More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_0726 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011757  Mchl_0726  histone deacetylase superfamily  100 
 
 
297 aa  580  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0713  histone deacetylase superfamily protein  97.98 
 
 
308 aa  553  1e-156  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.50552  normal  0.260718 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0686  histone deacetylase superfamily  91.44 
 
 
294 aa  521  1e-147  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.611894 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6387  histone deacetylase superfamily protein  76.95 
 
 
298 aa  440  9.999999999999999e-123  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.006244  normal  0.830145 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6780  histone deacetylase superfamily  75.93 
 
 
298 aa  410  1e-113  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0050  histone deacetylase superfamily protein  74.05 
 
 
306 aa  405  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0204903  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4892  histone deacetylase superfamily protein  55.48 
 
 
305 aa  284  2.0000000000000002e-75  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3192  histone deacetylase superfamily protein  46.08 
 
 
305 aa  274  1.0000000000000001e-72  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00911775  hitchhiker  0.000717233 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2905  histone deacetylase superfamily protein  44.56 
 
 
308 aa  270  2.9999999999999997e-71  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.681424  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3915  histone deacetylase superfamily protein  52.26 
 
 
315 aa  268  1e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2562  Histone deacetylase  45.21 
 
 
305 aa  265  8e-70  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.432751 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3551  histone deacetylase superfamily  44.86 
 
 
305 aa  264  1e-69  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1532  histone deacetylase superfamily  44.37 
 
 
304 aa  264  2e-69  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1827  histone deacetylase superfamily protein  43.49 
 
 
303 aa  261  6.999999999999999e-69  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2706  histone deacetylase superfamily  45.39 
 
 
305 aa  258  6e-68  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000210159  unclonable  0.000000000120446 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1459  putative histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  47.28 
 
 
305 aa  258  8e-68  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1764  putative histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  48.81 
 
 
316 aa  255  5e-67  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.0823367 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1393  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein-like  46.02 
 
 
304 aa  253  4.0000000000000004e-66  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.194758  normal  0.700999 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4295  histone deacetylase superfamily protein  45.39 
 
 
305 aa  251  9.000000000000001e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.331272  normal  0.7959 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3722  histone deacetylase superfamily protein  46.78 
 
 
306 aa  250  3e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0656  histone deacetylase superfamily protein  45.76 
 
 
304 aa  249  5e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  unclonable  0.000000000855576  normal  0.416487 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4662  histone deacetylase family protein  44.71 
 
 
305 aa  246  2e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4918  histone deacetylase superfamily protein  44.37 
 
 
306 aa  246  2e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  unclonable  0.000000000000273279  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10030  histone deacetylase superfamily  46.44 
 
 
316 aa  247  2e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0971633  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1245  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  44.93 
 
 
305 aa  246  2e-64  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000118499 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4764  histone deacetylase superfamily  43.73 
 
 
304 aa  241  1e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.0000188722  decreased coverage  0.000868257 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4639  histone deacetylase superfamily protein  43.73 
 
 
317 aa  241  1e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000315852  hitchhiker  0.00689363 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4777  histone deacetylase superfamily protein  43.73 
 
 
304 aa  239  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000599986  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2162  histone deacetylase superfamily protein  42.81 
 
 
302 aa  239  2.9999999999999997e-62  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3373  histone deacetylase family protein  40.14 
 
 
300 aa  238  1e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0543734  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2487  histone deacetylase superfamily protein  42.62 
 
 
300 aa  236  3e-61  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.60651  normal  0.017573 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2474  histone deacetylase superfamily protein  42.71 
 
 
300 aa  231  9e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00188397 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1201  histone deacetylase superfamily protein  48 
 
 
323 aa  231  1e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000000329608  normal  0.582651 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2542  histone deacetylase superfamily protein  41.69 
 
 
300 aa  230  3e-59  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00205391 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04120  Histone deacetylase superfamily protein  39.73 
 
 
299 aa  229  5e-59  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0413564  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2377  histone deacetylase superfamily protein  45.29 
 
 
300 aa  227  2e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.018  normal  0.544894 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2660  histone deacetylase superfamily protein  40 
 
 
304 aa  225  6e-58  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2634  histone deacetylase superfamily protein  42.71 
 
 
300 aa  225  6e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00803062 
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_40681  predicted protein  43.54 
 
 
323 aa  224  2e-57  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.000252385  normal  0.188986 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1991  histone deacetylase superfamily protein  46.05 
 
 
318 aa  224  2e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000158404 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2634  histone deacetylase superfamily protein  40.48 
 
 
307 aa  222  6e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1815  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  41.69 
 
 
304 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1648  histone deacetylase superfamily protein  40.68 
 
 
302 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.265493 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1614  histone deacetylase superfamily protein  40.68 
 
 
302 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1529  histone deacetylase superfamily protein  41.55 
 
 
299 aa  220  3e-56  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.188503  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1606  hypothetical protein  48.94 
 
 
323 aa  219  3e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00000378797  normal  0.732235 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1162  histone deacetylase superfamily protein  40.96 
 
 
306 aa  219  3e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2116  histone deacetylase superfamily protein  39.04 
 
 
305 aa  217  2e-55  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2789  histone deacetylase superfamily protein  41.96 
 
 
298 aa  217  2e-55  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002921  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  39.01 
 
 
307 aa  216  5e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1629  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  39.14 
 
 
306 aa  215  5.9999999999999996e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000111374  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2729  histone deacetylase superfamily  40 
 
 
302 aa  215  5.9999999999999996e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00182123 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1601  histone deacetylase superfamily  44.06 
 
 
299 aa  215  7e-55  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1625  histone deacetylase superfamily protein  40.34 
 
 
302 aa  215  7e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2066  deacetylase  41.34 
 
 
299 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.288592  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1941  histone deacetylase superfamily  46.8 
 
 
334 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00172119  hitchhiker  0.00484876 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1152  histone deacetylase superfamily protein  41.94 
 
 
301 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0905584  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03035  hypothetical protein  37.12 
 
 
307 aa  213  2.9999999999999995e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1507  hypothetical protein  45 
 
 
324 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.0000688301  normal  0.246857 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1613  histone deacetylase superfamily  46.13 
 
 
335 aa  212  4.9999999999999996e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.000964161  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3900  histone deacetylase superfamily protein  37.21 
 
 
305 aa  212  7e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0191811 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1768  Histone deacetylase  44.28 
 
 
311 aa  211  1e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.70732  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2483  Histone deacetylase  40.2 
 
 
300 aa  211  1e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.557385  normal  0.140117 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3030  Histone deacetylase  45.55 
 
 
299 aa  210  2e-53  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.894119  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2043  Histone deacetylase  38.57 
 
 
299 aa  208  9e-53  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0169314  hitchhiker  0.0046378 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0998  hypothetical protein  37.04 
 
 
300 aa  206  4e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3087  histone deacetylase superfamily protein  44.01 
 
 
337 aa  206  5e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000151146  normal  0.0282587 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3500  Histone deacetylase  42.41 
 
 
311 aa  204  1e-51  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0323  deacetylase  37.67 
 
 
300 aa  202  4e-51  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1393  histone deacetylase superfamily  38.25 
 
 
299 aa  202  7e-51  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1613  histone deacetylase superfamily protein  44.52 
 
 
333 aa  201  9.999999999999999e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  unclonable  0.000000152208  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6866  histone deacetylase superfamily  36.52 
 
 
299 aa  200  1.9999999999999998e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.859971  normal  0.144342 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2506  histone deacetylase superfamily  44.64 
 
 
296 aa  200  3e-50  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1420  histone deacetylase superfamily protein  44.48 
 
 
306 aa  199  3.9999999999999996e-50  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.0496164 
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_4821  predicted protein  41.07 
 
 
324 aa  199  6e-50  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3448  histone deacetylase superfamily protein  42.03 
 
 
297 aa  197  2.0000000000000003e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.509704 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1584  histone deacetylase superfamily protein  41.07 
 
 
298 aa  195  8.000000000000001e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_40492  predicted protein  36.96 
 
 
350 aa  195  9e-49  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.0423597 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02968  histone deacetylase family protein  45.87 
 
 
224 aa  194  1e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.510136  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_9278  predicted protein  38.78 
 
 
294 aa  189  5.999999999999999e-47  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2469  Histone deacetylase  44.8 
 
 
305 aa  183  3e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3902  histone deacetylase superfamily protein  34.73 
 
 
357 aa  174  9.999999999999999e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.000000251706  normal  0.03889 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0697  histone deacetylase superfamily protein  35.61 
 
 
357 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.22424  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0611  histone deacetylase superfamily  35.84 
 
 
394 aa  113  4.0000000000000004e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.571257  normal  0.0511061 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3565  Histone deacetylase  34.77 
 
 
393 aa  112  7.000000000000001e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0570  histone deacetylase superfamily protein  34.6 
 
 
360 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1974  histone deacetylase superfamily protein  29.84 
 
 
345 aa  108  1e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3274  histone deacetylase superfamily protein  30.63 
 
 
375 aa  107  2e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2054  histone deacetylase family protein  33.46 
 
 
374 aa  105  9e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.24531 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2297  histone deacetylase superfamily protein  31.46 
 
 
385 aa  103  3e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.601671  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0676  histone deacetylase superfamily protein  31.6 
 
 
344 aa  103  3e-21  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.401062  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1425  histone deacetylase superfamily protein  33.98 
 
 
370 aa  102  7e-21  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1831  hypothetical protein  47.22 
 
 
133 aa  101  1e-20  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.330593  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0417  Histone deacetylase  31.85 
 
 
340 aa  102  1e-20  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1468  histone deacetylase superfamily  35.83 
 
 
397 aa  101  2e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0799038  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2745  Histone deacetylase  35.47 
 
 
406 aa  101  2e-20  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.799904  hitchhiker  0.000342865 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5005  Histone deacetylase  33.48 
 
 
396 aa  100  3e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.983537  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1137  Histone deacetylase  31.34 
 
 
385 aa  100  3e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0112  histone deacetylase superfamily  33.02 
 
 
378 aa  99.8  5e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.833129  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3125  histone deacetylase superfamily  30.99 
 
 
385 aa  99  9e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>