		 486 aa  78.2  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2546  twin-arginine translocation pathway signal  25.07 
 
 		 461 aa  72.8  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3529  extracellular solute-binding protein  23.27 
 
 		 458 aa  70.5  0.00000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00601615  normal  0.181904 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0420  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  22.34 
 
 		 410 aa  69.3  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2910  twin-arginine translocation pathway signal  24.12 
 
 		 490 aa  69.7  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0986419  normal  0.0603659 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3687  extracellular solute-binding protein family 1  24.31 
 
 		 461 aa  68.9  0.0000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4057  extracellular solute-binding protein  23.47 
 
 		 410 aa  69.7  0.0000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7208  extracellular solute-binding protein family 1  25 
 
 		 410 aa  67.8  0.0000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6240  ABC transporter substrate binding protein (maltose)  23.59 
 
 		 407 aa  67.4  0.0000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0994607  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0062  extracellular solute-binding protein  24.22 
 
 		 436 aa  66.6  0.0000000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0954  extracellular solute-binding protein  24.25 
 
 		 411 aa  65.9  0.000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0970  extracellular solute-binding protein  24.11 
 
 		 411 aa  65.5  0.000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000309876  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5687  extracellular solute-binding protein family 1  25.88 
 
 		 401 aa  65.1  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.627079  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6631  extracellular solute-binding protein family 1  25.88 
 
 		 410 aa  64.7  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.325237 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0361  extracellular solute-binding protein  24.51 
 
 		 444 aa  64.3  0.000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.678366  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21150  carbohydrate-binding protein  23.08 
 
 		 428 aa  63.9  0.000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.396929  normal  0.174783 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1420  extracellular solute-binding protein  22.58 
 
 		 424 aa  63.5  0.000000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.979516  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7201  extracellular solute-binding protein family 1  24.22 
 
 		 447 aa  63.5  0.000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4117  ABC transporter substrate-binding protein, periplasmic component  24.35 
 
 		 446 aa  62.4  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.16072  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3775  extracellular solute-binding protein family 1  21.74 
 
 		 459 aa  62.4  0.00000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.137854  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1619  extracellular solute-binding protein  25.88 
 
 		 450 aa  61.2  0.00000003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1243  extracellular solute-binding protein  22.68 
 
 		 461 aa  61.6  0.00000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0297  extracellular solute-binding protein family 1  26.36 
 
 		 453 aa  60.5  0.00000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0248346 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2466  extracellular solute-binding protein family 1  24.01 
 
 		 415 aa  60.5  0.00000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0930087 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2336  extracellular solute-binding protein family 1  20.81 
 
 		 430 aa  59.7  0.00000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.193691  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01287  predicted sugar transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  21.09 
 
 		 430 aa  59.7  0.0000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5365  extracellular solute-binding protein family 1  22.77 
 
 		 418 aa  59.3  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.559287 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2703  extracellular solute-binding protein family 1  22.47 
 
 		 450 aa  59.3  0.0000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000000263225  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4188  extracellular solute-binding protein  22.75 
 
 		 465 aa  59.3  0.0000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01298  hypothetical protein  21.09 
 
 		 430 aa  59.7  0.0000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1425  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  21.09 
 
 		 430 aa  59.7  0.0000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2315  extracellular solute-binding protein  21.09 
 
 		 430 aa  59.7  0.0000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.62001  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1812  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  20.81 
 
 		 430 aa  59.7  0.0000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19900  extracellular solute-binding protein family 1  24.83 
 
 		 415 aa  58.9  0.0000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0748  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  22.97 
 
 		 411 aa  58.2  0.0000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.537127  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0944  extracellular solute-binding protein family 1  23.65 
 
 		 433 aa  58.2  0.0000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.322748 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1520  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  20.75 
 
 		 430 aa  57.8  0.0000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0698  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  22.97 
 
 		 366 aa  57  0.0000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.436581  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2928  extracellular solute-binding protein  22.16 
 
 		 458 aa  57  0.0000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.486606 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3895  extracellular solute-binding protein  22.92 
 
 		 411 aa  56.6  0.0000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1991  extracellular solute-binding protein  23.99 
 
 		 455 aa  55.8  0.000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.603432  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4644  extracellular solute-binding protein  23.59 
 
 		 409 aa  55.8  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0265502  normal  0.0904039 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4557  extracellular solute-binding protein  24.01 
 
 		 412 aa  55.8  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.302395  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2364  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  24.04 
 
 		 416 aa  55.5  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.128582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0450  extracellular solute-binding protein  25.11 
 
 		 414 aa  54.3  0.000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.308403  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4038  extracellular solute-binding protein family 1  21.24 
 
 		 405 aa  54.3  0.000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4758  extracellular solute-binding protein family 1  23.22 
 
 		 417 aa  53.9  0.000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2310  extracellular solute-binding protein family 1  25.76 
 
 		 425 aa  53.5  0.000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000523246  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00780  extracellular solute-binding protein family 1  20.74 
 
 		 411 aa  52.4  0.00001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0480859  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1179  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  26.29 
 
 		 423 aa  52  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0916647  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4395  extracellular solute-binding protein  25.55 
 
 		 420 aa  51.6  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.87283  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0753  extracellular solute-binding protein  22.97 
 
 		 429 aa  51.6  0.00003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00037903  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0572  extracellular solute-binding protein family 1  22.05 
 
 		 470 aa  51.6  0.00003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1756  ABC transporter substrate-binding protein  23.57 
 
 		 439 aa  51.2  0.00004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.887651  normal  0.574192 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0869  extracellular solute-binding protein  23.23 
 
 		 444 aa  50.8  0.00005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.509231  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3982  extracellular solute-binding protein family 1  22.19 
 
 		 435 aa  50.4  0.00006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.71759  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25450  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  21.68 
 
 		 430 aa  50.1  0.00007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0772443  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0403  extracellular solute-binding protein family 1  24 
 
 		 426 aa  50.1  0.00007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.512139  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3121  extracellular solute-binding protein family 1  21.18 
 
 		 412 aa  50.1  0.00008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0213  twin-arginine translocation pathway signal  26.57 
 
 		 446 aa  49.7  0.0001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6794  extracellular solute-binding protein family 1  26.34 
 
 		 430 aa  49.7  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2365  extracellular solute-binding protein family 1  24.6 
 
 		 416 aa  49.7  0.0001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.618021 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6090  extracellular solute-binding protein family 1  25.51 
 
 		 425 aa  49.7  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2959  extracellular solute-binding protein family 1  25.98 
 
 		 437 aa  48.5  0.0002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2417  transcriptional regulator, ABC transporter  24.37 
 
 		 421 aa  48.9  0.0002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0335393 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5698  extracellular solute-binding protein family 1  23.59 
 
 		 412 aa  48.5  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.145305  normal  0.141272 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0619  extracellular solute-binding protein  21.65 
 
 		 463 aa  48.5  0.0002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000037115  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0306  extracellular solute-binding protein family 1  25.21 
 
 		 473 aa  48.5  0.0002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0699  extracellular solute-binding protein  23.38 
 
 		 443 aa  48.5  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16660  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  22.33 
 
 		 406 aa  48.1  0.0003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.613471  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2297  extracellular solute-binding protein  23.32 
 
 		 416 aa  48.1  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.33558  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1296  extracellular solute-binding protein family 1  26.82 
 
 		 443 aa  47.8  0.0004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.190784  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20520  extracellular solute-binding protein family 1  22.79 
 
 		 417 aa  47.8  0.0004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.561553  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0397  extracellular solute-binding protein family 1  22.71 
 
 		 522 aa  47.4  0.0005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0591  extracellular solute-binding protein  22.58 
 
 		 421 aa  47  0.0006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0610101  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3730  extracellular solute-binding protein family 1  24.68 
 
 		 435 aa  47  0.0006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.163607  normal  0.040318 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0385  extracellular solute-binding protein family 1  26.98 
 
 		 410 aa  47  0.0007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0390662 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>