More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_3900 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_3900  histone deacetylase superfamily protein  100 
 
 
305 aa  632  1e-180  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0191811 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002921  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  71.76 
 
 
307 aa  459  9.999999999999999e-129  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03035  hypothetical protein  69.77 
 
 
307 aa  454  1e-127  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0998  hypothetical protein  65.79 
 
 
300 aa  411  1e-114  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1629  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  61.97 
 
 
306 aa  409  1e-113  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000111374  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2474  histone deacetylase superfamily protein  51.32 
 
 
300 aa  325  6e-88  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00188397 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2542  histone deacetylase superfamily protein  50.99 
 
 
300 aa  324  1e-87  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00205391 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1815  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  51.83 
 
 
304 aa  323  2e-87  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1625  histone deacetylase superfamily protein  50.82 
 
 
302 aa  317  1e-85  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1648  histone deacetylase superfamily protein  50 
 
 
302 aa  317  1e-85  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.265493 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1614  histone deacetylase superfamily protein  50 
 
 
302 aa  317  1e-85  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2634  histone deacetylase superfamily protein  50.66 
 
 
300 aa  316  4e-85  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00803062 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1162  histone deacetylase superfamily protein  51.84 
 
 
306 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2487  histone deacetylase superfamily protein  51.16 
 
 
300 aa  311  5.999999999999999e-84  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.60651  normal  0.017573 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2729  histone deacetylase superfamily  49.01 
 
 
302 aa  311  1e-83  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00182123 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2660  histone deacetylase superfamily protein  50.17 
 
 
304 aa  307  1.0000000000000001e-82  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3373  histone deacetylase family protein  48.84 
 
 
300 aa  306  4.0000000000000004e-82  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0543734  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1245  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  48.17 
 
 
305 aa  304  1.0000000000000001e-81  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000118499 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2634  histone deacetylase superfamily protein  49.17 
 
 
307 aa  304  1.0000000000000001e-81  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4918  histone deacetylase superfamily protein  43.33 
 
 
306 aa  265  5e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  unclonable  0.000000000000273279  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02968  histone deacetylase family protein  56.36 
 
 
224 aa  263  2e-69  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.510136  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4295  histone deacetylase superfamily protein  43 
 
 
305 aa  263  4e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.331272  normal  0.7959 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3722  histone deacetylase superfamily protein  43.33 
 
 
306 aa  261  8.999999999999999e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0656  histone deacetylase superfamily protein  42.67 
 
 
304 aa  256  3e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  unclonable  0.000000000855576  normal  0.416487 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10030  histone deacetylase superfamily  42.24 
 
 
316 aa  255  7e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0971633  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4662  histone deacetylase family protein  41.33 
 
 
305 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4639  histone deacetylase superfamily protein  41.67 
 
 
317 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000315852  hitchhiker  0.00689363 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4764  histone deacetylase superfamily  41.67 
 
 
304 aa  253  3e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.0000188722  decreased coverage  0.000868257 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4777  histone deacetylase superfamily protein  42 
 
 
304 aa  253  3e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000599986  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2905  histone deacetylase superfamily protein  40.07 
 
 
308 aa  252  5.000000000000001e-66  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.681424  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2562  Histone deacetylase  40.73 
 
 
305 aa  250  2e-65  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.432751 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3551  histone deacetylase superfamily  40.73 
 
 
305 aa  249  3e-65  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2706  histone deacetylase superfamily  43.42 
 
 
305 aa  247  1e-64  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000210159  unclonable  0.000000000120446 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1393  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein-like  40.92 
 
 
304 aa  248  1e-64  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.194758  normal  0.700999 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1827  histone deacetylase superfamily protein  41.25 
 
 
303 aa  248  1e-64  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3192  histone deacetylase superfamily protein  40.92 
 
 
305 aa  243  1.9999999999999999e-63  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00911775  hitchhiker  0.000717233 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1532  histone deacetylase superfamily  42.02 
 
 
304 aa  243  3.9999999999999997e-63  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1459  putative histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  39.8 
 
 
305 aa  236  3e-61  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_40681  predicted protein  37.62 
 
 
323 aa  233  4.0000000000000004e-60  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.000252385  normal  0.188986 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1764  putative histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  40 
 
 
316 aa  231  1e-59  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.0823367 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6387  histone deacetylase superfamily protein  39.33 
 
 
298 aa  227  2e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.006244  normal  0.830145 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6866  histone deacetylase superfamily  38.46 
 
 
299 aa  219  3e-56  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.859971  normal  0.144342 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2483  Histone deacetylase  38.03 
 
 
300 aa  219  5e-56  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.557385  normal  0.140117 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1201  histone deacetylase superfamily protein  40.07 
 
 
323 aa  217  2e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000000329608  normal  0.582651 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2043  Histone deacetylase  37.54 
 
 
299 aa  216  4e-55  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0169314  hitchhiker  0.0046378 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1152  histone deacetylase superfamily protein  35.62 
 
 
301 aa  216  5e-55  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0905584  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6780  histone deacetylase superfamily  40.86 
 
 
298 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1601  histone deacetylase superfamily  38.06 
 
 
299 aa  213  4.9999999999999996e-54  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3915  histone deacetylase superfamily protein  37.95 
 
 
315 aa  211  1e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2377  histone deacetylase superfamily protein  37.93 
 
 
300 aa  210  2e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.018  normal  0.544894 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1529  histone deacetylase superfamily protein  39.86 
 
 
299 aa  211  2e-53  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.188503  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04120  Histone deacetylase superfamily protein  37.17 
 
 
299 aa  209  3e-53  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0413564  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2162  histone deacetylase superfamily protein  36.27 
 
 
302 aa  209  5e-53  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0050  histone deacetylase superfamily protein  38.23 
 
 
306 aa  208  1e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0204903  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0323  deacetylase  35.08 
 
 
300 aa  208  1e-52  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1507  hypothetical protein  38.54 
 
 
324 aa  207  2e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.0000688301  normal  0.246857 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2066  deacetylase  38.23 
 
 
299 aa  206  3e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.288592  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4892  histone deacetylase superfamily protein  37.46 
 
 
305 aa  206  3e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3500  Histone deacetylase  36.21 
 
 
311 aa  206  4e-52  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1393  histone deacetylase superfamily  38.7 
 
 
299 aa  204  1e-51  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0726  histone deacetylase superfamily  37.21 
 
 
297 aa  202  5e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1941  histone deacetylase superfamily  37.88 
 
 
334 aa  202  7e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00172119  hitchhiker  0.00484876 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0713  histone deacetylase superfamily protein  37.21 
 
 
308 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.50552  normal  0.260718 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3448  histone deacetylase superfamily protein  36.52 
 
 
297 aa  201  1.9999999999999998e-50  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.509704 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1613  histone deacetylase superfamily  38.1 
 
 
335 aa  200  3e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.000964161  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1584  histone deacetylase superfamily protein  35.71 
 
 
298 aa  198  1.0000000000000001e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0686  histone deacetylase superfamily  36.36 
 
 
294 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.611894 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2116  histone deacetylase superfamily protein  34.75 
 
 
305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2789  histone deacetylase superfamily protein  37.42 
 
 
298 aa  196  4.0000000000000005e-49  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1768  Histone deacetylase  36.15 
 
 
311 aa  193  4e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.70732  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2469  Histone deacetylase  36.54 
 
 
305 aa  191  1e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1606  hypothetical protein  35.86 
 
 
323 aa  189  4e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00000378797  normal  0.732235 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1991  histone deacetylase superfamily protein  36.45 
 
 
318 aa  189  5.999999999999999e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000158404 
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_4821  predicted protein  35.13 
 
 
324 aa  186  4e-46  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3030  Histone deacetylase  35.4 
 
 
299 aa  184  1.0000000000000001e-45  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.894119  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3902  histone deacetylase superfamily protein  33.13 
 
 
357 aa  184  1.0000000000000001e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.000000251706  normal  0.03889 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2506  histone deacetylase superfamily  31.88 
 
 
296 aa  177  2e-43  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1420  histone deacetylase superfamily protein  31.29 
 
 
306 aa  176  3e-43  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.0496164 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1613  histone deacetylase superfamily protein  35.89 
 
 
333 aa  172  3.9999999999999995e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  unclonable  0.000000152208  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3087  histone deacetylase superfamily protein  34.75 
 
 
337 aa  172  9e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000151146  normal  0.0282587 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_9278  predicted protein  31 
 
 
294 aa  167  2.9999999999999998e-40  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_40492  predicted protein  29.41 
 
 
350 aa  166  4e-40  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.0423597 
 
 
-
 
NC_006685  CNC02060  histone deacetylase 1-1 (hd1), putative  32 
 
 
659 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.300789  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119545  histone deacetylase  30.08 
 
 
487 aa  112  7.000000000000001e-24  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1825  histone deacetylase superfamily protein  31.78 
 
 
389 aa  108  9.000000000000001e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000197961  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1790  histone deacetylase superfamily protein  31.78 
 
 
389 aa  108  9.000000000000001e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.252673  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119518  histone deacetylase, probable  30.86 
 
 
424 aa  104  1e-21  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006693  CNH03520  histone deacetylase 1 (hd1), putative  30.03 
 
 
621 aa  104  2e-21  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0676  histone deacetylase superfamily protein  25.58 
 
 
344 aa  103  3e-21  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.401062  n/a   
 
 
-
 
NC_009043  PICST_57812  predicted protein  30.22 
 
 
488 aa  103  5e-21  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1212  histone deacetylase superfamily  27.59 
 
 
306 aa  102  7e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1012  Histone deacetylase  27.8 
 
 
351 aa  102  8e-21  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0112  histone deacetylase superfamily  28.75 
 
 
378 aa  102  8e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.833129  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2297  histone deacetylase superfamily protein  28.57 
 
 
385 aa  101  1e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.601671  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_75957  predicted protein  28.52 
 
 
453 aa  100  2e-20  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0856  histone deacetylase superfamily  26.3 
 
 
309 aa  100  3e-20  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0895485  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0834  histone deacetylase superfamily  27.64 
 
 
378 aa  98.6  1e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_51026  histone deacetylase 1 isoform  27.59 
 
 
426 aa  98.2  2e-19  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006693  CNH02110  histone deacetylation-related protein, putative  30.67 
 
 
475 aa  97.8  2e-19  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.225497  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_81035  histone deacetylase transcription modifier  29.48 
 
 
500 aa  97.4  2e-19  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.773072 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>