71 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5943 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012792  Vapar_5943  conserved repeat domain protein  100 
 
 
2434 aa  4891    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0406  hypothetical protein  63.42 
 
 
2418 aa  2991    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00205563 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1046  hypothetical protein  33.57 
 
 
1757 aa  570  1e-160  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.273403  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1515  hypothetical protein  31.19 
 
 
1580 aa  352  5e-95  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2718  conserved repeat domain protein  28.37 
 
 
2000 aa  290  2.9999999999999996e-76  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1522  conserved repeat domain protein  27.49 
 
 
1984 aa  274  2e-71  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000121408 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3254  hypothetical protein  26.29 
 
 
2118 aa  259  5e-67  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.55976  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4948  hypothetical protein  24.68 
 
 
1278 aa  169  5.9999999999999996e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.575028 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1328  hypothetical protein  27.7 
 
 
1702 aa  149  8.000000000000001e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.191711 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2393  hypothetical protein  32.33 
 
 
1809 aa  143  3.9999999999999997e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3080  hypothetical protein  27.16 
 
 
2853 aa  110  3e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0435  conserved repeat domain protein  27 
 
 
2886 aa  94.7  2e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2392  OmpA/MotB  29.48 
 
 
1402 aa  92.4  8e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.337578  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0046  hypothetical protein  27.32 
 
 
1260 aa  91.7  1e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.744748  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2415  hypothetical protein  27.32 
 
 
1260 aa  91.7  1e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.633946  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3573  hypothetical protein  33.49 
 
 
3486 aa  82.8  0.00000000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0048  hypothetical protein  28.33 
 
 
1946 aa  77  0.000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_12591  hypothetical protein  32.75 
 
 
1214 aa  76.6  0.000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4949  hypothetical protein  28.63 
 
 
509 aa  75.5  0.00000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.780389  normal  0.562948 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3079  OmpA/MotB domain-containing protein  27.87 
 
 
1700 aa  74.3  0.00000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2414  hypothetical protein  28.86 
 
 
1898 aa  73.9  0.00000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2799  conserved repeat domain protein  26.45 
 
 
898 aa  73.9  0.00000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.581071  normal  0.278482 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0047  hypothetical protein  29.17 
 
 
1441 aa  73.6  0.00000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0436  OmpA/MotB domain protein  28.45 
 
 
1709 aa  71.2  0.0000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0751  conserved repeat domain-containing protein  29.95 
 
 
909 aa  70.1  0.0000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.149924  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3669  hypothetical protein  28.12 
 
 
1175 aa  69.7  0.0000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3404  hypothetical protein  28.12 
 
 
1175 aa  69.3  0.0000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.24888  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3586  conserved repeat domain protein  26.96 
 
 
3324 aa  68.9  0.000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.197095 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2800  protein of unknown function DUF11  33.33 
 
 
1861 aa  68.2  0.000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.515437  normal  0.451772 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0311  hypothetical protein  26.24 
 
 
1063 aa  67.4  0.000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.427486  decreased coverage  0.00324581 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0750  hypothetical protein  30.73 
 
 
1861 aa  67.4  0.000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3403  hypothetical protein  26.81 
 
 
3634 aa  67.4  0.000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3667  parallel beta-helix repeat-containing transcriptional regulator AraC  26.81 
 
 
2078 aa  66.6  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0752  conserved repeat domain-containing protein  30.26 
 
 
897 aa  66.2  0.000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.389587  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05162  hypothetical protein  27.27 
 
 
3771 aa  61.2  0.0000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0310  hypothetical protein  28.29 
 
 
924 aa  60.8  0.0000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.0718706 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0661  hypothetical protein  26.8 
 
 
3360 aa  59.3  0.0000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0023  hypothetical protein  24.28 
 
 
2233 aa  55.8  0.00001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00005  transcriptional regulator, AraC family with Parallel beta-helix repeat  28.32 
 
 
8918 aa  55.5  0.00001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3696  conserved repeat domain protein  42.86 
 
 
1857 aa  53.9  0.00004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05163  hypothetical protein  26.51 
 
 
1171 aa  52.8  0.00009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2435  hypothetical protein  25 
 
 
689 aa  52.4  0.0001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1663  hypothetical protein  26.62 
 
 
2490 aa  52.4  0.0001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.365155  hitchhiker  0.00000000000128609 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3364  hypothetical protein  31.43 
 
 
2520 aa  52  0.0001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3414  hypothetical protein  33.01 
 
 
2520 aa  51.2  0.0002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3690  hypothetical protein  28.68 
 
 
2121 aa  51.2  0.0003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1686  conserved repeat domain protein  30.84 
 
 
5017 aa  50.8  0.0003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0147  LPXTG-motif cell wall anchor domain protein  27.36 
 
 
2724 aa  50.1  0.0005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1514  hypothetical protein  27.27 
 
 
372 aa  50.1  0.0006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0844616  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3693  hypothetical protein  33.96 
 
 
429 aa  49.7  0.0008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1618  hypothetical protein  29.91 
 
 
5017 aa  49.3  0.001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1502  hypothetical protein  29.91 
 
 
5017 aa  49.3  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1061  hypothetical protein  23.27 
 
 
1222 aa  48.9  0.001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1060  conserved repeat domain protein  27.04 
 
 
4897 aa  48.9  0.001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3249  hypothetical protein  28.52 
 
 
2487 aa  48.9  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3255  hypothetical protein  29.2 
 
 
2490 aa  48.1  0.002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3564  conserved repeat domain protein  30.97 
 
 
2490 aa  48.5  0.002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.977027  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3101  conserved repeat domain protein  29.91 
 
 
650 aa  48.1  0.002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3554  conserved repeat domain protein  28.47 
 
 
2490 aa  47.4  0.003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.5801e-29 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3691  hypothetical protein  29.52 
 
 
5010 aa  47.4  0.003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3654  conserved repeat domain protein  30.97 
 
 
2485 aa  47.4  0.003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.656841  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1654  conserved repeat domain protein  29.52 
 
 
5010 aa  47.4  0.003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3701  conserved repeat domain protein  32.69 
 
 
194 aa  47.4  0.003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3305  hypothetical protein  28.47 
 
 
2490 aa  47.4  0.003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0250  conserved repeat domain protein  32.32 
 
 
5010 aa  47.4  0.003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3560  hypothetical protein  27.83 
 
 
2490 aa  47  0.004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3601  hypothetical protein  28.47 
 
 
2358 aa  47.4  0.004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3340  hypothetical protein  28.47 
 
 
2358 aa  47.4  0.004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1464  cell surface protein  37.8 
 
 
5017 aa  47.4  0.004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2222  hypothetical protein  29.57 
 
 
2489 aa  46.6  0.006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1474  hypothetical protein  37.33 
 
 
5017 aa  46.2  0.009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>