More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4764 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4764  histone deacetylase superfamily  100 
 
 		 304 aa  617  1e-176  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.0000188722  decreased coverage  0.000868257 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4639  histone deacetylase superfamily protein  99.67 
 
 		 317 aa  617  1e-176  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000315852  hitchhiker  0.00689363 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4777  histone deacetylase superfamily protein  98.03 
 
 		 304 aa  605  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000599986  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0656  histone deacetylase superfamily protein  92.76 
 
 		 304 aa  575  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida W619  Bacteria  unclonable  0.000000000855576  normal  0.416487 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4918  histone deacetylase superfamily protein  87.79 
 
 		 306 aa  547  1e-155  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  unclonable  0.000000000000273279  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4295  histone deacetylase superfamily protein  84.95 
 
 		 305 aa  526  1e-148  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.331272  normal  0.7959 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3722  histone deacetylase superfamily protein  85.95 
 
 		 306 aa  525  1e-148  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4662  histone deacetylase family protein  83.95 
 
 		 305 aa  513  1e-144  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10030  histone deacetylase superfamily  81.27 
 
 		 316 aa  495  1e-139  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0971633  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2905  histone deacetylase superfamily protein  49.16 
 
 		 308 aa  315  5e-85  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.681424  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1827  histone deacetylase superfamily protein  52.33 
 
 		 303 aa  312  3.9999999999999997e-84  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1532  histone deacetylase superfamily  50.84 
 
 		 304 aa  309  4e-83  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2562  Histone deacetylase  50.5 
 
 		 305 aa  302  4.0000000000000003e-81  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.432751 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3551  histone deacetylase superfamily  50.17 
 
 		 305 aa  302  6.000000000000001e-81  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1393  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein-like  51.84 
 
 		 304 aa  301  9e-81  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.194758  normal  0.700999 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2634  histone deacetylase superfamily protein  47.44 
 
 		 307 aa  291  8e-78  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2706  histone deacetylase superfamily  50.5 
 
 		 305 aa  291  1e-77  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000210159  unclonable  0.000000000120446 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2542  histone deacetylase superfamily protein  47.42 
 
 		 300 aa  291  1e-77  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00205391 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2474  histone deacetylase superfamily protein  47.42 
 
 		 300 aa  289  3e-77  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00188397 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3192  histone deacetylase superfamily protein  48.49 
 
 		 305 aa  287  2e-76  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00911775  hitchhiker  0.000717233 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2660  histone deacetylase superfamily protein  47.06 
 
 		 304 aa  286  4e-76  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1815  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  47.08 
 
 		 304 aa  283  3.0000000000000004e-75  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2634  histone deacetylase superfamily protein  46.74 
 
 		 300 aa  280  2e-74  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00803062 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1245  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  45.97 
 
 		 305 aa  279  4e-74  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000118499 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1459  putative histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  49.83 
 
 		 305 aa  272  4.0000000000000004e-72  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1764  putative histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  50.51 
 
 		 316 aa  272  6e-72  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0823367 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1614  histone deacetylase superfamily protein  44.67 
 
 		 302 aa  270  2.9999999999999997e-71  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1625  histone deacetylase superfamily protein  45.02 
 
 		 302 aa  270  2.9999999999999997e-71  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1648  histone deacetylase superfamily protein  44.67 
 
 		 302 aa  270  2.9999999999999997e-71  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.265493 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2729  histone deacetylase superfamily  44.67 
 
 		 302 aa  268  1e-70  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00182123 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002921  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  42.9 
 
 		 307 aa  266  4e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4892  histone deacetylase superfamily protein  49.15 
 
 		 305 aa  265  5e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3373  histone deacetylase family protein  42.76 
 
 		 300 aa  260  2e-68  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0543734  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1162  histone deacetylase superfamily protein  43 
 
 		 306 aa  253  3e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3900  histone deacetylase superfamily protein  41.67 
 
 		 305 aa  253  3e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0191811 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03035  hypothetical protein  42.05 
 
 		 307 aa  251  7e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2487  histone deacetylase superfamily protein  43.94 
 
 		 300 aa  251  9.000000000000001e-66  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.60651  normal  0.017573 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0050  histone deacetylase superfamily protein  46.71 
 
 		 306 aa  250  2e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0204903  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1629  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  44.37 
 
 		 306 aa  249  4e-65  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000111374  n/a   
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_40681  predicted protein  46.64 
 
 		 323 aa  247  2e-64  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.000252385  normal  0.188986 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6387  histone deacetylase superfamily protein  42.37 
 
 		 298 aa  239  5e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.006244  normal  0.830145 
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_4821  predicted protein  44.72 
 
 		 324 aa  238  6.999999999999999e-62  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0686  histone deacetylase superfamily  43.49 
 
 		 294 aa  235  9e-61  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.611894 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0998  hypothetical protein  41.03 
 
 		 300 aa  234  2.0000000000000002e-60  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0726  histone deacetylase superfamily  43.73 
 
 		 297 aa  233  3e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1601  histone deacetylase superfamily  43.12 
 
 		 299 aa  232  5e-60  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2377  histone deacetylase superfamily protein  41.81 
 
 		 300 aa  231  8.000000000000001e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.018  normal  0.544894 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0713  histone deacetylase superfamily protein  43.73 
 
 		 308 aa  231  1e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.50552  normal  0.260718 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1152  histone deacetylase superfamily protein  41.58 
 
 		 301 aa  226  3e-58  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0905584  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6780  histone deacetylase superfamily  44.63 
 
 		 298 aa  226  4e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1507  hypothetical protein  44.64 
 
 		 324 aa  225  6e-58  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.0000688301  normal  0.246857 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2066  deacetylase  39.93 
 
 		 299 aa  224  2e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.288592  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3915  histone deacetylase superfamily protein  43.06 
 
 		 315 aa  220  1.9999999999999999e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6866  histone deacetylase superfamily  39.66 
 
 		 299 aa  218  1e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.859971  normal  0.144342 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1201  histone deacetylase superfamily protein  43.62 
 
 		 323 aa  215  8e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000000329608  normal  0.582651 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2469  Histone deacetylase  44.68 
 
 		 305 aa  214  9.999999999999999e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2043  Histone deacetylase  40.07 
 
 		 299 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0169314  hitchhiker  0.0046378 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04120  Histone deacetylase superfamily protein  37.58 
 
 		 299 aa  213  2.9999999999999995e-54  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0413564  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1991  histone deacetylase superfamily protein  42.31 
 
 		 318 aa  210  3e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000158404 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1529  histone deacetylase superfamily protein  40.22 
 
 		 299 aa  209  5e-53  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.188503  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3500  Histone deacetylase  42.96 
 
 		 311 aa  209  7e-53  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0323  deacetylase  38.33 
 
 		 300 aa  209  7e-53  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02968  histone deacetylase family protein  47.53 
 
 		 224 aa  206  3e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.510136  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2789  histone deacetylase superfamily protein  39.72 
 
 		 298 aa  206  4e-52  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2162  histone deacetylase superfamily protein  36.93 
 
 		 302 aa  206  4e-52  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3448  histone deacetylase superfamily protein  39.43 
 
 		 297 aa  206  5e-52  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.509704 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1768  Histone deacetylase  40.78 
 
 		 311 aa  206  5e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.70732  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1606  hypothetical protein  40.77 
 
 		 323 aa  201  9.999999999999999e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00000378797  normal  0.732235 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1941  histone deacetylase superfamily  41.84 
 
 		 334 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00172119  hitchhiker  0.00484876 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1584  histone deacetylase superfamily protein  38.21 
 
 		 298 aa  201  1.9999999999999998e-50  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2116  histone deacetylase superfamily protein  35.89 
 
 		 305 aa  200  3e-50  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1393  histone deacetylase superfamily  37.86 
 
 		 299 aa  196  3e-49  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1613  histone deacetylase superfamily  41.13 
 
 		 335 aa  196  3e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.000964161  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3087  histone deacetylase superfamily protein  40.48 
 
 		 337 aa  196  4.0000000000000005e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000151146  normal  0.0282587 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3030  Histone deacetylase  39.72 
 
 		 299 aa  196  5.000000000000001e-49  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.894119  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1420  histone deacetylase superfamily protein  40.96 
 
 		 306 aa  196  5.000000000000001e-49  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.0496164 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3902  histone deacetylase superfamily protein  34.91 
 
 		 357 aa  194  1e-48  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.000000251706  normal  0.03889 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2483  Histone deacetylase  33.56 
 
 		 300 aa  193  4e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.557385  normal  0.140117 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1613  histone deacetylase superfamily protein  40.41 
 
 		 333 aa  189  4e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  unclonable  0.000000152208  normal  1 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_9278  predicted protein  34.69 
 
 		 294 aa  181  1e-44  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2506  histone deacetylase superfamily  38.83 
 
 		 296 aa  174  1.9999999999999998e-42  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_40492  predicted protein  32.4 
 
 		 350 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0423597 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1212  histone deacetylase superfamily  31 
 
 		 306 aa  113  4.0000000000000004e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1860  Histone deacetylase  33.5 
 
 		 341 aa  111  2.0000000000000002e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0555119  normal  0.0138498 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0570  histone deacetylase superfamily protein  32.56 
 
 		 360 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3565  Histone deacetylase  32.29 
 
 		 393 aa  108  1e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0708  Histone deacetylase  30.56 
 
 		 389 aa  108  1e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1790  histone deacetylase superfamily protein  28.52 
 
 		 389 aa  107  2e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.252673  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1825  histone deacetylase superfamily protein  28.52 
 
 		 389 aa  107  2e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000197961  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0640  histone deacetylase superfamily protein  30.5 
 
 		 307 aa  106  4e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0425739 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1012  Histone deacetylase  31.67 
 
 		 351 aa  106  6e-22  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0533  histone deacetylase superfamily protein  30.12 
 
 		 348 aa  105  1e-21  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.072372 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0963  Histone deacetylase  31.07 
 
 		 378 aa  104  2e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.469516  normal  0.273215 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3268  histone deacetylase superfamily  34.27 
 
 		 411 aa  104  2e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0684517  normal  0.0460373 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1558  histone deacetylase superfamily protein  29.21 
 
 		 314 aa  103  3e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.643913  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18020  deacetylase, histone deacetylase/acetoin utilization protein  32.56 
 
 		 417 aa  103  5e-21  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.738077  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2732  histone deacetylase superfamily  29.61 
 
 		 396 aa  101  1e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4778  acetoin utilization protein AcuC  27.78 
 
 		 388 aa  100  2e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3338  histone deacetylase superfamily protein  27.55 
 
 		 388 aa  100  2e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0263491  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0417  Histone deacetylase  29.41 
 
 		 340 aa  100  4e-20  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>