47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0076 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_0076  hypothetical protein  100 
 
 		 98 aa  202  1e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.518394 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3271  hypothetical protein  70.33 
 
 		 110 aa  137  6e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2614  hypothetical protein  66.67 
 
 		 139 aa  121  3e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.537147  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1443  hypothetical protein  63.75 
 
 		 109 aa  116  9.999999999999999e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06730  putative c-type cytochrome precursor  64.1 
 
 		 119 aa  109  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0618  putative c-type cytochrome precursor  62.82 
 
 		 119 aa  107  7.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4222  c-type cytochrome c55x  56.32 
 
 		 123 aa  106  9.000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1716  hypothetical protein  59.76 
 
 		 114 aa  106  1e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2079  hypothetical protein  59.74 
 
 		 129 aa  106  1e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.236411  normal  0.167695 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1911  hypothetical protein  58.54 
 
 		 114 aa  105  2e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.859056  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5012  c-type cytochrome precursor  55.81 
 
 		 109 aa  104  3e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.375656  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3124  cytochrome c, mono- and diheme variants  51.9 
 
 		 121 aa  93.2  9e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.412627  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2489  cytochrome c (c55X)  51.76 
 
 		 103 aa  90.9  6e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.607101 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3178  putative cytochrome c  52.63 
 
 		 103 aa  81.3  0.000000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.733909  normal  0.809001 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1985  nitrite reductase NirS  43.08 
 
 		 546 aa  60.5  0.000000007  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.0000493691  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0610  putative c-type cytochrome  45.71 
 
 		 493 aa  55.5  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.221994  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3172  nitrite reductase protein N  40.3 
 
 		 517 aa  54.7  0.0000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.854794 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4229  heme-binding protein NirN  40.68 
 
 		 542 aa  52  0.000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3132  hydroxylamine reductase  31.46 
 
 		 504 aa  50.8  0.000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1905  cytochrome d1, heme region  38.81 
 
 		 542 aa  50.1  0.00001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.275872  normal  0.619697 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1710  cytochrome d1 heme region  38.81 
 
 		 566 aa  50.1  0.00001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.111193  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0340  cytochrome d1 heme region  42.59 
 
 		 557 aa  49.3  0.00002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000596399  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1450  cytochrome d1 heme region  41.18 
 
 		 525 aa  47.8  0.00005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.593871 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1897  secretion protein HlyD  35.29 
 
 		 485 aa  47.8  0.00006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00218638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06650  putative c-type cytochrome  53.06 
 
 		 493 aa  47.4  0.00007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0252622  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3043  cytochrome c class I  40.32 
 
 		 163 aa  47.4  0.00008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5010  hydroxylamine reductase  31.4 
 
 		 567 aa  46.6  0.0001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.824886  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0936  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  44.07 
 
 		 321 aa  45.8  0.0002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3169  cytochrome d1, heme region  39.62 
 
 		 493 aa  46.2  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1234  cytochrome c class I  40.32 
 
 		 163 aa  45.4  0.0002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.5253  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1903  hypothetical protein  39.68 
 
 		 110 aa  45.4  0.0002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.172183  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3392  glucose sorbosone dehydrogenase  39.34 
 
 		 476 aa  45.4  0.0003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.428431  normal  0.278741 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2487  hydroxylamine reductase  37.5 
 
 		 596 aa  45.1  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.756283 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1050  cytochrome c oxidase, subunit CcoP  40.91 
 
 		 326 aa  44.7  0.0004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.26248  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1358  cb-type cytochrome c oxidase subunit III  35.14 
 
 		 152 aa  44.3  0.0006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.112598  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3260  cytochrome d1, heme region  32.18 
 
 		 528 aa  44.3  0.0006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003470  cytochrome c oxidase subunit CcoP  44.26 
 
 		 324 aa  43.9  0.0007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.204703  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5018  nitrite reductase (NO-forming)  35.59 
 
 		 503 aa  43.5  0.0008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0070  nitrite reductase (NO-forming)  35.48 
 
 		 517 aa  43.5  0.001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.532245  normal  0.428629 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0339  Hydroxylamine reductase  32.39 
 
 		 548 aa  42.7  0.001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.0000000000373839  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0462  Hydroxylamine reductase  30.99 
 
 		 553 aa  42.4  0.002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000301578  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2545  putative cytochrome c  34.78 
 
 		 350 aa  42.7  0.002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3029  cytochrome d1 heme subunit  34.92 
 
 		 527 aa  42  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.612791  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02300  hypothetical protein  42.62 
 
 		 324 aa  41.2  0.005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3018  cytochrome c class I  37.68 
 
 		 118 aa  40.4  0.008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0223373  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1440  glucose sorbosone dehydrogenase  32.79 
 
 		 530 aa  40.4  0.008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00453751 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001445  cytochrome c oxidase polypeptide II  34.33 
 
 		 356 aa  40.4  0.008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.633895  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>