More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4036 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_4036  PEP-CTERM locus, polysaccharide deactylase  100 
 
 
292 aa  586  1e-166  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.216969  normal  0.884964 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1923  polysaccharide deacetylase  69.09 
 
 
286 aa  400  9.999999999999999e-111  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.311845  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2331  polysaccharide deacetylase  68.57 
 
 
293 aa  383  1e-105  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.103516  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1981  polysaccharide deacetylase  56.63 
 
 
283 aa  323  2e-87  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0143  polysaccharide deacetylase  55.94 
 
 
310 aa  320  1.9999999999999998e-86  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.839924  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3114  polysaccharide deacetylase  57.04 
 
 
305 aa  313  2.9999999999999996e-84  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2524  polysaccharide deacetylase  53.07 
 
 
281 aa  311  1e-83  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0713961  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0287  polysaccharide deacetylase  54.71 
 
 
277 aa  309  2.9999999999999997e-83  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3276  polysaccharide deactylase family protein, PEP-CTERM locus subfamily  56.25 
 
 
279 aa  307  1.0000000000000001e-82  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.231611  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2510  polysaccharide deactylase family protein, PEP-CTERM locus subfamily  52.61 
 
 
302 aa  305  5.0000000000000004e-82  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.710977 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0664  polysaccharide deacetylase  52.57 
 
 
291 aa  300  2e-80  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0290858  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0588  polysaccharide deacetylase  51.61 
 
 
282 aa  290  2e-77  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.620562 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2403  polysaccharide deacetylase  51.09 
 
 
279 aa  288  8e-77  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1517  polysaccharide deacetylase  52.71 
 
 
301 aa  284  1.0000000000000001e-75  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0751328  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1172  polysaccharide deacetylase  46.98 
 
 
281 aa  279  3e-74  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1656  polysaccharide deacetylase  45.52 
 
 
299 aa  272  4.0000000000000004e-72  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.515692  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0139  FkbH  44.44 
 
 
295 aa  268  1e-70  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2005  polysaccharide deacetylase  47.69 
 
 
280 aa  265  5e-70  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0684  polysaccharide deactylase family protein, PEP-CTERM locus subfamily  44.84 
 
 
283 aa  260  2e-68  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.934486 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2217  polysaccharide deactylase family protein, PEP- CTERM locus subfamily  44.21 
 
 
298 aa  260  2e-68  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.691781  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2470  polysaccharide deacetylase  47.31 
 
 
301 aa  259  4e-68  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1980  polysaccharide deacetylase domain-containing protein  45.49 
 
 
293 aa  258  6e-68  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02597  Polysaccharide deacetylase  48.85 
 
 
270 aa  257  2e-67  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.14174  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3066  polysaccharide deacetylase  44.64 
 
 
283 aa  255  7e-67  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  decreased coverage  0.00688884  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1774  polysaccharide deactylase family protein, PEP-CTERM locus subfamily  47.06 
 
 
279 aa  248  9e-65  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2388  polysaccharide deacetylase  45.49 
 
 
304 aa  246  2e-64  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2473  polysaccharide deactylase family protein, PEP-CTERM locus subfamily  46.32 
 
 
279 aa  244  9.999999999999999e-64  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2968  polysaccharide deacetylase  50.36 
 
 
284 aa  243  3e-63  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2360  polysaccharide deacetylase  44.32 
 
 
293 aa  243  3e-63  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2617  polysaccharide deacetylase  37.55 
 
 
282 aa  186  4e-46  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0835  polysaccharide deacetylase family protein  45.71 
 
 
249 aa  183  3e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2587  polysaccharide deacetylase  37.36 
 
 
284 aa  177  2e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.784325  normal  0.845625 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0246  polysaccharide deacetylase domain-containing protein  39.35 
 
 
276 aa  176  5e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1685  polysaccharide deacetylase  37.41 
 
 
273 aa  167  1e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000637976  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2210  polysaccharide deacetylase  37.23 
 
 
283 aa  162  4.0000000000000004e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3617  polysaccharide deacetylase  35.84 
 
 
281 aa  162  6e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000367499  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2238  polysaccharide deacetylase  30.22 
 
 
289 aa  90.5  3e-17  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0831  polysaccharide deacetylase  29.96 
 
 
307 aa  87.8  2e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  hitchhiker  0.00177779  normal  0.177326 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1104  polysaccharide deacetylase  28.03 
 
 
298 aa  87.8  2e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0796  polysaccharide deacetylase  36.88 
 
 
264 aa  85.5  9e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0047  polysaccharide deacetylase  36.88 
 
 
288 aa  84  0.000000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.322661 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1730  polysaccharide deacetylase  32.49 
 
 
241 aa  83.6  0.000000000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.842929  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5661  polysaccharide deacetylase  35.71 
 
 
289 aa  80.1  0.00000000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5371  polysaccharide deacetylase  35.71 
 
 
289 aa  80.1  0.00000000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5282  polysaccharide deacetylase  35.71 
 
 
289 aa  80.1  0.00000000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2298  polysaccharide deacetylase  38.74 
 
 
372 aa  77  0.0000000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00169633  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1917  polysaccharide deacetylase  39.62 
 
 
250 aa  77.4  0.0000000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2742  polysaccharide deacetylase  38.32 
 
 
319 aa  77  0.0000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0799  polysaccharide deacetylase  35.16 
 
 
290 aa  75.9  0.0000000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2304  polysaccharide deacetylase  33.09 
 
 
295 aa  74.3  0.000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.938894  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2296  polysaccharide deacetylase  33.09 
 
 
295 aa  74.7  0.000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.480764  normal  0.859404 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2092  polysaccharide deacetylase  37.17 
 
 
291 aa  74.3  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0344916 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2257  polysaccharide deacetylase  33.09 
 
 
295 aa  74.3  0.000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.842059  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3383  polysaccharide deacetylase  40.19 
 
 
299 aa  73.6  0.000000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.130531  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3662  polysaccharide deacetylase  38.68 
 
 
378 aa  72.8  0.000000000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.57412  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5051  polysaccharide deacetylase  30.65 
 
 
273 aa  71.6  0.00000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3696  polysaccharide deacetylase  36.45 
 
 
321 aa  70.9  0.00000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3335  polysaccharide deacetylase  34.91 
 
 
298 aa  70.9  0.00000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.705331  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1550  polysaccharide deacetylase  40 
 
 
244 aa  70.1  0.00000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0260353  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2297  polysaccharide deacetylase  32.97 
 
 
542 aa  69.7  0.00000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2787  polysaccharide deacetylase  41.98 
 
 
404 aa  69.3  0.00000000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2033  polysaccharide deacetylase  33.88 
 
 
300 aa  69.3  0.00000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0295  endo-1,4-beta-xylanase D  39.71 
 
 
373 aa  68.6  0.0000000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0385637  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0234  polysaccharide deacetylase  27.32 
 
 
255 aa  68.6  0.0000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1692  polysaccharide deacetylase family protein  31.37 
 
 
293 aa  68.2  0.0000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000173795  normal  0.0616933 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4203  polysaccharide deacetylase family protein  32.71 
 
 
293 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.509366  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3012  polysaccharide deacetylase  29.79 
 
 
263 aa  67.8  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000529365  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3937  polysaccharide deacetylase  32.71 
 
 
293 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.629256  normal  0.0112723 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0567  polysaccharide deacetylase  30.86 
 
 
258 aa  67.4  0.0000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0123603  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3879  polysaccharide deacetylase  43.9 
 
 
289 aa  67.8  0.0000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3296  polysaccharide deacetylase  34.58 
 
 
315 aa  67.8  0.0000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4994  polysaccharide deacetylase  32.45 
 
 
263 aa  67.8  0.0000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.486771  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2405  polysaccharide deacetylase family protein  32.03 
 
 
293 aa  68.2  0.0000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000804057  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2502  polysaccharide deacetylase  32.03 
 
 
293 aa  68.2  0.0000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0999  polysaccharide deacetylase  33.64 
 
 
294 aa  66.6  0.0000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.289502  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2229  polysaccharide deacetylase  36.45 
 
 
296 aa  66.2  0.0000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.132217  normal  0.0660253 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5882  polysaccharide deacetylase family protein  34.58 
 
 
293 aa  66.2  0.0000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5709  polysaccharide deacetylase  28.26 
 
 
294 aa  65.9  0.0000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.903612  normal  0.313957 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1399  polysaccharide deacetylase  32.71 
 
 
251 aa  65.9  0.0000000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5979  polysaccharide deacetylase  40.96 
 
 
285 aa  65.9  0.0000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.185285  normal  0.666429 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3360  polysaccharide deacetylase  40.7 
 
 
202 aa  65.1  0.000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0110446 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2057  polysaccharide deacetylase  40 
 
 
252 aa  65.1  0.000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.129437  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1037  polysaccharide deacetylase  41.25 
 
 
269 aa  65.1  0.000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0742911 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0328  polysaccharide deacetylase  32.71 
 
 
302 aa  65.1  0.000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.955729  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1257  polysaccharide deacetylase  42.5 
 
 
235 aa  65.5  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1069  polysaccharide deacetylase  32.94 
 
 
247 aa  65.1  0.000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.364826  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0650  polysaccharide deacetylase  31.58 
 
 
233 aa  64.7  0.000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5514  polysaccharide deacetylase  40 
 
 
252 aa  64.3  0.000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.77719  normal  0.916687 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4846  polysaccharide deacetylase  33.64 
 
 
271 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1086  polysaccharide deacetylase  31.71 
 
 
261 aa  64.7  0.000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1373  polysaccharide deacetylase  34.91 
 
 
267 aa  63.9  0.000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00379023 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0123  polysaccharide deacetylase  33.62 
 
 
352 aa  64.3  0.000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1638  polysaccharide deacetylase  32.1 
 
 
238 aa  63.9  0.000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1057  polysaccharide deacetylase  35.63 
 
 
241 aa  64.3  0.000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00359721  hitchhiker  0.000209945 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07950  polysaccharide deacetylase  29.76 
 
 
263 aa  63.5  0.000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1031  polysaccharide deacetylase  34.57 
 
 
430 aa  63.5  0.000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.90284  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0672  polysaccharide deacetylase family protein  31.78 
 
 
293 aa  63.5  0.000000004  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.193798  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0991  polysaccharide deacetylase family protein  31.65 
 
 
244 aa  63.5  0.000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2765  polysaccharide deacetylase  34.91 
 
 
294 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.468013  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2151  polysaccharide deacetylase  34.91 
 
 
294 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.342073  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>