More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2718 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_2718  conserved repeat domain protein  100 
 
 		 2000 aa  4017    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1522  conserved repeat domain protein  92.02 
 
 		 1984 aa  3592    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000121408 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3254  hypothetical protein  28.74 
 
 		 2118 aa  318  6e-85  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.55976  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5943  conserved repeat domain protein  28.37 
 
 		 2434 aa  292  5.0000000000000004e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0406  hypothetical protein  28.82 
 
 		 2418 aa  287  2.0000000000000002e-75  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00205563 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1046  hypothetical protein  26.04 
 
 		 1757 aa  245  5e-63  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.273403  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4948  hypothetical protein  27.3 
 
 		 1278 aa  227  2e-57  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.575028 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1328  hypothetical protein  34.73 
 
 		 1702 aa  217  1.9999999999999998e-54  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.191711 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0046  hypothetical protein  25.45 
 
 		 1260 aa  169  4e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.744748  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2415  hypothetical protein  25.45 
 
 		 1260 aa  169  4e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.633946  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0436  OmpA/MotB domain protein  24.87 
 
 		 1709 aa  167  2.0000000000000002e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1515  hypothetical protein  28.01 
 
 		 1580 aa  165  9e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2799  conserved repeat domain protein  30.45 
 
 		 898 aa  146  4e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.581071  normal  0.278482 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3079  OmpA/MotB domain-containing protein  30.84 
 
 		 1700 aa  130  3e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2392  OmpA/MotB  30.08 
 
 		 1402 aa  127  2e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.337578  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0310  hypothetical protein  29.33 
 
 		 924 aa  121  9.999999999999999e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.0718706 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1061  hypothetical protein  23.16 
 
 		 1222 aa  118  1.0000000000000001e-24  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3404  hypothetical protein  28.41 
 
 		 1175 aa  112  5e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.24888  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3669  hypothetical protein  28.13 
 
 		 1175 aa  110  2e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3574  hypothetical protein  28.19 
 
 		 1140 aa  110  3e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0751  conserved repeat domain-containing protein  30.13 
 
 		 909 aa  110  3e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.149924  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05163  hypothetical protein  26.98 
 
 		 1171 aa  99  8e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4949  hypothetical protein  29.64 
 
 		 509 aa  97.1  3e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.780389  normal  0.562948 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23330  major outer membrane porin OprF  47.47 
 
 		 351 aa  96.7  4e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0169824  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4333  OmpA/MotB domain-containing protein  40.71 
 
 		 454 aa  94.7  1e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000720866  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0435  conserved repeat domain protein  28.8 
 
 		 2886 aa  94.4  2e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3080  hypothetical protein  29.55 
 
 		 2853 aa  94  3e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1422  OmpA/MotB domain-containing protein  44.64 
 
 		 210 aa  93.2  4e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0642505  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3529  outer membrane protein OprF precursor  45.45 
 
 		 350 aa  91.3  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0341835  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41570  major porin and structural outer membrane porin OprF precursor  45.45 
 
 		 350 aa  91.3  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000484221  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1376  OmpA/MotB domain protein  38.71 
 
 		 468 aa  90.5  3e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000480584  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0382  OmpA/MotB domain protein  35.97 
 
 		 459 aa  90.5  3e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0342  thrombospondin type 3 repeat-containing OmpA/MotB protein  43.12 
 
 		 447 aa  90.1  4e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000185785  hitchhiker  3.89536e-20 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4592  OmpA/MotB domain-containing protein  42.86 
 
 		 296 aa  90.1  4e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2092  OmpF family protein  44.44 
 
 		 327 aa  89.4  6e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0207533  normal  0.0999951 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0047  hypothetical protein  31.25 
 
 		 1441 aa  89.4  7e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2414  hypothetical protein  27.33 
 
 		 1898 aa  89.4  7e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0388  OmpA/MotB domain protein  39.5 
 
 		 459 aa  88.2  0.000000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.134908  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2905  OmpA/MotB domain protein  37.9 
 
 		 466 aa  88.6  0.000000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000108671 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0439  OmpA/MotB domain protein  45.19 
 
 		 225 aa  88.2  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2377  outer membrane protein/peptidoglycan-associated (lipo)proteins  41 
 
 		 427 aa  87.8  0.000000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.07612e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2435  hypothetical protein  35.02 
 
 		 689 aa  86.7  0.000000000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0810  OmpA domain-containing protein  41.41 
 
 		 466 aa  85.9  0.000000000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.716109  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0360  OmpA domain-containing protein  41.28 
 
 		 429 aa  85.9  0.000000000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00108723  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1832  OmpA/MotB  42.57 
 
 		 523 aa  85.5  0.000000000000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1600  OmpF family protein  41.58 
 
 		 344 aa  85.5  0.000000000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000517848  decreased coverage  0.00289016 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1502  OmpA/MotB domain protein  40.83 
 
 		 263 aa  85.1  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0641332  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2089  OmpF family protein  41.58 
 
 		 344 aa  85.1  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.437855  normal  0.0407434 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1607  OmpF family protein  40.59 
 
 		 345 aa  85.1  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00000281488  decreased coverage  0.0000000000176342 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4220  OmpA/MotB domain-containing protein  40.83 
 
 		 263 aa  84.7  0.00000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.956448  normal  0.667838 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2299  outer membrane porin OprF  43.43 
 
 		 344 aa  85.1  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  unclonable  0.000000300566  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3651  OmpF family protein  41.58 
 
 		 344 aa  85.1  0.00000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.0000349757  normal  0.525566 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3173  OmpA/MotB  36.6 
 
 		 230 aa  84.7  0.00000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1158  OmpA/MotB domain-containing protein  46.53 
 
 		 239 aa  84.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.112434  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0120  OmpA/MotB domain protein  41.18 
 
 		 218 aa  84.7  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2097  thrombospondin type 3 repeat-containing OmpA/MotB protein  42.42 
 
 		 344 aa  84  0.00000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.000000182424  decreased coverage  0.00163672 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4115  OmpA/MotB domain-containing protein  41.67 
 
 		 262 aa  84  0.00000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0282  OmpA/MotB domain protein  39.62 
 
 		 230 aa  84  0.00000000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.000802819  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1745  OmpA domain-containing protein  44.12 
 
 		 524 aa  83.2  0.00000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.155252  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3309  OmpA/MotB  39.71 
 
 		 226 aa  83.2  0.00000000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48650  OmpA/MotB family protein  34.18 
 
 		 261 aa  83.2  0.00000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0689  OmpA/MotB domain protein  39.82 
 
 		 443 aa  83.2  0.00000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000828786  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3363  OmpA/MotB domain-containing protein  40 
 
 		 261 aa  83.2  0.00000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2393  hypothetical protein  31.75 
 
 		 1809 aa  83.2  0.00000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1107  OmpA/MotB domain-containing protein  40.83 
 
 		 263 aa  83.2  0.00000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2042  OmpA/MotB  46.3 
 
 		 286 aa  82.8  0.00000000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1798  OmpA/MotB  41.82 
 
 		 294 aa  82.8  0.00000000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.797204  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1814  OmpA/MotB  41.12 
 
 		 321 aa  82.4  0.00000000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0898802  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1570  OmpA/MotB domain-containing protein  51.04 
 
 		 498 aa  82.4  0.00000000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00583575 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2141  OmpA/MotB domain-containing protein  45.63 
 
 		 520 aa  82.4  0.00000000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0276844  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1316  OmpA/MotB  36.43 
 
 		 260 aa  82.4  0.00000000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00375724 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0023  hypothetical protein  30.14 
 
 		 2233 aa  81.6  0.0000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1731  OmpA/MotB domain protein  50 
 
 		 623 aa  81.6  0.0000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.134193  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1777  OmpF  41.58 
 
 		 344 aa  82  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.000465517  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2795  outer membrane protein  44.55 
 
 		 266 aa  81.3  0.0000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0660  hypothetical protein  25.98 
 
 		 1171 aa  81.3  0.0000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1423  OmpA/MotB domain-containing protein  43.1 
 
 		 244 aa  81.3  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0509995  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2454  outer membrane protein  45.79 
 
 		 402 aa  80.5  0.0000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0775  OmpA/MotB  38.38 
 
 		 457 aa  80.9  0.0000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1689  OmpA family protein  37.96 
 
 		 352 aa  80.9  0.0000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.000000000195152  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1446  outer membrane protein  40.16 
 
 		 261 aa  80.9  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.536324  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16630  putative outer membrane protein, OmpA  40.16 
 
 		 261 aa  80.5  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0638477  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0181  OmpA/MotB domain protein  45.19 
 
 		 263 aa  80.1  0.0000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.833655  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4294  OmpA/MotB domain-containing protein  41.59 
 
 		 239 aa  80.1  0.0000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1654  OmpA/MotB domain-containing protein  38.89 
 
 		 344 aa  79.7  0.0000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  decreased coverage  0.00000122259  normal  0.141809 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0389  outer membrane fibronectin-binding protein  33.54 
 
 		 345 aa  80.1  0.0000000000005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0293  OmpA/MotB domain protein  43.48 
 
 		 213 aa  79.3  0.0000000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0608822  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1035  OmpA/MotB domain protein  40 
 
 		 360 aa  79.7  0.0000000000006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1122  OmpA/MotB domain protein  44.55 
 
 		 264 aa  79.3  0.0000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0205488  hitchhiker  0.00000560377 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0163  OmpA/MotB domain protein  44.44 
 
 		 223 aa  79.3  0.0000000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1802  OmpA/MotB domain-containing protein  44.14 
 
 		 375 aa  79  0.0000000000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.0000000252189  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2546  OmpA/MotB domain-containing protein  49.4 
 
 		 209 aa  79.3  0.0000000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.031779 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1880  outer membrane protein  44.14 
 
 		 375 aa  79.3  0.0000000000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000687097  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3888  OmpA/MotB domain protein  45.54 
 
 		 544 aa  78.6  0.000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.457406  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1814  OmpA/MotB domain protein  41.28 
 
 		 376 aa  79  0.000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.0000000102046  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6933  OmpA/MotB domain protein  48.75 
 
 		 630 aa  78.6  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.453004 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2084  OmpA/MotB domain-containing protein  37.98 
 
 		 337 aa  77.8  0.000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000772765  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0127  outer membrane protein  43.12 
 
 		 415 aa  77.8  0.000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.017735  normal  0.0709429 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3747  OmpA/MotB family outer membrane protein  44.55 
 
 		 542 aa  77.8  0.000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.598443  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3804  OmpA/MotB domain protein  44.55 
 
 		 543 aa  78.2  0.000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>