More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0544 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009665  Shew185_0484  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  77.28 
 
 		 559 aa  815    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4112  MSHA biogenesis protein MshL  75.54 
 
 		 560 aa  807    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3663  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  76.65 
 
 		 561 aa  826    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0560  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  75.67 
 
 		 558 aa  814    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3835  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  77.46 
 
 		 559 aa  813    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.139484  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0454  MSHA biogenesis protein MshL  71 
 
 		 561 aa  757    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4417  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  81.48 
 
 		 562 aa  891    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0505  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  77.1 
 
 		 559 aa  813    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0389  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  78.69 
 
 		 563 aa  857    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3768  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  76.07 
 
 		 556 aa  839    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0508  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  77.46 
 
 		 559 aa  813    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3347  type II and III secretion system protein  70.94 
 
 		 549 aa  772    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.292077  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0544  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  100 
 
 		 567 aa  1137    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3486  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  76.47 
 
 		 561 aa  824    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.552648  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0466  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  76.47 
 
 		 561 aa  823    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.142109  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3751  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  73.44 
 
 		 556 aa  800    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4576  MSHA biogenesis protein MshL  52.49 
 
 		 609 aa  525  1e-147  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0469  type IV pilus, mannose-sensitive hemagglutinin D (MSHD)  50.62 
 
 		 546 aa  520  1e-146  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00341212  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0170  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  52.74 
 
 		 550 aa  503  1e-141  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03698  hypothetical protein  48.21 
 
 		 544 aa  501  1e-140  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002368  MSHA biogenesis protein MshL  48.79 
 
 		 530 aa  497  1e-139  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2820  MSHA biogenesis protein MshL  49.55 
 
 		 559 aa  494  9.999999999999999e-139  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00251  putative Mannose-sensitive agglutinin (MSHA) biogenesis protein MshL (pilus type IV)  44.93 
 
 		 569 aa  464  1e-129  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0385  type II and III secretion system protein  46.73 
 
 		 537 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.16862  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0753  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  41.11 
 
 		 572 aa  384  1e-105  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.22971  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1135  MSHA biogenesis protein MshL  41.85 
 
 		 543 aa  384  1e-105  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00664047  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0764  general secretion pathway protein D  38.24 
 
 		 554 aa  343  5e-93  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.0000564128  normal  0.152478 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3096  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  38.85 
 
 		 577 aa  329  7e-89  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3332  type II and III secretion system protein  36.63 
 
 		 614 aa  325  1e-87  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.449777  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0329  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  35.93 
 
 		 538 aa  325  2e-87  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.683129  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0893  type II and III secretion system secretin  34.89 
 
 		 585 aa  314  2.9999999999999996e-84  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0887  type II and III secretion system protein  29.48 
 
 		 625 aa  184  4.0000000000000006e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0606978  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1821  general secretory pathway protein D  27.59 
 
 		 470 aa  166  9e-40  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.533467  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1467  general secretory pathway protein D  26.97 
 
 		 470 aa  161  2e-38  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1968  type II and III secretion system protein  27.75 
 
 		 506 aa  161  3e-38  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.150823  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1647  general secretory pathway protein D  26.97 
 
 		 470 aa  160  7e-38  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.948115  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1343  Type II secretory pathway component PulD-like  34.5 
 
 		 546 aa  154  2.9999999999999998e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.255385  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1007  type II and III secretion system protein  28.81 
 
 		 512 aa  153  7e-36  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0109  type II and III secretion system protein  30.72 
 
 		 547 aa  153  8.999999999999999e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.379094  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3405  type II and III secretion system protein  26.01 
 
 		 594 aa  152  1e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1227  PP family ATPase  27.5 
 
 		 508 aa  149  2.0000000000000003e-34  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0549  putative Type II secretory pathway component PulD  27.43 
 
 		 581 aa  145  2e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1056  type II and III secretion system protein  27.69 
 
 		 541 aa  145  2e-33  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  decreased coverage  0.0036675  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1384  type II and III secretion system protein  28.29 
 
 		 563 aa  144  3e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.157655  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1036  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  26.92 
 
 		 506 aa  144  5e-33  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0076  type II and III secretion system protein  25.55 
 
 		 539 aa  143  9.999999999999999e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0639  type II and III secretion system protein  29.47 
 
 		 569 aa  136  8e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3259  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  23.13 
 
 		 830 aa  134  6e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0701174 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0928  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  29.14 
 
 		 574 aa  133  6.999999999999999e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0351042  normal  0.287685 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0390  putative type II protein secretion system D protein CtsD  26.71 
 
 		 463 aa  132  1.0000000000000001e-29  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0578  type II and III secretion system protein  27.47 
 
 		 527 aa  116  1.0000000000000001e-24  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000285943 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0667  general secretion pathway protein D  29.37 
 
 		 781 aa  116  1.0000000000000001e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.509623 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0646  general secretion pathway protein D  29.04 
 
 		 781 aa  115  3e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255398  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1299  general secretion pathway protein D  28.69 
 
 		 716 aa  114  5e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1309  general secretion pathway protein D  28.64 
 
 		 819 aa  112  2.0000000000000002e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0418049  normal  0.0430257 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2771  general secretion pathway protein D  28.88 
 
 		 686 aa  111  3e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.662007  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0917  general secretion pathway protein D  27.14 
 
 		 810 aa  111  4.0000000000000004e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.460737  normal  0.382842 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3307  general secretion pathway protein D  30.59 
 
 		 763 aa  111  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.335208  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0097  general secretion pathway protein D  29.85 
 
 		 662 aa  111  4.0000000000000004e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.395857  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0683  general secretion pathway protein D  31.19 
 
 		 641 aa  110  1e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00528314  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3114  general secretory pathway D transmembrane protein  28.1 
 
 		 805 aa  107  4e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.442209  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0031  general secretion pathway protein D  30.74 
 
 		 794 aa  107  4e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.412275  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1175  general secretion pathway protein D  29.02 
 
 		 797 aa  107  5e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.217594  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3141  type II and III secretion system protein:NolW-like  29.28 
 
 		 776 aa  106  1e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.529282  normal  0.96586 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3529  general secretion pathway protein D  28.08 
 
 		 740 aa  104  3e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22216  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0500  type II secretion system protein, putative  25.05 
 
 		 500 aa  103  6e-21  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.555962  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0756  general secretion pathway protein D  27.83 
 
 		 738 aa  103  7e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.2147 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5697  general secretion pathway protein D  28.08 
 
 		 787 aa  103  1e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0549216 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2924  general secretion pathway protein D  26.74 
 
 		 675 aa  101  4e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3131  type II and III secretion system secretin  31.34 
 
 		 706 aa  100  5e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0676  type IV pilus secretin PilQ  28.57 
 
 		 712 aa  100  5e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0513827 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2173  general secretion pathway protein D  30.07 
 
 		 745 aa  100  5e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3268  type II and III secretion system protein  30.07 
 
 		 710 aa  101  5e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4150  general secretion pathway protein D  31.34 
 
 		 829 aa  100  6e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0456168  hitchhiker  0.0000162446 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18620  type II and III secretion system protein  28.21 
 
 		 602 aa  100  7e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1123  general secretion pathway protein D  26.16 
 
 		 751 aa  100  8e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3315  general secretion pathway protein D  27.68 
 
 		 696 aa  100  1e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0707  putative type II and III secretion system outermembrane protein, secretin  29.51 
 
 		 423 aa  99.4  2e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.848525  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0609  general secretion pathway protein D  29.59 
 
 		 635 aa  98.6  2e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.73081e-17 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0703  type IV pilus secretin PilQ  29.72 
 
 		 696 aa  98.2  3e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.853833  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3403  type IV pilus secretin PilQ  27.51 
 
 		 726 aa  98.2  4e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.613607 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0734  type IV pilus secretin PilQ  29.37 
 
 		 696 aa  97.4  6e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0375525  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4591  general secretion pathway protein D  27.69 
 
 		 697 aa  96.3  1e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1000  type IV pilus secretin PilQ  24.13 
 
 		 715 aa  96.3  1e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0214  type II and III secretion system secretin  30.62 
 
 		 715 aa  96.7  1e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00866012  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0105  general secretion pathway protein D  29.37 
 
 		 710 aa  96.3  1e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0595  general secretion pathway protein D  29.93 
 
 		 630 aa  95.5  2e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.788546  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0144  general secretion pathway protein D  29.19 
 
 		 710 aa  95.9  2e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0761  general secretion pathway protein D  29.09 
 
 		 833 aa  95.5  2e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000306489  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3399  general secretion pathway protein D  27.33 
 
 		 807 aa  95.1  3e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0542  type II and III secretion system protein  28.48 
 
 		 702 aa  94.7  4e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5577  type IV pilus secretin PilQ  24.54 
 
 		 716 aa  94  6e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.515424 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1622  type II and III secretion system protein  28.92 
 
 		 673 aa  94  7e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16070  general secretion pathway protein D  27 
 
 		 752 aa  94  7e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.14269  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3244  type II and III secretion system protein  29.55 
 
 		 781 aa  94  7e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2028  general secretion pathway protein D  30.86 
 
 		 658 aa  94  7e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.547904  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0169  type II and III secretion system protein  28.71 
 
 		 703 aa  94  7e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000616881  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3052  general secretion pathway protein D  28.62 
 
 		 803 aa  93.6  8e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1470  general secretion pathway protein D  30.65 
 
 		 714 aa  93.6  9e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4358  general secretion pathway protein D  28.48 
 
 		 724 aa  93.6  9e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000917218  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>