More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_3500 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_3500  Histone deacetylase  100 
 
 		 311 aa  636    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3448  histone deacetylase superfamily protein  57.38 
 
 		 297 aa  335  7e-91  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.509704 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1152  histone deacetylase superfamily protein  53.36 
 
 		 301 aa  326  3e-88  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0905584  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2377  histone deacetylase superfamily protein  56.23 
 
 		 300 aa  325  7e-88  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.018  normal  0.544894 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1584  histone deacetylase superfamily protein  55.12 
 
 		 298 aa  323  3e-87  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1201  histone deacetylase superfamily protein  53.59 
 
 		 323 aa  317  1e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000000329608  normal  0.582651 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1529  histone deacetylase superfamily protein  51.48 
 
 		 299 aa  317  2e-85  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.188503  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1601  histone deacetylase superfamily  53.54 
 
 		 299 aa  311  1e-83  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1507  hypothetical protein  49.52 
 
 		 324 aa  304  1.0000000000000001e-81  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.0000688301  normal  0.246857 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1613  histone deacetylase superfamily  52.16 
 
 		 335 aa  303  2.0000000000000002e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.000964161  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1393  histone deacetylase superfamily  49.51 
 
 		 299 aa  303  2.0000000000000002e-81  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1941  histone deacetylase superfamily  52.16 
 
 		 334 aa  303  3.0000000000000004e-81  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00172119  hitchhiker  0.00484876 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1606  hypothetical protein  53.16 
 
 		 323 aa  301  8.000000000000001e-81  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00000378797  normal  0.732235 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1768  Histone deacetylase  49.67 
 
 		 311 aa  300  2e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.70732  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2066  deacetylase  48.15 
 
 		 299 aa  286  2e-76  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.288592  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3087  histone deacetylase superfamily protein  45.79 
 
 		 337 aa  283  4.0000000000000003e-75  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000151146  normal  0.0282587 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2469  Histone deacetylase  51.14 
 
 		 305 aa  275  8e-73  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1991  histone deacetylase superfamily protein  44.83 
 
 		 318 aa  274  1.0000000000000001e-72  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000158404 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1613  histone deacetylase superfamily protein  47.27 
 
 		 333 aa  272  4.0000000000000004e-72  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  unclonable  0.000000152208  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0323  deacetylase  44.21 
 
 		 300 aa  253  3e-66  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04120  Histone deacetylase superfamily protein  42.71 
 
 		 299 aa  250  2e-65  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0413564  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1420  histone deacetylase superfamily protein  45.97 
 
 		 306 aa  249  3e-65  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.0496164 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6866  histone deacetylase superfamily  44.1 
 
 		 299 aa  249  4e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.859971  normal  0.144342 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2043  Histone deacetylase  43.45 
 
 		 299 aa  247  2e-64  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0169314  hitchhiker  0.0046378 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2789  histone deacetylase superfamily protein  42.18 
 
 		 298 aa  243  3.9999999999999997e-63  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2116  histone deacetylase superfamily protein  40.54 
 
 		 305 aa  238  1e-61  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1393  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein-like  45.04 
 
 		 304 aa  236  3e-61  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.194758  normal  0.700999 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3030  Histone deacetylase  43.92 
 
 		 299 aa  235  8e-61  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.894119  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2162  histone deacetylase superfamily protein  40.97 
 
 		 302 aa  231  1e-59  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3192  histone deacetylase superfamily protein  44.76 
 
 		 305 aa  229  3e-59  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00911775  hitchhiker  0.000717233 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1532  histone deacetylase superfamily  44.21 
 
 		 304 aa  229  3e-59  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2562  Histone deacetylase  44.06 
 
 		 305 aa  230  3e-59  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.432751 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3551  histone deacetylase superfamily  44.06 
 
 		 305 aa  229  4e-59  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2706  histone deacetylase superfamily  43.36 
 
 		 305 aa  226  5.0000000000000005e-58  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000210159  unclonable  0.000000000120446 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1827  histone deacetylase superfamily protein  43.01 
 
 		 303 aa  224  1e-57  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2483  Histone deacetylase  40.91 
 
 		 300 aa  224  2e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.557385  normal  0.140117 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2506  histone deacetylase superfamily  43.69 
 
 		 296 aa  222  6e-57  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1162  histone deacetylase superfamily protein  40 
 
 		 306 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_9278  predicted protein  39.59 
 
 		 294 aa  219  6e-56  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0656  histone deacetylase superfamily protein  45.02 
 
 		 304 aa  218  1e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  unclonable  0.000000000855576  normal  0.416487 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3902  histone deacetylase superfamily protein  38.63 
 
 		 357 aa  215  9e-55  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.000000251706  normal  0.03889 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3915  histone deacetylase superfamily protein  42.62 
 
 		 315 aa  214  9.999999999999999e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0686  histone deacetylase superfamily  43.1 
 
 		 294 aa  213  4.9999999999999996e-54  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.611894 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3373  histone deacetylase family protein  36.62 
 
 		 300 aa  212  7.999999999999999e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0543734  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4777  histone deacetylase superfamily protein  43.32 
 
 		 304 aa  211  1e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000599986  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0050  histone deacetylase superfamily protein  43.62 
 
 		 306 aa  210  3e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0204903  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10030  histone deacetylase superfamily  44.49 
 
 		 316 aa  210  3e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0971633  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02968  histone deacetylase family protein  45.58 
 
 		 224 aa  209  3e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.510136  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3722  histone deacetylase superfamily protein  44.44 
 
 		 306 aa  209  3e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4918  histone deacetylase superfamily protein  42.81 
 
 		 306 aa  209  4e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  unclonable  0.000000000000273279  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4764  histone deacetylase superfamily  42.96 
 
 		 304 aa  209  7e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.0000188722  decreased coverage  0.000868257 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4639  histone deacetylase superfamily protein  42.96 
 
 		 317 aa  208  1e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000315852  hitchhiker  0.00689363 
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_40492  predicted protein  41.03 
 
 		 350 aa  208  1e-52  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0423597 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1459  putative histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  41.96 
 
 		 305 aa  206  4e-52  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3900  histone deacetylase superfamily protein  36.21 
 
 		 305 aa  206  4e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0191811 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002921  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  36.93 
 
 		 307 aa  204  2e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03035  hypothetical protein  35.54 
 
 		 307 aa  202  7e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0713  histone deacetylase superfamily protein  42.76 
 
 		 308 aa  201  9e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.50552  normal  0.260718 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4892  histone deacetylase superfamily protein  43.31 
 
 		 305 aa  201  9.999999999999999e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1764  putative histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  42.07 
 
 		 316 aa  200  1.9999999999999998e-50  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0823367 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6387  histone deacetylase superfamily protein  41.28 
 
 		 298 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.006244  normal  0.830145 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0726  histone deacetylase superfamily  42.41 
 
 		 297 aa  198  9e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1629  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  36.62 
 
 		 306 aa  197  1.0000000000000001e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000111374  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4295  histone deacetylase superfamily protein  40.65 
 
 		 305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.331272  normal  0.7959 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4662  histone deacetylase family protein  41.57 
 
 		 305 aa  194  1e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2905  histone deacetylase superfamily protein  36.24 
 
 		 308 aa  194  2e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.681424  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6780  histone deacetylase superfamily  42.12 
 
 		 298 aa  193  3e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2729  histone deacetylase superfamily  37.01 
 
 		 302 aa  193  3e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00182123 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1614  histone deacetylase superfamily protein  37.01 
 
 		 302 aa  192  5e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1648  histone deacetylase superfamily protein  37.01 
 
 		 302 aa  192  5e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.265493 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2474  histone deacetylase superfamily protein  38.08 
 
 		 300 aa  192  6e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00188397 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2542  histone deacetylase superfamily protein  37.72 
 
 		 300 aa  192  6e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00205391 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1245  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  38.57 
 
 		 305 aa  192  6e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000118499 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1625  histone deacetylase superfamily protein  37.23 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2487  histone deacetylase superfamily protein  37.8 
 
 		 300 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.60651  normal  0.017573 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2634  histone deacetylase superfamily protein  38.83 
 
 		 300 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00803062 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1815  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  37.72 
 
 		 304 aa  187  3e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0998  hypothetical protein  37.1 
 
 		 300 aa  185  7e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2660  histone deacetylase superfamily protein  37.23 
 
 		 304 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2634  histone deacetylase superfamily protein  36.65 
 
 		 307 aa  181  2e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_40681  predicted protein  36.88 
 
 		 323 aa  171  1e-41  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.000252385  normal  0.188986 
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_4821  predicted protein  38.89 
 
 		 324 aa  148  9e-35  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0262  histone deacetylase superfamily protein  33.33 
 
 		 331 aa  106  6e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1425  histone deacetylase superfamily protein  33.46 
 
 		 370 aa  105  7e-22  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3472  histone deacetylase superfamily  39.2 
 
 		 594 aa  105  9e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3389  histone deacetylase superfamily protein  38.19 
 
 		 594 aa  104  2e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1785  histone deacetylase superfamily protein  29.37 
 
 		 379 aa  103  3e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000374535  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3520  histone deacetylase superfamily  39.31 
 
 		 336 aa  103  5e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0356949  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3588  histone deacetylase superfamily  39.31 
 
 		 324 aa  102  6e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.503962  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1012  Histone deacetylase  27.8 
 
 		 351 aa  102  7e-21  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0708  Histone deacetylase  29.84 
 
 		 389 aa  102  7e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3536  histone deacetylase superfamily  38.69 
 
 		 594 aa  102  7e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.380166  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3454  histone deacetylase superfamily protein  37.75 
 
 		 589 aa  101  1e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.524181  normal  0.0722274 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0676  histone deacetylase superfamily protein  37.22 
 
 		 344 aa  101  2e-20  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.401062  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4496  histone deacetylase superfamily protein  29.79 
 
 		 388 aa  100  4e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1276  histone deacetylase superfamily protein  33.2 
 
 		 370 aa  100  4e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.296162 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1504  histone deacetylase superfamily  39.58 
 
 		 341 aa  99.8  6e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.170648  n/a   
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_87707  predicted protein  28.81 
 
 		 480 aa  99.4  7e-20  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.18467  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3338  histone deacetylase superfamily protein  29.45 
 
 		 388 aa  99.4  7e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0263491  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0936  histone deacetylase superfamily protein  35.6 
 
 		 316 aa  99.4  8e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>