More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_1584 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_1584  histone deacetylase superfamily protein  100 
 
 		 298 aa  604  9.999999999999999e-173  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3448  histone deacetylase superfamily protein  85.86 
 
 		 297 aa  525  1e-148  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.509704 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1601  histone deacetylase superfamily  66.1 
 
 		 299 aa  382  1e-105  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2377  histone deacetylase superfamily protein  61.33 
 
 		 300 aa  374  1e-102  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.018  normal  0.544894 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1152  histone deacetylase superfamily protein  59.46 
 
 		 301 aa  364  1e-100  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0905584  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2066  deacetylase  52.35 
 
 		 299 aa  326  3e-88  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.288592  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1201  histone deacetylase superfamily protein  58.7 
 
 		 323 aa  325  7e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000000329608  normal  0.582651 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3500  Histone deacetylase  55.12 
 
 		 311 aa  323  3e-87  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1768  Histone deacetylase  54.7 
 
 		 311 aa  313  1.9999999999999998e-84  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.70732  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1606  hypothetical protein  55.93 
 
 		 323 aa  311  7.999999999999999e-84  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00000378797  normal  0.732235 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2469  Histone deacetylase  58.31 
 
 		 305 aa  308  5e-83  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1507  hypothetical protein  55.12 
 
 		 324 aa  307  2.0000000000000002e-82  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.0000688301  normal  0.246857 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1941  histone deacetylase superfamily  55.37 
 
 		 334 aa  306  3e-82  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00172119  hitchhiker  0.00484876 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1393  histone deacetylase superfamily  51.88 
 
 		 299 aa  305  4.0000000000000004e-82  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1529  histone deacetylase superfamily protein  52.35 
 
 		 299 aa  305  4.0000000000000004e-82  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.188503  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1613  histone deacetylase superfamily  55.37 
 
 		 335 aa  305  7e-82  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.000964161  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1991  histone deacetylase superfamily protein  52.81 
 
 		 318 aa  303  2.0000000000000002e-81  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000158404 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3087  histone deacetylase superfamily protein  49.18 
 
 		 337 aa  287  1e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000151146  normal  0.0282587 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1613  histone deacetylase superfamily protein  48.54 
 
 		 333 aa  273  2.0000000000000002e-72  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  unclonable  0.000000152208  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2116  histone deacetylase superfamily protein  44.3 
 
 		 305 aa  267  2e-70  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04120  Histone deacetylase superfamily protein  43.62 
 
 		 299 aa  259  3e-68  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0413564  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2789  histone deacetylase superfamily protein  46.05 
 
 		 298 aa  259  4e-68  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6866  histone deacetylase superfamily  43.67 
 
 		 299 aa  255  6e-67  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.859971  normal  0.144342 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0323  deacetylase  40.94 
 
 		 300 aa  251  1e-65  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2162  histone deacetylase superfamily protein  41.61 
 
 		 302 aa  251  1e-65  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2043  Histone deacetylase  42.52 
 
 		 299 aa  248  1e-64  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0169314  hitchhiker  0.0046378 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2483  Histone deacetylase  40.34 
 
 		 300 aa  247  2e-64  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.557385  normal  0.140117 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1420  histone deacetylase superfamily protein  46.15 
 
 		 306 aa  245  6e-64  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.0496164 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3902  histone deacetylase superfamily protein  39.7 
 
 		 357 aa  244  9.999999999999999e-64  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.000000251706  normal  0.03889 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1393  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein-like  41.2 
 
 		 304 aa  239  5.999999999999999e-62  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.194758  normal  0.700999 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1532  histone deacetylase superfamily  40.6 
 
 		 304 aa  237  1e-61  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3551  histone deacetylase superfamily  39.53 
 
 		 305 aa  233  2.0000000000000002e-60  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2562  Histone deacetylase  39.53 
 
 		 305 aa  233  2.0000000000000002e-60  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.432751 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3192  histone deacetylase superfamily protein  39.6 
 
 		 305 aa  231  9e-60  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00911775  hitchhiker  0.000717233 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2706  histone deacetylase superfamily  40.6 
 
 		 305 aa  231  1e-59  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000210159  unclonable  0.000000000120446 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1162  histone deacetylase superfamily protein  41.11 
 
 		 306 aa  229  4e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3373  histone deacetylase family protein  39.02 
 
 		 300 aa  228  7e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0543734  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2542  histone deacetylase superfamily protein  43.33 
 
 		 300 aa  228  1e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00205391 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3030  Histone deacetylase  44.21 
 
 		 299 aa  226  3e-58  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.894119  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1827  histone deacetylase superfamily protein  38.85 
 
 		 303 aa  226  4e-58  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_40492  predicted protein  39.07 
 
 		 350 aa  225  6e-58  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0423597 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2474  histone deacetylase superfamily protein  42.09 
 
 		 300 aa  225  7e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00188397 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2634  histone deacetylase superfamily protein  43.33 
 
 		 300 aa  224  2e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00803062 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1245  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  40.47 
 
 		 305 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000118499 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2905  histone deacetylase superfamily protein  38.57 
 
 		 308 aa  219  3e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.681424  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1459  putative histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  42.49 
 
 		 305 aa  219  3.9999999999999997e-56  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0050  histone deacetylase superfamily protein  44.93 
 
 		 306 aa  219  5e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0204903  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002921  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  40.34 
 
 		 307 aa  217  2e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2506  histone deacetylase superfamily  45.8 
 
 		 296 aa  217  2e-55  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1764  putative histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  41.02 
 
 		 316 aa  216  5e-55  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0823367 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1815  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  42.22 
 
 		 304 aa  215  5.9999999999999996e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1625  histone deacetylase superfamily protein  41.48 
 
 		 302 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2729  histone deacetylase superfamily  41.11 
 
 		 302 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00182123 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10030  histone deacetylase superfamily  41.49 
 
 		 316 aa  213  2.9999999999999995e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0971633  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1614  histone deacetylase superfamily protein  39.93 
 
 		 302 aa  212  4.9999999999999996e-54  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03035  hypothetical protein  39.38 
 
 		 307 aa  212  4.9999999999999996e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1648  histone deacetylase superfamily protein  39.93 
 
 		 302 aa  212  4.9999999999999996e-54  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.265493 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0656  histone deacetylase superfamily protein  40 
 
 		 304 aa  211  2e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  unclonable  0.000000000855576  normal  0.416487 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2634  histone deacetylase superfamily protein  40.28 
 
 		 307 aa  210  2e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02968  histone deacetylase family protein  46.43 
 
 		 224 aa  211  2e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.510136  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6387  histone deacetylase superfamily protein  42.14 
 
 		 298 aa  209  4e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.006244  normal  0.830145 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1629  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  39.12 
 
 		 306 aa  208  9e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000111374  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3722  histone deacetylase superfamily protein  39.72 
 
 		 306 aa  207  2e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2660  histone deacetylase superfamily protein  41.11 
 
 		 304 aa  206  4e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2487  histone deacetylase superfamily protein  39.67 
 
 		 300 aa  206  4e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.60651  normal  0.017573 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4777  histone deacetylase superfamily protein  39.01 
 
 		 304 aa  204  1e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000599986  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4295  histone deacetylase superfamily protein  39.29 
 
 		 305 aa  203  3e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.331272  normal  0.7959 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0686  histone deacetylase superfamily  43.66 
 
 		 294 aa  203  3e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.611894 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4918  histone deacetylase superfamily protein  38.57 
 
 		 306 aa  202  7e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  unclonable  0.000000000000273279  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4764  histone deacetylase superfamily  38.21 
 
 		 304 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.0000188722  decreased coverage  0.000868257 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4662  histone deacetylase family protein  38.93 
 
 		 305 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4639  histone deacetylase superfamily protein  38.21 
 
 		 317 aa  200  3e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000315852  hitchhiker  0.00689363 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4892  histone deacetylase superfamily protein  39.66 
 
 		 305 aa  199  3.9999999999999996e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3900  histone deacetylase superfamily protein  35.71 
 
 		 305 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0191811 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0998  hypothetical protein  38.52 
 
 		 300 aa  196  4.0000000000000005e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3915  histone deacetylase superfamily protein  40.36 
 
 		 315 aa  195  6e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_9278  predicted protein  37.84 
 
 		 294 aa  195  7e-49  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0713  histone deacetylase superfamily protein  41.07 
 
 		 308 aa  193  3e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.50552  normal  0.260718 
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_40681  predicted protein  39.79 
 
 		 323 aa  192  4e-48  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.000252385  normal  0.188986 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0726  histone deacetylase superfamily  41.07 
 
 		 297 aa  190  2e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6780  histone deacetylase superfamily  41.43 
 
 		 298 aa  187  1e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_4821  predicted protein  35.06 
 
 		 324 aa  152  5.9999999999999996e-36  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_87707  predicted protein  28.86 
 
 		 480 aa  99.4  6e-20  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.18467  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3454  histone deacetylase superfamily protein  39.15 
 
 		 589 aa  99  8e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.524181  normal  0.0722274 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1831  hypothetical protein  45.37 
 
 		 133 aa  97.8  2e-19  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.330593  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1212  histone deacetylase superfamily  33.14 
 
 		 306 aa  97.1  3e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3389  histone deacetylase superfamily protein  36.32 
 
 		 594 aa  95.9  7e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0834  histone deacetylase superfamily  28.96 
 
 		 378 aa  95.1  1e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0517  histone deacetylase superfamily  27.46 
 
 		 383 aa  94.4  2e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1276  histone deacetylase superfamily protein  32.16 
 
 		 370 aa  94.4  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.296162 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0856  histone deacetylase superfamily  32.97 
 
 		 309 aa  93.6  3e-18  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0895485  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0801  deacetylase / acetylpolyamine aminohydrolase  31.3 
 
 		 379 aa  93.6  3e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1341  putative acetylpolyamine aminohydrolase  31.05 
 
 		 380 aa  94  3e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.320568  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0378  histone deacetylase superfamily protein  30.8 
 
 		 365 aa  93.6  4e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.316614  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1785  histone deacetylase superfamily protein  26.41 
 
 		 379 aa  93.2  5e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000374535  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27490  deacetylase, histone deacetylase/acetoin utilization protein  29.13 
 
 		 393 aa  92.8  5e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2459  histone deacetylase superfamily protein  30.87 
 
 		 379 aa  92.8  6e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.08307 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1222  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  27.55 
 
 		 385 aa  92.4  7e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0627011  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1739  histone deacetylase superfamily protein  27 
 
 		 385 aa  92.4  9e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.558289 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0112  histone deacetylase superfamily  29.82 
 
 		 378 aa  92  1e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.833129  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>