More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_4753 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013440  Hoch_4753  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  100 
 
 
557 aa  1113    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.050677  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2667  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  51.5 
 
 
551 aa  498  1e-139  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0918  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  43.34 
 
 
554 aa  434  1e-120  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0902  Fis family transcriptional regulator  46.31 
 
 
551 aa  407  1.0000000000000001e-112  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0336784  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3010  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  42.3 
 
 
601 aa  399  9.999999999999999e-111  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2053  Fis family transcriptional regulator  54.07 
 
 
664 aa  363  4e-99  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4819  putative PAS/PAC sensor protein  52.25 
 
 
639 aa  361  2e-98  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00931956 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2402  transcriptional regulator, Fis family  54.06 
 
 
641 aa  359  6e-98  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4540  Fis family transcriptional regulator  52.38 
 
 
607 aa  358  9.999999999999999e-98  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2893  transcriptional regulator, Fis family  49.87 
 
 
630 aa  345  2e-93  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.359739 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2770  PAS sensor protein  49.62 
 
 
629 aa  342  1e-92  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2997  putative PAS/PAC sensor protein  49.75 
 
 
629 aa  341  2e-92  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.127618 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3238  putative PAS/PAC sensor protein  50.85 
 
 
624 aa  332  2e-89  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1411  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.71 
 
 
664 aa  311  2e-83  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2869  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.18 
 
 
648 aa  308  1.0000000000000001e-82  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.990966 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0097  Fis family transcriptional regulator  48.11 
 
 
699 aa  308  2.0000000000000002e-82  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2507  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.06 
 
 
488 aa  307  3e-82  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.182398 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3320  Fis family transcriptional regulator  43 
 
 
484 aa  306  9.000000000000001e-82  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.296096  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0903  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44 
 
 
693 aa  305  2.0000000000000002e-81  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.10284 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1020  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family protein  42.9 
 
 
516 aa  303  7.000000000000001e-81  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1399  ATPase  42.82 
 
 
419 aa  302  1e-80  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4854  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.86 
 
 
541 aa  300  3e-80  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.246176  normal  0.0147757 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1347  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  38.94 
 
 
1082 aa  300  3e-80  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2569  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  50.46 
 
 
509 aa  300  6e-80  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.393427  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4327  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  41.65 
 
 
875 aa  300  6e-80  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.184763 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2724  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  41.7 
 
 
723 aa  299  7e-80  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00255153  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0058  Fis family transcriptional regulator  43.47 
 
 
699 aa  298  2e-79  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2223  NifA subfamily transcriptional regulator  47.58 
 
 
556 aa  298  2e-79  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0251727  hitchhiker  0.000170906 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0067  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  43.85 
 
 
699 aa  298  2e-79  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0072  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  45.18 
 
 
694 aa  297  4e-79  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2440  NifA subfamily transcriptional regulator  42.61 
 
 
688 aa  296  6e-79  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2313  Fis family transcriptional regulator  44.63 
 
 
510 aa  296  6e-79  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3359  NifA subfamily transcriptional regulator  42.12 
 
 
674 aa  294  3e-78  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1464  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.01 
 
 
1139 aa  293  4e-78  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046229 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3227  Fis family transcriptional regulator  41.29 
 
 
488 aa  293  4e-78  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.539563  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_2000  Fis family transcriptional regulator  41.85 
 
 
700 aa  293  5e-78  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.255571  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3135  Fis family transcriptional regulator  41.29 
 
 
488 aa  293  5e-78  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2109  Fis family transcriptional regulator  43.57 
 
 
473 aa  293  6e-78  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0887  Fis family transcriptional regulator  41.29 
 
 
488 aa  293  6e-78  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3993  Fis family transcriptional regulator  41.25 
 
 
486 aa  293  8e-78  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000527576  normal  0.307332 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2207  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  47.98 
 
 
653 aa  293  8e-78  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000576072 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1563  Fis family transcriptional regulator  50.77 
 
 
348 aa  291  1e-77  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.290119  normal  0.356277 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1178  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  43.24 
 
 
670 aa  290  6e-77  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02345  hypothetical protein  43.24 
 
 
670 aa  290  6e-77  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2625  formate hydrogenlyase transcriptional activator  43.24 
 
 
648 aa  290  6e-77  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02383  DNA-binding transcriptional activator, formate sensing  43.24 
 
 
668 aa  290  7e-77  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3713  formate hydrogenlyase transcriptional activator  43.24 
 
 
670 aa  290  7e-77  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.574322  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2638  hydrogenase-4 transcriptional regulator  43.24 
 
 
670 aa  289  8e-77  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2773  formate hydrogenlyase transcriptional activator  42.97 
 
 
670 aa  288  1e-76  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.309926  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1185  NifA subfamily transcriptional regulator  42.97 
 
 
670 aa  288  2e-76  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.132433 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1431  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  44.44 
 
 
806 aa  288  2e-76  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.333003  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2834  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  41.81 
 
 
474 aa  287  2.9999999999999996e-76  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.653087  normal  0.743395 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3660  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  41.1 
 
 
488 aa  287  4e-76  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2966  transcriptional regulator NifA  43.2 
 
 
515 aa  286  5.999999999999999e-76  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3204  NifA subfamily transcriptional regulator  41.73 
 
 
690 aa  286  8e-76  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3823  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  45.11 
 
 
517 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000172283 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0972  Fis family transcriptional regulator  40.94 
 
 
488 aa  286  1.0000000000000001e-75  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.699188  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2163  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  43.18 
 
 
575 aa  285  2.0000000000000002e-75  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2253  Fis family transcriptional regulator  51.03 
 
 
648 aa  284  2.0000000000000002e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.358713  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2981  formate hydrogenlyase transcriptional activator  41.23 
 
 
692 aa  285  2.0000000000000002e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3169  formate hydrogenlyase transcriptional activator  42.12 
 
 
687 aa  285  2.0000000000000002e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.781229 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1348  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.23 
 
 
461 aa  285  2.0000000000000002e-75  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3048  formate hydrogenlyase transcriptional activator  41.23 
 
 
687 aa  285  2.0000000000000002e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00396389 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3064  formate hydrogenlyase transcriptional activator  41.23 
 
 
692 aa  285  2.0000000000000002e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0761446 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3983  formate hydrogenlyase transcriptional activator  41.48 
 
 
692 aa  284  3.0000000000000004e-75  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.933844  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3012  formate hydrogenlyase transcriptional activator  41.23 
 
 
692 aa  284  3.0000000000000004e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0157191 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3693  Fis family transcriptional regulator  40 
 
 
486 aa  284  3.0000000000000004e-75  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4307  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.48 
 
 
635 aa  283  5.000000000000001e-75  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.056389 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2856  formate hydrogenlyase transcriptional activator  41.48 
 
 
692 aa  283  6.000000000000001e-75  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.573281 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0582  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  39.17 
 
 
517 aa  283  6.000000000000001e-75  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3019  formate hydrogenlyase transcriptional activator  41.48 
 
 
692 aa  283  7.000000000000001e-75  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3335  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.03 
 
 
458 aa  282  9e-75  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2671  NifA subfamily transcriptional regulator  44.54 
 
 
726 aa  282  1e-74  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2552  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  41.63 
 
 
525 aa  282  1e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1055  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  49.85 
 
 
481 aa  282  1e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.874499  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1266  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  42.26 
 
 
724 aa  282  1e-74  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2456  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  41.63 
 
 
525 aa  281  1e-74  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0352047  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02581  DNA-binding transcriptional activator  41.87 
 
 
692 aa  281  2e-74  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0958  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  41.87 
 
 
692 aa  281  2e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2309  sigma-54 dependent transcriptional regulator, putative  46.18 
 
 
513 aa  281  2e-74  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00141019  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2521  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.61 
 
 
457 aa  281  2e-74  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02546  hypothetical protein  41.87 
 
 
692 aa  281  2e-74  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2868  formate hydrogenlyase transcriptional activator  41.87 
 
 
692 aa  281  2e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0981  NifA subfamily transcriptional regulator  41.87 
 
 
692 aa  281  2e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.427916 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1401  NifA subfamily transcriptional regulator  41.86 
 
 
562 aa  281  3e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0958  Fis family transcriptional regulator  40.69 
 
 
486 aa  280  3e-74  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1027  Fis family transcriptional regulator  40.69 
 
 
486 aa  280  4e-74  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3332  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  41.09 
 
 
486 aa  280  4e-74  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1060  Fis family transcriptional regulator  40.69 
 
 
486 aa  280  5e-74  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1076  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  43.75 
 
 
641 aa  280  5e-74  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.000748726  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1183  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  49.54 
 
 
481 aa  280  6e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1739  Sigma 54 interacting domain protein  41.82 
 
 
479 aa  280  6e-74  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1114  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  49.54 
 
 
501 aa  280  7e-74  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2429  NifA subfamily transcriptional regulator  40.41 
 
 
522 aa  280  7e-74  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0629809 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2522  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  43.32 
 
 
509 aa  278  1e-73  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1061  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.71 
 
 
602 aa  278  1e-73  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0274  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  40.2 
 
 
474 aa  278  2e-73  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4242  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.71 
 
 
660 aa  278  2e-73  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1129  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  45.61 
 
 
453 aa  277  4e-73  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.35 
 
 
515 aa  277  4e-73  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0532507 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>