More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1201 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_1201  histone deacetylase superfamily protein  100 
 
 		 323 aa  656    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000000329608  normal  0.582651 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1613  histone deacetylase superfamily  72.49 
 
 		 335 aa  434  1e-120  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.000964161  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1941  histone deacetylase superfamily  71.84 
 
 		 334 aa  434  1e-120  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00172119  hitchhiker  0.00484876 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1606  hypothetical protein  72.35 
 
 		 323 aa  420  1e-116  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00000378797  normal  0.732235 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1529  histone deacetylase superfamily protein  62.63 
 
 		 299 aa  380  1e-104  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.188503  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1507  hypothetical protein  65.53 
 
 		 324 aa  381  1e-104  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.0000688301  normal  0.246857 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1768  Histone deacetylase  63.21 
 
 		 311 aa  376  1e-103  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.70732  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3087  histone deacetylase superfamily protein  59.51 
 
 		 337 aa  375  1e-103  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000151146  normal  0.0282587 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1991  histone deacetylase superfamily protein  63.18 
 
 		 318 aa  369  1e-101  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000158404 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1393  histone deacetylase superfamily  59.93 
 
 		 299 aa  364  1e-99  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1152  histone deacetylase superfamily protein  59.2 
 
 		 301 aa  353  1e-96  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0905584  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1613  histone deacetylase superfamily protein  58.62 
 
 		 333 aa  351  1e-95  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  unclonable  0.000000152208  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1601  histone deacetylase superfamily  60.33 
 
 		 299 aa  349  4e-95  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2377  histone deacetylase superfamily protein  58.16 
 
 		 300 aa  344  8.999999999999999e-94  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.018  normal  0.544894 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3448  histone deacetylase superfamily protein  59.66 
 
 		 297 aa  341  8e-93  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.509704 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1584  histone deacetylase superfamily protein  58.7 
 
 		 298 aa  334  1e-90  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3500  Histone deacetylase  53.59 
 
 		 311 aa  330  2e-89  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2469  Histone deacetylase  59.14 
 
 		 305 aa  315  6e-85  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2066  deacetylase  50.17 
 
 		 299 aa  285  5e-76  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.288592  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04120  Histone deacetylase superfamily protein  46.15 
 
 		 299 aa  276  3e-73  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0413564  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1393  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein-like  48.01 
 
 		 304 aa  265  7e-70  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.194758  normal  0.700999 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2789  histone deacetylase superfamily protein  46.9 
 
 		 298 aa  264  2e-69  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2562  Histone deacetylase  45.45 
 
 		 305 aa  263  2e-69  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.432751 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3551  histone deacetylase superfamily  45.45 
 
 		 305 aa  263  3e-69  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6866  histone deacetylase superfamily  44.26 
 
 		 299 aa  259  4e-68  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.859971  normal  0.144342 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3030  Histone deacetylase  46.94 
 
 		 299 aa  256  2e-67  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.894119  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1532  histone deacetylase superfamily  44.06 
 
 		 304 aa  256  3e-67  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3192  histone deacetylase superfamily protein  45.26 
 
 		 305 aa  255  8e-67  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00911775  hitchhiker  0.000717233 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3902  histone deacetylase superfamily protein  41.27 
 
 		 357 aa  253  2.0000000000000002e-66  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.000000251706  normal  0.03889 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1827  histone deacetylase superfamily protein  44.41 
 
 		 303 aa  253  2.0000000000000002e-66  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1420  histone deacetylase superfamily protein  45.03 
 
 		 306 aa  252  7e-66  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.0496164 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2506  histone deacetylase superfamily  46.9 
 
 		 296 aa  248  1e-64  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2043  Histone deacetylase  43.82 
 
 		 299 aa  247  2e-64  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0169314  hitchhiker  0.0046378 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2162  histone deacetylase superfamily protein  41.38 
 
 		 302 aa  245  6e-64  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2483  Histone deacetylase  42.66 
 
 		 300 aa  244  9.999999999999999e-64  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.557385  normal  0.140117 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0050  histone deacetylase superfamily protein  48.59 
 
 		 306 aa  243  3.9999999999999997e-63  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0204903  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3373  histone deacetylase family protein  39.38 
 
 		 300 aa  241  1e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0543734  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2706  histone deacetylase superfamily  43.66 
 
 		 305 aa  240  2e-62  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000210159  unclonable  0.000000000120446 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0686  histone deacetylase superfamily  48.74 
 
 		 294 aa  241  2e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.611894 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6387  histone deacetylase superfamily protein  47.55 
 
 		 298 aa  240  2.9999999999999997e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.006244  normal  0.830145 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2116  histone deacetylase superfamily protein  41.1 
 
 		 305 aa  239  4e-62  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_40492  predicted protein  43.23 
 
 		 350 aa  239  5.999999999999999e-62  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0423597 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0726  histone deacetylase superfamily  48 
 
 		 297 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1764  putative histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  43.15 
 
 		 316 aa  234  1.0000000000000001e-60  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0823367 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0713  histone deacetylase superfamily protein  45.61 
 
 		 308 aa  235  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.50552  normal  0.260718 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0656  histone deacetylase superfamily protein  45.04 
 
 		 304 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  unclonable  0.000000000855576  normal  0.416487 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1162  histone deacetylase superfamily protein  40.77 
 
 		 306 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3722  histone deacetylase superfamily protein  43.06 
 
 		 306 aa  231  2e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4777  histone deacetylase superfamily protein  43.97 
 
 		 304 aa  229  5e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000599986  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10030  histone deacetylase superfamily  43.06 
 
 		 316 aa  229  5e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0971633  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6780  histone deacetylase superfamily  47.2 
 
 		 298 aa  228  1e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4892  histone deacetylase superfamily protein  47.06 
 
 		 305 aa  228  1e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4918  histone deacetylase superfamily protein  43.26 
 
 		 306 aa  227  2e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  unclonable  0.000000000000273279  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4639  histone deacetylase superfamily protein  43.66 
 
 		 317 aa  227  2e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000315852  hitchhiker  0.00689363 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4764  histone deacetylase superfamily  43.62 
 
 		 304 aa  226  3e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.0000188722  decreased coverage  0.000868257 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3915  histone deacetylase superfamily protein  42.4 
 
 		 315 aa  227  3e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03035  hypothetical protein  38.97 
 
 		 307 aa  223  3e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3900  histone deacetylase superfamily protein  40.69 
 
 		 305 aa  223  4e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0191811 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1245  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  40.27 
 
 		 305 aa  222  4.9999999999999996e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000118499 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2905  histone deacetylase superfamily protein  38.41 
 
 		 308 aa  220  1.9999999999999999e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.681424  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0323  deacetylase  39.93 
 
 		 300 aa  220  1.9999999999999999e-56  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002921  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  39.65 
 
 		 307 aa  219  6e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1459  putative histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  40.68 
 
 		 305 aa  219  6e-56  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02968  histone deacetylase family protein  46.73 
 
 		 224 aa  218  1e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.510136  n/a   
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_40681  predicted protein  40.85 
 
 		 323 aa  218  1e-55  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.000252385  normal  0.188986 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4295  histone deacetylase superfamily protein  41.82 
 
 		 305 aa  217  2e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.331272  normal  0.7959 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2634  histone deacetylase superfamily protein  37.79 
 
 		 307 aa  217  2.9999999999999998e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_9278  predicted protein  41.78 
 
 		 294 aa  212  7.999999999999999e-54  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4662  histone deacetylase family protein  41.43 
 
 		 305 aa  212  9e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1629  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  37.58 
 
 		 306 aa  210  2e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000111374  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2474  histone deacetylase superfamily protein  39.29 
 
 		 300 aa  210  2e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00188397 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2542  histone deacetylase superfamily protein  38.57 
 
 		 300 aa  210  2e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00205391 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2634  histone deacetylase superfamily protein  38.38 
 
 		 300 aa  209  5e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00803062 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2660  histone deacetylase superfamily protein  36.58 
 
 		 304 aa  206  5e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1625  histone deacetylase superfamily protein  37.16 
 
 		 302 aa  205  1e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1614  histone deacetylase superfamily protein  37.16 
 
 		 302 aa  204  2e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1648  histone deacetylase superfamily protein  37.16 
 
 		 302 aa  204  2e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.265493 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2729  histone deacetylase superfamily  37.16 
 
 		 302 aa  203  3e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00182123 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0998  hypothetical protein  38.03 
 
 		 300 aa  203  4e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1815  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  37.04 
 
 		 304 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2487  histone deacetylase superfamily protein  36.86 
 
 		 300 aa  199  5e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.60651  normal  0.017573 
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_4821  predicted protein  35.06 
 
 		 324 aa  160  4e-38  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3143  histone deacetylase superfamily  30.33 
 
 		 403 aa  119  7.999999999999999e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.170732 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1425  histone deacetylase superfamily protein  32.97 
 
 		 370 aa  119  7.999999999999999e-26  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0246  histone deacetylase superfamily protein  33.99 
 
 		 392 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0467298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0535  Histone deacetylase  34.49 
 
 		 387 aa  115  1.0000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3345  histone deacetylase superfamily protein  31.96 
 
 		 407 aa  115  1.0000000000000001e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1461  histone deacetylase superfamily protein  34.69 
 
 		 393 aa  113  4.0000000000000004e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.111852  normal  0.224977 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5005  Histone deacetylase  32.31 
 
 		 396 aa  112  9e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.983537  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1422  histone deacetylase superfamily protein  33.47 
 
 		 393 aa  112  1.0000000000000001e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000379462 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0483  histone deacetylase superfamily protein  33.33 
 
 		 394 aa  111  2.0000000000000002e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.275495  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_08042  Putative histone deacetylase [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q7Z8L7]  31.16 
 
 		 766 aa  110  4.0000000000000004e-23  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.714475 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1785  histone deacetylase superfamily protein  29.72 
 
 		 379 aa  109  8.000000000000001e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000374535  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3274  histone deacetylase superfamily protein  31.3 
 
 		 375 aa  109  8.000000000000001e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2707  putative acetoin utilization protein  31.62 
 
 		 392 aa  108  1e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0963  Histone deacetylase  31.93 
 
 		 378 aa  108  2e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.469516  normal  0.273215 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18020  deacetylase, histone deacetylase/acetoin utilization protein  33.91 
 
 		 417 aa  107  3e-22  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.738077  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0721  histone deacetylase superfamily protein  29.67 
 
 		 322 aa  107  3e-22  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.459937  normal  0.0813837 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1875  histone deacetylase superfamily  32.47 
 
 		 309 aa  107  3e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.184151  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0936  histone deacetylase superfamily protein  32.02 
 
 		 316 aa  107  3e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>