More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MCAP_0665 on replicon NC_007633
Organism: Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007633  MCAP_0665  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 
249 aa  500  1e-141  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl155  tRNA pseudouridine synthase A  56.5 
 
 
251 aa  258  6e-68  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  33.6 
 
 
245 aa  112  6e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0228  tRNA pseudouridine synthase A  34.39 
 
 
253 aa  108  8.000000000000001e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000401865  normal  0.634585 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  35.47 
 
 
244 aa  107  1e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  27.94 
 
 
271 aa  104  2e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  28.63 
 
 
244 aa  103  2e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0627  tRNA pseudouridine synthase A  31.98 
 
 
241 aa  102  4e-21  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1248  tRNA pseudouridine synthase A  30.8 
 
 
248 aa  102  4e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1060  tRNA pseudouridine synthase A  30.8 
 
 
248 aa  102  4e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0686  tRNA pseudouridine synthase ACD  35.58 
 
 
246 aa  102  5e-21  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000903127  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0975  tRNA pseudouridine synthase A  33.88 
 
 
244 aa  102  7e-21  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.892125  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0389  tRNA pseudouridine synthase A  29.12 
 
 
265 aa  102  8e-21  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01500  pseudouridylate synthase I  32.4 
 
 
246 aa  101  1e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  8.6087e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02450  pseudouridylate synthase I  32.4 
 
 
246 aa  101  1e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000086341  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0346  tRNA pseudouridine synthase A  29.05 
 
 
262 aa  100  2e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000224311  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2681  tRNA pseudouridine synthase A  27.45 
 
 
262 aa  99.8  3e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0556679  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17151  tRNA pseudouridine synthase A  31.55 
 
 
268 aa  97.4  2e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.137278  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1700  tRNA pseudouridine synthase A  25.25 
 
 
261 aa  97.1  3e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.125972 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2273  tRNA pseudouridine synthase A  27.2 
 
 
263 aa  95.5  8e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000217948 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2469  tRNA pseudouridine synthase A  27.09 
 
 
278 aa  95.1  9e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.371859 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_23281  tRNA pseudouridine synthase A  25.23 
 
 
295 aa  94.7  1e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1452  tRNA pseudouridine synthase A  31.22 
 
 
256 aa  94  2e-18  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000896278  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  28.91 
 
 
245 aa  93.6  2e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0699  tRNA pseudouridine synthase A  31.85 
 
 
243 aa  94.4  2e-18  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.148099  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2497  tRNA pseudouridine synthase A  26.13 
 
 
271 aa  93.6  3e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0255  tRNA pseudouridine synthase A  29.69 
 
 
247 aa  93.2  3e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000251416  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3871  tRNA pseudouridine synthase A  25 
 
 
268 aa  92.8  5e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1380  tRNA pseudouridine synthase A  27.67 
 
 
243 aa  92  7e-18  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5154  tRNA pseudouridine synthase A  22.62 
 
 
279 aa  92  9e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.195409 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0746  tRNA pseudouridine synthase A  28.4 
 
 
247 aa  91.3  1e-17  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  unclonable  3.57289e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1626  tRNA pseudouridine synthase A  33.17 
 
 
268 aa  90.5  2e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.895885  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2616  tRNA pseudouridine synthase A  21.34 
 
 
296 aa  90.1  3e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0351  tRNA pseudouridine synthase A  25.68 
 
 
293 aa  89.7  3e-17  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.89141 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1685  tRNA pseudouridine synthase A  32.37 
 
 
244 aa  90.1  3e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0263  tRNA pseudouridine synthase A  29.56 
 
 
246 aa  90.1  3e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1666  tRNA pseudouridine synthase A  26.02 
 
 
261 aa  90.5  3e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0056205  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1104  tRNA pseudouridine synthase A  26.17 
 
 
276 aa  89.7  4e-17  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.723318  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19791  tRNA pseudouridine synthase A  27.4 
 
 
276 aa  89.7  4e-17  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1914  tRNA pseudouridine synthase A  24.8 
 
 
351 aa  89.7  4e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  30.49 
 
 
244 aa  89.4  4e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2877  tRNA pseudouridine synthase A  25.5 
 
 
244 aa  89.4  5e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00616108  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0163  tRNA pseudouridine synthase A  29.8 
 
 
252 aa  89.4  5e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000189836  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0605  tRNA pseudouridine synthase A  28.78 
 
 
256 aa  89.4  5e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000709788  hitchhiker  0.00819756 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_17411  tRNA pseudouridine synthase A  32.02 
 
 
268 aa  89.4  5e-17  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2726  tRNA pseudouridine synthase A  28.33 
 
 
259 aa  89  7e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1465  tRNA pseudouridine synthase A  26.54 
 
 
283 aa  89  7e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1426  tRNA pseudouridine synthase A  29.96 
 
 
241 aa  89  7e-17  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000043766  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0626  tRNA pseudouridine synthase A  33.17 
 
 
252 aa  88.6  9e-17  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.133889  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2308  tRNA pseudouridine synthase A  25.4 
 
 
273 aa  87.8  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.742773  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17251  tRNA pseudouridine synthase A  31.03 
 
 
268 aa  88.2  1e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  30.49 
 
 
244 aa  88.2  1e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3382  tRNA pseudouridine synthase A  27.62 
 
 
244 aa  87.8  1e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000753277  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  31.31 
 
 
261 aa  87  2e-16  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2800  tRNA pseudouridine synthase A  26.09 
 
 
283 aa  87  2e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.420943  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1901  tRNA pseudouridine synthase A  22.95 
 
 
252 aa  87.4  2e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.48254e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  31.31 
 
 
261 aa  87  2e-16  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1806  tRNA pseudouridine synthase A  23.17 
 
 
266 aa  87.8  2e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0126  tRNA pseudouridine synthase A  30.8 
 
 
264 aa  86.7  3e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000150331  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1048  tRNA pseudouridine synthase A  27.46 
 
 
244 aa  86.7  3e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000774285  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0319  tRNA pseudouridine synthase A  30.16 
 
 
250 aa  86.7  3e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000352927  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1486  tRNA pseudouridine synthase A  25.5 
 
 
261 aa  86.3  5e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0039876  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0255  tRNA pseudouridine synthase A  26.59 
 
 
250 aa  86.3  5e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00104612  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0937  tRNA pseudouridine synthase ACD  29.91 
 
 
244 aa  85.5  6e-16  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0321  tRNA pseudouridine synthase A  27.31 
 
 
264 aa  85.5  7e-16  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000566898  hitchhiker  1.98611e-17 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1916  tRNA pseudouridine synthase A  23.6 
 
 
260 aa  84.3  0.000000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.974239 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0142  tRNA pseudouridine synthase A  28.24 
 
 
247 aa  84  0.000000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000419417  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0137  tRNA pseudouridine synthase A  28.24 
 
 
247 aa  84  0.000000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000139661  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0135  tRNA pseudouridine synthase A  28.24 
 
 
247 aa  84  0.000000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000154872  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0155  tRNA pseudouridine synthase A  28.24 
 
 
252 aa  84  0.000000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.18067e-36 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1729  tRNA pseudouridine synthase A  25.49 
 
 
271 aa  83.6  0.000000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992895  hitchhiker  0.00555362 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5163  tRNA pseudouridine synthase A  29.02 
 
 
252 aa  84.3  0.000000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000176686  hitchhiker  0.0000000000431811 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0142  tRNA pseudouridine synthase A  28.24 
 
 
247 aa  84  0.000000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000771013  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2426  tRNA pseudouridine synthase A  25.91 
 
 
246 aa  84.3  0.000000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000220887  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0677  tRNA pseudouridine synthase A  23.23 
 
 
270 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.873291  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0879  tRNA pseudouridine synthase A  28.24 
 
 
248 aa  84.3  0.000000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2071  tRNA pseudouridine synthase A  25.49 
 
 
271 aa  83.6  0.000000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.179151  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4372  tRNA pseudouridine synthase A  23.14 
 
 
267 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2576  tRNA pseudouridine synthase A  26.64 
 
 
275 aa  83.6  0.000000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1980  tRNA pseudouridine synthase A  26.21 
 
 
300 aa  83.6  0.000000000000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0478647  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  26.85 
 
 
261 aa  83.2  0.000000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3109  tRNA pseudouridine synthase A  22.26 
 
 
286 aa  83.2  0.000000000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1560  tRNA pseudouridine synthase A  26.42 
 
 
302 aa  83.2  0.000000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.949883  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0136  tRNA pseudouridine synthase A  29.08 
 
 
247 aa  82.8  0.000000000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000296429  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2019  tRNA pseudouridine synthase A  26.63 
 
 
285 aa  82.8  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0292827  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0173  tRNA pseudouridine synthase A  28.24 
 
 
252 aa  82.8  0.000000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000175513  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3695  tRNA pseudouridine synthase A  27.8 
 
 
245 aa  82.8  0.000000000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.817214  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0142  tRNA pseudouridine synthase A  28.24 
 
 
247 aa  82  0.000000000000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000629315  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4238  tRNA pseudouridine synthase A  26.32 
 
 
250 aa  81.6  0.00000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00146243 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0226  tRNA pseudouridine synthase A  25 
 
 
293 aa  81.3  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2159  tRNA pseudouridine synthase A  24.12 
 
 
260 aa  81.6  0.00000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0844535 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0137  tRNA pseudouridine synthase A  28.24 
 
 
252 aa  81.6  0.00000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  27.17 
 
 
261 aa  81.6  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  27.17 
 
 
261 aa  81.6  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  27.17 
 
 
261 aa  81.3  0.00000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1355  tRNA pseudouridine synthase A  25.37 
 
 
237 aa  80.9  0.00000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0794079  normal  0.0223344 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3066  tRNA pseudouridine synthase A  26.96 
 
 
255 aa  80.9  0.00000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.301608  normal  0.564584 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2309  tRNA pseudouridine synthase A  22.44 
 
 
270 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0622933  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1368  tRNA pseudouridine synthase A  25 
 
 
276 aa  80.9  0.00000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23840  tRNA pseudouridine synthase A  26.13 
 
 
285 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866913  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>