More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_2484 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_2484  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 571 aa  1175    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3445  diguanylate cyclase  29.9 
 
 		 556 aa  105  3e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.358514 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1084  GGDEF domain-containing protein  25.58 
 
 		 562 aa  95.1  3e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.287669 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1570  GGDEF domain-containing protein  26.95 
 
 		 555 aa  90.5  7e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3296  diguanylate cyclase  25.85 
 
 		 507 aa  90.5  8e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000430363 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3037  7TM domain sensor diguanylate cyclase  29.57 
 
 		 506 aa  88.2  4e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  22.05 
 
 		 565 aa  87.8  5e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3756  diguanylate cyclase  29.57 
 
 		 577 aa  87.4  6e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.40748  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2380  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.52 
 
 		 756 aa  87.4  6e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1478  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.52 
 
 		 740 aa  87  8e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2222  diguanylate cyclase  34.62 
 
 		 847 aa  85.5  0.000000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.162543  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2370  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 336 aa  85.9  0.000000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.191447  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1682  diguanylate cyclase  29.32 
 
 		 560 aa  85.5  0.000000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0658  diguanylate cyclase  34.69 
 
 		 547 aa  85.1  0.000000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2970  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  25.48 
 
 		 557 aa  84.7  0.000000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0804565 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000814  hypothetical protein  29.96 
 
 		 402 aa  84.3  0.000000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4011  diguanylate cyclase  30.19 
 
 		 305 aa  84.7  0.000000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.156035  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2479  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.26 
 
 		 531 aa  84.7  0.000000000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.838154  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0267  diguanylate cyclase with GAF sensor  26.9 
 
 		 500 aa  84  0.000000000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0141639 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0853  diguanylate cyclase  28.42 
 
 		 491 aa  84  0.000000000000006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1693  diguanylate cyclase  31.74 
 
 		 527 aa  83.2  0.00000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1373  diguanylate cyclase  27.88 
 
 		 557 aa  82.8  0.00000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.949847  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3083  diguanylate cyclase  29.31 
 
 		 409 aa  83.6  0.00000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.176077 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3537  GGDEF family protein  32.28 
 
 		 393 aa  82.8  0.00000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01027  predicted diguanylate cyclase  29.35 
 
 		 452 aa  82.4  0.00000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2617  diguanylate cyclase  29.35 
 
 		 452 aa  82.4  0.00000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.885697  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1412  diguanylate cyclase  27.88 
 
 		 557 aa  82.8  0.00000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.814955 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1382  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  28.44 
 
 		 868 aa  82.4  0.00000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0126588  normal  0.259783 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3308  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 476 aa  82.4  0.00000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2571  diguanylate cyclase  27.75 
 
 		 452 aa  82.4  0.00000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0240912 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1143  diguanylate cyclase  29.35 
 
 		 476 aa  82  0.00000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.011762  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01034  hypothetical protein  29.35 
 
 		 452 aa  82.4  0.00000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2768  diguanylate cyclase  24.5 
 
 		 555 aa  82  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.137361  normal  0.130437 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1145  diguanylate cyclase  29.35 
 
 		 476 aa  82  0.00000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3868  diguanylate cyclase  30.94 
 
 		 517 aa  82  0.00000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0845  diguanylate cyclase  31.09 
 
 		 578 aa  82  0.00000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0413  diguanylate cyclase  30.63 
 
 		 328 aa  82  0.00000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.679867 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4127  diguanylate cyclase  30.82 
 
 		 305 aa  81.6  0.00000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0339065  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4666  diguanylate cyclase  29.47 
 
 		 407 aa  81.6  0.00000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00608192  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1267  diguanylate cyclase (GGDEF) domain protein  29.35 
 
 		 476 aa  81.6  0.00000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.413897 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4412  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.52 
 
 		 574 aa  81.3  0.00000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0317543  normal  0.165306 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0567  diguanylate cyclase  35.25 
 
 		 280 aa  80.9  0.00000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000656533  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4153  diguanylate cyclase  29.56 
 
 		 305 aa  81.3  0.00000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1815  diguanylate cyclase  27.92 
 
 		 379 aa  80.9  0.00000000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.404044 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3653  GGDEF  30.67 
 
 		 308 aa  80.9  0.00000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.203802  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0542  diguanylate cyclase  28.97 
 
 		 285 aa  80.9  0.00000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2700  diguanylate cyclase  24.17 
 
 		 555 aa  80.5  0.00000000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.418522  hitchhiker  0.000139033 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2870  diguanylate cyclase  23.87 
 
 		 555 aa  80.5  0.00000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00315586 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1761  diguanylate cyclase  32.7 
 
 		 339 aa  80.5  0.00000000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000932  GGDEF family protein  33.74 
 
 		 365 aa  79.7  0.0000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3516  diguanylate cyclase  30.17 
 
 		 370 aa  80.1  0.0000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3237  diguanylate cyclase  27.81 
 
 		 286 aa  79.7  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2716  diguanylate cyclase/phophodiesterase  32.91 
 
 		 778 aa  79.7  0.0000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7783  diguanylate cyclase  29.41 
 
 		 592 aa  79.7  0.0000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.466824 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4460  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.68 
 
 		 709 aa  79.7  0.0000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0200253  normal  0.0648745 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1769  diguanylate cyclase  30.43 
 
 		 464 aa  79.7  0.0000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.128605  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0797  diguanylate cyclase  30.91 
 
 		 408 aa  80.1  0.0000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.71948  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1905  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.78 
 
 		 884 aa  79.7  0.0000000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.39821  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1389  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  25.16 
 
 		 557 aa  79.7  0.0000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1739  GGDEF domain protein  30.06 
 
 		 308 aa  79.3  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2427  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.67 
 
 		 683 aa  79  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.587287 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1306  diguanylate cyclase  29.41 
 
 		 615 aa  79.3  0.0000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.550913  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0228  diguanylate cyclase  27.74 
 
 		 475 aa  79.3  0.0000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.697519 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1456  diguanylate cyclase  31.03 
 
 		 636 aa  79  0.0000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3471  diguanylate cyclase  31.87 
 
 		 618 aa  79  0.0000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0529  diguanylate cyclase  23.82 
 
 		 614 aa  79  0.0000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0443  GGDEF domain-containing protein  33.77 
 
 		 337 aa  79.3  0.0000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0613635  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.99 
 
 		 574 aa  79  0.0000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.221149 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1116  hypothetical protein  27.24 
 
 		 435 aa  79  0.0000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0615  diguanylate cyclase  33.7 
 
 		 325 aa  79.3  0.0000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0627  diguanylate cyclase  32.74 
 
 		 1052 aa  79  0.0000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.256226  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3752  diguanylate cyclase  31 
 
 		 436 aa  78.6  0.0000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4161  diguanylate cyclase  29.17 
 
 		 490 aa  78.6  0.0000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.704055  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2581  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.59 
 
 		 548 aa  78.6  0.0000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0093  diguanylate cyclase  31.29 
 
 		 426 aa  78.6  0.0000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3057  sensory box-containing diguanylate cyclase, putative  31.84 
 
 		 841 aa  77.8  0.0000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2654  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.73 
 
 		 1251 aa  78.2  0.0000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.256644  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3486  diguanylate cyclase  27.63 
 
 		 449 aa  77.8  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.121522  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1736  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.82 
 
 		 663 aa  77.8  0.0000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0484456  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1080  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.13 
 
 		 767 aa  77.8  0.0000000000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0266  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 1195 aa  77.8  0.0000000000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1048  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.32 
 
 		 666 aa  77.8  0.0000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2664  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  31.84 
 
 		 874 aa  77.8  0.0000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0259  diguanylate cyclase  30 
 
 		 339 aa  77.8  0.0000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2763  hypothetical protein  28.9 
 
 		 407 aa  77.4  0.0000000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000512321  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3046  diguanylate cyclase  31.65 
 
 		 562 aa  77.4  0.0000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.641394  normal  0.406701 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3494  diguanylate cyclase  28.24 
 
 		 384 aa  77.4  0.0000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.316612  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  29.26 
 
 		 1037 aa  77.4  0.0000000000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3737  diguanylate cyclase  30.97 
 
 		 391 aa  77.4  0.0000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.319757  hitchhiker  0.00976865 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02493  predicted diguanylate cyclase  28.9 
 
 		 408 aa  77.4  0.0000000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.196527  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1138  GGDEF/EAL domain-containing protein  32.39 
 
 		 637 aa  77.4  0.0000000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1933  sensory box protein  34.07 
 
 		 692 aa  77.4  0.0000000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0364295  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  27.6 
 
 		 373 aa  77.4  0.0000000000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  21.94 
 
 		 611 aa  77.4  0.0000000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0133  diguanylate cyclase  26.97 
 
 		 294 aa  77.4  0.0000000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.469919 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1079  hypothetical protein  28.9 
 
 		 408 aa  77.4  0.0000000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.217552  hitchhiker  0.00135165 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1184  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.29 
 
 		 738 aa  77.4  0.0000000000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0284  diguanylate cyclase  30.97 
 
 		 391 aa  77.4  0.0000000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.879349  unclonable  0.0000000000722624 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02457  hypothetical protein  28.9 
 
 		 408 aa  77.4  0.0000000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.150678  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3488  diguanylate cyclase  34.57 
 
 		 302 aa  77.4  0.0000000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.464189  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>