More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1991 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_1991  histone deacetylase superfamily protein  100 
 
 		 318 aa  645    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000158404 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1507  hypothetical protein  73.62 
 
 		 324 aa  471  1e-132  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.0000688301  normal  0.246857 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3087  histone deacetylase superfamily protein  64.44 
 
 		 337 aa  402  1e-111  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000151146  normal  0.0282587 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1613  histone deacetylase superfamily protein  65.62 
 
 		 333 aa  395  1e-109  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  unclonable  0.000000152208  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1768  Histone deacetylase  60.26 
 
 		 311 aa  363  3e-99  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.70732  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1201  histone deacetylase superfamily protein  63.18 
 
 		 323 aa  357  9.999999999999999e-98  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000000329608  normal  0.582651 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1529  histone deacetylase superfamily protein  56.95 
 
 		 299 aa  345  7e-94  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.188503  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1606  hypothetical protein  59.8 
 
 		 323 aa  342  4e-93  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00000378797  normal  0.732235 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1941  histone deacetylase superfamily  58.03 
 
 		 334 aa  334  1e-90  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00172119  hitchhiker  0.00484876 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1613  histone deacetylase superfamily  56.69 
 
 		 335 aa  333  3e-90  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.000964161  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1393  histone deacetylase superfamily  53.82 
 
 		 299 aa  325  8.000000000000001e-88  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1601  histone deacetylase superfamily  58.05 
 
 		 299 aa  310  2e-83  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1152  histone deacetylase superfamily protein  54.3 
 
 		 301 aa  306  2.0000000000000002e-82  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0905584  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1584  histone deacetylase superfamily protein  52.81 
 
 		 298 aa  303  2.0000000000000002e-81  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2377  histone deacetylase superfamily protein  53.36 
 
 		 300 aa  303  3.0000000000000004e-81  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.018  normal  0.544894 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3448  histone deacetylase superfamily protein  51.83 
 
 		 297 aa  291  8e-78  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.509704 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3500  Histone deacetylase  44.83 
 
 		 311 aa  274  1.0000000000000001e-72  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2789  histone deacetylase superfamily protein  47.83 
 
 		 298 aa  272  5.000000000000001e-72  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2469  Histone deacetylase  54.13 
 
 		 305 aa  270  4e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2066  deacetylase  43.71 
 
 		 299 aa  252  7e-66  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.288592  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04120  Histone deacetylase superfamily protein  42.86 
 
 		 299 aa  247  2e-64  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0413564  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3192  histone deacetylase superfamily protein  45.48 
 
 		 305 aa  247  2e-64  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00911775  hitchhiker  0.000717233 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1393  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein-like  45.31 
 
 		 304 aa  246  4.9999999999999997e-64  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.194758  normal  0.700999 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0050  histone deacetylase superfamily protein  49.46 
 
 		 306 aa  241  2e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0204903  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2162  histone deacetylase superfamily protein  42.05 
 
 		 302 aa  238  8e-62  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3030  Histone deacetylase  45.15 
 
 		 299 aa  235  7e-61  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.894119  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1827  histone deacetylase superfamily protein  40.92 
 
 		 303 aa  234  2.0000000000000002e-60  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2562  Histone deacetylase  40.33 
 
 		 305 aa  233  4.0000000000000004e-60  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.432751 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3551  histone deacetylase superfamily  40.33 
 
 		 305 aa  233  5e-60  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6866  histone deacetylase superfamily  41.29 
 
 		 299 aa  232  6e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.859971  normal  0.144342 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2043  Histone deacetylase  41.69 
 
 		 299 aa  231  1e-59  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0169314  hitchhiker  0.0046378 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1532  histone deacetylase superfamily  41.31 
 
 		 304 aa  228  8e-59  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2116  histone deacetylase superfamily protein  40.73 
 
 		 305 aa  227  2e-58  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0686  histone deacetylase superfamily  46.76 
 
 		 294 aa  226  3e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.611894 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6387  histone deacetylase superfamily protein  46.08 
 
 		 298 aa  224  1e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.006244  normal  0.830145 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2706  histone deacetylase superfamily  43.04 
 
 		 305 aa  223  3e-57  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000210159  unclonable  0.000000000120446 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2506  histone deacetylase superfamily  45.95 
 
 		 296 aa  222  7e-57  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1420  histone deacetylase superfamily protein  42.95 
 
 		 306 aa  221  1.9999999999999999e-56  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.0496164 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3722  histone deacetylase superfamily protein  43.39 
 
 		 306 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10030  histone deacetylase superfamily  43.39 
 
 		 316 aa  218  1e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0971633  n/a   
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_40492  predicted protein  41.5 
 
 		 350 aa  218  1e-55  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0423597 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3373  histone deacetylase family protein  39.52 
 
 		 300 aa  217  2e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0543734  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1459  putative histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  42.33 
 
 		 305 aa  217  2e-55  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1764  putative histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  44.29 
 
 		 316 aa  218  2e-55  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0823367 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0713  histone deacetylase superfamily protein  46.05 
 
 		 308 aa  217  2e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.50552  normal  0.260718 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0726  histone deacetylase superfamily  46.05 
 
 		 297 aa  215  9e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6780  histone deacetylase superfamily  47.44 
 
 		 298 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2483  Histone deacetylase  39.07 
 
 		 300 aa  213  2.9999999999999995e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.557385  normal  0.140117 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0656  histone deacetylase superfamily protein  42.66 
 
 		 304 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  unclonable  0.000000000855576  normal  0.416487 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4777  histone deacetylase superfamily protein  42.66 
 
 		 304 aa  212  5.999999999999999e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000599986  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3915  histone deacetylase superfamily protein  43 
 
 		 315 aa  212  7.999999999999999e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3902  histone deacetylase superfamily protein  38.3 
 
 		 357 aa  211  9e-54  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.000000251706  normal  0.03889 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4892  histone deacetylase superfamily protein  46.94 
 
 		 305 aa  211  2e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4764  histone deacetylase superfamily  42.31 
 
 		 304 aa  210  3e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.0000188722  decreased coverage  0.000868257 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4295  histone deacetylase superfamily protein  41.11 
 
 		 305 aa  209  4e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.331272  normal  0.7959 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4639  histone deacetylase superfamily protein  42.31 
 
 		 317 aa  209  4e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000315852  hitchhiker  0.00689363 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002921  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  38.85 
 
 		 307 aa  209  7e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03035  hypothetical protein  40.21 
 
 		 307 aa  209  7e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1162  histone deacetylase superfamily protein  40.41 
 
 		 306 aa  208  1e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1245  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  42.2 
 
 		 305 aa  207  2e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000118499 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4918  histone deacetylase superfamily protein  40.28 
 
 		 306 aa  205  9e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  unclonable  0.000000000000273279  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4662  histone deacetylase family protein  40.77 
 
 		 305 aa  204  1e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1629  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  39.8 
 
 		 306 aa  204  2e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000111374  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2634  histone deacetylase superfamily protein  38.76 
 
 		 300 aa  203  2e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00803062 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2542  histone deacetylase superfamily protein  38.8 
 
 		 300 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00205391 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2474  histone deacetylase superfamily protein  39.13 
 
 		 300 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00188397 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0998  hypothetical protein  39.19 
 
 		 300 aa  200  3e-50  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2905  histone deacetylase superfamily protein  36.89 
 
 		 308 aa  199  5e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.681424  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0323  deacetylase  36.6 
 
 		 300 aa  199  7e-50  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02968  histone deacetylase family protein  46.96 
 
 		 224 aa  197  2.0000000000000003e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.510136  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2634  histone deacetylase superfamily protein  39.71 
 
 		 307 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1815  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  38.8 
 
 		 304 aa  193  4e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1625  histone deacetylase superfamily protein  38.54 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2729  histone deacetylase superfamily  37.12 
 
 		 302 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00182123 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3900  histone deacetylase superfamily protein  36.45 
 
 		 305 aa  189  7e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0191811 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1648  histone deacetylase superfamily protein  37.12 
 
 		 302 aa  188  8e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.265493 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1614  histone deacetylase superfamily protein  37.12 
 
 		 302 aa  188  8e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2660  histone deacetylase superfamily protein  38.41 
 
 		 304 aa  187  1e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_40681  predicted protein  39.04 
 
 		 323 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.000252385  normal  0.188986 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_9278  predicted protein  36.91 
 
 		 294 aa  182  8.000000000000001e-45  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2487  histone deacetylase superfamily protein  37.95 
 
 		 300 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.60651  normal  0.017573 
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_4821  predicted protein  34.41 
 
 		 324 aa  152  1e-35  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0507  histone deacetylase superfamily  34.03 
 
 		 395 aa  107  2e-22  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0375455 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0535  Histone deacetylase  36.82 
 
 		 387 aa  107  4e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0611  histone deacetylase superfamily  34.27 
 
 		 394 aa  106  6e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.571257  normal  0.0511061 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2745  Histone deacetylase  35.36 
 
 		 406 aa  105  1e-21  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.799904  hitchhiker  0.000342865 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18020  deacetylase, histone deacetylase/acetoin utilization protein  34.85 
 
 		 417 aa  105  1e-21  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.738077  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0483  histone deacetylase superfamily protein  34.09 
 
 		 394 aa  105  1e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.275495  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1425  histone deacetylase superfamily protein  27.97 
 
 		 370 aa  103  3e-21  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2732  histone deacetylase superfamily  31.13 
 
 		 396 aa  103  5e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3345  histone deacetylase superfamily protein  32.06 
 
 		 407 aa  101  2e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3389  histone deacetylase superfamily protein  36.67 
 
 		 594 aa  100  4e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1831  hypothetical protein  47.71 
 
 		 133 aa  99.4  7e-20  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.330593  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5005  Histone deacetylase  33.58 
 
 		 396 aa  99.4  8e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.983537  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5329  histone deacetylase superfamily  37.97 
 
 		 577 aa  99  9e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1825  histone deacetylase superfamily protein  28.03 
 
 		 389 aa  98.6  1e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000197961  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1790  histone deacetylase superfamily protein  28.03 
 
 		 389 aa  98.6  1e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.252673  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3338  histone deacetylase superfamily protein  28.75 
 
 		 388 aa  97.8  2e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0263491  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0246  histone deacetylase superfamily protein  33.05 
 
 		 392 aa  97.8  2e-19  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0467298  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0461  acetoin utilization protein AcuC  28.01 
 
 		 388 aa  97.1  4e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000567246 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>