273 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_2453 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009664  Krad_2453  PAS fold-3 domain protein  100 
 
 
255 aa  505  9.999999999999999e-143  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0064  Signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
1714 aa  64.7  0.000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.274411 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2336  signal transduction histidine kinase  35.29 
 
 
3706 aa  62.8  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4309  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37 
 
 
766 aa  62  0.000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3730  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.2 
 
 
978 aa  61.6  0.00000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.208606  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1798  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 
1501 aa  61.2  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5451  signal transduction histidine kinase  28.57 
 
 
547 aa  60.1  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.915879  normal  0.94618 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0150  putative PAS/PAC sensor protein  34.62 
 
 
1969 aa  59.3  0.00000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0399  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.42 
 
 
519 aa  58.9  0.00000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2839  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.29 
 
 
1478 aa  57.4  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.95588 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2267  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.91 
 
 
721 aa  57.8  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0115994  normal  0.0775846 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3777  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 
1068 aa  56.2  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0640729  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0086  putative PAS/PAC sensor protein  30.53 
 
 
685 aa  56.6  0.0000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.65346  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0601  Signal transduction histidine kinase-like protein  32.08 
 
 
1442 aa  56.2  0.0000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0864  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.68 
 
 
735 aa  56.6  0.0000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.175362  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3820  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.45 
 
 
881 aa  55.8  0.0000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3613  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.43 
 
 
1808 aa  55.8  0.0000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.643019 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1087  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.62 
 
 
1121 aa  55.8  0.0000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.740067  hitchhiker  0.00000751372 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2810  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.46 
 
 
998 aa  55.5  0.0000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2554  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29 
 
 
551 aa  55.1  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.344016  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1901  two-component sensor histidine kinase  28.3 
 
 
931 aa  55.1  0.000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0313083  normal  0.0871787 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1966  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.48 
 
 
492 aa  55.1  0.000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.917004  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2324  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.7 
 
 
1162 aa  55.1  0.000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2525  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.97 
 
 
464 aa  54.3  0.000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.21158 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3696  sensory box histidine kinase/response regulator  37.37 
 
 
827 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.652711  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1400  PAS sensor signal transduction histidine kinase  28.71 
 
 
938 aa  54.3  0.000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3477  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.84 
 
 
1465 aa  54.3  0.000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3556  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.53 
 
 
905 aa  54.3  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.88325  normal  0.39495 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5761  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.1 
 
 
708 aa  53.9  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2043  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.04 
 
 
691 aa  53.9  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.10086  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.37 
 
 
686 aa  53.9  0.000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3640  MCP methyltransferase, CheR-type with PAS/PAC sensor  32.65 
 
 
1303 aa  53.5  0.000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.581797 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0508  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.66 
 
 
1215 aa  53.9  0.000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.722414  normal  0.07841 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0947  putative PAS/PAC sensor protein  30.3 
 
 
956 aa  53.5  0.000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.360212  normal  0.074138 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0320  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.01 
 
 
838 aa  53.1  0.000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.88782 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4928  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.97 
 
 
659 aa  53.1  0.000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0222332  normal  0.944106 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1533  sensory box protein  29.08 
 
 
965 aa  53.1  0.000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.76081  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1778  PAS  34.34 
 
 
956 aa  53.1  0.000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.584017  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3140  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.63 
 
 
703 aa  53.1  0.000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1707  diguanylate cyclase  32.14 
 
 
602 aa  52.8  0.000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2169  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.25 
 
 
1148 aa  53.1  0.000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1931  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.31 
 
 
1289 aa  52.8  0.000006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0959119  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3017  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.9 
 
 
1669 aa  52.8  0.000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0294  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.84 
 
 
799 aa  52.4  0.000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.190357  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2025  putative PAS/PAC sensor protein  30.84 
 
 
930 aa  52.4  0.000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.76545  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1913  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.23 
 
 
1118 aa  52.4  0.000007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0936  signal transduction histidine kinase  45.76 
 
 
1177 aa  52.4  0.000007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.194621  normal  0.0190935 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2153  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.52 
 
 
645 aa  52.4  0.000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4988  putative PAS/PAC sensor protein  30.3 
 
 
866 aa  52.4  0.000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.952168  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6445  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.37 
 
 
830 aa  52  0.000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0224728  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1273  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.57 
 
 
1090 aa  52  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2025  two component sensor histidine kinase  28.57 
 
 
613 aa  51.6  0.00001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.199641  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1349  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.31 
 
 
1111 aa  51.6  0.00001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.444762  normal  0.501062 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3634  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33 
 
 
944 aa  51.2  0.00001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.103342  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1302  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.57 
 
 
1090 aa  52  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0842919  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4301  signal transduction histidine kinase  29.25 
 
 
2693 aa  52  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0198  multi-sensor hybrid histidine kinase  23.81 
 
 
1344 aa  51.2  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.592297 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1252  putative PAS/PAC sensor protein  30.3 
 
 
730 aa  51.2  0.00002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3087  ATP-binding region, ATPase-like  34.34 
 
 
847 aa  50.8  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.373882  normal  0.0754896 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5841  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.17 
 
 
887 aa  51.2  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.111175 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1288  sensory box protein  23 
 
 
685 aa  50.1  0.00003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.538668  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1892  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.81 
 
 
568 aa  50.4  0.00003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1749  PAS:GGDEF  29.25 
 
 
476 aa  49.7  0.00004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0218536  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2794  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.09 
 
 
767 aa  50.1  0.00004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.470571 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2246  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.57 
 
 
1084 aa  50.1  0.00004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.692403 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0910  sensory box histidine kinase/response regulator  38.03 
 
 
463 aa  49.3  0.00005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4776  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34 
 
 
1086 aa  49.7  0.00005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.108623  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4442  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.66 
 
 
1267 aa  49.3  0.00005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0472  sensory box histidine kinase/response regulator  38.03 
 
 
492 aa  49.3  0.00005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.798891  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0176  sensory box histidine kinase/response regulator  38.03 
 
 
492 aa  49.3  0.00005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1932  Signal transduction histidine kinase  38.03 
 
 
492 aa  49.3  0.00005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0476253  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1842  response regulator/sensory box histidine kinase  38.03 
 
 
492 aa  49.3  0.00005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1432  sensory box histidine kinase/response regulator  38.03 
 
 
492 aa  49.3  0.00005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.188442  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1160  hypothetical protein  28.57 
 
 
2303 aa  49.3  0.00006  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3464  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.96 
 
 
704 aa  49.3  0.00006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.140727 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1549  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.66 
 
 
823 aa  49.3  0.00006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.11093  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1449  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 
977 aa  48.9  0.00007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.416631 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7206  signal transduction histidine kinase with CheB and CheR activity  35 
 
 
1499 aa  48.9  0.00007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0380  sensory box histidine kinase/response regulator  40 
 
 
463 aa  48.9  0.00008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0123  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  22.78 
 
 
506 aa  48.9  0.00008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.489937  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3532  PAS  30.77 
 
 
691 aa  48.1  0.0001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.804686  normal  0.0772354 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3713  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.3 
 
 
713 aa  48.1  0.0001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000481 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1417  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.69 
 
 
1055 aa  48.1  0.0001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0587691  normal  0.569805 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2215  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.81 
 
 
810 aa  48.5  0.0001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1907  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.71 
 
 
494 aa  48.1  0.0001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0098  putative PAS/PAC sensor protein  27.72 
 
 
865 aa  48.5  0.0001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0698116  normal  0.0487213 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1282  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.58 
 
 
548 aa  48.5  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.153514  normal  0.0403413 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3662  alcohol dehydrogenase  30.84 
 
 
733 aa  48.1  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.899908  normal  0.588935 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1771  PAS:GGDEF  30.56 
 
 
449 aa  47.8  0.0002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2652  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  30 
 
 
833 aa  47.8  0.0002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0118  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.73 
 
 
1927 aa  47.4  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.125924 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4325  Signal transduction histidine kinase  25.71 
 
 
1654 aa  47.8  0.0002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1539  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.53 
 
 
1273 aa  47.8  0.0002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3048  signal transduction histidine kinase  27.55 
 
 
1001 aa  47.8  0.0002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.143163  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3897  PAS sensor protein  30.36 
 
 
930 aa  47.4  0.0002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.240133 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1373  two component sensor kinase  29.29 
 
 
790 aa  47.4  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3393  putative PAS/PAC sensor protein  23.23 
 
 
545 aa  47.8  0.0002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2164  sensory box protein  31.17 
 
 
1431 aa  47.4  0.0002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.357073  normal  0.611751 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0492  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.55 
 
 
754 aa  46.6  0.0003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0987  histidine kinase  27.72 
 
 
938 aa  47  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.718308  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>