More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1613 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_1941  histone deacetylase superfamily  95.52 
 
 		 334 aa  647    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00172119  hitchhiker  0.00484876 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1613  histone deacetylase superfamily  100 
 
 		 335 aa  681    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.000964161  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1606  hypothetical protein  86.69 
 
 		 323 aa  521  1e-147  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00000378797  normal  0.732235 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1201  histone deacetylase superfamily protein  72.49 
 
 		 323 aa  422  1e-117  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000000329608  normal  0.582651 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1768  Histone deacetylase  65.02 
 
 		 311 aa  402  1e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.70732  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3087  histone deacetylase superfamily protein  59.01 
 
 		 337 aa  370  1e-101  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000151146  normal  0.0282587 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1613  histone deacetylase superfamily protein  60.51 
 
 		 333 aa  363  2e-99  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  unclonable  0.000000152208  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1529  histone deacetylase superfamily protein  59.12 
 
 		 299 aa  363  3e-99  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.188503  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1507  hypothetical protein  60.65 
 
 		 324 aa  354  1e-96  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.0000688301  normal  0.246857 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1393  histone deacetylase superfamily  56.11 
 
 		 299 aa  351  1e-95  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1991  histone deacetylase superfamily protein  56.69 
 
 		 318 aa  333  3e-90  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000158404 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1601  histone deacetylase superfamily  58.19 
 
 		 299 aa  318  6e-86  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1152  histone deacetylase superfamily protein  55.22 
 
 		 301 aa  318  1e-85  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0905584  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2377  histone deacetylase superfamily protein  57.05 
 
 		 300 aa  317  2e-85  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.018  normal  0.544894 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3448  histone deacetylase superfamily protein  56.52 
 
 		 297 aa  314  1.9999999999999998e-84  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.509704 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1584  histone deacetylase superfamily protein  55.37 
 
 		 298 aa  305  8.000000000000001e-82  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3500  Histone deacetylase  52.16 
 
 		 311 aa  303  2.0000000000000002e-81  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2469  Histone deacetylase  56.91 
 
 		 305 aa  291  1e-77  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2066  deacetylase  48.16 
 
 		 299 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.288592  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04120  Histone deacetylase superfamily protein  44.64 
 
 		 299 aa  253  3e-66  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0413564  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2789  histone deacetylase superfamily protein  45.27 
 
 		 298 aa  248  9e-65  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3192  histone deacetylase superfamily protein  44.56 
 
 		 305 aa  239  5.999999999999999e-62  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00911775  hitchhiker  0.000717233 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1393  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein-like  43.89 
 
 		 304 aa  238  2e-61  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.194758  normal  0.700999 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2116  histone deacetylase superfamily protein  41.33 
 
 		 305 aa  237  2e-61  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6866  histone deacetylase superfamily  41.67 
 
 		 299 aa  233  3e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.859971  normal  0.144342 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2562  Histone deacetylase  45.55 
 
 		 305 aa  233  3e-60  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.432751 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3551  histone deacetylase superfamily  45.55 
 
 		 305 aa  233  5e-60  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1532  histone deacetylase superfamily  44.44 
 
 		 304 aa  232  5e-60  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1827  histone deacetylase superfamily protein  42.12 
 
 		 303 aa  228  9e-59  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3030  Histone deacetylase  44.41 
 
 		 299 aa  228  1e-58  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.894119  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2483  Histone deacetylase  41.38 
 
 		 300 aa  227  2e-58  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.557385  normal  0.140117 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1420  histone deacetylase superfamily protein  42.43 
 
 		 306 aa  223  3e-57  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.0496164 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2043  Histone deacetylase  40.91 
 
 		 299 aa  223  3e-57  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0169314  hitchhiker  0.0046378 
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_40492  predicted protein  40.92 
 
 		 350 aa  223  3e-57  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0423597 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2506  histone deacetylase superfamily  45.64 
 
 		 296 aa  220  3e-56  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2162  histone deacetylase superfamily protein  40 
 
 		 302 aa  218  2e-55  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0686  histone deacetylase superfamily  47.3 
 
 		 294 aa  217  2e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.611894 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3373  histone deacetylase family protein  38.31 
 
 		 300 aa  212  9e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0543734  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2706  histone deacetylase superfamily  41.32 
 
 		 305 aa  211  1e-53  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000210159  unclonable  0.000000000120446 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4892  histone deacetylase superfamily protein  45.31 
 
 		 305 aa  210  3e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02968  histone deacetylase family protein  47.25 
 
 		 224 aa  209  7e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.510136  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0656  histone deacetylase superfamily protein  42.55 
 
 		 304 aa  208  9e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  unclonable  0.000000000855576  normal  0.416487 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002921  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  39.8 
 
 		 307 aa  208  1e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0713  histone deacetylase superfamily protein  46.13 
 
 		 308 aa  208  1e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.50552  normal  0.260718 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3902  histone deacetylase superfamily protein  39.45 
 
 		 357 aa  208  1e-52  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.000000251706  normal  0.03889 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1162  histone deacetylase superfamily protein  40.43 
 
 		 306 aa  207  2e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4295  histone deacetylase superfamily protein  40.6 
 
 		 305 aa  206  3e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.331272  normal  0.7959 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3722  histone deacetylase superfamily protein  39.94 
 
 		 306 aa  206  4e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0726  histone deacetylase superfamily  46.13 
 
 		 297 aa  206  5e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03035  hypothetical protein  38.44 
 
 		 307 aa  206  6e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0323  deacetylase  40.28 
 
 		 300 aa  205  7e-52  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1245  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  38.64 
 
 		 305 aa  205  8e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000118499 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4918  histone deacetylase superfamily protein  41.49 
 
 		 306 aa  204  2e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  unclonable  0.000000000000273279  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0050  histone deacetylase superfamily protein  45.52 
 
 		 306 aa  204  2e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0204903  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1629  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  37.2 
 
 		 306 aa  202  5e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000111374  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4662  histone deacetylase family protein  41.7 
 
 		 305 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6387  histone deacetylase superfamily protein  44.04 
 
 		 298 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.006244  normal  0.830145 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3915  histone deacetylase superfamily protein  43.36 
 
 		 315 aa  201  1.9999999999999998e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3900  histone deacetylase superfamily protein  38.1 
 
 		 305 aa  200  3.9999999999999996e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0191811 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2634  histone deacetylase superfamily protein  37.66 
 
 		 307 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2487  histone deacetylase superfamily protein  37.7 
 
 		 300 aa  199  5e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.60651  normal  0.017573 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4777  histone deacetylase superfamily protein  41.49 
 
 		 304 aa  199  6e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000599986  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10030  histone deacetylase superfamily  42.09 
 
 		 316 aa  199  7.999999999999999e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0971633  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0998  hypothetical protein  39.3 
 
 		 300 aa  197  1.0000000000000001e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1459  putative histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  38.87 
 
 		 305 aa  196  3e-49  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4764  histone deacetylase superfamily  41.13 
 
 		 304 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.0000188722  decreased coverage  0.000868257 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4639  histone deacetylase superfamily protein  41.13 
 
 		 317 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000315852  hitchhiker  0.00689363 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2660  histone deacetylase superfamily protein  37.67 
 
 		 304 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1764  putative histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  40.2 
 
 		 316 aa  196  6e-49  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0823367 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2634  histone deacetylase superfamily protein  37.21 
 
 		 300 aa  194  2e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00803062 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1625  histone deacetylase superfamily protein  35.71 
 
 		 302 aa  193  3e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1614  histone deacetylase superfamily protein  35.24 
 
 		 302 aa  193  4e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2905  histone deacetylase superfamily protein  35.76 
 
 		 308 aa  193  4e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.681424  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1648  histone deacetylase superfamily protein  35.24 
 
 		 302 aa  193  4e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.265493 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2729  histone deacetylase superfamily  35.56 
 
 		 302 aa  193  4e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00182123 
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_40681  predicted protein  41.72 
 
 		 323 aa  192  6e-48  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.000252385  normal  0.188986 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2474  histone deacetylase superfamily protein  35.6 
 
 		 300 aa  191  1e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00188397 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2542  histone deacetylase superfamily protein  34.95 
 
 		 300 aa  191  2e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00205391 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6780  histone deacetylase superfamily  44.59 
 
 		 298 aa  190  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_9278  predicted protein  39.32 
 
 		 294 aa  190  2.9999999999999997e-47  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1815  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  34.52 
 
 		 304 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_4821  predicted protein  40.36 
 
 		 324 aa  149  7e-35  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1425  histone deacetylase superfamily protein  33.45 
 
 		 370 aa  115  8.999999999999998e-25  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0708  Histone deacetylase  35.5 
 
 		 389 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3345  histone deacetylase superfamily protein  33.66 
 
 		 407 aa  111  2.0000000000000002e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2707  putative acetoin utilization protein  33.46 
 
 		 392 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18020  deacetylase, histone deacetylase/acetoin utilization protein  34.72 
 
 		 417 aa  110  4.0000000000000004e-23  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.738077  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4778  acetoin utilization protein AcuC  32.47 
 
 		 388 aa  109  6e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0461  acetoin utilization protein AcuC  32.47 
 
 		 388 aa  109  6e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000567246 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4804  acetoin utilization protein AcuC  32.47 
 
 		 388 aa  108  1e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4414  acetoin utilization protein  32.47 
 
 		 388 aa  108  1e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1831  hypothetical protein  49.53 
 
 		 133 aa  108  1e-22  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.330593  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4496  histone deacetylase superfamily protein  32.47 
 
 		 388 aa  108  1e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0535  Histone deacetylase  32.99 
 
 		 387 aa  108  1e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0430  histone deacetylase family protein  32.75 
 
 		 337 aa  107  2e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4563  acetoin utilization protein AcuC  32.47 
 
 		 388 aa  108  2e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4783  acetoin utilization protein AcuC  32.47 
 
 		 388 aa  108  2e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4918  acetoin utilization protein AcuC  32.47 
 
 		 388 aa  108  2e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4800  acetoin utilization protein AcuC  32.47 
 
 		 388 aa  107  2e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1239  histone deacetylase superfamily protein  32.01 
 
 		 435 aa  107  2e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.127152  hitchhiker  0.00245204 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>