More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1774 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_1774  polysaccharide deactylase family protein, PEP-CTERM locus subfamily  100 
 
 		 279 aa  572  1.0000000000000001e-162  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2473  polysaccharide deactylase family protein, PEP-CTERM locus subfamily  98.57 
 
 		 279 aa  564  1e-160  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2470  polysaccharide deacetylase  67.75 
 
 		 301 aa  409  1e-113  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2360  polysaccharide deacetylase  60.57 
 
 		 293 aa  370  1e-101  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2217  polysaccharide deactylase family protein, PEP- CTERM locus subfamily  60.93 
 
 		 298 aa  369  1e-101  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.691781  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0684  polysaccharide deactylase family protein, PEP-CTERM locus subfamily  54.87 
 
 		 283 aa  336  2.9999999999999997e-91  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.934486 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3066  polysaccharide deacetylase  54.51 
 
 		 283 aa  328  5.0000000000000004e-89  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  decreased coverage  0.00688884  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2388  polysaccharide deacetylase  55.91 
 
 		 304 aa  306  2.0000000000000002e-82  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1656  polysaccharide deacetylase  53.99 
 
 		 299 aa  300  2e-80  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.515692  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0139  FkbH  48.57 
 
 		 295 aa  295  4e-79  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1980  polysaccharide deacetylase domain-containing protein  51.71 
 
 		 293 aa  293  3e-78  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0143  polysaccharide deacetylase  52.54 
 
 		 310 aa  289  3e-77  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.839924  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3276  polysaccharide deactylase family protein, PEP-CTERM locus subfamily  52.52 
 
 		 279 aa  288  9e-77  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.231611  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0287  polysaccharide deacetylase  52.16 
 
 		 277 aa  286  2e-76  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2510  polysaccharide deactylase family protein, PEP-CTERM locus subfamily  52.35 
 
 		 302 aa  286  2e-76  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.710977 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2524  polysaccharide deacetylase  49.64 
 
 		 281 aa  283  3.0000000000000004e-75  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0713961  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1981  polysaccharide deacetylase  47.12 
 
 		 283 aa  276  2e-73  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3114  polysaccharide deacetylase  48.94 
 
 		 305 aa  274  1.0000000000000001e-72  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2403  polysaccharide deacetylase  51.82 
 
 		 279 aa  273  3e-72  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2005  polysaccharide deacetylase  49.64 
 
 		 280 aa  271  1e-71  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0664  polysaccharide deacetylase  49.64 
 
 		 291 aa  260  1e-68  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0290858  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0588  polysaccharide deacetylase  46.21 
 
 		 282 aa  253  3e-66  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.620562 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1172  polysaccharide deacetylase  48.03 
 
 		 281 aa  252  6e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1517  polysaccharide deacetylase  48.12 
 
 		 301 aa  249  5e-65  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0751328  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4036  PEP-CTERM locus, polysaccharide deactylase  47.06 
 
 		 292 aa  248  9e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.216969  normal  0.884964 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2331  polysaccharide deacetylase  46.01 
 
 		 293 aa  245  6e-64  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.103516  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2968  polysaccharide deacetylase  50.36 
 
 		 284 aa  243  3e-63  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1923  polysaccharide deacetylase  46.07 
 
 		 286 aa  241  9e-63  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.311845  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02597  Polysaccharide deacetylase  45.62 
 
 		 270 aa  240  2e-62  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.14174  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0835  polysaccharide deacetylase family protein  50.89 
 
 		 249 aa  234  1.0000000000000001e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2617  polysaccharide deacetylase  37.14 
 
 		 282 aa  177  1e-43  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3617  polysaccharide deacetylase  38.55 
 
 		 281 aa  173  1.9999999999999998e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000367499  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1685  polysaccharide deacetylase  38.77 
 
 		 273 aa  172  3.9999999999999995e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000637976  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2587  polysaccharide deacetylase  36.1 
 
 		 284 aa  169  4e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.784325  normal  0.845625 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2210  polysaccharide deacetylase  37.97 
 
 		 283 aa  162  6e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0246  polysaccharide deacetylase domain-containing protein  38.04 
 
 		 276 aa  159  4e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0831  polysaccharide deacetylase  29.35 
 
 		 307 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  hitchhiker  0.00177779  normal  0.177326 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1104  polysaccharide deacetylase  28.47 
 
 		 298 aa  102  1e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2238  polysaccharide deacetylase  28.57 
 
 		 289 aa  95.9  6e-19  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3383  polysaccharide deacetylase  45.13 
 
 		 299 aa  89.7  5e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.130531  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2304  polysaccharide deacetylase  34.72 
 
 		 295 aa  85.5  9e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.938894  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2257  polysaccharide deacetylase  34.72 
 
 		 295 aa  85.5  9e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.842059  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2296  polysaccharide deacetylase  34.03 
 
 		 295 aa  84  0.000000000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.480764  normal  0.859404 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5709  polysaccharide deacetylase  34.16 
 
 		 294 aa  83.2  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.903612  normal  0.313957 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5371  polysaccharide deacetylase  40.52 
 
 		 289 aa  81.6  0.00000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5282  polysaccharide deacetylase  40.52 
 
 		 289 aa  81.6  0.00000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5661  polysaccharide deacetylase  40.52 
 
 		 289 aa  81.6  0.00000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0796  polysaccharide deacetylase  38.79 
 
 		 264 aa  80.5  0.00000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0047  polysaccharide deacetylase  39.66 
 
 		 288 aa  80.1  0.00000000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.322661 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1257  polysaccharide deacetylase  47.06 
 
 		 235 aa  78.2  0.0000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1730  polysaccharide deacetylase  27.83 
 
 		 241 aa  77.4  0.0000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.842929  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0328  polysaccharide deacetylase  32.24 
 
 		 302 aa  77  0.0000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.955729  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5051  polysaccharide deacetylase  30.72 
 
 		 273 aa  76.3  0.0000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4846  polysaccharide deacetylase  35.65 
 
 		 271 aa  73.2  0.000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0203  polysaccharide deacetylase  42.59 
 
 		 292 aa  72.8  0.000000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.37611  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0650  polysaccharide deacetylase  39.36 
 
 		 233 aa  72.4  0.000000000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3928  polysaccharide deacetylase  46.99 
 
 		 289 aa  71.6  0.00000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.284883  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0316  polysaccharide deacetylase  39.09 
 
 		 287 aa  70.9  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0777924  normal  1 
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3335  polysaccharide deacetylase  32.62 
 
 		 298 aa  71.2  0.00000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.705331  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1037  polysaccharide deacetylase  42.35 
 
 		 269 aa  70.5  0.00000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0742911 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4179  polysaccharide deacetylase  45.12 
 
 		 266 aa  69.7  0.00000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0799  polysaccharide deacetylase  32.9 
 
 		 290 aa  69.7  0.00000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3669  polysaccharide deacetylase  40.7 
 
 		 250 aa  69.7  0.00000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0304  polysaccharide deacetylase  45.78 
 
 		 287 aa  68.2  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2684  polysaccharide deacetylase  37.84 
 
 		 294 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.569149 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4994  polysaccharide deacetylase  38.18 
 
 		 263 aa  68.6  0.0000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.486771  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0567  polysaccharide deacetylase  34.48 
 
 		 258 aa  68.2  0.0000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0123603  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1550  polysaccharide deacetylase  42.86 
 
 		 244 aa  68.6  0.0000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0260353  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1330  polysaccharide deacetylase  27.45 
 
 		 317 aa  67.8  0.0000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.591825 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1349  polysaccharide deacetylase  27.45 
 
 		 317 aa  67.8  0.0000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.723796 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2298  polysaccharide deacetylase  33.33 
 
 		 372 aa  67.4  0.0000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00169633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5514  polysaccharide deacetylase  37.93 
 
 		 252 aa  67.8  0.0000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.77719  normal  0.916687 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3555  polysaccharide deacetylase  30.23 
 
 		 306 aa  67  0.0000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34360  predicted xylanase/chitin deacetylase  37.82 
 
 		 296 aa  67  0.0000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0199851  normal  0.241125 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1313  polysaccharide deacetylase  26.61 
 
 		 330 aa  67  0.0000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2705  polysaccharide deacetylase  46.34 
 
 		 242 aa  67.4  0.0000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117989  normal  0.421806 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3296  polysaccharide deacetylase  36.94 
 
 		 315 aa  66.6  0.0000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0200  polysaccharide deacetylase  40.24 
 
 		 240 aa  67  0.0000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1917  polysaccharide deacetylase  43.21 
 
 		 250 aa  67  0.0000000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2817  polysaccharide deacetylase  37.27 
 
 		 300 aa  66.2  0.0000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3696  polysaccharide deacetylase  37.84 
 
 		 321 aa  66.6  0.0000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2167  polysaccharide deacetylase family protein  37.23 
 
 		 258 aa  66.2  0.0000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000111858  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1829  polysaccharide deacetylase  30.51 
 
 		 276 aa  65.9  0.0000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00572259  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2742  polysaccharide deacetylase  33.04 
 
 		 319 aa  65.9  0.0000000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6669  polysaccharide deacetylase  41.05 
 
 		 240 aa  65.9  0.0000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.422259  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2151  polysaccharide deacetylase  38.18 
 
 		 294 aa  65.9  0.0000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.342073  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2765  polysaccharide deacetylase  38.18 
 
 		 294 aa  65.9  0.0000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.468013  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1497  polysaccharide deacetylase  38.64 
 
 		 275 aa  65.1  0.000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.507826  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1638  polysaccharide deacetylase  33.33 
 
 		 238 aa  65.5  0.000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2068  putative polysaccharide deacetylase  30.51 
 
 		 275 aa  65.1  0.000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000383766  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1557  acetylxylan esterase  38.64 
 
 		 275 aa  65.1  0.000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.956674  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3361  putative polysaccharide deacetylase  29.66 
 
 		 275 aa  64.3  0.000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.342746  hitchhiker  0.00000000000000743733 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1692  polysaccharide deacetylase family protein  31.01 
 
 		 293 aa  64.3  0.000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000173795  normal  0.0616933 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0123  polysaccharide deacetylase  42.11 
 
 		 352 aa  64.3  0.000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0557  polysaccharide deacetylase  35.63 
 
 		 256 aa  64.7  0.000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6095  polysaccharide deacetylase  42.17 
 
 		 297 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.233371  normal  0.603331 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1878  polysaccharide deacetylase family protein  36.17 
 
 		 261 aa  63.9  0.000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.0000000117322  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2405  polysaccharide deacetylase family protein  31.01 
 
 		 293 aa  63.5  0.000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000804057  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2502  polysaccharide deacetylase  31.01 
 
 		 293 aa  63.5  0.000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6168  polysaccharide deacetylase  32.73 
 
 		 290 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>