61 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_6832 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_6832  putative ABC transporter substrate-binding protein  100 
 
 		 460 aa  951    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0145789  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3687  extracellular solute-binding protein family 1  70.92 
 
 		 461 aa  686    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2928  extracellular solute-binding protein  72.77 
 
 		 458 aa  701    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.486606 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3529  extracellular solute-binding protein  68.43 
 
 		 458 aa  656    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00601615  normal  0.181904 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1243  extracellular solute-binding protein  67.71 
 
 		 461 aa  661    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1393  extracellular solute-binding protein  63.34 
 
 		 461 aa  627  1e-178  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.435309  normal  1 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0068  extracellular solute-binding protein family 1  33.12 
 
 		 486 aa  303  5.000000000000001e-81  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4188  extracellular solute-binding protein  34.72 
 
 		 465 aa  295  2e-78  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1258  twin-arginine translocation pathway signal  27.25 
 
 		 442 aa  94.4  4e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2892  extracellular solute-binding protein  24.93 
 
 		 436 aa  90.5  6e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.528841  normal  0.189719 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1413  extracellular solute-binding protein family 1  23.56 
 
 		 436 aa  85.9  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0531  extracellular solute-binding protein family 1  24.28 
 
 		 437 aa  80.9  0.00000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3646  twin-arginine translocation pathway signal  24.93 
 
 		 441 aa  80.5  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.17089  normal  0.182494 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4328  extracellular solute-binding protein  24.17 
 
 		 434 aa  79.3  0.0000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0170975 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5713  extracellular solute-binding protein family 1  23.89 
 
 		 434 aa  78.6  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.285791 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1619  extracellular solute-binding protein  22.89 
 
 		 450 aa  78.2  0.0000000000003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2097  twin-arginine translocation pathway signal  24.45 
 
 		 441 aa  76.6  0.0000000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.380982  hitchhiker  0.00612544 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0822  extracellular solute-binding protein  22.51 
 
 		 436 aa  75.9  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0502  extracellular solute-binding protein  23.42 
 
 		 437 aa  74.7  0.000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5337  extracellular solute-binding protein family 1  23.2 
 
 		 434 aa  74.3  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.401132  normal  0.122337 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3322  twin-arginine translocation pathway signal  23.48 
 
 		 441 aa  72.4  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3960  extracellular solute-binding protein family 1  23.42 
 
 		 441 aa  71.2  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3554  putative ABC transporter periplasmic-binding protein  22.77 
 
 		 440 aa  70.5  0.00000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.263542  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0405  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  22.3 
 
 		 438 aa  65.1  0.000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2146  extracellular solute-binding protein  22.62 
 
 		 414 aa  62.4  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3146  extracellular solute-binding protein  23.48 
 
 		 424 aa  58.9  0.0000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0629231  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6528  extracellular solute-binding protein family 1  25.72 
 
 		 415 aa  57.4  0.0000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0147922 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4159  extracellular solute-binding protein  25.27 
 
 		 421 aa  56.2  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.119299  normal  0.873951 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1296  extracellular solute-binding protein family 1  27.71 
 
 		 443 aa  55.8  0.000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.190784  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0954  extracellular solute-binding protein  22.65 
 
 		 399 aa  53.1  0.000009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0450213  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1020  extracellular solute-binding protein  23.96 
 
 		 459 aa  52.8  0.00001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000124434  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3910  extracellular solute-binding protein family 1  26.11 
 
 		 412 aa  52  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.198843 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6732  extracellular solute-binding protein family 1  24.38 
 
 		 425 aa  52  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.255639  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3622  extracellular solute-binding protein family 1  26.11 
 
 		 412 aa  51.2  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4916  extracellular solute-binding protein  25.13 
 
 		 410 aa  50.1  0.00009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.06645  normal  0.512511 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0748  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  23.44 
 
 		 411 aa  48.5  0.0003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.537127  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0698  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  23.27 
 
 		 366 aa  47.8  0.0004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.436581  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3712  extracellular solute-binding protein family 1  19.81 
 
 		 421 aa  47.4  0.0005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.411366 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4016  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  28.75 
 
 		 437 aa  47.4  0.0006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3709  extracellular solute-binding protein  28.75 
 
 		 437 aa  47  0.0006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3575  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  28.75 
 
 		 437 aa  47  0.0006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0074  extracellular solute-binding protein  20.22 
 
 		 429 aa  47  0.0007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0829  extracellular solute-binding protein family 1  20.43 
 
 		 504 aa  46.2  0.001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6765  extracellular solute-binding protein family 1  25.07 
 
 		 419 aa  45.8  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.979933  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4520  extracellular solute-binding protein  23.44 
 
 		 415 aa  46.6  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1353  extracellular solute-binding protein family 1  23.08 
 
 		 434 aa  45.8  0.002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.621342 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6794  extracellular solute-binding protein family 1  21.15 
 
 		 430 aa  45.8  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2315  extracellular solute-binding protein  25.28 
 
 		 455 aa  45.8  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.271919 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2172  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  21.15 
 
 		 422 aa  45.4  0.002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00849198  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4989  extracellular solute-binding protein family 1  23.36 
 
 		 436 aa  45.8  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.192631  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5398  ABC transporter substrate binding protein (sugar)  26.59 
 
 		 403 aa  45.1  0.002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.14652  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2082  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  21.15 
 
 		 422 aa  45.4  0.002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.890991  normal  0.0137332 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2280  extracellular solute-binding protein  21.15 
 
 		 422 aa  45.4  0.002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2094  extracellular solute-binding protein family 1  30.77 
 
 		 441 aa  45.1  0.002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000152964 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0699  extracellular solute-binding protein  24.67 
 
 		 443 aa  44.3  0.005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15560  extracellular solute-binding protein family 1  26.01 
 
 		 418 aa  43.9  0.006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1265  extracellular solute-binding protein family 1  25 
 
 		 446 aa  43.9  0.006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6572  extracellular solute-binding protein family 1  23.33 
 
 		 410 aa  43.9  0.006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00103217  normal  0.480926 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25450  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  25.19 
 
 		 430 aa  43.5  0.007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0772443  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4758  extracellular solute-binding protein family 1  25.11 
 
 		 417 aa  43.5  0.008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5852  extracellular solute-binding protein family 1  24.79 
 
 		 419 aa  43.1  0.01  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>