More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1162 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_1162  histone deacetylase superfamily protein  100 
 
 		 306 aa  633  1e-180  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3373  histone deacetylase family protein  69.67 
 
 		 300 aa  442  1e-123  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0543734  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02968  histone deacetylase family protein  72.32 
 
 		 224 aa  343  2e-93  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.510136  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3900  histone deacetylase superfamily protein  51.84 
 
 		 305 aa  313  2.9999999999999996e-84  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0191811 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03035  hypothetical protein  50.5 
 
 		 307 aa  304  1.0000000000000001e-81  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2487  histone deacetylase superfamily protein  50 
 
 		 300 aa  303  3.0000000000000004e-81  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.60651  normal  0.017573 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002921  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  49.83 
 
 		 307 aa  302  4.0000000000000003e-81  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2660  histone deacetylase superfamily protein  51.19 
 
 		 304 aa  299  4e-80  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2474  histone deacetylase superfamily protein  51.19 
 
 		 300 aa  298  7e-80  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00188397 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2542  histone deacetylase superfamily protein  50.85 
 
 		 300 aa  298  1e-79  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00205391 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2634  histone deacetylase superfamily protein  51.53 
 
 		 300 aa  298  1e-79  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00803062 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1815  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  50.68 
 
 		 304 aa  296  4e-79  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1629  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  48.49 
 
 		 306 aa  294  1e-78  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000111374  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0998  hypothetical protein  48.81 
 
 		 300 aa  294  2e-78  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1614  histone deacetylase superfamily protein  50.17 
 
 		 302 aa  293  3e-78  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1648  histone deacetylase superfamily protein  50.17 
 
 		 302 aa  293  3e-78  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.265493 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2634  histone deacetylase superfamily protein  50.84 
 
 		 307 aa  293  3e-78  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1625  histone deacetylase superfamily protein  49.66 
 
 		 302 aa  291  1e-77  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2729  histone deacetylase superfamily  49.83 
 
 		 302 aa  290  2e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00182123 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1532  histone deacetylase superfamily  50 
 
 		 304 aa  288  1e-76  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1393  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein-like  48.5 
 
 		 304 aa  281  7.000000000000001e-75  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.194758  normal  0.700999 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3551  histone deacetylase superfamily  46.13 
 
 		 305 aa  276  2e-73  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2562  Histone deacetylase  45.79 
 
 		 305 aa  276  3e-73  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.432751 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1827  histone deacetylase superfamily protein  46.62 
 
 		 303 aa  273  2.0000000000000002e-72  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3192  histone deacetylase superfamily protein  47.67 
 
 		 305 aa  273  3e-72  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00911775  hitchhiker  0.000717233 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2706  histone deacetylase superfamily  48 
 
 		 305 aa  270  2e-71  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000210159  unclonable  0.000000000120446 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1245  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  46.13 
 
 		 305 aa  269  4e-71  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000118499 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3722  histone deacetylase superfamily protein  45.67 
 
 		 306 aa  259  3e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4764  histone deacetylase superfamily  43 
 
 		 304 aa  253  3e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.0000188722  decreased coverage  0.000868257 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4639  histone deacetylase superfamily protein  43 
 
 		 317 aa  253  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000315852  hitchhiker  0.00689363 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4295  histone deacetylase superfamily protein  43.67 
 
 		 305 aa  252  6e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.331272  normal  0.7959 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4918  histone deacetylase superfamily protein  43 
 
 		 306 aa  251  1e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  unclonable  0.000000000000273279  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10030  histone deacetylase superfamily  43.23 
 
 		 316 aa  251  1e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0971633  n/a   
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_40681  predicted protein  44.48 
 
 		 323 aa  250  3e-65  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.000252385  normal  0.188986 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2905  histone deacetylase superfamily protein  42.76 
 
 		 308 aa  248  7e-65  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.681424  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4777  histone deacetylase superfamily protein  42.67 
 
 		 304 aa  248  1e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000599986  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0656  histone deacetylase superfamily protein  42.33 
 
 		 304 aa  247  2e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  unclonable  0.000000000855576  normal  0.416487 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1459  putative histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  42.62 
 
 		 305 aa  246  4e-64  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4662  histone deacetylase family protein  43 
 
 		 305 aa  245  8e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1764  putative histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  44.3 
 
 		 316 aa  243  3e-63  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0823367 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1601  histone deacetylase superfamily  42.86 
 
 		 299 aa  242  7e-63  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1152  histone deacetylase superfamily protein  41.78 
 
 		 301 aa  239  5.999999999999999e-62  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0905584  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04120  Histone deacetylase superfamily protein  40.61 
 
 		 299 aa  238  1e-61  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0413564  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3448  histone deacetylase superfamily protein  42.61 
 
 		 297 aa  232  5e-60  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.509704 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2377  histone deacetylase superfamily protein  42.24 
 
 		 300 aa  231  8.000000000000001e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.018  normal  0.544894 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2066  deacetylase  40.43 
 
 		 299 aa  231  9e-60  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.288592  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1201  histone deacetylase superfamily protein  40.77 
 
 		 323 aa  229  4e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000000329608  normal  0.582651 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1584  histone deacetylase superfamily protein  41.11 
 
 		 298 aa  229  4e-59  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2483  Histone deacetylase  40.48 
 
 		 300 aa  226  4e-58  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.557385  normal  0.140117 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1507  hypothetical protein  41.72 
 
 		 324 aa  226  5.0000000000000005e-58  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.0000688301  normal  0.246857 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4892  histone deacetylase superfamily protein  43.39 
 
 		 305 aa  224  1e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3500  Histone deacetylase  40 
 
 		 311 aa  221  1.9999999999999999e-56  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2162  histone deacetylase superfamily protein  38.57 
 
 		 302 aa  220  1.9999999999999999e-56  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1529  histone deacetylase superfamily protein  41.05 
 
 		 299 aa  218  7e-56  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.188503  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0323  deacetylase  37.88 
 
 		 300 aa  218  7.999999999999999e-56  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0686  histone deacetylase superfamily  40.88 
 
 		 294 aa  216  5e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.611894 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2043  Histone deacetylase  40.21 
 
 		 299 aa  214  9.999999999999999e-55  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0169314  hitchhiker  0.0046378 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1768  Histone deacetylase  39.93 
 
 		 311 aa  213  2.9999999999999995e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.70732  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3915  histone deacetylase superfamily protein  41.02 
 
 		 315 aa  213  2.9999999999999995e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3030  Histone deacetylase  41.34 
 
 		 299 aa  213  3.9999999999999995e-54  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.894119  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3087  histone deacetylase superfamily protein  39.37 
 
 		 337 aa  212  5.999999999999999e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000151146  normal  0.0282587 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6866  histone deacetylase superfamily  38.85 
 
 		 299 aa  212  7.999999999999999e-54  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.859971  normal  0.144342 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6387  histone deacetylase superfamily protein  39.38 
 
 		 298 aa  211  9e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.006244  normal  0.830145 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0726  histone deacetylase superfamily  40.96 
 
 		 297 aa  211  9e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0713  histone deacetylase superfamily protein  40.41 
 
 		 308 aa  210  2e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.50552  normal  0.260718 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2789  histone deacetylase superfamily protein  39.46 
 
 		 298 aa  210  2e-53  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1941  histone deacetylase superfamily  40.07 
 
 		 334 aa  209  3e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00172119  hitchhiker  0.00484876 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2116  histone deacetylase superfamily protein  37.23 
 
 		 305 aa  208  9e-53  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0050  histone deacetylase superfamily protein  39.66 
 
 		 306 aa  208  9e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0204903  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1991  histone deacetylase superfamily protein  40.41 
 
 		 318 aa  208  1e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000158404 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1613  histone deacetylase superfamily  40.43 
 
 		 335 aa  207  2e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.000964161  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1606  hypothetical protein  40.43 
 
 		 323 aa  206  3e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00000378797  normal  0.732235 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2469  Histone deacetylase  42.47 
 
 		 305 aa  205  7e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1613  histone deacetylase superfamily protein  38.8 
 
 		 333 aa  205  9e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  unclonable  0.000000152208  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6780  histone deacetylase superfamily  41.3 
 
 		 298 aa  204  2e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1393  histone deacetylase superfamily  38.38 
 
 		 299 aa  197  2.0000000000000003e-49  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2506  histone deacetylase superfamily  39.52 
 
 		 296 aa  196  4.0000000000000005e-49  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1420  histone deacetylase superfamily protein  37.2 
 
 		 306 aa  196  5.000000000000001e-49  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.0496164 
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_4821  predicted protein  36.34 
 
 		 324 aa  195  7e-49  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3902  histone deacetylase superfamily protein  34.23 
 
 		 357 aa  191  1e-47  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.000000251706  normal  0.03889 
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_40492  predicted protein  33.99 
 
 		 350 aa  185  1.0000000000000001e-45  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0423597 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_9278  predicted protein  36.03 
 
 		 294 aa  176  5e-43  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0112  histone deacetylase superfamily  31.21 
 
 		 378 aa  106  4e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.833129  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0653  Histone deacetylase  31.64 
 
 		 406 aa  103  4e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.625383  normal  0.171491 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2162  histone deacetylase superfamily  28.68 
 
 		 404 aa  99  8e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.654849  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2297  histone deacetylase superfamily protein  27.33 
 
 		 385 aa  98.6  1e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.601671  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0708  Histone deacetylase  30.79 
 
 		 389 aa  97.8  2e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011692  PHATRDRAFT_49800  histone deacetylase 1 isoform  30.77 
 
 		 426 aa  97.4  3e-19  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3143  histone deacetylase superfamily  30.74 
 
 		 403 aa  97.1  3e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.170732 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0936  histone deacetylase superfamily protein  32.95 
 
 		 316 aa  97.1  3e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119545  histone deacetylase  32.99 
 
 		 487 aa  96.7  4e-19  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0834  histone deacetylase superfamily  28.88 
 
 		 378 aa  95.1  1e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_51026  histone deacetylase 1 isoform  29.02 
 
 		 426 aa  95.1  1e-18  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2054  histone deacetylase family protein  27.46 
 
 		 374 aa  94.4  2e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.24531 
 
 
-
 
NC_006693  CNH03520  histone deacetylase 1 (hd1), putative  29.23 
 
 		 621 aa  93.6  4e-18  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2249  histone deacetylase superfamily  31.36 
 
 		 336 aa  93.2  4e-18  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.775284  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0483  histone deacetylase superfamily protein  34.21 
 
 		 394 aa  93.6  4e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.275495  n/a   
 
 
-
 
NC_006685  CNC02060  histone deacetylase 1-1 (hd1), putative  28.17 
 
 		 659 aa  93.2  5e-18  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.300789  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1831  hypothetical protein  41.67 
 
 		 133 aa  93.2  5e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.330593  normal  1 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119518  histone deacetylase, probable  27.86 
 
 		 424 aa  93.2  5e-18  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>