More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1606 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1606  hypothetical protein  100 
 
 		 323 aa  650    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00000378797  normal  0.732235 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1941  histone deacetylase superfamily  85.98 
 
 		 334 aa  557  1e-158  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00172119  hitchhiker  0.00484876 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1613  histone deacetylase superfamily  84.42 
 
 		 335 aa  548  1e-155  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.000964161  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1201  histone deacetylase superfamily protein  70.74 
 
 		 323 aa  422  1e-117  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000000329608  normal  0.582651 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1768  Histone deacetylase  65.02 
 
 		 311 aa  402  1e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.70732  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3087  histone deacetylase superfamily protein  61.27 
 
 		 337 aa  384  1e-105  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000151146  normal  0.0282587 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1613  histone deacetylase superfamily protein  62.26 
 
 		 333 aa  377  1e-103  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  unclonable  0.000000152208  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1529  histone deacetylase superfamily protein  59.46 
 
 		 299 aa  370  1e-101  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.188503  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1507  hypothetical protein  65.42 
 
 		 324 aa  369  1e-101  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.0000688301  normal  0.246857 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1393  histone deacetylase superfamily  56.42 
 
 		 299 aa  346  3e-94  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1991  histone deacetylase superfamily protein  59.34 
 
 		 318 aa  344  1e-93  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000158404 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1601  histone deacetylase superfamily  59.33 
 
 		 299 aa  330  2e-89  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1152  histone deacetylase superfamily protein  56.62 
 
 		 301 aa  328  1.0000000000000001e-88  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0905584  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3448  histone deacetylase superfamily protein  57.53 
 
 		 297 aa  319  3.9999999999999996e-86  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.509704 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2377  histone deacetylase superfamily protein  57.38 
 
 		 300 aa  318  6e-86  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.018  normal  0.544894 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1584  histone deacetylase superfamily protein  56.04 
 
 		 298 aa  315  8e-85  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3500  Histone deacetylase  52.41 
 
 		 311 aa  305  8.000000000000001e-82  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2469  Histone deacetylase  57.33 
 
 		 305 aa  286  2.9999999999999996e-76  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2066  deacetylase  47.37 
 
 		 299 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.288592  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04120  Histone deacetylase superfamily protein  44 
 
 		 299 aa  253  2.0000000000000002e-66  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0413564  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1393  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein-like  47.33 
 
 		 304 aa  245  6.999999999999999e-64  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.194758  normal  0.700999 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3192  histone deacetylase superfamily protein  45.24 
 
 		 305 aa  244  1.9999999999999999e-63  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00911775  hitchhiker  0.000717233 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2116  histone deacetylase superfamily protein  43.14 
 
 		 305 aa  243  3e-63  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1532  histone deacetylase superfamily  43.92 
 
 		 304 aa  243  3.9999999999999997e-63  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2789  histone deacetylase superfamily protein  44.82 
 
 		 298 aa  242  7e-63  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1827  histone deacetylase superfamily protein  42.81 
 
 		 303 aa  238  1e-61  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2562  Histone deacetylase  44.14 
 
 		 305 aa  236  3e-61  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.432751 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3551  histone deacetylase superfamily  44.14 
 
 		 305 aa  236  4e-61  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3030  Histone deacetylase  45.67 
 
 		 299 aa  234  2.0000000000000002e-60  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.894119  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2483  Histone deacetylase  40.67 
 
 		 300 aa  234  2.0000000000000002e-60  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.557385  normal  0.140117 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2162  histone deacetylase superfamily protein  42.52 
 
 		 302 aa  234  2.0000000000000002e-60  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0686  histone deacetylase superfamily  49.83 
 
 		 294 aa  229  4e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.611894 
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_40492  predicted protein  41.45 
 
 		 350 aa  225  7e-58  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0423597 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6866  histone deacetylase superfamily  41.14 
 
 		 299 aa  224  1e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.859971  normal  0.144342 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1420  histone deacetylase superfamily protein  43.42 
 
 		 306 aa  223  4.9999999999999996e-57  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.0496164 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3373  histone deacetylase family protein  39.45 
 
 		 300 aa  222  9e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0543734  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2043  Histone deacetylase  42.71 
 
 		 299 aa  221  9e-57  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0169314  hitchhiker  0.0046378 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0050  histone deacetylase superfamily protein  48.78 
 
 		 306 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0204903  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2706  histone deacetylase superfamily  41.89 
 
 		 305 aa  219  7e-56  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000210159  unclonable  0.000000000120446 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0323  deacetylase  38.8 
 
 		 300 aa  217  2e-55  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0713  histone deacetylase superfamily protein  48.94 
 
 		 308 aa  216  5e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.50552  normal  0.260718 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0656  histone deacetylase superfamily protein  42.86 
 
 		 304 aa  215  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  unclonable  0.000000000855576  normal  0.416487 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3902  histone deacetylase superfamily protein  40.25 
 
 		 357 aa  214  9.999999999999999e-55  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.000000251706  normal  0.03889 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0726  histone deacetylase superfamily  48.94 
 
 		 297 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2506  histone deacetylase superfamily  44.48 
 
 		 296 aa  213  3.9999999999999995e-54  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3915  histone deacetylase superfamily protein  43.95 
 
 		 315 aa  210  3e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4892  histone deacetylase superfamily protein  46.85 
 
 		 305 aa  209  4e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1162  histone deacetylase superfamily protein  40.43 
 
 		 306 aa  207  2e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3722  histone deacetylase superfamily protein  40.42 
 
 		 306 aa  207  2e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4295  histone deacetylase superfamily protein  40.35 
 
 		 305 aa  206  5e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.331272  normal  0.7959 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2634  histone deacetylase superfamily protein  39.93 
 
 		 307 aa  206  5e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1629  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  39.25 
 
 		 306 aa  206  5e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000111374  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6387  histone deacetylase superfamily protein  46.07 
 
 		 298 aa  204  1e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.006244  normal  0.830145 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2487  histone deacetylase superfamily protein  39.73 
 
 		 300 aa  204  2e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.60651  normal  0.017573 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1459  putative histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  40 
 
 		 305 aa  203  4e-51  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4777  histone deacetylase superfamily protein  41.11 
 
 		 304 aa  203  4e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000599986  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10030  histone deacetylase superfamily  41.18 
 
 		 316 aa  202  5e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0971633  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4918  histone deacetylase superfamily protein  40.77 
 
 		 306 aa  202  5e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  unclonable  0.000000000000273279  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2660  histone deacetylase superfamily protein  39.72 
 
 		 304 aa  202  5e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4662  histone deacetylase family protein  40.35 
 
 		 305 aa  202  6e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4764  histone deacetylase superfamily  40.77 
 
 		 304 aa  202  8e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.0000188722  decreased coverage  0.000868257 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02968  histone deacetylase family protein  46.33 
 
 		 224 aa  202  9e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.510136  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4639  histone deacetylase superfamily protein  40.77 
 
 		 317 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000315852  hitchhiker  0.00689363 
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_40681  predicted protein  43.86 
 
 		 323 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.000252385  normal  0.188986 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2905  histone deacetylase superfamily protein  36.49 
 
 		 308 aa  199  7e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.681424  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6780  histone deacetylase superfamily  46.81 
 
 		 298 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1245  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  40.35 
 
 		 305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000118499 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1764  putative histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  41.43 
 
 		 316 aa  196  3e-49  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0823367 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002921  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  37.54 
 
 		 307 aa  196  6e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03035  hypothetical protein  37.24 
 
 		 307 aa  195  8.000000000000001e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_9278  predicted protein  39.66 
 
 		 294 aa  194  2e-48  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2634  histone deacetylase superfamily protein  39.05 
 
 		 300 aa  194  2e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00803062 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2542  histone deacetylase superfamily protein  36.71 
 
 		 300 aa  192  5e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00205391 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2474  histone deacetylase superfamily protein  36.71 
 
 		 300 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00188397 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3900  histone deacetylase superfamily protein  35.84 
 
 		 305 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0191811 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1625  histone deacetylase superfamily protein  36.77 
 
 		 302 aa  189  7e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0998  hypothetical protein  38.6 
 
 		 300 aa  188  1e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1614  histone deacetylase superfamily protein  36.64 
 
 		 302 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2729  histone deacetylase superfamily  36.3 
 
 		 302 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00182123 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1648  histone deacetylase superfamily protein  36.64 
 
 		 302 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.265493 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1815  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  34.8 
 
 		 304 aa  180  2e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_4821  predicted protein  39.56 
 
 		 324 aa  149  8e-35  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18020  deacetylase, histone deacetylase/acetoin utilization protein  34.74 
 
 		 417 aa  118  9.999999999999999e-26  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.738077  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1425  histone deacetylase superfamily protein  31.1 
 
 		 370 aa  116  6.9999999999999995e-25  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0535  Histone deacetylase  33.85 
 
 		 387 aa  111  1.0000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3565  Histone deacetylase  32.62 
 
 		 393 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3143  histone deacetylase superfamily  34.08 
 
 		 403 aa  110  4.0000000000000004e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.170732 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3345  histone deacetylase superfamily protein  35.45 
 
 		 407 aa  110  4.0000000000000004e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1239  histone deacetylase superfamily protein  34.98 
 
 		 435 aa  109  5e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.127152  hitchhiker  0.00245204 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0611  histone deacetylase superfamily  34.69 
 
 		 394 aa  108  9.000000000000001e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.571257  normal  0.0511061 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5005  Histone deacetylase  31.78 
 
 		 396 aa  107  2e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.983537  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1831  hypothetical protein  49.53 
 
 		 133 aa  107  2e-22  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.330593  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0437  histone deacetylase family protein  32.75 
 
 		 316 aa  106  5e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0430  histone deacetylase family protein  32.75 
 
 		 337 aa  106  7e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0721  histone deacetylase superfamily protein  30.29 
 
 		 322 aa  105  7e-22  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.459937  normal  0.0813837 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1012  Histone deacetylase  27.7 
 
 		 351 aa  105  9e-22  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2707  putative acetoin utilization protein  33.33 
 
 		 392 aa  105  1e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4496  histone deacetylase superfamily protein  29.82 
 
 		 388 aa  105  1e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3503  histone deacetylase superfamily protein  32.4 
 
 		 426 aa  105  1e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.678052  normal  0.280253 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4778  acetoin utilization protein AcuC  28.73 
 
 		 388 aa  104  2e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>