205 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_3445 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_3445  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  100 
 
 		 262 aa  513  1e-144  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0147122  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15120  DNA polymerase III subunit epsilon  44.14 
 
 		 228 aa  166  2.9999999999999998e-40  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1180  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  52.17 
 
 		 259 aa  160  2e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0687091  normal  0.0102944 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2481  DNA polymerase III subunit epsilon  40.4 
 
 		 236 aa  158  8e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000473559 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2759  DNA polymerase III subunit epsilon  40.56 
 
 		 254 aa  155  6e-37  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.137424  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0688  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  46.7 
 
 		 247 aa  153  2.9999999999999998e-36  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.219348  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5735  DNA polymerase III subunit epsilon  40.52 
 
 		 237 aa  152  5e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0183  DNA polymerase III subunit epsilon  40.31 
 
 		 250 aa  148  9e-35  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.168499  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4959  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  48.08 
 
 		 277 aa  147  2.0000000000000003e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.865455  normal  0.183971 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08720  DNA polymerase III epsilon subunit-like 3'-5' exonuclease  42.79 
 
 		 238 aa  140  3e-32  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.371322  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28650  DNA polymerase III epsilon subunit-like 3'-5' exonuclease  42.86 
 
 		 241 aa  136  3.0000000000000003e-31  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.50801 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0314  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  44.44 
 
 		 243 aa  132  5e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.124129 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1509  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  43.61 
 
 		 295 aa  125  5e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0640  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  39.32 
 
 		 238 aa  125  6e-28  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.893813  normal  0.641508 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5634  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  36.4 
 
 		 226 aa  122  4e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.247829  normal  0.015317 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3054  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  40.99 
 
 		 283 aa  120  3e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.210781 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0468  exonuclease  30.89 
 
 		 259 aa  85.5  7e-16  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4987  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  31.5 
 
 		 256 aa  79.3  0.00000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0008  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.6 
 
 		 258 aa  77.4  0.0000000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.970645  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1347  DNA polymerase III epsilon subunit  29.55 
 
 		 283 aa  69.3  0.00000000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.000179804  normal  0.207247 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2648  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.43 
 
 		 769 aa  67  0.0000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  28.73 
 
 		 1442 aa  65.9  0.0000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13583  putative DNA polymerase III epsilon chain  31.18 
 
 		 258 aa  65.9  0.0000000007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0145  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.11 
 
 		 235 aa  64.3  0.000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1852  exonuclease  32.76 
 
 		 259 aa  63.2  0.000000004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  25.71 
 
 		 1433 aa  60.8  0.00000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1567  DNA-directed DNA polymerase  33.73 
 
 		 236 aa  59.7  0.00000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4098  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.2 
 
 		 233 aa  59.7  0.00000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3900  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.35 
 
 		 269 aa  58.9  0.00000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3777  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.67 
 
 		 722 aa  58.9  0.00000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2340  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.27 
 
 		 257 aa  58.2  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.510368  normal  0.684331 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6083  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.1 
 
 		 308 aa  58.5  0.0000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1265  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.82 
 
 		 205 aa  58.5  0.0000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1633  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.17 
 
 		 721 aa  57.4  0.0000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1154  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.79 
 
 		 921 aa  57.4  0.0000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2003  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.76 
 
 		 247 aa  57.4  0.0000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0439  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.28 
 
 		 186 aa  57.4  0.0000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0424  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.28 
 
 		 186 aa  57.8  0.0000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3482  DNA polymerase III subunit epsilon  30.32 
 
 		 242 aa  57  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0028  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.14 
 
 		 237 aa  57  0.0000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3922  DNA polymerase III subunit epsilon  31.18 
 
 		 530 aa  56.6  0.0000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000050364  normal  0.710356 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1670  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.43 
 
 		 190 aa  56.2  0.0000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.217345  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0004  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.78 
 
 		 234 aa  55.8  0.0000006  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0166128  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0503  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.95 
 
 		 695 aa  55.8  0.0000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0629426  normal  0.16655 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1044  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  26.57 
 
 		 230 aa  55.8  0.0000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.69033  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5942  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.99 
 
 		 270 aa  55.5  0.0000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1549  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  27.66 
 
 		 229 aa  55.5  0.0000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.418832  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1577  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  30.68 
 
 		 228 aa  55.8  0.0000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0160507 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4114  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.14 
 
 		 378 aa  55.5  0.0000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000182264  normal  0.497527 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1848  DNA-directed DNA polymerase  33.33 
 
 		 233 aa  55.1  0.000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0238  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.9 
 
 		 731 aa  55.1  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000829837 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1663  DNA polymerase III PolC  28.9 
 
 		 1449 aa  54.7  0.000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.351996  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4556  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.11 
 
 		 659 aa  55.1  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2765  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.87 
 
 		 225 aa  55.5  0.000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2426  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.64 
 
 		 719 aa  54.7  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.457713 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1420  DNA-directed DNA polymerase  31.02 
 
 		 180 aa  54.3  0.000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.178173 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1945  DNA polymerase III PolC  28.9 
 
 		 1449 aa  54.3  0.000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2750  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.57 
 
 		 228 aa  54.3  0.000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.336588  normal  0.0259653 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0095  DNA polymerase III PolC  30.95 
 
 		 1464 aa  53.9  0.000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1902  putative PAS/PAC sensor protein  28.12 
 
 		 707 aa  54.3  0.000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2636  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.57 
 
 		 228 aa  54.3  0.000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.815418  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0572  putative exonuclease  29.96 
 
 		 695 aa  53.9  0.000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.16617  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1516  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  29.44 
 
 		 228 aa  53.9  0.000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.845972  normal  0.0175555 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1713  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.1 
 
 		 228 aa  53.5  0.000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.180108  hitchhiker  0.000000667119 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2225  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.96 
 
 		 695 aa  53.5  0.000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.616046  normal  0.73747 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2671  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.57 
 
 		 228 aa  53.5  0.000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2042  DNA polymerase III PolC  27.6 
 
 		 1444 aa  53.5  0.000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2002  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.83 
 
 		 463 aa  53.1  0.000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.891146  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0849  DNA polymerase III subunit epsilon  29.89 
 
 		 231 aa  53.5  0.000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.577786  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1911  DNA polymerase III PolC  31.75 
 
 		 1468 aa  52.8  0.000006  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1583  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  29.44 
 
 		 228 aa  52.4  0.000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0697497 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0809  DNA polymerase III, alpha subunit ( type)  26.94 
 
 		 1432 aa  52.4  0.000007  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00164061 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0371  DNA polymerase III, alpha subunit  28.06 
 
 		 1485 aa  52.4  0.000008  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2053  putative PAS/PAC sensor protein  26.63 
 
 		 714 aa  52  0.000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.115114 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00168  DNA polymerase III subunit epsilon  29.03 
 
 		 210 aa  52  0.000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2071  DNA polymerase III subunit epsilon  30.43 
 
 		 234 aa  51.6  0.00001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1410  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.55 
 
 		 481 aa  52  0.00001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1010  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.92 
 
 		 236 aa  51.6  0.00001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.0343997 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5114  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.16 
 
 		 706 aa  52  0.00001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1991  DNA polymerase III subunit epsilon  30.43 
 
 		 234 aa  51.6  0.00001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2392  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.62 
 
 		 398 aa  51.2  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0528  exonuclease  27.62 
 
 		 197 aa  51.2  0.00002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00892328  normal  0.16034 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1888  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.89 
 
 		 328 aa  51.2  0.00002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0689  DNA polymerase III catalytic subunit, PolC type  25 
 
 		 1437 aa  51.2  0.00002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3616  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.35 
 
 		 530 aa  50.4  0.00003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00210343  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0677  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.71 
 
 		 392 aa  50.4  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.566846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4339  DNA polymerase III subunit epsilon  27.03 
 
 		 236 aa  50.1  0.00003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0914  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.28 
 
 		 395 aa  50.1  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1752  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  28.44 
 
 		 228 aa  50.4  0.00003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.974863  normal  0.0312157 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3939  DNA polymerase III subunit epsilon  27.78 
 
 		 245 aa  50.1  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.945097  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1698  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.78 
 
 		 228 aa  50.1  0.00004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2828  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.26 
 
 		 234 aa  50.1  0.00004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.37287  normal  0.103192 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1907  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.58 
 
 		 453 aa  49.7  0.00005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0009  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.51 
 
 		 203 aa  49.7  0.00005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2006  putative PAS/PAC sensor protein  30 
 
 		 729 aa  49.7  0.00005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.475164 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3141  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.45 
 
 		 595 aa  49.7  0.00005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4265  DNA polymerase III subunit epsilon  26.77 
 
 		 240 aa  49.3  0.00006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.434115 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1035  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.41 
 
 		 232 aa  49.3  0.00006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0079955 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  26.26 
 
 		 1397 aa  49.3  0.00006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2572  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.2 
 
 		 476 aa  49.3  0.00007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.378709  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>