More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_3911 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013061  Phep_3911  PAS sensor protein  100 
 
 
206 aa  426  1e-118  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.504208 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0364  PAS sensor protein  48.17 
 
 
501 aa  199  3e-50  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.140778  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0990  putative PAS/PAC sensor protein  35.75 
 
 
758 aa  129  4.0000000000000003e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.91831  normal  0.661776 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4936  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41.84 
 
 
569 aa  116  1.9999999999999998e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4812  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  40 
 
 
1423 aa  109  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.330918  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6181  signal transduction histidine kinase  32.97 
 
 
1191 aa  108  7.000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.299797 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0172  signal transduction histidine kinase  34.21 
 
 
897 aa  101  6e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0442  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.56 
 
 
1785 aa  98.6  6e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1700  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  34.56 
 
 
767 aa  98.6  7e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0094  signal transduction histidine kinase  34.81 
 
 
929 aa  97.1  2e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4368  signal transduction histidine kinase  37.61 
 
 
934 aa  96.3  3e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.523014 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1130  signal transduction histidine kinase  35.04 
 
 
1002 aa  95.9  3e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.039296  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0136  diguanylate cyclase  34.62 
 
 
1428 aa  95.1  6e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3048  signal transduction histidine kinase  34.87 
 
 
1001 aa  94.7  9e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.143163  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0294  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.82 
 
 
799 aa  91.7  8e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.190357  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1881  PAS sensor protein  31.58 
 
 
872 aa  91.3  1e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1190  PAS sensor protein  34.19 
 
 
1041 aa  89.4  3e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0314947 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4265  signal transduction histidine kinase  36.75 
 
 
930 aa  89.4  3e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.588648  normal  0.462436 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1350  signal transduction histidine kinase  34.19 
 
 
1016 aa  89  4e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.597121 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4138  signal transduction histidine kinase  36.21 
 
 
1051 aa  89  5e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.35585 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1424  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.2 
 
 
1050 aa  88.2  7e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.4662  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3897  PAS sensor protein  35.9 
 
 
930 aa  87.8  9e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.240133 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1005  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  31.55 
 
 
646 aa  87  2e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.442988  decreased coverage  0.0000217029 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3335  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.96 
 
 
942 aa  85.5  5e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3913  PAS sensor protein  28.8 
 
 
1337 aa  85.5  6e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.290527  normal  0.28306 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1417  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.28 
 
 
1055 aa  85.1  7e-16  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0587691  normal  0.569805 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3696  sensory box histidine kinase/response regulator  30.6 
 
 
827 aa  84.7  8e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.652711  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1778  PAS  30.6 
 
 
956 aa  84.7  9e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.584017  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2535  putative PAS/PAC sensor protein  31.12 
 
 
468 aa  84.3  0.000000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.993201  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7206  signal transduction histidine kinase with CheB and CheR activity  35.09 
 
 
1499 aa  83.6  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1419  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.33 
 
 
831 aa  82.4  0.000000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4841  putative PAS/PAC sensor protein  44.44 
 
 
470 aa  81.3  0.000000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00593007  hitchhiker  0.000311175 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2810  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.1 
 
 
998 aa  81.3  0.00000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3072  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.51 
 
 
689 aa  81.3  0.00000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0145505 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0022  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.86 
 
 
1499 aa  80.1  0.00000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3771  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.37 
 
 
1391 aa  79  0.00000000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4225  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.51 
 
 
1322 aa  77.4  0.0000000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4405  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.65 
 
 
332 aa  75.9  0.0000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.382822 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1449  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.82 
 
 
332 aa  75.5  0.0000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0320  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.08 
 
 
838 aa  74.7  0.0000000000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.88782 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0118  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.59 
 
 
1927 aa  74.3  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.125924 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1425  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.23 
 
 
1126 aa  74.7  0.000000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0462  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.35 
 
 
1138 aa  74.3  0.000000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.84915  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4345  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  31.71 
 
 
890 aa  73.9  0.000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.5665  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4547  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.82 
 
 
973 aa  73.2  0.000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3763  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.84 
 
 
1255 aa  73.2  0.000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3966  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.32 
 
 
332 aa  73.2  0.000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.756589  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2003  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.37 
 
 
1109 aa  73.2  0.000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4844  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25 
 
 
507 aa  72.4  0.000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0550144  normal  0.563731 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2786  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.38 
 
 
627 aa  72.4  0.000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0123  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.01 
 
 
506 aa  72.4  0.000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.489937  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1082  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.16 
 
 
1068 aa  72.4  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.31862 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2218  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.41 
 
 
1070 aa  72.4  0.000000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.0765203 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0119  PAS sensor protein  28.79 
 
 
1561 aa  71.6  0.000000000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1237  chemotaxis response regulator (methyltransferase)  30.53 
 
 
1618 aa  71.6  0.000000000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4197  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.04 
 
 
1562 aa  71.6  0.000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4442  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.3 
 
 
1267 aa  71.2  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3409  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.82 
 
 
2654 aa  70.9  0.00000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1795  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.4 
 
 
1330 aa  70.5  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.173382  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1302  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.79 
 
 
1090 aa  69.3  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0842919  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1273  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.79 
 
 
1090 aa  69.7  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1892  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.07 
 
 
568 aa  69.3  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1140  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.49 
 
 
1193 aa  69.7  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0743  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.87 
 
 
869 aa  69.7  0.00000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1221  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.88 
 
 
1044 aa  69.7  0.00000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.227424  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1170  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.49 
 
 
1193 aa  69.3  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3447  hypothetical protein  29.88 
 
 
1210 aa  68.9  0.00000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00320271  normal  0.0786508 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0492  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.82 
 
 
754 aa  68.6  0.00000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3189  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.37 
 
 
1075 aa  68.6  0.00000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1390  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.54 
 
 
1977 aa  68.6  0.00000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2815  sensory box histidine kinase  26.77 
 
 
749 aa  67.8  0.0000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1029  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.5 
 
 
1820 aa  67.4  0.0000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.165868 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0558  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.2 
 
 
763 aa  67.4  0.0000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.043921  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2249  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  32.48 
 
 
771 aa  67.4  0.0000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0270  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.32 
 
 
626 aa  67  0.0000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1851  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  26.21 
 
 
1301 aa  66.6  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0114339  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2552  sensory transduction histidine kinase  33.61 
 
 
819 aa  66.2  0.0000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.348232  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3129  sensory box histidine kinase/response regulator  27.14 
 
 
1236 aa  66.2  0.0000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4325  Signal transduction histidine kinase  30.77 
 
 
1654 aa  66.6  0.0000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0213  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.37 
 
 
974 aa  66.2  0.0000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0934932  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0490  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  25.81 
 
 
681 aa  66.2  0.0000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.853397  normal  0.203863 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1526  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.53 
 
 
975 aa  65.5  0.0000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1413  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.78 
 
 
918 aa  65.5  0.0000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0647  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  30.56 
 
 
1741 aa  65.9  0.0000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.294056 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1738  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.57 
 
 
673 aa  65.5  0.0000000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0092  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.45 
 
 
1313 aa  64.7  0.0000000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.783031 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0371  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.62 
 
 
890 aa  64.3  0.000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1422  transcriptional regulator, XRE family  31.86 
 
 
652 aa  64.3  0.000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2637  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.46 
 
 
678 aa  64.7  0.000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.5465  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0300  multi-sensor signal transduction histidine kinase  22.89 
 
 
887 aa  64.3  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.328128  normal  0.0126688 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0601  Signal transduction histidine kinase-like protein  29.66 
 
 
1442 aa  64.3  0.000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2169  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.67 
 
 
1148 aa  64.3  0.000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0815  hypothetical protein  31.67 
 
 
918 aa  63.5  0.000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0715  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.81 
 
 
644 aa  63.9  0.000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0316  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  29.6 
 
 
764 aa  63.2  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.889284 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0064  Signal transduction histidine kinase  30.77 
 
 
1714 aa  63.9  0.000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.274411 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3627  signal transduction protein  25.49 
 
 
709 aa  63.9  0.000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2525  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.67 
 
 
464 aa  63.5  0.000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.21158 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3662  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.71 
 
 
842 aa  62.8  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.223359  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1716  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.62 
 
 
1238 aa  62.8  0.000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>