More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Reut_B4960 on replicon NC_007348
Organism: Ralstonia eutropha JMP134



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007348  Reut_B4960  GGDEF  100 
 
 		 413 aa  825    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.806512  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4143  putative diguanylate cyclase  65.74 
 
 		 409 aa  477  1e-133  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000307242  normal  0.739273 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  45.13 
 
 		 395 aa  141  1.9999999999999998e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3480  diguanylate cyclase  44.62 
 
 		 395 aa  140  6e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232889  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0690  diguanylate cyclase  41.95 
 
 		 471 aa  137  4e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0886  diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 542 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  47.47 
 
 		 487 aa  133  6.999999999999999e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0797  diguanylate cyclase  36.5 
 
 		 408 aa  132  2.0000000000000002e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.71948  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  46.24 
 
 		 498 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  30.52 
 
 		 405 aa  131  2.0000000000000002e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1198  diguanylate cyclase  41.01 
 
 		 394 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000754903  normal  0.715416 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  34.42 
 
 		 464 aa  132  2.0000000000000002e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0275  diguanylate cyclase  44.94 
 
 		 630 aa  130  4.0000000000000003e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0339591 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0532  diguanylate cyclase  28.81 
 
 		 400 aa  130  6e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.457975  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2680  diguanylate cyclase  39.13 
 
 		 252 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3752  diguanylate cyclase  39.57 
 
 		 436 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2703  diguanylate cyclase  45.34 
 
 		 339 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.863974  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1805  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  46.02 
 
 		 960 aa  128  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  42.46 
 
 		 307 aa  127  3e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0392  diguanylate cyclase  43.29 
 
 		 319 aa  127  4.0000000000000003e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0549299  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1782  diguanylate cyclase  44.02 
 
 		 629 aa  127  4.0000000000000003e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  41.82 
 
 		 278 aa  126  5e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3330  diguanylate cyclase  38.38 
 
 		 401 aa  126  7e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0613  diguanylate cyclase  41.1 
 
 		 611 aa  126  9e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  42.5 
 
 		 532 aa  125  1e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  43.37 
 
 		 425 aa  125  1e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0604  diguanylate cyclase  38.76 
 
 		 291 aa  125  1e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.436873  normal  0.310553 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  42.6 
 
 		 316 aa  125  1e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4589  diguanylate cyclase  40.43 
 
 		 409 aa  125  1e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.365756  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  42.01 
 
 		 1073 aa  124  4e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  41.07 
 
 		 459 aa  124  4e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3737  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 391 aa  124  4e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.319757  hitchhiker  0.00976865 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0504  GGDEF domain-containing protein  34.3 
 
 		 385 aa  123  5e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40 
 
 		 317 aa  123  5e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40 
 
 		 317 aa  123  5e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  40.57 
 
 		 334 aa  123  7e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2218  GGDEF  46.11 
 
 		 448 aa  123  7e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0457  diguanylate cyclase  45.11 
 
 		 472 aa  123  7e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.100839  normal  0.562676 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4052  diguanylate cyclase  46.96 
 
 		 416 aa  122  9e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.498255  normal  0.0995443 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3998  diguanylate cyclase  41.44 
 
 		 591 aa  122  9.999999999999999e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0885  membrane associated GGDEF protein  40.13 
 
 		 712 aa  122  9.999999999999999e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136885  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5684  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.86 
 
 		 313 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.656373  hitchhiker  0.00195148 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4551  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.86 
 
 		 313 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.111866  normal  0.524526 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  41.57 
 
 		 354 aa  122  9.999999999999999e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2974  diguanylate cyclase  43.75 
 
 		 518 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0516794  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5175  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.86 
 
 		 313 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1852  diguanylate cyclase  33.83 
 
 		 404 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0317173  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1554  GGDEF domain-containing protein  40.11 
 
 		 389 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.84144  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0097  GGDEF domain-containing protein  48.17 
 
 		 487 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2825  GGDEF domain-containing protein  48.17 
 
 		 487 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.819973  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 373 aa  121  1.9999999999999998e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2678  diguanylate cyclase  48.17 
 
 		 487 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1077  GGDEF domain-containing protein  48.17 
 
 		 528 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.918636  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0610  two component response regulator  42.77 
 
 		 649 aa  122  1.9999999999999998e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  43.12 
 
 		 323 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  44.24 
 
 		 623 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0115  diguanylate cyclase  48.17 
 
 		 487 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.418458  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2896  cellulose binding, type IV  39.46 
 
 		 443 aa  121  1.9999999999999998e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808862 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  41.88 
 
 		 532 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0953  diguanylate cyclase  41.07 
 
 		 494 aa  121  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.08 
 
 		 438 aa  121  1.9999999999999998e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4131  diguanylate cyclase  36.14 
 
 		 369 aa  121  1.9999999999999998e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  40.1 
 
 		 474 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0284  diguanylate cyclase  37.93 
 
 		 391 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.879349  unclonable  0.0000000000722624 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1535  diguanylate cyclase  48.17 
 
 		 487 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1257  diguanylate cyclase  48.17 
 
 		 487 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3816  diguanylate cyclase  39.8 
 
 		 526 aa  120  3e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  43.53 
 
 		 540 aa  121  3e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  38.12 
 
 		 487 aa  121  3e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0401  GGDEF domain-containing protein  47.56 
 
 		 507 aa  121  3e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.33 
 
 		 1078 aa  120  3e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4297  diguanylate cyclase  41.09 
 
 		 522 aa  121  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491288  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0530  response regulator receiver protein  37.02 
 
 		 392 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.143294  normal  0.0713478 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3108  diguanylate cyclase  39.32 
 
 		 411 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 298 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3227  diguanylate cyclase  39.11 
 
 		 359 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.709302  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4930  diguanylate cyclase  42.25 
 
 		 530 aa  120  4.9999999999999996e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.22973 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0799  diguanylate cyclase  41.38 
 
 		 538 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0186826  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  41.97 
 
 		 495 aa  120  4.9999999999999996e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  42.24 
 
 		 459 aa  120  4.9999999999999996e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1014  diguanylate cyclase  35.66 
 
 		 552 aa  120  6e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.737518 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02241  hypothetical protein  38.27 
 
 		 320 aa  120  6e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.38 
 
 		 424 aa  120  6e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.35 
 
 		 797 aa  120  6e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5747  diguanylate cyclase  39.25 
 
 		 261 aa  120  6e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1560  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.2 
 
 		 800 aa  120  6e-26  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0426061  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  36.22 
 
 		 775 aa  119  7e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.14 
 
 		 476 aa  119  7e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  39.62 
 
 		 565 aa  119  7e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  43.98 
 
 		 457 aa  119  7e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1380  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.94 
 
 		 332 aa  119  7.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.238298  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4330  diguanylate cyclase with GAF sensor  40 
 
 		 325 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5012  diguanylate cyclase  45.88 
 
 		 510 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3478  diguanylate cyclase  39.58 
 
 		 496 aa  119  9e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.289854  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0319  two component diguanylate cyclase  41.52 
 
 		 661 aa  119  9e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1834  diguanylate cyclase  44.65 
 
 		 525 aa  119  9e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.245567  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.2 
 
 		 668 aa  119  9e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3642  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.29 
 
 		 796 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127426  normal  0.751556 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1189  diguanylate cyclase  43.37 
 
 		 357 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0106637  normal  0.54324 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  42.69 
 
 		 360 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>