More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4536 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_4536  diguanylate cyclase  100 
 
 		 503 aa  1020    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221207  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0868  GGDEF domain-containing protein  76.92 
 
 		 494 aa  782    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.796056  normal  0.69001 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0954  diguanylate cyclase  66 
 
 		 502 aa  666    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0641916  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0766  diguanylate cyclase  62.63 
 
 		 501 aa  627  1e-178  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6958  diguanylate cyclase  54.53 
 
 		 502 aa  536  1e-151  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5670  diguanylate cyclase  40.76 
 
 		 521 aa  365  1e-100  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0236259 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5189  diguanylate cyclase  40.76 
 
 		 521 aa  365  1e-100  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0028  diguanylate cyclase  40.76 
 
 		 527 aa  363  3e-99  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.789293 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4565  diguanylate cyclase  40.36 
 
 		 521 aa  361  2e-98  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.267028  normal  0.0465187 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1924  diguanylate cyclase  39.09 
 
 		 492 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.268801  normal  0.495061 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1901  diguanylate cyclase  38.88 
 
 		 492 aa  358  1.9999999999999998e-97  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6178  diguanylate cyclase  38.88 
 
 		 492 aa  358  1.9999999999999998e-97  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.837587  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1598  diguanylate cyclase  40.04 
 
 		 492 aa  357  3.9999999999999996e-97  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0273825  normal  0.888834 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3188  diguanylate cyclase  41.13 
 
 		 529 aa  355  6.999999999999999e-97  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.210299 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4944  diguanylate cyclase  41.33 
 
 		 520 aa  355  1e-96  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0582678 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5496  diguanylate cyclase  40.9 
 
 		 520 aa  354  2e-96  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.414779  hitchhiker  0.000876281 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6347  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 507 aa  353  2.9999999999999997e-96  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.197089 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1025  diguanylate cyclase  38.8 
 
 		 492 aa  352  1e-95  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1021  diguanylate cyclase  38.59 
 
 		 492 aa  350  3e-95  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0128107  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0410  diguanylate cyclase  38.95 
 
 		 516 aa  348  2e-94  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4297  diguanylate cyclase  38.81 
 
 		 522 aa  344  2e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491288  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4045  diguanylate cyclase  39.5 
 
 		 492 aa  334  2e-90  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4503  diguanylate cyclase  39.71 
 
 		 492 aa  334  2e-90  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5084  diguanylate cyclase  39.46 
 
 		 503 aa  333  5e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.494089  normal  0.0445442 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4694  diguanylate cyclase  39.5 
 
 		 492 aa  331  1e-89  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0401  GGDEF domain-containing protein  38.75 
 
 		 507 aa  331  2e-89  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2825  GGDEF domain-containing protein  38.96 
 
 		 487 aa  326  7e-88  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.819973  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2678  diguanylate cyclase  38.75 
 
 		 487 aa  325  1e-87  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1077  GGDEF domain-containing protein  38.75 
 
 		 528 aa  324  3e-87  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.918636  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0097  GGDEF domain-containing protein  38.54 
 
 		 487 aa  323  5e-87  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1257  diguanylate cyclase  38.54 
 
 		 487 aa  323  5e-87  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0115  diguanylate cyclase  38.54 
 
 		 487 aa  323  5e-87  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.418458  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1535  diguanylate cyclase  38.54 
 
 		 487 aa  323  5e-87  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04801  hypothetical protein  37.4 
 
 		 505 aa  318  1e-85  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0299872 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2492  diguanylate cyclase  39.96 
 
 		 474 aa  318  2e-85  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.379327 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0518  diguanylate cyclase  38.59 
 
 		 506 aa  315  9.999999999999999e-85  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  38.14 
 
 		 510 aa  313  4.999999999999999e-84  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2715  diguanylate cyclase  39.21 
 
 		 508 aa  312  6.999999999999999e-84  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.271597  normal  0.533444 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0175  diguanylate cyclase  36.65 
 
 		 516 aa  310  2.9999999999999997e-83  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3991  diguanylate cyclase  38.08 
 
 		 505 aa  308  1.0000000000000001e-82  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.613369 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4104  diguanylate cyclase  38.08 
 
 		 505 aa  308  1.0000000000000001e-82  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.340706 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1243  diguanylate cyclase  38.52 
 
 		 510 aa  307  4.0000000000000004e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.624606  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  38.05 
 
 		 510 aa  306  5.0000000000000004e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  38.05 
 
 		 510 aa  306  5.0000000000000004e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2420  diguanylate cyclase  37.92 
 
 		 532 aa  306  5.0000000000000004e-82  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.499921  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  38.05 
 
 		 510 aa  306  5.0000000000000004e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00828  putative transmembrane protein  37.5 
 
 		 512 aa  306  6e-82  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.33694  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1125  GGDEF  37.73 
 
 		 509 aa  306  6e-82  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.394023  normal  0.376452 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5454  diguanylate cyclase  40.45 
 
 		 510 aa  306  8.000000000000001e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.488047  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1840  putative transmembrane transcriptional sensor regulator  37.08 
 
 		 506 aa  300  3e-80  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0399375  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0250  GGDEF domain-containing protein  37.08 
 
 		 489 aa  300  4e-80  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.164767  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0315  GGDEF domain-containing protein  37.08 
 
 		 484 aa  300  5e-80  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.237701  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0390  GGDEF domain-containing protein  37.08 
 
 		 499 aa  300  5e-80  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.817676  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1346  GGDEF domain-containing protein  37.08 
 
 		 499 aa  300  5e-80  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0669442  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1755  diguanylate cyclase  37.08 
 
 		 499 aa  300  5e-80  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0984  GGDEF domain-containing protein  37.08 
 
 		 489 aa  299  9e-80  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.184695  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3598  diguanylate cyclase  40.25 
 
 		 510 aa  295  9e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5012  diguanylate cyclase  38.48 
 
 		 510 aa  295  1e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2597  diguanylate cyclase  37.76 
 
 		 506 aa  295  2e-78  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.938839 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0985  diguanylate cyclase  36.98 
 
 		 508 aa  294  3e-78  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3174  diguanylate cyclase  40.08 
 
 		 530 aa  294  3e-78  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.258431  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1305  GGDEF domain protein  37.04 
 
 		 502 aa  293  7e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.620212  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1122  GGDEF domain-containing protein  37.5 
 
 		 506 aa  290  3e-77  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.014859  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4395  diguanylate cyclase  38.05 
 
 		 498 aa  289  7e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  37.95 
 
 		 501 aa  288  2e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0798  GGDEF domain-containing protein  37.01 
 
 		 496 aa  287  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.412232  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00826  putative transmembrane protein  36.32 
 
 		 488 aa  286  7e-76  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.61367  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0821  diguanylate cyclase  36.59 
 
 		 496 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.605291  normal  0.227561 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0832  diguanylate cyclase  36.8 
 
 		 496 aa  279  1e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0638  diguanylate cyclase  34.98 
 
 		 524 aa  278  1e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0484455 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5179  diguanylate cyclase  34.51 
 
 		 504 aa  268  1e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.466605 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0533  diguanylate cyclase  34.15 
 
 		 480 aa  257  4e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0546  diguanylate cyclase  33.19 
 
 		 499 aa  255  1.0000000000000001e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5514  diguanylate cyclase  34.04 
 
 		 493 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.333875  normal  0.197216 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1127  GGDEF domain-containing protein  32.77 
 
 		 572 aa  239  6.999999999999999e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00567617  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02019  Putative signal protein with GGDEF domain  33.77 
 
 		 494 aa  237  5.0000000000000005e-61  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6264  diguanylate cyclase  33.61 
 
 		 502 aa  232  1e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.291677  normal  0.150603 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6666  diguanylate cyclase  33.61 
 
 		 502 aa  229  7e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6431  diguanylate cyclase  33.61 
 
 		 502 aa  229  7e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6048  diguanylate cyclase  33.73 
 
 		 506 aa  229  1e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.423069 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6345  diguanylate cyclase  34.12 
 
 		 506 aa  229  1e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.155718  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2297  diguanylate cyclase  30.28 
 
 		 533 aa  224  4e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.777078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2295  diguanylate cyclase  35.16 
 
 		 503 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3068  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 516 aa  221  3e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.608977 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5691  diguanylate cyclase  31.25 
 
 		 512 aa  208  2e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4491  diguanylate cyclase  36.5 
 
 		 531 aa  206  7e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3328  GGDEF  35.13 
 
 		 548 aa  203  6e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00921167 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4321  diguanylate cyclase  31.15 
 
 		 534 aa  199  7e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  32.31 
 
 		 553 aa  193  5e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3172  diguanylate cyclase  34.59 
 
 		 518 aa  193  6e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2519  diguanylate cyclase  29.59 
 
 		 522 aa  188  2e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.926429  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2667  diguanylate cyclase  29.51 
 
 		 522 aa  187  3e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.548675  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  31.01 
 
 		 555 aa  187  6e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3242  GGDEF domain-containing protein  29.59 
 
 		 522 aa  185  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.564089  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2930  diguanylate cyclase  28.6 
 
 		 515 aa  185  2.0000000000000003e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.827018  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1348  diguanylate cyclase  27.91 
 
 		 515 aa  182  1e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2591  GGDEF domain protein  29.54 
 
 		 528 aa  175  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.200767  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2194  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.25 
 
 		 636 aa  164  4.0000000000000004e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0754  diguanylate cyclase  45.81 
 
 		 350 aa  164  5.0000000000000005e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2785  diguanylate cyclase  29.18 
 
 		 519 aa  162  9e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>