198 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1350 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1350  hypothetical protein  100 
 
 		 461 aa  923    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.248791  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4792  XRE family transcriptional regulator  63.52 
 
 		 490 aa  581  1e-164  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.118224  normal  0.264382 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2316  XRE family transcriptional regulator  60.25 
 
 		 474 aa  550  1e-155  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2644  transcriptional regulator, XRE family  59.11 
 
 		 474 aa  539  9.999999999999999e-153  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3514  XRE family transcriptional regulator  59.32 
 
 		 471 aa  535  1e-151  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.15562 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2077  transcriptional regulator, XRE family  60.71 
 
 		 490 aa  528  1e-149  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5864  XRE family transcriptional regulator  57.73 
 
 		 470 aa  522  1e-147  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4449  hypothetical protein  59.4 
 
 		 524 aa  515  1.0000000000000001e-145  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.106317  normal  0.892861 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1637  XRE family transcriptional regulator  59.88 
 
 		 490 aa  514  1e-144  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.375822 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28370  predicted transcriptional regulator  53.28 
 
 		 475 aa  490  1e-137  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11152  transcriptional regulator  49.57 
 
 		 486 aa  449  1e-125  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3669  transcriptional regulator, XRE family  49.68 
 
 		 466 aa  445  1.0000000000000001e-124  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1813  hypothetical protein  50.21 
 
 		 474 aa  440  9.999999999999999e-123  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0799  hypothetical protein  48.51 
 
 		 475 aa  437  1e-121  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.997092 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0634  XRE family transcriptional regulator  47.99 
 
 		 475 aa  432  1e-120  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0647  hypothetical protein  47.99 
 
 		 475 aa  432  1e-120  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.385996 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0627  hypothetical protein  47.99 
 
 		 475 aa  433  1e-120  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.995567  normal  0.329246 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2007  transcriptional regulator, XRE family  50.53 
 
 		 471 aa  429  1e-119  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.464836  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10472  transcriptional regulator  48.4 
 
 		 474 aa  426  1e-118  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0109  hypothetical protein  46.93 
 
 		 482 aa  424  1e-117  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.07895 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0761  hypothetical protein  45.96 
 
 		 475 aa  414  1e-114  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01702  transcriptional regulator  50.68 
 
 		 461 aa  400  9.999999999999999e-111  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0218  transcriptional regulator, XRE family  52.57 
 
 		 455 aa  400  9.999999999999999e-111  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.999471 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2997  XRE family transcriptional regulator  43.2 
 
 		 477 aa  358  9e-98  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.940113  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3598  XRE family transcriptional regulator  42.58 
 
 		 477 aa  358  9.999999999999999e-98  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.149473  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3096  transcriptional regulator, XRE family  43.2 
 
 		 477 aa  358  9.999999999999999e-98  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1147  hypothetical protein  42.33 
 
 		 472 aa  357  2.9999999999999997e-97  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3197  transcriptional regulator, XRE family  42.98 
 
 		 477 aa  355  8.999999999999999e-97  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1187  Cro/CI family transcriptional regulator  42.33 
 
 		 470 aa  355  1e-96  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2004  hypothetical protein  42.12 
 
 		 470 aa  354  2e-96  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.860284  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1879  XRE family transcriptional regulator  41.52 
 
 		 491 aa  348  1e-94  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.639599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4240  hypothetical protein  41.1 
 
 		 472 aa  345  8e-94  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.726169  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0594  hypothetical protein  45.36 
 
 		 481 aa  345  8.999999999999999e-94  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.150494  normal  0.432719 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0716  transcriptional regulator  41.38 
 
 		 464 aa  339  7e-92  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.582865  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3376  XRE family transcriptional regulator  41.91 
 
 		 469 aa  333  3e-90  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.307758  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4879  transcriptional regulator, XRE family  40.26 
 
 		 480 aa  333  3e-90  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.80038  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4200  XRE family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 481 aa  333  4e-90  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.306631  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1378  XRE family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 480 aa  332  7.000000000000001e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.151662  normal  0.880216 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4054  hypothetical protein  40.7 
 
 		 480 aa  332  8e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.568607  normal  0.0971132 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2962  hypothetical protein  40.66 
 
 		 476 aa  330  2e-89  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0436229  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3788  transcriptional regulator, XRE family  40.13 
 
 		 477 aa  326  4.0000000000000003e-88  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.432624 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2998  XRE family transcriptional regulator  41.47 
 
 		 474 aa  326  5e-88  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6140  transcriptional regulator, XRE family  40.26 
 
 		 466 aa  326  6e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.29056  normal  0.20843 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2986  XRE family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 483 aa  324  3e-87  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.199434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2254  XRE family transcriptional regulator  39.75 
 
 		 482 aa  323  4e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2308  hypothetical protein  42.06 
 
 		 461 aa  322  7e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6436  transcriptional regulator, XRE family  40.48 
 
 		 483 aa  322  9.000000000000001e-87  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1096  XRE family transcriptional regulator  39.49 
 
 		 483 aa  320  3e-86  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1365  hypothetical protein  44.96 
 
 		 477 aa  320  3e-86  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.26016  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2186  MerR family transcriptional regulator  41.34 
 
 		 461 aa  318  1e-85  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0858  hypothetical protein  41.34 
 
 		 461 aa  318  1e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0175977  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4472  hypothetical protein  41.07 
 
 		 464 aa  313  2.9999999999999996e-84  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0048  XRE family transcriptional regulator  39.87 
 
 		 488 aa  313  5.999999999999999e-84  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1500  hypothetical protein  41.89 
 
 		 469 aa  310  2.9999999999999997e-83  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.983319  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1221  transcriptional regulator  38.39 
 
 		 468 aa  310  4e-83  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.749153  normal  0.453619 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2895  XRE family transcriptional regulator  40.09 
 
 		 473 aa  309  8e-83  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.406623 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0807  XRE family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 506 aa  307  3e-82  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4724  hypothetical protein  40 
 
 		 474 aa  300  3e-80  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0391464 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1626  XRE family transcriptional regulator  42.95 
 
 		 476 aa  298  1e-79  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.928013  normal  0.297966 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0581  hypothetical protein  41.33 
 
 		 484 aa  296  4e-79  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0222358  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2488  hypothetical protein  39.24 
 
 		 467 aa  293  3e-78  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0697  transcriptional regulator, XRE family  38.78 
 
 		 475 aa  291  2e-77  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.280462  normal  0.896724 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1217  XRE family transcriptional regulator  40.17 
 
 		 495 aa  286  5e-76  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.778431  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2531  transcriptional regulator, XRE family  39.34 
 
 		 479 aa  276  4e-73  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1613  Cro/CI family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 470 aa  266  8e-70  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.1413  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1557  Cro/CI family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 470 aa  266  8e-70  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0310  XRE family transcriptional regulator  38 
 
 		 474 aa  258  1e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3929  hypothetical protein  37.12 
 
 		 483 aa  258  2e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0818  transcriptional regulator  39.78 
 
 		 469 aa  255  1.0000000000000001e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1028  XRE family transcriptional regulator  38.58 
 
 		 464 aa  249  6e-65  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0309  hypothetical protein  37.91 
 
 		 470 aa  249  6e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3436  XRE family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 463 aa  241  2e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.288452  normal  0.476438 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3158  transcriptional regulator, XRE family  37.61 
 
 		 472 aa  237  3e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4189  XRE family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 491 aa  233  6e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0115476  normal  0.171074 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0406  transcriptional regulator, XRE family  38.07 
 
 		 469 aa  233  7.000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000157456 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0944  XRE family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 462 aa  232  1e-59  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0374  transcriptional regulator, XRE family  38.07 
 
 		 469 aa  224  2e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.152873  decreased coverage  0.00046899 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2985  DNA-binding protein  46.27 
 
 		 149 aa  118  1.9999999999999998e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.765892  normal  0.231078 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1405  transcriptional regulator  28.44 
 
 		 431 aa  113  7.000000000000001e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.157932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1806  helix-turn-helix domain-containing protein  27.33 
 
 		 428 aa  100  7e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.496023 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0172  transcriptional regulator  27.11 
 
 		 428 aa  97.8  3e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1471  helix-turn-helix domain-containing protein  26.39 
 
 		 428 aa  97.1  7e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.772154 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1510  XRE family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 443 aa  95.9  1e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.899196 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2696  XRE family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 440 aa  84.3  0.000000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0198087  normal  0.635331 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1785  helix-turn-helix domain-containing protein  27.19 
 
 		 428 aa  79.3  0.0000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00231258  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1000  transcriptional regulator, XRE family  28.54 
 
 		 504 aa  77  0.0000000000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0584  transcriptional regulator  25.06 
 
 		 495 aa  66.6  0.0000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0712  transcriptional regulator, XRE family  24.66 
 
 		 504 aa  65.5  0.000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02070  predicted transcriptional regulator  25.56 
 
 		 488 aa  65.1  0.000000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2489  transcriptional regulator, XRE family  23.45 
 
 		 478 aa  63.5  0.000000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00109484  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12303  hypothetical protein  22.98 
 
 		 491 aa  62.8  0.00000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0072  transcriptional regulator, XRE family  24.82 
 
 		 488 aa  62.8  0.00000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0809805 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2265  XRE family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 433 aa  61.6  0.00000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.796244  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2248  transcriptional regulator, XRE family  26.27 
 
 		 505 aa  60.8  0.00000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.99928  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5338  transcriptional regulator, XRE family  23.53 
 
 		 503 aa  60.1  0.00000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.81894 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1378  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  24.78 
 
 		 481 aa  58.9  0.0000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.84072  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0805  DNA-binding protein  40 
 
 		 224 aa  58.5  0.0000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.602444  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1162  DNA-binding protein  35.35 
 
 		 187 aa  57.4  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1737  helix-turn-helix domain-containing protein  22.87 
 
 		 493 aa  57.8  0.0000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.754923  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1001  DNA-binding protein  35.35 
 
 		 187 aa  57.4  0.0000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>