More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1448 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1448  diguanylate cyclase  100 
 
 		 252 aa  491  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1425  GGDEF domain-containing protein  74.21 
 
 		 247 aa  329  2e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4653  diguanylate cyclase  72.65 
 
 		 242 aa  299  3e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3959  diguanylate cyclase  63.46 
 
 		 227 aa  236  3e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.269646  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1237  diguanylate cyclase  66.12 
 
 		 227 aa  233  3e-60  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6847  diguanylate cyclase  65.71 
 
 		 242 aa  215  5e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0905  diguanylate cyclase  43.33 
 
 		 239 aa  128  1.0000000000000001e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0585872 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2568  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 254 aa  122  7e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1356  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.3 
 
 		 469 aa  121  9.999999999999999e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0103903  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  32.02 
 
 		 320 aa  116  3e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1872  diguanylate cyclase  43.09 
 
 		 586 aa  113  2.0000000000000002e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.10295  normal  0.872274 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3012  diguanylate cyclase  40 
 
 		 428 aa  113  3e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000172152  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1539  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.51 
 
 		 681 aa  113  4.0000000000000004e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0594257 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0712  diguanylate cyclase  33.71 
 
 		 523 aa  112  6e-24  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1737  diguanylate cyclase  38.04 
 
 		 390 aa  110  2.0000000000000002e-23  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0222793  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4748  diguanylate cyclase  39.59 
 
 		 377 aa  110  3e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2805  diguanylate cyclase  40 
 
 		 236 aa  109  4.0000000000000004e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.726204  normal  0.387546 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2763  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.31 
 
 		 820 aa  109  5e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1211  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.41 
 
 		 587 aa  108  6e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0242812 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1990  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.4 
 
 		 958 aa  107  1e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1211  diguanylate cyclase  36.47 
 
 		 381 aa  107  2e-22  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  39.62 
 
 		 451 aa  107  2e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3483  diguanylate cyclase  40.64 
 
 		 409 aa  105  8e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0776435  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3087  diguanylate cyclase  37.93 
 
 		 361 aa  105  9e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0983  GGDEF family protein  37.64 
 
 		 443 aa  105  9e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  36.25 
 
 		 498 aa  105  9e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0076  GGDEF domain-containing protein  31.46 
 
 		 524 aa  105  9e-22  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.790276  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2203  PAS:GGDEF  36.21 
 
 		 673 aa  104  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.239318  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1163  diguanylate cyclase  37.89 
 
 		 308 aa  104  1e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1770  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.48 
 
 		 769 aa  105  1e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0395066  normal  0.809527 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2525  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.24 
 
 		 464 aa  104  1e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.21158 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0159  diguanylate cyclase  38.32 
 
 		 368 aa  104  1e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.945874  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.67 
 
 		 407 aa  104  1e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2021  PAS sensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  38.22 
 
 		 811 aa  103  2e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1163  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.27 
 
 		 325 aa  104  2e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  0.538197 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1676  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40 
 
 		 1021 aa  104  2e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.267843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2747  diguanylate cyclase  40.35 
 
 		 261 aa  103  2e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.86983  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2307  mase1 domain family  38.22 
 
 		 998 aa  103  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2351  mase1 domain family protein  38.22 
 
 		 998 aa  103  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.659224  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2681  putative sensor protein  36.69 
 
 		 1117 aa  103  3e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.968854 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  38.51 
 
 		 609 aa  103  3e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3975  GGDEF  41.14 
 
 		 523 aa  103  3e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.456822  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2251  PAS domain protein  38.22 
 
 		 998 aa  103  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0076  diguanylate cyclase  38.75 
 
 		 444 aa  103  3e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2358  mase1 domain family  38.22 
 
 		 998 aa  103  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.922212 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.49 
 
 		 312 aa  103  3e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.174701  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0356  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.13 
 
 		 667 aa  103  3e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.589026  normal  0.448313 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  36.13 
 
 		 709 aa  102  4e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2409  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.17 
 
 		 729 aa  102  4e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.798311  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4255  GGDEF  42.94 
 
 		 400 aa  102  5e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  33.12 
 
 		 316 aa  102  6e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 432 aa  102  6e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3414  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.91 
 
 		 673 aa  102  6e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3792  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.88 
 
 		 893 aa  102  7e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.226695 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3905  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.88 
 
 		 893 aa  102  7e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.801054  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  33.49 
 
 		 1079 aa  102  7e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0100  diguanylate cyclase  36.26 
 
 		 446 aa  102  8e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.246337  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.04 
 
 		 827 aa  102  8e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.05 
 
 		 304 aa  102  8e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0529  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.76 
 
 		 575 aa  101  1e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.02 
 
 		 994 aa  101  1e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  29.91 
 
 		 319 aa  101  1e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0953  diguanylate cyclase  34.1 
 
 		 494 aa  101  1e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0926  diguanylate cyclase  34.1 
 
 		 494 aa  101  1e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.13 
 
 		 1078 aa  101  1e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1797  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.71 
 
 		 324 aa  100  2e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.504833  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2370  diguanylate cyclase  34.02 
 
 		 554 aa  100  2e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  34.62 
 
 		 638 aa  100  2e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1678  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.74 
 
 		 612 aa  100  2e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.477246 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.58 
 
 		 317 aa  100  3e-20  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3954  PAS:GGDEF:hemerythrin HHE cation binding region  29.96 
 
 		 667 aa  100  3e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.567366  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1957  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.45 
 
 		 975 aa  100  3e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2451  putative diguanylate cyclase  39.53 
 
 		 651 aa  100  3e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.20107  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  28.7 
 
 		 320 aa  99.8  4e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  34.67 
 
 		 316 aa  99.8  4e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.17 
 
 		 367 aa  99.8  4e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2363  diguanylate cyclase  37.82 
 
 		 214 aa  99.8  4e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.630601  normal  0.137832 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0896  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.46 
 
 		 397 aa  99.8  4e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.225893  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49160  putative sensor protein  40.13 
 
 		 1120 aa  99.8  4e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000588584 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1378  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.46 
 
 		 397 aa  99.8  4e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.696057  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  41.4 
 
 		 1000 aa  99.4  5e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.53 
 
 		 314 aa  99.4  5e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0833  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.3 
 
 		 322 aa  99.4  5e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0034  diguanylate cyclase  36.99 
 
 		 433 aa  99  6e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.523887  normal  0.941955 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2169  putative GAF sensor protein  39.88 
 
 		 812 aa  99  6e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0312851 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.91 
 
 		 512 aa  99.4  6e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0806  diguanylate cyclase  38.71 
 
 		 442 aa  99  7e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  34.48 
 
 		 487 aa  99  7e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0467  diguanylate cyclase  32.07 
 
 		 641 aa  99  7e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  33.17 
 
 		 610 aa  98.6  8e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2110  PAS:GGDEF  39.74 
 
 		 796 aa  98.6  8e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.172113  normal  0.0218284 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  42.37 
 
 		 1099 aa  98.6  8e-20  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1356  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.46 
 
 		 399 aa  98.6  8e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.305567 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3628  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 388 aa  98.6  8e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4004  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.18 
 
 		 820 aa  98.6  9e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00611465  normal  0.165942 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3387  diguanylate cyclase  31.84 
 
 		 442 aa  98.6  9e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0226  PAS sensor diguanylate cyclase and phophodiesterase  29.58 
 
 		 591 aa  97.8  1e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1574  putative sensor protein  36.94 
 
 		 1105 aa  98.2  1e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.115387  normal  0.924629 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0993  putative sensor protein  36.94 
 
 		 1105 aa  98.2  1e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.7374 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2254  sensory box protein  35.62 
 
 		 422 aa  97.8  1e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>