More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2634 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_2634  histone deacetylase superfamily protein  100 
 
 		 307 aa  634    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1648  histone deacetylase superfamily protein  64.55 
 
 		 302 aa  395  1e-109  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.265493 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1614  histone deacetylase superfamily protein  64.55 
 
 		 302 aa  395  1e-109  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2474  histone deacetylase superfamily protein  64.88 
 
 		 300 aa  396  1e-109  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00188397 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2542  histone deacetylase superfamily protein  64.21 
 
 		 300 aa  395  1e-109  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00205391 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1625  histone deacetylase superfamily protein  64.55 
 
 		 302 aa  393  1e-108  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2729  histone deacetylase superfamily  63.88 
 
 		 302 aa  391  1e-108  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00182123 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2634  histone deacetylase superfamily protein  64.21 
 
 		 300 aa  388  1e-107  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00803062 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1815  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  63.55 
 
 		 304 aa  385  1e-106  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2660  histone deacetylase superfamily protein  58.14 
 
 		 304 aa  363  2e-99  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1245  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  55.18 
 
 		 305 aa  344  1e-93  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000118499 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2487  histone deacetylase superfamily protein  54.18 
 
 		 300 aa  339  2.9999999999999998e-92  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.60651  normal  0.017573 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002921  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  49.68 
 
 		 307 aa  320  3e-86  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03035  hypothetical protein  49.51 
 
 		 307 aa  315  8e-85  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3722  histone deacetylase superfamily protein  48.68 
 
 		 306 aa  309  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3373  histone deacetylase family protein  52.19 
 
 		 300 aa  309  5e-83  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0543734  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3900  histone deacetylase superfamily protein  49.17 
 
 		 305 aa  304  1.0000000000000001e-81  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0191811 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10030  histone deacetylase superfamily  48.34 
 
 		 316 aa  302  5.000000000000001e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0971633  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2905  histone deacetylase superfamily protein  47.52 
 
 		 308 aa  301  1e-80  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.681424  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4639  histone deacetylase superfamily protein  47.62 
 
 		 317 aa  293  2e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000315852  hitchhiker  0.00689363 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1162  histone deacetylase superfamily protein  50.84 
 
 		 306 aa  293  3e-78  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4764  histone deacetylase superfamily  47.44 
 
 		 304 aa  291  8e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.0000188722  decreased coverage  0.000868257 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4777  histone deacetylase superfamily protein  47.78 
 
 		 304 aa  291  8e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000599986  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1629  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  48 
 
 		 306 aa  289  5.0000000000000004e-77  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000111374  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0656  histone deacetylase superfamily protein  46.76 
 
 		 304 aa  287  2e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  unclonable  0.000000000855576  normal  0.416487 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4918  histone deacetylase superfamily protein  45.21 
 
 		 306 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  unclonable  0.000000000000273279  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4295  histone deacetylase superfamily protein  45.51 
 
 		 305 aa  285  5e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.331272  normal  0.7959 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0998  hypothetical protein  48.49 
 
 		 300 aa  281  8.000000000000001e-75  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4662  histone deacetylase family protein  45.51 
 
 		 305 aa  279  4e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1827  histone deacetylase superfamily protein  46.84 
 
 		 303 aa  276  3e-73  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2562  Histone deacetylase  45.51 
 
 		 305 aa  271  1e-71  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.432751 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3551  histone deacetylase superfamily  45.51 
 
 		 305 aa  271  1e-71  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1393  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein-like  44.55 
 
 		 304 aa  270  2e-71  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.194758  normal  0.700999 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1532  histone deacetylase superfamily  46.84 
 
 		 304 aa  267  1e-70  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3192  histone deacetylase superfamily protein  44.19 
 
 		 305 aa  254  9e-67  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00911775  hitchhiker  0.000717233 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02968  histone deacetylase family protein  58.45 
 
 		 224 aa  251  9.000000000000001e-66  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.510136  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2706  histone deacetylase superfamily  44.52 
 
 		 305 aa  249  4e-65  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000210159  unclonable  0.000000000120446 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1764  putative histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  45.82 
 
 		 316 aa  248  1e-64  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0823367 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1459  putative histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  45.15 
 
 		 305 aa  245  4.9999999999999997e-64  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_40681  predicted protein  41.91 
 
 		 323 aa  243  3.9999999999999997e-63  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.000252385  normal  0.188986 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1601  histone deacetylase superfamily  39.93 
 
 		 299 aa  229  5e-59  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2377  histone deacetylase superfamily protein  41.03 
 
 		 300 aa  224  1e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.018  normal  0.544894 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0050  histone deacetylase superfamily protein  41.32 
 
 		 306 aa  223  4e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0204903  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6387  histone deacetylase superfamily protein  38 
 
 		 298 aa  222  6e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.006244  normal  0.830145 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6866  histone deacetylase superfamily  39.72 
 
 		 299 aa  221  1.9999999999999999e-56  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.859971  normal  0.144342 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2066  deacetylase  39.5 
 
 		 299 aa  218  7e-56  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.288592  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3915  histone deacetylase superfamily protein  41.22 
 
 		 315 aa  217  2e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0726  histone deacetylase superfamily  40.48 
 
 		 297 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0713  histone deacetylase superfamily protein  40.14 
 
 		 308 aa  216  5.9999999999999996e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.50552  normal  0.260718 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2789  histone deacetylase superfamily protein  40.94 
 
 		 298 aa  215  8e-55  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3448  histone deacetylase superfamily protein  39.93 
 
 		 297 aa  214  1.9999999999999998e-54  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.509704 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4892  histone deacetylase superfamily protein  39.53 
 
 		 305 aa  212  5.999999999999999e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2116  histone deacetylase superfamily protein  37.98 
 
 		 305 aa  211  1e-53  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2483  Histone deacetylase  39.1 
 
 		 300 aa  210  2e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.557385  normal  0.140117 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1584  histone deacetylase superfamily protein  40.28 
 
 		 298 aa  210  3e-53  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0686  histone deacetylase superfamily  37.97 
 
 		 294 aa  209  4e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.611894 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1201  histone deacetylase superfamily protein  37.79 
 
 		 323 aa  209  5e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000000329608  normal  0.582651 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2162  histone deacetylase superfamily protein  37.41 
 
 		 302 aa  209  7e-53  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1507  hypothetical protein  39.44 
 
 		 324 aa  206  4e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.0000688301  normal  0.246857 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2469  Histone deacetylase  38.59 
 
 		 305 aa  205  8e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1606  hypothetical protein  38.91 
 
 		 323 aa  204  1e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00000378797  normal  0.732235 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04120  Histone deacetylase superfamily protein  37.62 
 
 		 299 aa  204  1e-51  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0413564  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6780  histone deacetylase superfamily  39.46 
 
 		 298 aa  204  1e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1152  histone deacetylase superfamily protein  35.51 
 
 		 301 aa  203  2e-51  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0905584  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2043  Histone deacetylase  36.46 
 
 		 299 aa  203  3e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0169314  hitchhiker  0.0046378 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1941  histone deacetylase superfamily  38.29 
 
 		 334 aa  203  4e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00172119  hitchhiker  0.00484876 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3030  Histone deacetylase  35.55 
 
 		 299 aa  202  5e-51  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.894119  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1768  Histone deacetylase  38.52 
 
 		 311 aa  199  3.9999999999999996e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.70732  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1613  histone deacetylase superfamily  37.66 
 
 		 335 aa  199  3.9999999999999996e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.000964161  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1529  histone deacetylase superfamily protein  40.07 
 
 		 299 aa  199  5e-50  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.188503  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1991  histone deacetylase superfamily protein  39.71 
 
 		 318 aa  197  2.0000000000000003e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000158404 
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_40492  predicted protein  34.74 
 
 		 350 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0423597 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0323  deacetylase  36.12 
 
 		 300 aa  195  9e-49  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3087  histone deacetylase superfamily protein  36.66 
 
 		 337 aa  192  8e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000151146  normal  0.0282587 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_9278  predicted protein  36.95 
 
 		 294 aa  191  2e-47  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1393  histone deacetylase superfamily  38.73 
 
 		 299 aa  188  1e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_4821  predicted protein  35.19 
 
 		 324 aa  186  4e-46  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2506  histone deacetylase superfamily  34.67 
 
 		 296 aa  184  1.0000000000000001e-45  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1420  histone deacetylase superfamily protein  34.77 
 
 		 306 aa  184  1.0000000000000001e-45  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.0496164 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1613  histone deacetylase superfamily protein  36.43 
 
 		 333 aa  184  1.0000000000000001e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  unclonable  0.000000152208  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3902  histone deacetylase superfamily protein  32.73 
 
 		 357 aa  181  1e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.000000251706  normal  0.03889 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3500  Histone deacetylase  36.65 
 
 		 311 aa  181  2e-44  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0533  histone deacetylase superfamily protein  28.42 
 
 		 348 aa  101  2e-20  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.072372 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3536  histone deacetylase superfamily  37.67 
 
 		 306 aa  97.1  3e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00589437 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2745  Histone deacetylase  28.67 
 
 		 406 aa  94  3e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.799904  hitchhiker  0.000342865 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0109  histone deacetylase superfamily  28.85 
 
 		 334 aa  93.6  4e-18  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.39401 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24430  deacetylase, histone deacetylase/acetoin utilization protein  27.24 
 
 		 406 aa  93.2  5e-18  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.653116  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3565  Histone deacetylase  28.29 
 
 		 393 aa  93.2  5e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1831  hypothetical protein  43.52 
 
 		 133 aa  92.4  8e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.330593  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0112  histone deacetylase superfamily  26.33 
 
 		 378 aa  91.7  1e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.833129  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1860  Histone deacetylase  28.99 
 
 		 341 aa  90.9  2e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0555119  normal  0.0138498 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1212  histone deacetylase superfamily  31.84 
 
 		 306 aa  90.1  4e-17  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2162  histone deacetylase superfamily  30.77 
 
 		 404 aa  90.1  4e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.654849  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0611  histone deacetylase superfamily  29.55 
 
 		 394 aa  90.1  5e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.571257  normal  0.0511061 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0246  histone deacetylase superfamily protein  28.07 
 
 		 392 aa  90.1  5e-17  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0467298  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2534  histone deacetylase family protein  29.41 
 
 		 388 aa  89.4  7e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2162  histone deacetylase superfamily  29.41 
 
 		 404 aa  89.4  8e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000369065 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_35869  predicted protein  30.58 
 
 		 534 aa  88.6  1e-16  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.597228  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0250  histone deacetylase superfamily  31.52 
 
 		 387 aa  88.6  1e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.358933  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3268  histone deacetylase superfamily  32.89 
 
 		 411 aa  88.6  1e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0684517  normal  0.0460373 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>