More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_2474 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_2474  histone deacetylase superfamily protein  100 
 
 		 300 aa  619  1e-176  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00188397 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2542  histone deacetylase superfamily protein  98.33 
 
 		 300 aa  612  9.999999999999999e-175  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00205391 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2634  histone deacetylase superfamily protein  96.67 
 
 		 300 aa  595  1e-169  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00803062 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1815  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  88.67 
 
 		 304 aa  558  1e-158  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1648  histone deacetylase superfamily protein  83.33 
 
 		 302 aa  530  1e-149  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.265493 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1614  histone deacetylase superfamily protein  83.33 
 
 		 302 aa  530  1e-149  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2729  histone deacetylase superfamily  82.33 
 
 		 302 aa  525  1e-148  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00182123 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1625  histone deacetylase superfamily protein  83 
 
 		 302 aa  525  1e-148  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2660  histone deacetylase superfamily protein  62.67 
 
 		 304 aa  394  1e-109  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2634  histone deacetylase superfamily protein  64.88 
 
 		 307 aa  396  1e-109  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1245  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  60.67 
 
 		 305 aa  380  1e-104  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000118499 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2487  histone deacetylase superfamily protein  59.33 
 
 		 300 aa  377  1e-103  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.60651  normal  0.017573 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3900  histone deacetylase superfamily protein  51.32 
 
 		 305 aa  325  6e-88  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0191811 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002921  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  48.03 
 
 		 307 aa  318  1e-85  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0998  hypothetical protein  49.83 
 
 		 300 aa  315  6e-85  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03035  hypothetical protein  46.38 
 
 		 307 aa  308  5e-83  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3373  histone deacetylase family protein  51.18 
 
 		 300 aa  308  1.0000000000000001e-82  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0543734  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1629  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  49.5 
 
 		 306 aa  305  6e-82  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000111374  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3722  histone deacetylase superfamily protein  49.16 
 
 		 306 aa  301  8.000000000000001e-81  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1162  histone deacetylase superfamily protein  51.19 
 
 		 306 aa  298  6e-80  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4777  histone deacetylase superfamily protein  48.11 
 
 		 304 aa  293  2e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000599986  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4295  histone deacetylase superfamily protein  46.82 
 
 		 305 aa  291  7e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.331272  normal  0.7959 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4764  histone deacetylase superfamily  47.42 
 
 		 304 aa  289  3e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.0000188722  decreased coverage  0.000868257 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2905  histone deacetylase superfamily protein  45.33 
 
 		 308 aa  290  3e-77  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.681424  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4639  histone deacetylase superfamily protein  47.42 
 
 		 317 aa  289  3e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000315852  hitchhiker  0.00689363 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10030  histone deacetylase superfamily  47.49 
 
 		 316 aa  290  3e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0971633  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4918  histone deacetylase superfamily protein  44.82 
 
 		 306 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  unclonable  0.000000000000273279  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4662  histone deacetylase family protein  45.82 
 
 		 305 aa  281  1e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0656  histone deacetylase superfamily protein  46.39 
 
 		 304 aa  281  1e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  unclonable  0.000000000855576  normal  0.416487 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2706  histone deacetylase superfamily  49.5 
 
 		 305 aa  280  3e-74  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000210159  unclonable  0.000000000120446 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3551  histone deacetylase superfamily  46.98 
 
 		 305 aa  276  2e-73  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2562  Histone deacetylase  46.98 
 
 		 305 aa  277  2e-73  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.432751 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1393  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein-like  47.49 
 
 		 304 aa  277  2e-73  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.194758  normal  0.700999 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1532  histone deacetylase superfamily  47.16 
 
 		 304 aa  271  9e-72  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3192  histone deacetylase superfamily protein  46.15 
 
 		 305 aa  270  2e-71  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00911775  hitchhiker  0.000717233 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02968  histone deacetylase family protein  57.27 
 
 		 224 aa  259  3e-68  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.510136  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1827  histone deacetylase superfamily protein  45.15 
 
 		 303 aa  258  1e-67  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_40681  predicted protein  42.38 
 
 		 323 aa  256  3e-67  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.000252385  normal  0.188986 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1459  putative histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  45.58 
 
 		 305 aa  251  1e-65  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2066  deacetylase  40.21 
 
 		 299 aa  238  1e-61  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.288592  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1764  putative histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  44.59 
 
 		 316 aa  236  4e-61  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0823367 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2377  histone deacetylase superfamily protein  44.03 
 
 		 300 aa  234  2.0000000000000002e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.018  normal  0.544894 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1601  histone deacetylase superfamily  41.3 
 
 		 299 aa  233  3e-60  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0050  histone deacetylase superfamily protein  41.58 
 
 		 306 aa  230  2e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0204903  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4892  histone deacetylase superfamily protein  41.08 
 
 		 305 aa  227  2e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1584  histone deacetylase superfamily protein  42.09 
 
 		 298 aa  225  7e-58  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1152  histone deacetylase superfamily protein  38.99 
 
 		 301 aa  225  9e-58  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0905584  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0726  histone deacetylase superfamily  42.71 
 
 		 297 aa  223  4e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6387  histone deacetylase superfamily protein  38.64 
 
 		 298 aa  222  4.9999999999999996e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.006244  normal  0.830145 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3915  histone deacetylase superfamily protein  40.68 
 
 		 315 aa  221  8e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0713  histone deacetylase superfamily protein  42.03 
 
 		 308 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.50552  normal  0.260718 
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_4821  predicted protein  37.77 
 
 		 324 aa  219  3.9999999999999997e-56  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2469  Histone deacetylase  40.86 
 
 		 305 aa  216  2.9999999999999998e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0686  histone deacetylase superfamily  40.21 
 
 		 294 aa  216  4e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.611894 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2483  Histone deacetylase  37 
 
 		 300 aa  212  7e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.557385  normal  0.140117 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1507  hypothetical protein  40.77 
 
 		 324 aa  211  7.999999999999999e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.0000688301  normal  0.246857 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6780  histone deacetylase superfamily  40.68 
 
 		 298 aa  211  1e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2789  histone deacetylase superfamily protein  40.58 
 
 		 298 aa  211  1e-53  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3448  histone deacetylase superfamily protein  40.43 
 
 		 297 aa  210  2e-53  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.509704 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1201  histone deacetylase superfamily protein  39.5 
 
 		 323 aa  207  2e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000000329608  normal  0.582651 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04120  Histone deacetylase superfamily protein  37.87 
 
 		 299 aa  206  4e-52  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0413564  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2116  histone deacetylase superfamily protein  36.33 
 
 		 305 aa  204  2e-51  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1768  Histone deacetylase  38.1 
 
 		 311 aa  203  3e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.70732  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1529  histone deacetylase superfamily protein  39.57 
 
 		 299 aa  203  3e-51  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.188503  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0323  deacetylase  36 
 
 		 300 aa  203  3e-51  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2162  histone deacetylase superfamily protein  37.06 
 
 		 302 aa  201  9.999999999999999e-51  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2043  Histone deacetylase  39.07 
 
 		 299 aa  201  9.999999999999999e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0169314  hitchhiker  0.0046378 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1991  histone deacetylase superfamily protein  39.13 
 
 		 318 aa  201  1.9999999999999998e-50  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000158404 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3030  Histone deacetylase  35.81 
 
 		 299 aa  200  3e-50  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.894119  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1393  histone deacetylase superfamily  38.49 
 
 		 299 aa  195  6e-49  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6866  histone deacetylase superfamily  37.06 
 
 		 299 aa  194  1e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.859971  normal  0.144342 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1941  histone deacetylase superfamily  36.27 
 
 		 334 aa  194  2e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00172119  hitchhiker  0.00484876 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3500  Histone deacetylase  38.08 
 
 		 311 aa  192  6e-48  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1613  histone deacetylase superfamily  35.6 
 
 		 335 aa  191  1e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.000964161  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3902  histone deacetylase superfamily protein  33.84 
 
 		 357 aa  190  2.9999999999999997e-47  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.000000251706  normal  0.03889 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1606  hypothetical protein  36.71 
 
 		 323 aa  189  4e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00000378797  normal  0.732235 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2506  histone deacetylase superfamily  36.52 
 
 		 296 aa  185  8e-46  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1613  histone deacetylase superfamily protein  36.43 
 
 		 333 aa  182  7e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  unclonable  0.000000152208  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3087  histone deacetylase superfamily protein  34.95 
 
 		 337 aa  181  2e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000151146  normal  0.0282587 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_9278  predicted protein  33.22 
 
 		 294 aa  179  4.999999999999999e-44  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_40492  predicted protein  33.1 
 
 		 350 aa  179  5.999999999999999e-44  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0423597 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1420  histone deacetylase superfamily protein  34.04 
 
 		 306 aa  174  9.999999999999999e-43  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.0496164 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1790  histone deacetylase superfamily protein  30.63 
 
 		 389 aa  107  2e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.252673  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1825  histone deacetylase superfamily protein  30.63 
 
 		 389 aa  107  2e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000197961  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0533  histone deacetylase superfamily protein  28.52 
 
 		 348 aa  104  2e-21  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.072372 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0112  histone deacetylase superfamily  28.39 
 
 		 378 aa  103  4e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.833129  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1212  histone deacetylase superfamily  32.96 
 
 		 306 aa  103  4e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0834  histone deacetylase superfamily  28.95 
 
 		 378 aa  99.8  5e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0963  Histone deacetylase  27.48 
 
 		 378 aa  99  8e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.469516  normal  0.273215 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0856  histone deacetylase superfamily  26.1 
 
 		 309 aa  94.4  2e-18  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0895485  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1860  Histone deacetylase  29.59 
 
 		 341 aa  94.4  2e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0555119  normal  0.0138498 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0109  histone deacetylase superfamily  28.35 
 
 		 334 aa  94  3e-18  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.39401 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2297  histone deacetylase superfamily protein  26.85 
 
 		 385 aa  93.2  5e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.601671  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0570  histone deacetylase superfamily protein  25.94 
 
 		 360 aa  92.4  8e-18  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5329  histone deacetylase superfamily  30.15 
 
 		 577 aa  92.4  9e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119545  histone deacetylase  26.07 
 
 		 487 aa  89.4  6e-17  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1974  histone deacetylase superfamily protein  26.09 
 
 		 345 aa  88.6  1e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009043  PICST_57812  predicted protein  26.94 
 
 		 488 aa  87.8  2e-16  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1905  histone deacetylase superfamily protein  29.07 
 
 		 312 aa  87  3e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_81035  histone deacetylase transcription modifier  25.83 
 
 		 500 aa  85.9  7e-16  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.773072 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>