More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shel_28180 on replicon NC_013165
Organism: Slackia heliotrinireducens DSM 20476



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013165  Shel_28180  diaminopimelate decarboxylase  100 
 
 		 432 aa  897    Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000200142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3249  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  67.88 
 
 		 421 aa  612  9.999999999999999e-175  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0302  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  66.02 
 
 		 419 aa  590  1e-167  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1405  diaminopimelate decarboxylase  59.13 
 
 		 419 aa  532  1e-150  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000283018  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0514  Diaminopimelate decarboxylase  57.51 
 
 		 434 aa  528  1e-149  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00534186 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0299  diaminopimelate decarboxylase  59.86 
 
 		 417 aa  517  1.0000000000000001e-145  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.000126182  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4876  diaminopimelate decarboxylase  54.48 
 
 		 416 aa  482  1e-135  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000066198  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0628  diaminopimelate decarboxylase  55.37 
 
 		 420 aa  471  1e-132  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1641  diaminopimelate decarboxylase  53.06 
 
 		 420 aa  470  1.0000000000000001e-131  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00760  diaminopimelate decarboxylase  46.68 
 
 		 445 aa  404  1e-111  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1225  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  46.45 
 
 		 413 aa  391  1e-107  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2135  diaminopimelate decarboxylase  48.04 
 
 		 418 aa  374  1e-102  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000329469  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1355  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  46.53 
 
 		 421 aa  372  1e-102  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.146910000000001e-28 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2859  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  46.53 
 
 		 421 aa  369  1e-101  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000208534  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0523  diaminopimelate decarboxylase  32.03 
 
 		 402 aa  206  8e-52  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1916  diaminopimelate decarboxylase  33.33 
 
 		 430 aa  189  7e-47  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2967  diaminopimelate decarboxylase  32.41 
 
 		 409 aa  189  1e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1595  diaminopimelate decarboxylase  32.84 
 
 		 425 aa  189  1e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000335873  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1409  diaminopimelate decarboxylase  29.68 
 
 		 406 aa  181  2e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0634  diaminopimelate decarboxylase  29.9 
 
 		 433 aa  181  2e-44  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2097  diaminopimelate decarboxylase  31.36 
 
 		 430 aa  181  2.9999999999999997e-44  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.579458  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0038  diaminopimelate decarboxylase  30.07 
 
 		 429 aa  180  4e-44  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2942  diaminopimelate decarboxylase  32.02 
 
 		 430 aa  180  4.999999999999999e-44  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.000269013  normal  0.385916 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1275  diaminopimelate decarboxylase  32.02 
 
 		 386 aa  177  3e-43  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000162613  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1411  diaminopimelate decarboxylase  31.6 
 
 		 386 aa  172  1e-41  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0507581  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0227  diaminopimelate decarboxylase  31.39 
 
 		 424 aa  169  7e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.690316  normal  0.715181 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2136  diaminopimelate decarboxylase  30 
 
 		 398 aa  169  7e-41  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.509779  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2159  diaminopimelate decarboxylase  30.25 
 
 		 407 aa  169  1e-40  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2534  diaminopimelate decarboxylase  29.34 
 
 		 416 aa  168  2e-40  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.73799  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1648  diaminopimelate decarboxylase  31.59 
 
 		 417 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00420158  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1665  diaminopimelate decarboxylase  30.79 
 
 		 399 aa  167  2.9999999999999998e-40  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1499  diaminopimelate decarboxylase  30.83 
 
 		 416 aa  164  2.0000000000000002e-39  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000178536  normal  0.848919 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1010  diaminopimelate decarboxylase  31.4 
 
 		 421 aa  165  2.0000000000000002e-39  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.905477 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0681  diaminopimelate decarboxylase  29.95 
 
 		 421 aa  163  5.0000000000000005e-39  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.238588  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0214  diaminopimelate decarboxylase  29.44 
 
 		 401 aa  162  1e-38  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1656  aspartate kinase  29.53 
 
 		 878 aa  161  2e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1043  diaminopimelate decarboxylase  30.96 
 
 		 382 aa  161  2e-38  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.504589  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1109  diaminopimelate decarboxylase  29.32 
 
 		 418 aa  161  2e-38  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1588  diaminopimelate decarboxylase  30.96 
 
 		 407 aa  160  4e-38  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0745  diaminopimelate decarboxylase  31.41 
 
 		 440 aa  160  5e-38  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.300133  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0425  diaminopimelate decarboxylase  29.37 
 
 		 393 aa  158  2e-37  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1775  bifunctional aspartate kinase/diaminopimelate decarboxylase protein  29.68 
 
 		 859 aa  157  4e-37  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1301  diaminopimelate decarboxylase  28.19 
 
 		 412 aa  157  5.0000000000000005e-37  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0554  diaminopimelate decarboxylase  27.64 
 
 		 419 aa  156  5.0000000000000005e-37  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0182  diaminopimelate decarboxylase  32.35 
 
 		 415 aa  156  8e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1553  diaminopimelate decarboxylase  29.5 
 
 		 417 aa  156  9e-37  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000144272  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0225  diaminopimelate decarboxylase  32.35 
 
 		 415 aa  155  1e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.895635  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1774  bifunctional aspartate kinase/diaminopimelate decarboxylase protein  29.68 
 
 		 859 aa  154  2e-36  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3289  diaminopimelate decarboxylase  28.54 
 
 		 410 aa  154  2e-36  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.721852 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0336  diaminopimelate decarboxylase  27.45 
 
 		 402 aa  155  2e-36  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0359  diaminopimelate decarboxylase  27.45 
 
 		 402 aa  154  2.9999999999999998e-36  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.604138  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1724  diaminopimelate decarboxylase  29.53 
 
 		 435 aa  154  4e-36  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2979  diaminopimelate decarboxylase protein  32.56 
 
 		 451 aa  151  2e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.492096  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3257  diaminopimelate decarboxylase  32.48 
 
 		 423 aa  150  3e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.314031  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1651  diaminopimelate decarboxylase  27.45 
 
 		 402 aa  151  3e-35  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.0000231454  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0670  diaminopimelate decarboxylase  31.4 
 
 		 453 aa  150  3e-35  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  decreased coverage  0.00590114 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1362  diaminopimelate decarboxylase  28.05 
 
 		 401 aa  150  4e-35  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.884156  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0207  diaminopimelate decarboxylase  29.02 
 
 		 435 aa  150  5e-35  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.235177  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2910  diaminopimelate decarboxylase  32.48 
 
 		 423 aa  150  5e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00334908 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3725  diaminopimelate decarboxylase  31 
 
 		 412 aa  150  6e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.176436 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0834  diaminopimelate decarboxylase  26.63 
 
 		 418 aa  149  7e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1348  diaminopimelate decarboxylase  28.14 
 
 		 416 aa  149  9e-35  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000478718  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2664  diaminopimelate decarboxylase  28.67 
 
 		 434 aa  149  9e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.287942  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5227  diaminopimelate decarboxylase  31.89 
 
 		 415 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5136  diaminopimelate decarboxylase  31.89 
 
 		 415 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.206313  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0353  diaminopimelate decarboxylase  29.98 
 
 		 416 aa  148  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00862567 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1364  diaminopimelate decarboxylase  29.03 
 
 		 434 aa  147  3e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.844058  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5288  diaminopimelate decarboxylase  31.89 
 
 		 415 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0267  diaminopimelate decarboxylase  31.44 
 
 		 415 aa  146  8.000000000000001e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0318  diaminopimelate decarboxylase  27.94 
 
 		 394 aa  145  1e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.833211 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0976  diaminopimelate decarboxylase  29.32 
 
 		 416 aa  145  1e-33  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.351187  normal  0.117285 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69670  diaminopimelate decarboxylase  31.7 
 
 		 415 aa  145  1e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6020  diaminopimelate decarboxylase  31.6 
 
 		 415 aa  145  2e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.422247  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0732  diaminopimelate decarboxylase  29.44 
 
 		 443 aa  144  2e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0522  diaminopimelate decarboxylase  28.92 
 
 		 420 aa  144  3e-33  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000495897  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4070  diaminopimelate decarboxylase  28.12 
 
 		 427 aa  144  3e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47700  diaminopimelate decarboxylase  31.83 
 
 		 415 aa  144  3e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4193  diaminopimelate decarboxylase  27.7 
 
 		 427 aa  144  3e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1645  diaminopimelate decarboxylase  29.3 
 
 		 416 aa  144  4e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.902771 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5403  diaminopimelate decarboxylase  29.53 
 
 		 412 aa  144  4e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3483  diaminopimelate decarboxylase  30.16 
 
 		 412 aa  143  6e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4883  diaminopimelate decarboxylase  30.16 
 
 		 412 aa  143  6e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0468  diaminopimelate decarboxylase  28.29 
 
 		 403 aa  143  7e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5498  diaminopimelate decarboxylase  33.66 
 
 		 415 aa  142  8e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0075  diaminopimelate decarboxylase  30.56 
 
 		 416 aa  142  9e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2802  diaminopimelate decarboxylase  32.92 
 
 		 420 aa  142  9e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0351  diaminopimelate decarboxylase  31.74 
 
 		 420 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0103305 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0790  diaminopimelate decarboxylase  27.27 
 
 		 385 aa  142  9.999999999999999e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.867864 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4218  diaminopimelate decarboxylase  28.36 
 
 		 427 aa  142  9.999999999999999e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.15741  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0407  bifunctional aspartate kinase/diaminopimelate decarboxylase protein  28.38 
 
 		 857 aa  142  9.999999999999999e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1240  diaminopimelate decarboxylase  28.46 
 
 		 420 aa  142  1.9999999999999998e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0245  diaminopimelate decarboxylase  31.26 
 
 		 415 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.377243  normal  0.537295 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3475  diaminopimelate decarboxylase  31.73 
 
 		 421 aa  141  1.9999999999999998e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0791  diaminopimelate decarboxylase  27.71 
 
 		 466 aa  141  3e-32  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0353  diaminopimelate decarboxylase  28.4 
 
 		 422 aa  141  3e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.336132  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3415  diaminopimelate decarboxylase  29.04 
 
 		 444 aa  140  3.9999999999999997e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.656066  normal  0.0355245 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3606  diaminopimelate decarboxylase  31.85 
 
 		 420 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00198954  hitchhiker  0.0000000450016 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4246  diaminopimelate decarboxylase  30 
 
 		 412 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0343876 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1011  bifunctional aspartate kinase/diaminopimelate decarboxylase protein  29.15 
 
 		 864 aa  140  4.999999999999999e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.834007  normal  0.825142 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3059  diaminopimelate decarboxylase  29.27 
 
 		 431 aa  140  4.999999999999999e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.038181  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>