154 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5843 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004310  BR0334  carboxynorspermidine decarboxylase  82.47 
 
 
365 aa  640    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.47731  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0351  carboxynorspermidine decarboxylase  82.74 
 
 
365 aa  640    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4156  carboxynorspermidine decarboxylase  84.66 
 
 
365 aa  657    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0736127  normal  0.854388 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0437  carboxynorspermidine decarboxylase  81.37 
 
 
389 aa  636    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.378018  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5843  carboxynorspermidine decarboxylase  100 
 
 
365 aa  754    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.883697  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1381  carboxynorspermidine decarboxylase  73.42 
 
 
365 aa  581  1.0000000000000001e-165  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.0000914545  normal  0.67918 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2126  carboxynorspermidine decarboxylase  72.05 
 
 
365 aa  577  1e-164  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.934479  normal  0.236457 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2929  carboxynorspermidine decarboxylase  70.96 
 
 
365 aa  573  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2843  carboxynorspermidine decarboxylase  70.96 
 
 
365 aa  573  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.239369 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0987  carboxynorspermidine decarboxylase  72.05 
 
 
365 aa  573  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.728912  hitchhiker  0.0000164001 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2763  carboxynorspermidine decarboxylase  70.96 
 
 
365 aa  573  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.327061  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2883  carboxynorspermidine decarboxylase  73.35 
 
 
365 aa  551  1e-156  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0029  carboxynorspermidine decarboxylase  69.86 
 
 
365 aa  546  1e-154  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0125  carboxynorspermidine decarboxylase  71.7 
 
 
365 aa  545  1e-154  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.416541 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1474  putative carboxynorspermidine decarboxylase protein  71.43 
 
 
365 aa  544  1e-153  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2956  carboxynorspermidine decarboxylase  69.4 
 
 
368 aa  535  1e-151  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.64779  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1502  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  58.29 
 
 
414 aa  459  9.999999999999999e-129  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0913  pyridoxal-dependent decarboxylase  57.79 
 
 
417 aa  455  1e-127  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1716  carboxynorspermidine decarboxylase  60.42 
 
 
379 aa  457  1e-127  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00171564  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2136  carboxynorspermidine decarboxylase  52.04 
 
 
381 aa  375  1e-103  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0231313  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1230  carboxynorspermidine decarboxylase  50.95 
 
 
387 aa  371  1e-101  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000654114  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2290  carboxynorspermidine decarboxylase  50 
 
 
376 aa  366  1e-100  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02739  hypothetical protein  51.09 
 
 
377 aa  364  1e-99  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003103  carboxynorspermidine decarboxylase putative  50.82 
 
 
377 aa  363  2e-99  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0984903  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1921  carboxynorspermidine decarboxylase  39.52 
 
 
378 aa  284  1.0000000000000001e-75  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.380806  hitchhiker  0.00337134 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6505  carboxynorspermidine decarboxylase  43.04 
 
 
399 aa  284  2.0000000000000002e-75  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.136453  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1596  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.16 
 
 
387 aa  283  5.000000000000001e-75  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00157002  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0396  carboxynorspermidine decarboxylase  40.75 
 
 
380 aa  282  6.000000000000001e-75  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  decreased coverage  0.0000394285  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0903  carboxynorspermidine decarboxylase  40.37 
 
 
384 aa  275  1.0000000000000001e-72  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000370822 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1129  carboxynorspermidine decarboxylase  39.25 
 
 
382 aa  273  3e-72  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1180  carboxynorspermidine decarboxylase  39.26 
 
 
382 aa  273  4.0000000000000004e-72  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.477804  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2538  carboxynorspermidine decarboxylase  39.9 
 
 
400 aa  270  2e-71  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2141  carboxynorspermidine decarboxylase  38.54 
 
 
379 aa  270  4e-71  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2096  carboxynorspermidine decarboxylase  39.84 
 
 
397 aa  264  2e-69  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0573  carboxynorspermidine decarboxylase  38.79 
 
 
391 aa  264  2e-69  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2319  carboxynorspermidine decarboxylase  39.52 
 
 
389 aa  261  1e-68  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1317  carboxynorspermidine decarboxylase  38.36 
 
 
408 aa  260  3e-68  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1556  carboxynorspermidine decarboxylase  38.44 
 
 
376 aa  259  4e-68  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000119518  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2609  carboxynorspermidine decarboxylase  37.96 
 
 
392 aa  258  9e-68  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1677  carboxynorspermidine decarboxylase  38.27 
 
 
384 aa  255  8e-67  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000607636  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1688  carboxynorspermidine decarboxylase  38.13 
 
 
382 aa  255  1.0000000000000001e-66  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0811745  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0982  carboxynorspermidine decarboxylase  38.24 
 
 
384 aa  254  1.0000000000000001e-66  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1507  carboxynorspermidine decarboxylase  38.13 
 
 
382 aa  254  2.0000000000000002e-66  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1308  carboxynorspermidine decarboxylase  38.27 
 
 
384 aa  254  2.0000000000000002e-66  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000618886 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03352  Carboxynorspermidine decarboxylase  39.73 
 
 
376 aa  253  3e-66  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.16649  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1867  carboxynorspermidine decarboxylase  37.87 
 
 
382 aa  253  4.0000000000000004e-66  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0354  carboxynorspermidine decarboxylase  37.17 
 
 
387 aa  252  5.000000000000001e-66  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.434135  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2917  carboxynorspermidine decarboxylase  37.47 
 
 
384 aa  250  2e-65  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2515  carboxynorspermidine decarboxylase  38.93 
 
 
390 aa  250  2e-65  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.721977  normal  0.472801 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3524  carboxynorspermidine decarboxylase  36.83 
 
 
386 aa  248  8e-65  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1532  carboxynorspermidine decarboxylase  37.44 
 
 
405 aa  246  3e-64  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2140  carboxynorspermidine decarboxylase  38.96 
 
 
380 aa  246  4.9999999999999997e-64  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3051  carboxynorspermidine decarboxylase  37.63 
 
 
379 aa  245  9.999999999999999e-64  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0747  carboxynorspermidine decarboxylase  36.12 
 
 
375 aa  241  1e-62  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0338  carboxynorspermidine decarboxylase  34.5 
 
 
377 aa  238  2e-61  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1153  carboxynorspermidine decarboxylase  34.83 
 
 
385 aa  235  7e-61  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.214517  normal  0.177678 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0124  carboxynorspermidine decarboxylase  35.19 
 
 
406 aa  233  3e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1082  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  36.36 
 
 
390 aa  231  1e-59  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.177671 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0118  carboxynorspermidine decarboxylase  35.07 
 
 
408 aa  230  3e-59  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1198  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  34.4 
 
 
390 aa  224  1e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4441  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  34.76 
 
 
390 aa  221  1.9999999999999999e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1657  carboxynorspermidine decarboxylase  35.95 
 
 
400 aa  220  3e-56  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.0238429 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1792  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  34.82 
 
 
399 aa  220  3e-56  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0152  carboxynorspermidine decarboxylase  32.71 
 
 
378 aa  212  7.999999999999999e-54  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0795  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  31.54 
 
 
1055 aa  200  3.9999999999999996e-50  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0661  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  31.54 
 
 
1086 aa  200  3.9999999999999996e-50  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1615  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  31.54 
 
 
1058 aa  200  3.9999999999999996e-50  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.374514  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0479  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  31.54 
 
 
1076 aa  199  5e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.303637  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0550  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  31.54 
 
 
1113 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1968  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  31.54 
 
 
1134 aa  197  3e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.278028  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2063  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  31.27 
 
 
1110 aa  196  6e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2593  carboxynorspermidine decarboxylase  33.42 
 
 
375 aa  194  2e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0318  diaminopimelate decarboxylase  23.48 
 
 
394 aa  64.3  0.000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.833211 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1010  diaminopimelate decarboxylase  24.83 
 
 
421 aa  61.6  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.905477 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1775  diaminopimelate decarboxylase  23.32 
 
 
447 aa  59.3  0.00000009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0976  diaminopimelate decarboxylase  25.78 
 
 
416 aa  58.9  0.0000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.351187  normal  0.117285 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1409  diaminopimelate decarboxylase  21.16 
 
 
406 aa  58.2  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2159  diaminopimelate decarboxylase  20.92 
 
 
407 aa  58.5  0.0000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1641  diaminopimelate decarboxylase  24 
 
 
420 aa  57  0.0000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5223  diaminopimelate decarboxylase  24.46 
 
 
421 aa  56.6  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3726  diaminopimelate decarboxylase  32.77 
 
 
486 aa  56.2  0.0000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.575274  normal  0.503349 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08531  diaminopimelate decarboxylase  20.78 
 
 
406 aa  54.7  0.000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0425  diaminopimelate decarboxylase  20.38 
 
 
393 aa  53.5  0.000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1724  diaminopimelate decarboxylase  25.84 
 
 
435 aa  53.1  0.000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1109  diaminopimelate decarboxylase  22.26 
 
 
418 aa  52  0.00001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3440  diaminopimelate decarboxylase  25.25 
 
 
427 aa  52.4  0.00001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2448  diaminopimelate decarboxylase  22.13 
 
 
421 aa  52.4  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.147668  normal  0.347917 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4771  diaminopimelate decarboxylase  22.75 
 
 
417 aa  51.6  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009371  OSTLU_28310  Diaminopimelate decarboxylase  21.5 
 
 
471 aa  51.2  0.00003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0114023  hitchhiker  0.00277036 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1682  diaminopimelate decarboxylase  22.64 
 
 
430 aa  51.2  0.00003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0858  diaminopimelate decarboxylase  29.14 
 
 
415 aa  50.8  0.00004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.168666  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0829  diaminopimelate decarboxylase  25 
 
 
421 aa  50.8  0.00004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0681  diaminopimelate decarboxylase  21.41 
 
 
421 aa  50.4  0.00005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.238588  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3725  diaminopimelate decarboxylase  21.74 
 
 
412 aa  50.1  0.00006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.176436 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3495  diaminopimelate decarboxylase  26.38 
 
 
421 aa  50.1  0.00007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.844313 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4246  diaminopimelate decarboxylase  22.39 
 
 
412 aa  50.1  0.00007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0343876 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1499  diaminopimelate decarboxylase  26.92 
 
 
416 aa  50.1  0.00007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000178536  normal  0.848919 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1740  diaminopimelate decarboxylase  24.31 
 
 
422 aa  50.1  0.00007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.309969  normal  0.840232 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28180  diaminopimelate decarboxylase  21.34 
 
 
432 aa  49.7  0.00008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000200142  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2711  diaminopimelate decarboxylase  21.88 
 
 
465 aa  49.3  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.757522  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>