78 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3172 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_2495  cytochrome d1, heme region  63.35 
 
 		 484 aa  646    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.399935 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3172  nitrite reductase protein N  100 
 
 		 517 aa  1058    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.854794 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3132  hydroxylamine reductase  52.65 
 
 		 504 aa  554  1e-156  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1710  cytochrome d1 heme region  53.02 
 
 		 566 aa  545  1e-154  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.111193  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1905  cytochrome d1, heme region  53.02 
 
 		 542 aa  545  1e-153  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.275872  normal  0.619697 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3260  cytochrome d1, heme region  53.08 
 
 		 528 aa  544  1e-153  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0070  nitrite reductase (NO-forming)  53.86 
 
 		 517 aa  537  1e-151  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.532245  normal  0.428629 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4229  heme-binding protein NirN  50.6 
 
 		 542 aa  535  1e-150  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1450  cytochrome d1 heme region  51.06 
 
 		 525 aa  530  1e-149  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.593871 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3169  cytochrome d1, heme region  52.62 
 
 		 493 aa  524  1e-147  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5018  nitrite reductase (NO-forming)  51.8 
 
 		 503 aa  520  1e-146  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2608  cytochrome d1 heme region  51.76 
 
 		 547 aa  506  9.999999999999999e-143  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.213874  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0610  putative c-type cytochrome  50 
 
 		 493 aa  502  1e-141  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.221994  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06650  putative c-type cytochrome  49.19 
 
 		 493 aa  488  1e-136  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0252622  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0461  cytochrome d1 heme region  31.56 
 
 		 556 aa  258  2e-67  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00181768  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4220  nitrite reductase  30.77 
 
 		 542 aa  208  1e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0434848  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0340  cytochrome d1 heme region  26.9 
 
 		 557 aa  187  4e-46  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000596399  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3331  cytochrome d1, heme region  26.99 
 
 		 519 aa  162  2e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1985  nitrite reductase NirS  24.47 
 
 		 546 aa  142  9.999999999999999e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.0000493691  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3029  cytochrome d1 heme subunit  27.31 
 
 		 527 aa  140  6e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.612791  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3430  hydroxylamine reductase  25.14 
 
 		 690 aa  139  1e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.133713  decreased coverage  0.000818462 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3123  cytochrome d1, heme region  29.06 
 
 		 400 aa  137  5e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.475371  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2487  hydroxylamine reductase  24.73 
 
 		 596 aa  122  9.999999999999999e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.756283 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0620  nitrite reductase precursor  23.21 
 
 		 568 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06750  nitrite reductase precursor  23.21 
 
 		 568 aa  121  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5010  hydroxylamine reductase  25.33 
 
 		 567 aa  119  9e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.824886  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0617  heme d1 biosynthesis protein NirF  27.25 
 
 		 392 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06720  heme d1 biosynthesis protein NirF  26.98 
 
 		 392 aa  118  3e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.729227  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3323  cytochrome c, class I:cytochrome d1, heme region  23.85 
 
 		 576 aa  118  3e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000018049 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0077  nitrite reductase (NO-forming)  23.92 
 
 		 575 aa  118  3e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.157876  normal  0.459085 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0075  heme d1 biosynthesis protein NirF  26.72 
 
 		 391 aa  117  3.9999999999999997e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.61983 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0652  Nitrite reductase (NO-forming)  24.77 
 
 		 565 aa  117  6.9999999999999995e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0462  Hydroxylamine reductase  23.34 
 
 		 553 aa  115  2.0000000000000002e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000301578  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3274  cytochrome d1, heme region  24.91 
 
 		 561 aa  114  5e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.825394  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3172  cytochrome d1, heme region  24.91 
 
 		 549 aa  113  9e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3125  hydroxylamine reductase  23.79 
 
 		 574 aa  112  2.0000000000000002e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.74527  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2618  Nitrite reductase (NO-forming)  24.32 
 
 		 560 aa  109  1e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0412143  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0339  Hydroxylamine reductase  22.22 
 
 		 548 aa  108  2e-22  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.0000000000373839  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4223  nirF protein  25.65 
 
 		 413 aa  105  2e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1910  cytochrome d1, heme region  27.43 
 
 		 404 aa  103  9e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1715  cytochrome d1 heme region  27.43 
 
 		 404 aa  102  1e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.792941  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5013  cytochrome d1, heme region  26.54 
 
 		 413 aa  101  3e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2080  cytochrome d1, heme region  25.63 
 
 		 390 aa  99.8  1e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.79845  normal  0.193812 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1912  nitrite reductase (NO-forming)  23 
 
 		 574 aa  99  2e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1717  Hydroxylamine reductase  23 
 
 		 574 aa  99  2e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1444  cytochrome d1 heme region  27.14 
 
 		 397 aa  98.6  3e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3177  cytochrome cd1  26.37 
 
 		 388 aa  97.4  5e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.976412 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3180  nitrite reductase precursor  24.49 
 
 		 583 aa  97.1  8e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.795013  normal  0.689934 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3270  cytochrome d1, heme region  23.92 
 
 		 387 aa  95.5  2e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1442  hydroxylamine reductase  23.19 
 
 		 573 aa  94.4  4e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2613  cytochrome d1 heme region  25.32 
 
 		 402 aa  92.8  1e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.683986  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2490  cytochrome d1, heme region  26.17 
 
 		 384 aa  89.7  1e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.697669 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0591  cytochrome d1, heme region  23.73 
 
 		 538 aa  59.3  0.0000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1921  cytochrome d1, heme region  22.96 
 
 		 541 aa  56.6  0.000001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0076  hypothetical protein  40.3 
 
 		 98 aa  54.7  0.000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.518394 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4222  c-type cytochrome c55x  37.5 
 
 		 123 aa  53.9  0.000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3271  hypothetical protein  40.91 
 
 		 110 aa  52  0.00003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2614  hypothetical protein  38.24 
 
 		 139 aa  48.9  0.0002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.537147  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0125  cytochrome c oxidase, subunit II  38.2 
 
 		 521 aa  48.9  0.0002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3851  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  30 
 
 		 334 aa  48.5  0.0003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3043  cytochrome c class I  34.62 
 
 		 163 aa  48.1  0.0003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0577  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  32.65 
 
 		 652 aa  47.8  0.0004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3392  glucose sorbosone dehydrogenase  33.33 
 
 		 476 aa  48.1  0.0004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.428431  normal  0.278741 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1583  cytochrome c class I  35.53 
 
 		 152 aa  47  0.0008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.889837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69300  hypothetical protein  39.78 
 
 		 633 aa  47  0.0009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5993  hypothetical protein  39.78 
 
 		 652 aa  46.6  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1234  cytochrome c class I  32.05 
 
 		 163 aa  45.8  0.002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.5253  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1903  hypothetical protein  38.75 
 
 		 110 aa  45.8  0.002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.172183  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0159  cytochrome c class I  35.21 
 
 		 120 aa  45.8  0.002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1809  cytochrome c class I  34.21 
 
 		 153 aa  45.1  0.003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0759  cytochrome c, class I  32.26 
 
 		 100 aa  45.1  0.003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.940622  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1988  nitrite reductase NirF  24.07 
 
 		 378 aa  45.1  0.003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.250805  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1794  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  36.99 
 
 		 338 aa  44.7  0.004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000588252 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04013  Cytochrome c oxidase, subunit II  32.1 
 
 		 387 aa  44.3  0.006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.94805  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3782  cytochrome c oxidase, subunit II  35.37 
 
 		 512 aa  44.3  0.006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3190  cytochrome c class I  36.11 
 
 		 111 aa  44.3  0.006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1798  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  20.45 
 
 		 328 aa  43.9  0.007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.178604 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06272  cytochrome c oxidase, subunit II  33.33 
 
 		 405 aa  43.9  0.007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>