More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_1029 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013501  Rmar_1029  16S rRNA processing protein RimM  100 
 
 
179 aa  344  3e-94  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.635977  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4619  16S rRNA processing protein RimM  37.06 
 
 
174 aa  121  6e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000298653  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2674  16S rRNA processing protein RimM  42.7 
 
 
169 aa  117  7.999999999999999e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.109453  hitchhiker  0.000000299021 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1289  16S rRNA processing protein RimM  37.99 
 
 
182 aa  101  5e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.611954  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2406  16S rRNA-processing protein RimM  30.06 
 
 
169 aa  99.4  2e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000189149  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1664  16S rRNA processing protein RimM  38.33 
 
 
178 aa  99.8  2e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0329621  hitchhiker  0.00376352 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0659  16S rRNA processing protein RimM  35.67 
 
 
170 aa  98.2  6e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0110024  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0749  16S rRNA-processing protein RimM  35.2 
 
 
220 aa  97.4  9e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0566  16S rRNA processing protein RimM  32.95 
 
 
167 aa  97.1  1e-19  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00173533  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2183  16S rRNA processing protein RimM  38.95 
 
 
169 aa  96.7  1e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.141383  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2539  16S rRNA-processing protein RimM  35 
 
 
221 aa  96.7  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1632  16S rRNA processing protein RimM  35.26 
 
 
179 aa  96.3  2e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1397  16S rRNA processing protein RimM  35.58 
 
 
168 aa  95.1  4e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000193621  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_505  16S rRNA processing protein RimM  33.53 
 
 
166 aa  95.1  5e-19  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000191939  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2233  16S rRNA-processing protein RimM  36.96 
 
 
223 aa  94.7  7e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.347388  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2869  16S rRNA processing protein RimM  32.56 
 
 
173 aa  94.4  9e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000257467  hitchhiker  0.000000637329 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0934  16S rRNA-processing protein RimM  36.31 
 
 
184 aa  93.6  1e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0565923 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3307  16S rRNA processing protein RimM  32.58 
 
 
182 aa  92  4e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1016  16S rRNA processing protein RimM  34.71 
 
 
169 aa  91.7  5e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000810353  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1091  16S rRNA-processing protein RimM  32.2 
 
 
172 aa  91.7  5e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000655231  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0946  16S rRNA-processing protein RimM  35.59 
 
 
237 aa  90.9  8e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.501365  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0967  16S rRNA processing protein RimM  35.19 
 
 
167 aa  90.1  1e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000740944  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0950  16S rRNA-processing protein RimM  35.59 
 
 
225 aa  90.1  2e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1307  16S rRNA-processing protein RimM  36.87 
 
 
180 aa  89.7  2e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2374  16S rRNA processing protein RimM  36.81 
 
 
189 aa  89.4  3e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0226  16S rRNA processing protein RimM  39.53 
 
 
170 aa  89.4  3e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.652576  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1885  16S rRNA-processing protein RimM  34.08 
 
 
191 aa  88.6  4e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0110154  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2023  16S rRNA processing protein RimM  38.01 
 
 
182 aa  89  4e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00335336  normal  0.0413859 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1710  16S rRNA-processing protein RimM  30.72 
 
 
167 aa  89  4e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000120991  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0712  16S rRNA-processing protein RimM  28.32 
 
 
169 aa  87.8  7e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000237491  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0767  16S rRNA-processing protein RimM  27.33 
 
 
174 aa  87.4  9e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000495507  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0645  16S rRNA processing protein RimM  33.53 
 
 
172 aa  87.4  1e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0229573  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1091  16S rRNA-processing protein RimM  34.43 
 
 
233 aa  87  1e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.166922  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1302  16S rRNA-processing protein RimM  30.18 
 
 
171 aa  87  1e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000535622  unclonable  1.06066e-25 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  38.86 
 
 
172 aa  87.4  1e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0876  16S rRNA-processing protein RimM  35.12 
 
 
184 aa  86.3  2e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.298701  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1196  16S rRNA-processing protein RimM  36.31 
 
 
180 aa  86.3  2e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.934668 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2999  16S rRNA processing protein RimM  31.25 
 
 
176 aa  86.7  2e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00000783686  normal  0.831438 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3041  16S rRNA processing protein RimM  31.25 
 
 
176 aa  86.7  2e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0000787897  normal  0.907916 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1984  16S rRNA-processing protein RimM  31.36 
 
 
172 aa  85.9  3e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0540  16S rRNA processing protein RimM  31.79 
 
 
166 aa  85.1  4e-16  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000769846  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3941  16S rRNA-processing protein RimM  30.18 
 
 
171 aa  85.5  4e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000195727  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2782  16S rRNA processing protein RimM  31.95 
 
 
172 aa  85.5  4e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0591  16S rRNA-processing protein RimM  34.46 
 
 
225 aa  85.1  5e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0664  16S rRNA-processing protein RimM  37.14 
 
 
170 aa  84.3  7e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.377331  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2494  16S rRNA-processing protein RimM  29.59 
 
 
171 aa  84  0.000000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000966692  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0981  16S rRNA processing protein RimM  39.53 
 
 
171 aa  84  0.000000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.613857  normal  0.277259 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3429  16S rRNA processing protein RimM  30.41 
 
 
172 aa  83.6  0.000000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000572848  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4184  16S rRNA-processing protein RimM  34.46 
 
 
225 aa  83.6  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.42162  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1413  16S rRNA processing protein RimM  32.56 
 
 
169 aa  83.6  0.000000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00447303  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1029  16S rRNA-processing protein RimM  33.9 
 
 
225 aa  82.8  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3665  16S rRNA-processing protein RimM  29.59 
 
 
171 aa  82.8  0.000000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000001599  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0805  16S rRNA-processing protein RimM  34.52 
 
 
184 aa  83.2  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1514  16S rRNA-processing protein RimM  33.72 
 
 
187 aa  83.2  0.000000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.621384  normal  0.167537 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2052  16S rRNA processing protein RimM  27.75 
 
 
169 aa  82.8  0.000000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000163547  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3491  16S rRNA processing protein RimM  30.99 
 
 
172 aa  83.2  0.000000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.92497e-30 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1070  16S rRNA-processing protein RimM  33.9 
 
 
225 aa  83.2  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0584634  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3758  16S rRNA processing protein RimM  32.35 
 
 
170 aa  82.8  0.000000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0504856  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1403  16S rRNA-processing protein RimM  30.41 
 
 
187 aa  82  0.000000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4970  16S rRNA processing protein RimM  34.66 
 
 
180 aa  82  0.000000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5924  16S rRNA processing protein RimM  34.88 
 
 
172 aa  81.6  0.000000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.144619  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2189  16S rRNA-processing protein RimM  36.31 
 
 
172 aa  81.6  0.000000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0264003  normal  0.599871 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3884  16S rRNA-processing protein RimM  29.59 
 
 
171 aa  80.1  0.00000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000398495  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3693  16S rRNA-processing protein RimM  29.59 
 
 
171 aa  80.1  0.00000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000284682  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3583  16S rRNA-processing protein RimM  29.59 
 
 
171 aa  80.1  0.00000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  3.00886e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3134  16S rRNA processing protein RimM  34.5 
 
 
167 aa  80.5  0.00000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0103431  normal  0.109744 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3890  16S rRNA-processing protein RimM  29.59 
 
 
171 aa  80.1  0.00000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000177338  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1462  16S rRNA-processing protein RimM  29.12 
 
 
202 aa  80.1  0.00000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1523  16S rRNA processing protein RimM  29.88 
 
 
167 aa  80.9  0.00000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000298148  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3761  16S rRNA processing protein RimM  30.46 
 
 
173 aa  79.3  0.00000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000217474  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3601  16S rRNA-processing protein RimM  29.59 
 
 
171 aa  79.3  0.00000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000000000000401419  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4173  16S rRNA-processing protein RimM  36.42 
 
 
173 aa  79.3  0.00000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1474  16S rRNA-processing protein RimM  30.77 
 
 
184 aa  79.3  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1559  16S rRNA processing protein RimM  33.73 
 
 
176 aa  79.3  0.00000000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0559633 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3980  16S rRNA-processing protein RimM  29.59 
 
 
171 aa  79.3  0.00000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000074804  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0770  16S rRNA-processing protein RimM  29.38 
 
 
231 aa  79  0.00000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.149382  normal  0.116186 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0969  16S rRNA processing protein RimM  30.29 
 
 
176 aa  78.6  0.00000000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000000035902  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1355  16S rRNA processing protein RimM  31.18 
 
 
177 aa  78.6  0.00000000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000116768  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2702  16S rRNA-processing protein RimM  29.78 
 
 
190 aa  79  0.00000000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.294971  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0393  16S rRNA processing protein RimM  37.87 
 
 
172 aa  78.6  0.00000000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3354  16S rRNA-processing protein RimM  29.78 
 
 
209 aa  78.2  0.00000000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.305815 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1293  16S rRNA processing protein RimM  33.72 
 
 
169 aa  77.8  0.00000000000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.000894981  normal  0.803159 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0970  16S rRNA-processing protein RimM  28.07 
 
 
169 aa  77.8  0.00000000000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000015249  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1964  16S rRNA-processing protein RimM  28.14 
 
 
165 aa  77.8  0.00000000000007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26021  16S rRNA-processing protein RimM  32.76 
 
 
181 aa  77.4  0.0000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1682  16S rRNA-processing protein RimM  27.54 
 
 
165 aa  77.4  0.0000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00118486  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1415  16S rRNA processing protein RimM  30.86 
 
 
181 aa  77  0.0000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000206982  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2538  16S rRNA processing protein RimM  31.46 
 
 
182 aa  77.4  0.0000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.139064  normal  0.135293 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1698  16S rRNA-processing protein RimM  26.82 
 
 
179 aa  76.3  0.0000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1662  16S rRNA-processing protein RimM  32.77 
 
 
229 aa  76.6  0.0000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2452  16S rRNA processing protein RimM  24.57 
 
 
176 aa  76.6  0.0000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000919836  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1829  16S rRNA processing protein RimM  36.26 
 
 
171 aa  76.6  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0875871 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1105  16S rRNA-processing protein RimM  27.96 
 
 
193 aa  75.9  0.0000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3753  16S rRNA-processing protein RimM  32 
 
 
189 aa  75.5  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.13311  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1947  16S rRNA-processing protein RimM  38.73 
 
 
173 aa  75.9  0.0000000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.638971 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1967  16S rRNA-processing protein RimM  38.73 
 
 
173 aa  75.9  0.0000000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0420461  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2013  16S rRNA-processing protein RimM  38.73 
 
 
173 aa  75.9  0.0000000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.325457 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0682  16S rRNA-processing protein RimM  29.51 
 
 
194 aa  75.5  0.0000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5344  16S rRNA-processing protein RimM  30.68 
 
 
189 aa  75.5  0.0000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3065  16S rRNA processing protein RimM  28.83 
 
 
170 aa  75.1  0.0000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000508882  hitchhiker  0.000000546045 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>