More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3608 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1955  efflux transporter, RND family, MFP subunit  86.5 
 
 		 400 aa  686    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.159137  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3608  secretion protein HlyD  100 
 
 		 400 aa  796    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221607  normal  0.363906 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4616  secretion protein HlyD  79.29 
 
 		 414 aa  619  1e-176  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2372  secretion protein HlyD  50.27 
 
 		 392 aa  366  1e-100  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.753301 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1141  RND efflux system membrane fusion protein  52.41 
 
 		 394 aa  347  2e-94  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.814411  normal  0.55527 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5686  RND family efflux transporter MFP subunit  47.12 
 
 		 401 aa  346  4e-94  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.214167 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4618  RND family efflux transporter MFP subunit  46.86 
 
 		 401 aa  345  6e-94  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.343268  normal  0.223248 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3750  secretion protein HlyD  46.86 
 
 		 401 aa  345  6e-94  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3361  RND efflux system membrane fusion protein  49.22 
 
 		 395 aa  345  7e-94  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0631452  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2097  RND family efflux transporter MFP subunit  50.45 
 
 		 391 aa  325  8.000000000000001e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.902105  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1967  RND family efflux transporter MFP subunit  49.55 
 
 		 391 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0310111  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1436  efflux transporter, RND family, MFP subunit  48.54 
 
 		 393 aa  298  1e-79  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4651  RND family efflux transporter MFP subunit  44.2 
 
 		 402 aa  295  1e-78  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.611035  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4363  RND efflux system membrane fusion protein  42.74 
 
 		 467 aa  286  5.999999999999999e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.234106  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2849  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.73 
 
 		 421 aa  283  5.000000000000001e-75  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0325844 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1392  RND efflux system membrane fusion protein  40.94 
 
 		 419 aa  280  2e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0449025  normal  0.0986293 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5203  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.47 
 
 		 455 aa  280  3e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.755082  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3414  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.22 
 
 		 1462 aa  276  4e-73  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7211  RND family efflux transporter MFP subunit  44.48 
 
 		 419 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6991  RND family efflux transporter MFP subunit  43.5 
 
 		 472 aa  267  2e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.231557 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1502  secretion protein HlyD  43.5 
 
 		 478 aa  267  2e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.184777  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6327  RND family efflux transporter MFP subunit  43.5 
 
 		 478 aa  267  2e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0452278  normal  0.980568 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2071  RND efflux system membrane fusion protein  39.84 
 
 		 407 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.226746  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5875  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.97 
 
 		 407 aa  265  8e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0955286  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0359  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.73 
 
 		 401 aa  265  8.999999999999999e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6521  RND family efflux transporter MFP subunit  39.95 
 
 		 410 aa  264  2e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.745567  normal  0.0817001 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1817  secretion protein HlyD  40.52 
 
 		 405 aa  259  4e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00656691  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0078  hypothetical protein  39.03 
 
 		 381 aa  256  3e-67  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2584  CzcB subfamily membrane fusion protein  38.3 
 
 		 409 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0123  RND family efflux transporter MFP subunit  37.11 
 
 		 417 aa  255  1.0000000000000001e-66  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.713324 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5741  RND family efflux transporter MFP subunit  40.52 
 
 		 455 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.814041  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0177  hypothetical protein  37.34 
 
 		 406 aa  253  4.0000000000000004e-66  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5985  RND family efflux transporter MFP subunit  40.95 
 
 		 455 aa  252  7e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1749  secretion protein HlyD  40.37 
 
 		 398 aa  251  2e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.145441 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4313  RND family efflux transporter MFP subunit  39.68 
 
 		 409 aa  251  2e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.583259 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1727  HlyD family secretion protein  38.61 
 
 		 409 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0767982  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4897  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.11 
 
 		 437 aa  245  9.999999999999999e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.51776 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3820  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.11 
 
 		 437 aa  245  9.999999999999999e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4188  RND family efflux transporter MFP subunit  38.17 
 
 		 410 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0941549  normal  0.890181 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3225  RND family efflux transporter MFP subunit  37.8 
 
 		 392 aa  241  2e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.376119  normal  0.122741 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4292  RND family efflux transporter MFP subunit  37.8 
 
 		 392 aa  241  2e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4074  secretion protein HlyD  37.8 
 
 		 392 aa  241  2e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.119469  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3710  RND family efflux transporter MFP subunit  37.63 
 
 		 410 aa  241  2e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0567  RND family efflux transporter MFP subunit  38.52 
 
 		 424 aa  237  3e-61  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02155  putative transport transmembrane protein  36.97 
 
 		 421 aa  230  3e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.58284 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2717  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.64 
 
 		 393 aa  227  3e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.374816  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2953  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.53 
 
 		 425 aa  226  6e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.104314 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2877  RND family efflux transporter MFP subunit  35.15 
 
 		 435 aa  222  8e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.200442 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2552  secretion protein HlyD  36.04 
 
 		 451 aa  221  1.9999999999999999e-56  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.603084  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1276  secretion protein HlyD  33.61 
 
 		 553 aa  218  1e-55  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4164  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.48 
 
 		 438 aa  212  7.999999999999999e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.444201  normal  0.22934 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5198  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.83 
 
 		 366 aa  211  1e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.197197  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0225  RND family efflux transporter MFP subunit  35.37 
 
 		 461 aa  212  1e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.540049  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3855  RND family efflux transporter MFP subunit  36.23 
 
 		 438 aa  211  2e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.336679  normal  0.260987 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4314  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.98 
 
 		 438 aa  209  6e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.544766  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2445  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.77 
 
 		 424 aa  199  7e-50  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0377313 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2692  RND family efflux transporter MFP subunit  38.7 
 
 		 424 aa  199  7e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.00769313  normal  0.142754 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1526  RND family efflux transporter MFP subunit  33.72 
 
 		 423 aa  172  1e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.692168  normal  0.0164989 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0257  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.34 
 
 		 376 aa  142  7e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0635655  hitchhiker  0.00588714 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2615  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.39 
 
 		 380 aa  142  9.999999999999999e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.909785  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0460  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.1 
 
 		 380 aa  142  9.999999999999999e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2582  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.86 
 
 		 379 aa  139  7.999999999999999e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000000306136  normal  0.19553 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4286  RND family efflux transporter MFP subunit  29.52 
 
 		 361 aa  137  3.0000000000000003e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.749975  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4014  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.25 
 
 		 362 aa  135  9.999999999999999e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0181773  normal  0.127593 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1721  RND family efflux transporter MFP subunit  30.26 
 
 		 431 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28820  secretion protein, HlyD family  28.17 
 
 		 441 aa  128  1.0000000000000001e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.20411  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3309  RND family efflux transporter MFP subunit  29.86 
 
 		 430 aa  128  2.0000000000000002e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.717365 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1161  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.06 
 
 		 376 aa  122  8e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.444348  normal  0.334679 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3539  RND family efflux transporter MFP subunit  29.44 
 
 		 392 aa  122  9e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4319  RND family efflux transporter MFP subunit  27.97 
 
 		 460 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0569861 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2431  RND family efflux transporter MFP subunit  27.33 
 
 		 435 aa  120  3e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0638771  normal  0.904192 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1700  secretion protein HlyD  28.49 
 
 		 417 aa  120  6e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.696744  normal  0.370784 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3513  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.84 
 
 		 398 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1458  RND family efflux transporter MFP subunit  30 
 
 		 422 aa  118  1.9999999999999998e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.235103  hitchhiker  0.000537348 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1523  secretion protein HlyD  28.16 
 
 		 457 aa  117  3e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.116484 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3160  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.08 
 
 		 1460 aa  117  3e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14330  Secretion protein HlyD family  27.41 
 
 		 401 aa  117  3e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.774042  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0225  secretion protein HlyD  31.03 
 
 		 380 aa  117  3.9999999999999997e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.34961  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3604  secretion protein HlyD  26.38 
 
 		 422 aa  116  6.9999999999999995e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.105186  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3808  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.45 
 
 		 398 aa  116  7.999999999999999e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0283024  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1513  secretion protein HlyD  27.71 
 
 		 404 aa  116  8.999999999999998e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.461504  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03141  putative resistance transmembrane protein  25.8 
 
 		 449 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.704547  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4184  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.22 
 
 		 462 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.267577  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4296  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.22 
 
 		 462 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31870  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  25.9 
 
 		 426 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3610  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.78 
 
 		 388 aa  113  6e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.479598  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2684  multidrug efflux system subunit MdtA  26.44 
 
 		 411 aa  112  8.000000000000001e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3714  RND family efflux transporter MFP subunit  28.78 
 
 		 408 aa  113  8.000000000000001e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.132208 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2708  RND efflux membrane fusion protein precursor  25.9 
 
 		 426 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0286088  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1011  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.03 
 
 		 395 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.279031  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4789  RND family efflux transporter MFP subunit  29.31 
 
 		 392 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2558  secretion protein HlyD  29.19 
 
 		 451 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0355119  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0505  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.9 
 
 		 349 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3492  RND family efflux transporter MFP subunit  28.99 
 
 		 405 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.474299  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1127  RND family efflux transporter MFP subunit  27.61 
 
 		 395 aa  112  1.0000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.295973  unclonable  0.0000000230672 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2427  RND family efflux transporter MFP subunit  30.28 
 
 		 380 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.412114  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2065  secretion protein HlyD  27.03 
 
 		 454 aa  111  2.0000000000000002e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.309375  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001980  probable RND efflux membrane fusion protein  27.99 
 
 		 367 aa  111  2.0000000000000002e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.979341  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4415  RND family efflux transporter MFP subunit  27.21 
 
 		 458 aa  110  3e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.553493  normal  0.934455 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0372  RND family efflux transporter MFP subunit  26.54 
 
 		 372 aa  111  3e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>