More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0960 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0960  transcriptional regulator  100 
 
 		 226 aa  462  1e-129  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.411969 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0156  GntR family transcriptional regulator  43.69 
 
 		 241 aa  157  1e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4309  GntR family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 243 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.405303  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2933  GntR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 245 aa  139  3.9999999999999997e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5583  GntR family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 241 aa  137  8.999999999999999e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.42685 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3108  transcriptional regulator, GntR family  41.62 
 
 		 239 aa  133  3e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00120217  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3083  transcriptional regulator, GntR family  41.21 
 
 		 237 aa  131  6.999999999999999e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3790  GntR family transcriptional regulator  42.57 
 
 		 235 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000195314  hitchhiker  0.00275233 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3165  GntR family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 246 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.728398  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3903  GntR family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 246 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0876  GntR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 220 aa  129  5.0000000000000004e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.398436  normal  0.0490604 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8640  transcriptional regulator, GntR family  39.17 
 
 		 230 aa  127  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.395019  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3933  transcriptional regulator, GntR family  38.73 
 
 		 236 aa  126  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.787186  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1997  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  37.62 
 
 		 226 aa  124  1e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4680  GntR family transcriptional regulator  39 
 
 		 260 aa  122  4e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.895143  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4140  GntR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 219 aa  119  3e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00242001  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4203  GntR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 255 aa  118  6e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.137174  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1743  GntR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 219 aa  116  3e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.821551  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2875  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  31.84 
 
 		 231 aa  115  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3459  transcriptional regulator, GntR family  40.8 
 
 		 245 aa  114  8.999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5719  transcriptional regulator, GntR family  36.1 
 
 		 238 aa  114  1.0000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5954  transcriptional regulator, GntR family  34.17 
 
 		 222 aa  113  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0377161 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2798  GntR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 253 aa  114  2.0000000000000002e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.197773  normal  0.303741 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2783  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  31.39 
 
 		 266 aa  112  5e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.987951  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2702  putative transcriptional regulator, GntR family  30.62 
 
 		 219 aa  111  1.0000000000000001e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2908  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  30.94 
 
 		 231 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00158542  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5982  GntR family transcriptional regulator  36.28 
 
 		 235 aa  110  3e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.28377 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3152  GntR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 235 aa  109  3e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.26318  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7094  transcriptional regulator, GntR family  32.84 
 
 		 222 aa  108  6e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.113037  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3217  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  32.02 
 
 		 220 aa  105  4e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02520  DNA-binding transcriptional dual regulator  32.02 
 
 		 220 aa  105  7e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1019  transcriptional regulator, GntR family  32.02 
 
 		 220 aa  105  7e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2784  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  32.02 
 
 		 220 aa  105  7e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.220351 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2944  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  32.02 
 
 		 220 aa  105  7e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2799  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  32.02 
 
 		 220 aa  105  7e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3906  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  32.02 
 
 		 220 aa  105  7e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.429563 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02484  hypothetical protein  32.02 
 
 		 220 aa  105  7e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1042  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  32.02 
 
 		 220 aa  105  7e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0224  transcriptional regulator, GntR family  36.54 
 
 		 227 aa  104  1e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5670  GntR family transcriptional regulator  36.32 
 
 		 242 aa  103  3e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3096  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  32.49 
 
 		 225 aa  102  5e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3565  transcriptional regulator, GntR family  37.14 
 
 		 249 aa  101  7e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.181866  normal  0.165295 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4641  transcriptional regulator, GntR family  37.14 
 
 		 249 aa  101  7e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.220796  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1198  GntR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 245 aa  101  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2939  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  31.98 
 
 		 225 aa  100  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.150864 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2907  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  31.98 
 
 		 225 aa  100  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2974  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  31.98 
 
 		 225 aa  100  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.554532  normal  0.0581705 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3037  GntR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 221 aa  100  2e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5953  transcriptional regulator, GntR family  32.52 
 
 		 224 aa  100  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.651085  normal  0.0380656 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2991  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  31.98 
 
 		 225 aa  100  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0247222 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5085  transcriptional regulator GntR family  33.95 
 
 		 246 aa  99.8  3e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.131257  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7093  transcriptional regulator, GntR family  31.25 
 
 		 224 aa  97.8  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.119669  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3023  GntR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 236 aa  97.8  1e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00828  hypothetical protein  31.34 
 
 		 225 aa  97.4  1e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4153  GntR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 244 aa  97.1  2e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.947697  normal  0.614884 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0204  GntR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 262 aa  96.3  3e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3918  regulatory protein GntR HTH  31.1 
 
 		 235 aa  96.3  4e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.306871  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1843  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 257 aa  92.8  3e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0747919 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4402  transcriptional regulator, GntR family  30.81 
 
 		 223 aa  92  6e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.225327  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5700  GntR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 247 aa  90.9  1e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.413406  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4822  transcriptional regulator, GntR family  34.34 
 
 		 257 aa  91.3  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00147753  normal  0.0149979 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1944  hypothetical protein  30.3 
 
 		 234 aa  87.4  2e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2973  GntR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 251 aa  86.3  3e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2023  transcriptional regulator, GntR family  33.49 
 
 		 251 aa  85.9  4e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001646  transcriptional regulator LuxZ  33.33 
 
 		 214 aa  86.3  4e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00000706033  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2536  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 242 aa  85.5  5e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00251581  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0694  transcriptional regulator, GntR family  24.61 
 
 		 215 aa  84.3  0.000000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3365  GntR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 247 aa  82.4  0.000000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 245 aa  78.2  0.0000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3010  GntR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 209 aa  77  0.0000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.276593 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  31.92 
 
 		 232 aa  76.6  0.0000000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 235 aa  76.3  0.0000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2707  GntR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 223 aa  75.5  0.0000000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.755904  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5785  GntR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 231 aa  73.9  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.827146  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6326  putative transcriptional regulator  30.43 
 
 		 226 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5075  transcriptional regulator, GntR family  30.46 
 
 		 228 aa  73.2  0.000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.686169  normal  0.3149 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72890  putative transcriptional regulator  30.43 
 
 		 244 aa  72.4  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3699  transcriptional regulator, GntR family  30.19 
 
 		 234 aa  72.4  0.000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2422  GntR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 253 aa  72.4  0.000000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4432  GntR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 218 aa  72  0.000000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.200664  normal  0.344729 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1421  GntR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 217 aa  72  0.000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00674258  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3096  GntR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 255 aa  71.6  0.00000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2469  transcriptional regulator, GntR family  30.1 
 
 		 224 aa  71.6  0.00000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 225 aa  70.5  0.00000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1703  GntR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 239 aa  70.5  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 223 aa  70.9  0.00000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5133  GntR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 224 aa  70.5  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.319425 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6237  GntR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 233 aa  69.7  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.223321  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5741  GntR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 228 aa  69.7  0.00000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0911809  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6406  GntR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 233 aa  69.7  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.507804  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5088  GntR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 260 aa  70.1  0.00000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.104666  normal  0.0604229 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6639  GntR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 233 aa  69.7  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.497673  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1010  transcriptional regulator, GntR family  30.15 
 
 		 227 aa  70.1  0.00000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.691368  normal  0.535113 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7654  GntR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 248 aa  69.3  0.00000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.589  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003675  predicted regulator PutR for proline utilization GntR family  27.78 
 
 		 224 aa  69.3  0.00000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1870  transcriptional regulator  30.05 
 
 		 237 aa  69.7  0.00000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.120377 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0431  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 249 aa  69.3  0.00000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.21992 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2775  GntR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 211 aa  68.9  0.00000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.642476  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 230 aa  69.3  0.00000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0551  transcriptional regulator, GntR family  28.64 
 
 		 219 aa  69.3  0.00000000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>